View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4689_low_2 (Length: 854)

Name: NF4689_low_2
Description: NF4689
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4689_low_2
NF4689_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-835)||(6316387-6317206)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 785; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 785; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 835
Target Start/End: Original strand, 6316387 - 6317206
Alignment:
Q  19 ctcaaggcagaggcatgaaatcaacacataaatcacaattaaaatgatttatccaaccatattagttaaaaaatgagccaccgttttgtacatatcttgc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6316387 ctcaaggcagaggcatgaaatcaacacataaatcacaattaaaatgatttatccaaccatattagttaaaaaatgagccaccgttttgtacatatcttgc 6316486  T
Q  119 aacataaggttgtttattaccgatggttttattagttatctacattcagatctctgctggaaactaaagattcaaagagtaagagtatggatatatctat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6316487 aacataaggttgtttattaccgatggttttattagttatctacattcagatctctgctggaaactaaagattcaaagagtaagagtatggatatatctat 6316586  T
Q  219 caatcatcacccaccaaatcaaacagagatatcatatcagactttataaataggaaactaaagatcaatgcaaatagagaaaaataaccatattcactgc 318  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6316587 caatcatcacccaccaaatcaagcagagatatcatatcagactttataaataggaaactaaagatcaatgcaaatagagaaaaataaccatattcactgc 6316686  T
Q  319 cgaaaactatatcataacctcagtctgcatcatattgaaaccatattaaccccagacacgtatcggt--tgtattgtgtcctggtctattttaatctaaa 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6316687 cgaaaactatatcataacctcagtctgcatcatattgaaaccatattaaccccagacacgtatcggtattgtattgtgtcttggtctattttaatctaaa 6316786  T
Q  417 acatgaaagtagtaacggaattatataagtaagtgaaaaagaagttttggttcttagtgtagtcagttcaaaaactacgagaaaaaccatagtggccttc 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6316787 acatgaaagtagtaacggaattatataagtaagtgaaaaagaagttttggttcttagtgtagtcagttcaaaaactacgagaaaaaccatagtggccttc 6316886  T
Q  517 atttttatgaaatgctatatgtatcatattctatcatcattgaatagaagtcgaaataggtcaaaatcagaacacattggcaagataaagaaatggaaaa 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6316887 atttttatgaaatgctatatgtatcatattctatcatcattgaatagaagtcgaaataggtcaaaatcagaacacattggcaagataaagaaatggaaaa 6316986  T
Q  617 agtcagaacagcacctaacaacccttaacatctttgatgccttaaggcttcaaagttacgactatatcatagaaaggtttcaaagtttgtctgtcttttt 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  6316987 agtcagaacagcacctaacaacccttaacatctttgatgccttaaggcttcaaagttacgactatatcatagaaaggctgcaaagtttgtctgtcttttt 6317086  T
Q  717 agcttcagagcaacaagagttatctcttaaagaaatgttattctacaagagcatttaaataaagaataaa-cttgagttccacaatatctaagtctcagt 815  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6317087 agcttcagagcaacaagagttatctcttaaagaaatgttattctacaagagcatttaaataaagaataaagcttgagttccacaatatctaagtctcagt 6317186  T
Q  816 aagagtattattattcatta 835  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  6317187 aagagtattattattcatta 6317206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University