View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4691-Insertion-3 (Length: 816)

Name: NF4691-Insertion-3
Description: NF4691
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4691-Insertion-3
NF4691-Insertion-3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (17-814)||(7065061-7065855)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 709; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 709; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 814
Target Start/End: Original strand, 7065061 - 7065855
Alignment:
Q  17 acaggcagaggttgacaatgatgggcgtcttaatttgactgagatgattgataatgcatatacattatttgtttctattttcccggacgagttcttttaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7065061 acaggcagaggttgacaatgatgggcgccttaatttgactgagatgattgataatgcatatacattatttgtttctattttcccggacgagttcttttaa 7065160  T
Q  117 ggacatgttaggtaagggaaattctctagtcatctatctcaacctacattcagtgaaggttttcaatctaatattctgtaatcattaattgcaggaaatt 216  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7065161 ggacatgttaggtaagggaagttctctagtcatctatctcaacctacattcagtgaaggttttcaatctaatattctgtaatcattaattgcaggaaatt 7065260  T
Q  217 ttggcaaatgagtctagatttgaatcctatcgctgcaattttttgcaatatcagtgacaatgagtcatttttgagttgaatggcacaagttcatcgtagc 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7065261 ttggcaaatgagtctagatttgaatcctatcactgcaattttttgcaatatcagtgacaatgagtcatttttgagttgaatggcacaagttcatcgtagc 7065360  T
Q  317 agcagggagctgggaccagcattggtagtcatacagtaacggacaaaaaactggatcttcaattggcgttgctaataggtgtggaatgctcatgaaatca 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7065361 agcagggagctgggaccagcattggtagtcatacagtaatggacaaaaaactggatcttcaattggcgttgctaataggtgtggaatgctcatgaaatca 7065460  T
Q  417 ataaagtagctggtgctgtcagctatactcacgttgggcaattattatgagcaggtgcagctagtaggatttcaagtcagcatatcttgtaattttgatt 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7065461 ataaagtagctggtgctgtcagctatactcacgttgggcaattattatgagcaggtgcagctagtaggatttcaagtcagcatatcttgtaattttgatt 7065560  T
Q  517 gctcttttcttagcttttcttgtgcttcgactaaagcctagtaatgtatttctttgcatcttnnnnnnncatatcagtgggactattttttatggataaa 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7065561 gctcttttcttagcttttcttgtgcttcgactagagcctagtaatgtatttctttgcatcttaaaaaaacataacagtgggactattttttatggataaa 7065660  T
Q  617 aatatatacgataatttcttgtctgataataaatctttattttgaaagtttgaatattgatcacaagtattgtgaagttccttagtccgcttgaatctat 716  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  7065661 aatatatacgataatttcttgtctgataataaatctttattttg-aagtatgaatattgatcacaagtattgtgaagttccttagtacggttgaatctat 7065759  T
Q  717 cggtatggcataaaaaacacatataccttgatctaaggaagggcatctacaatacaattgatgaatgggaataaatacctcctaaaattatacagatg 814  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7065760 cggtatggcataaaaaacacatataccttgatctaa-gaaggccgtctacaatacaattgatgaat-ggaataaatacctcctaaaattatacagatg 7065855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University