View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4696_high_1 (Length: 497)

Name: NF4696_high_1
Description: NF4696
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4696_high_1
NF4696_high_1
[»] chr6 (22 HSPs)
chr6 (19-486)||(31500142-31500609)
chr6 (19-486)||(31494756-31495223)
chr6 (19-486)||(31514669-31515112)
chr6 (23-326)||(31473556-31473853)
chr6 (49-489)||(14744980-14745424)
chr6 (49-489)||(7847764-7848217)
chr6 (319-486)||(31475220-31475387)
chr6 (66-320)||(22396670-22396918)
chr6 (313-489)||(8885479-8885654)
chr6 (156-408)||(27122148-27122413)
chr6 (21-98)||(14745338-14745415)
chr6 (86-185)||(10907232-10907332)
chr6 (91-186)||(8404235-8404331)
chr6 (91-212)||(21038167-21038288)
chr6 (29-112)||(7848117-7848200)
chr6 (418-489)||(22397030-22397101)
chr6 (91-212)||(21083788-21083908)
chr6 (49-211)||(9190594-9190756)
chr6 (36-112)||(22396677-22396753)
chr6 (168-211)||(19548079-19548122)
chr6 (449-489)||(27122409-27122449)
chr6 (127-186)||(10641811-10641870)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (21-489)||(6820739-6821220)
chr4 (165-489)||(17417997-17418329)
chr4 (165-489)||(3576630-3576963)
chr4 (165-489)||(19728784-19729118)
chr4 (91-212)||(15873344-15873465)
chr4 (49-148)||(6821130-6821229)
chr4 (127-186)||(16285528-16285587)
chr4 (168-211)||(18557654-18557697)
chr4 (127-184)||(11555579-11555636)
chr4 (91-161)||(9563987-9564058)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (86-489)||(35922692-35923098)
chr2 (165-481)||(23907166-23907492)
chr2 (167-481)||(22521108-22521435)
chr2 (165-489)||(23247574-23247901)
chr2 (313-489)||(39527712-39527889)
chr2 (314-489)||(23246825-23246996)
chr2 (90-189)||(13361399-13361500)
chr2 (127-186)||(44586894-44586953)
chr2 (86-186)||(32252530-32252633)
chr2 (123-211)||(16858360-16858447)
chr2 (21-101)||(35922663-35922744)
chr2 (91-186)||(23656830-23656926)
chr2 (91-176)||(24724912-24724998)
chr2 (166-211)||(18988136-18988180)
chr2 (197-250)||(23246698-23246751)
[»] scaffold0061 (1 HSPs)
scaffold0061 (165-487)||(18453-18784)
[»] scaffold0010 (1 HSPs)
scaffold0010 (165-489)||(141627-141962)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (165-489)||(17862583-17862918)
[»] scaffold0170 (1 HSPs)
scaffold0170 (165-470)||(16637-16954)
[»] scaffold1043 (1 HSPs)
scaffold1043 (165-489)||(1764-2098)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (314-489)||(3089772-3089948)
chr7 (150-256)||(3089569-3089675)
chr7 (351-478)||(33571607-33571733)
chr7 (165-225)||(16074830-16074890)
chr7 (91-186)||(4532170-4532266)
chr7 (127-186)||(11655090-11655149)
chr7 (127-186)||(13477928-13477987)
chr7 (90-183)||(37946273-37946368)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (314-489)||(19019204-19019386)
chr5 (165-256)||(19019413-19019504)
chr5 (122-192)||(13935351-13935423)
chr5 (127-211)||(24614936-24615019)
chr5 (127-211)||(24711334-24711417)
chr5 (127-211)||(24744330-24744413)
chr5 (127-211)||(24757096-24757179)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (91-212)||(21974783-21974904)
chr3 (91-212)||(21997214-21997335)
chr3 (91-186)||(13929182-13929278)
chr3 (91-186)||(16363042-16363136)
chr3 (94-186)||(22159383-22159475)
chr3 (310-454)||(1767200-1767347)
[»] scaffold1001 (1 HSPs)
scaffold1001 (137-186)||(1005-1054)
[»] scaffold0385 (1 HSPs)
scaffold0385 (91-212)||(13773-13892)
[»] scaffold0094 (1 HSPs)
scaffold0094 (165-211)||(5426-5472)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (86-186)||(40696-40797)
[»] scaffold0145 (1 HSPs)
scaffold0145 (127-186)||(12129-12188)
[»] scaffold0092 (1 HSPs)
scaffold0092 (140-212)||(20110-20181)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 486
Target Start/End: Original strand, 31500142 - 31500609
Alignment:
Q  19 caccagtaagatacttttggcaactatgttgagaaaagttcaataaaatatttctggcaaccatgttgagaaaagtccagtaacatatctctggtaacca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31500142 caccagtaagatacttttggcaactatgttgagaaaagttcagtaaaatatttctggcaactatgttgagaaaagtccagtaacatatctctggcaacca 31500241  T
Q  119 tgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaatt 218  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31500242 tgttgagaaaagtccaataatataactctggcaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaatt 31500341  T
Q  219 gatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgtaacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgact 318  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31500342 catgatgatctgtatttggtgaataagtgttactgtgtctgtgtgcaacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgact 31500441  T
Q  319 attttagaattgaattgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatac 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31500442 attttagaattgaattgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatac 31500541  T
Q  419 ttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctc 486  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31500542 ttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtaatacgactttaacttaattgcttacgtgttcttctc 31500609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 486
Target Start/End: Original strand, 31494756 - 31495223
Alignment:
Q  19 caccagtaagatacttttggcaactatgttgagaaaagttcaataaaatatttctggcaaccatgttgagaaaagtccagtaacatatctctggtaacca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31494756 caccagtaagatacttttggcaactatgttgagaaaagttcagtaaaatatctctggcaaccatgttgagaaaagtccagtaacatatctctggcaacca 31494855  T
Q  119 tgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaatt 218  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31494856 tgttgagaaaaatccaataatataactctggcaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaatt 31494955  T
Q  219 gatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgtaacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgact 318  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31494956 catgatgatctgtatttggtgaataagtgttactgtgtctgtgtgcaacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgact 31495055  T
Q  319 attttagaattgaattgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatac 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31495056 attttagaattgaattgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatac 31495155  T
Q  419 ttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctc 486  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31495156 ttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtaatacgactttaacttaattgcttacgtgttcttctc 31495223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 486
Target Start/End: Original strand, 31514669 - 31515112
Alignment:
Q  19 caccagtaagatacttttggcaactatgttgagaaaagttcaataaaatatttctggcaaccatgttgagaaaagtccagtaacatatctctggtaacca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||    
T  31514669 caccagtaagatacttttggcaactatgttgagaaaagttcagtaaaatatttctggcaaccatgttgagaaaagtccagtaatatatctctggcaatca 31514768  T
Q  119 tgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaatt 218  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31514769 tgttgagaaaagtccaataatataactctg---------------------gtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaatt 31514847  T
Q  219 gatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgtaacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgact 318  Q
    |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31514848 gat---gatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgcaacgacgaaggtgattctctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgact 31514944  T
Q  319 attttagaattgaattgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatac 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31514945 attttagaattgaattgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatac 31515044  T
Q  419 ttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctc 486  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31515045 ttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcttctc 31515112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 23 - 326
Target Start/End: Original strand, 31473556 - 31473853
Alignment:
Q  23 agtaagatacttttggcaactatgttgagaaaagttcaataaaatatttctggcaaccatgttgagaaaagtccagtaacatatctctggtaaccatgtt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  31473556 agtaagatacttttggcaactatgttgagaaaagttcattaaaatatttctggcacccatgttgagaaaagtctagtaacatatctctggcaaccatgtt 31473655  T
Q  123 gagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatg 222  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||      |||||||||    
T  31473656 gagaaaagtccagtaatataactctggcaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatataggtcttaggactgagtccatat------aaattgatg 31473749  T
Q  223 atgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgtaacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgactattt 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31473750 atgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgtaacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagatcgttattggtgactattt 31473849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 49 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 14745424 - 14744980
Alignment:
Q  49 gagaaaagttcaataaaatatttctggcaaccatgttgagaaaagtccagtaacatatctctggtaaccatgttgagaaaagttcaataatataactctg 148  Q
    ||||||||| || ||| ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  14745424 gagaaaagtccagtaatatacttctggcaactatgttgagaaaagttcagtaacatatctctgacaaccatgttgagaaaagtccagcaataaaactctg 14745325  T
Q  149 acaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgt 248  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  14745324 gcaaaatgatgagtaggtgtggtaccacattcatataggtcttaggactgagtccatatgcata-aaacttacaatgatttgtatttggtgaataagtgt 14745226  T
Q  249 aactgtgtctgtgtgtaacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgactat---------------tttagaattgaat 333  Q
    || | |||  |  ||         | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||               ||| |||||||||    
T  14745225 aattatgtgag-atg---------atgtgattatctgttgatgttcttatgaagatggttattggtgactatatgtgttgtgactagtttggaattgaat 14745136  T
Q  334 tgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatacttcaaggttctgaat 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| || | || ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14745135 tgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttaggctgtaatgatattttctactaatatggattgagatgatatagtatatccttcaaggttctgaat 14745036  T
Q  434 attgtgttagtgatgtgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
    | | |||| ||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  14745035 aatttgtttgtgatgtgacacgaccttgacttaatttcttacgtgttcttctcatt 14744980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 49 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 7848217 - 7847764
Alignment:
Q  49 gagaaaagttcaataaaatatttctggcaaccatgttgagaaaagtccagtaacatatctctggtaaccatgttgagaaaagttcaataatataactctg 148  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| | ||| |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  7848217 gagaaaagttcactaacatacttctggcaactatgttgagaaaagtcctataacatatctctagcaactatgttgagaaaagtccactaatataactctg 7848118  T
Q  149 acaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgt 248  Q
     ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7848117 gcaaaacgatgagtaggtgtggtaccacattcatataggtcttaggattgagtttatatgcataaaaattgatgatgatttgtatttggtgaataagtgt 7848018  T
Q  249 aactgtgtctgtgtgtaacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggt---------------gactattttagaattgaat 333  Q
    ||      ||  ||| |||||  ||||||||| | ||| || |||||||||||||| |||||||||               ||||||||| |||||||||    
T  7848017 aa------ctacgtgaaacgataaaggtgattgtatgtcgatgttcttatgaagatggttattggtgactatatgtgttgcgactatttttgaattgaat 7847924  T
Q  334 tgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttattccgtaatgata-----ttttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatacttcaaggttc 428  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||| |||||     ||||||| | |  ||||||| |||||| |||||||| |||||| |||     
T  7847923 tttgacattgtgtttgtgaagatcttggttcttatgttgtattgatattcttttttttactaacttggattgagttgatctagtatattcttcaa-gttt 7847825  T
Q  429 tgaatattgtgttagtgatgtgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
     ||||||| |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  7847824 agaatattatgtttgtgatgtgatatgactttgacttaattgcttacgtgttcttctcatt 7847764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 319 - 486
Target Start/End: Original strand, 31475220 - 31475387
Alignment:
Q  319 attttagaattgaattgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatac 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31475220 attttagaattgaattgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttatgtcgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatac 31475319  T
Q  419 ttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctc 486  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31475320 ttcaaggttctgaatattatgtcagtgatgtgacacgactttaacttaattgcttacgtgttcttctc 31475387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 66 - 320
Target Start/End: Original strand, 22396670 - 22396918
Alignment:
Q  66 atatttctggcaaccatgttgagaaaagtccagtaacatatctctggtaaccatgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaag 165  Q
    |||| ||||||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  22396670 atatctctggcaattatgttgaaaaaattccagtaacatatctctggcaaccatgttgagaaaagtctagtaatataactctggcaaaatgatgagtagg 22396769  T
Q  166 tgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgta 265  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || |||| |||||  |||||||||| |||| ||||||       ||||||      
T  22396770 tgtggtaccacattcatataggtcttaggactaagtccatatgcataaaatttgacgatgacttgtatttggttaatacgtgtaa------ttgtgtgag 22396863  T
Q  266 acgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgactat 320  Q
    | || |||||||||||||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||    
T  22396864 atgatgaaggtgattatctgttgatattcttacgaagatggttattggtgactat 22396918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 313 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 8885654 - 8885479
Alignment:
Q  313 gtgactattttagaattgaattgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagt 412  Q
    |||| |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||| | |||||||||| |||||| ||||    
T  8885654 gtgattattttgggattgaattgtgacattgtatttgtgaagatttcggttcttatgttgtaatgatattttttactaatgtggattgagttgatgtagt 8885555  T
Q  413 atatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
    |||| |||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||   ||| |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  8885554 atattcttcaaggttttgaatattatgtt-gtgatgtgatacatttttgacttaattgcttacatgttcttctcatt 8885479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 156 - 408
Target Start/End: Original strand, 27122148 - 27122413
Alignment:
Q  156 gatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaatt-gatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgt 254  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||| | || |||||| |||||||| |||||| |||||| |||    
T  27122148 gatgagtaggtatggtaccacattcatataggtcttaggactgagttcatatgcacaaaaactcgaggatgatttgtatttgctgaatatgtgtaattgt 27122247  T
Q  255 gtctgtgtgtaacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattg---------------gtgactattttagaattgaattgtgac 339  Q
    ||  |      |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||               |||||||||||  ||||||||||||||    
T  27122248 gtgag------acgatgaagatgattatctgttgatgttcttatgaagataattattgatgactatatgagttgtgactattttgaaattgaattgtgac 27122341  T
Q  340 attgtgtttgtgaagattttggttcttattccgtaatgata---ttttttattgatgtggattgcgttgata 408  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| | |||| ||||   ||||||| | |||||||||| |||||||    
T  27122342 attgtgtttgtgaagattttagttcttatactgtaaagataattttttttactaatgtggattgagttgata 27122413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 21 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 14745415 - 14745338
Alignment:
Q  21 ccagtaagatacttttggcaactatgttgagaaaagttcaataaaatatttctggcaaccatgttgagaaaagtccag 98  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14745415 ccagtaatatacttctggcaactatgttgagaaaagttcagtaacatatctctgacaaccatgttgagaaaagtccag 14745338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 86 - 185
Target Start/End: Original strand, 10907232 - 10907332
Alignment:
Q  86 gagaaaagtccagtaacatatctctggtaaccatgttg-agaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatat 184  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||| | |||||||| || ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10907232 gagaaaagtccagtaacatacttctggcaactatgtgggagaaaagtccattaatataactctggcaaaatgacgagtaggtgtggtaccacattcatat 10907331  T
Q  185 a 185  Q
    |    
T  10907332 a 10907332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 91 - 186
Target Start/End: Original strand, 8404235 - 8404331
Alignment:
Q  91 aagtccagtaacatatctctggtaacc-atgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatag 186  Q
    |||||||||||||||||||||| || | ||| |||||||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  8404235 aagtccagtaacatatctctggcaaactatgatgagaaaagtccagtaacataactctggcaaaatgatgagtaggagtggtaccacaatcatatag 8404331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 91 - 212
Target Start/End: Original strand, 21038167 - 21038288
Alignment:
Q  91 aagtccagtaacatatctctggtaacc-atgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatc 189  Q
    ||||||||||||||| |||||| || | ||| |||||||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||    
T  21038167 aagtccagtaacatacctctggcaaactatgatgagaaaagtccagtaacataactctggcaaaatgatgagtaagagtgataccacaatcatataggtc 21038266  T
Q  190 -ttaggactgagtccatatgcata 212  Q
     ||||||  |||||||||||||||    
T  21038267 gttagga--gagtccatatgcata 21038288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 29 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 7848200 - 7848117
Alignment:
Q  29 atacttttggcaactatgttgagaaaagttcaataaaatatttctggcaaccatgttgagaaaagtccagtaacatatctctgg 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||    
T  7848200 atacttctggcaactatgttgagaaaagtcctataacatatctctagcaactatgttgagaaaagtccactaatataactctgg 7848117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 418 - 489
Target Start/End: Original strand, 22397030 - 22397101
Alignment:
Q  418 cttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
    ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||    
T  22397030 cttcaaggttctgaatattatggttgtgatgtgatacgactttgacttaattttttacgtgttcttctcatt 22397101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 91 - 212
Target Start/End: Original strand, 21083788 - 21083908
Alignment:
Q  91 aagtccagtaacatatctctggtaacc-atgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatc 189  Q
    ||||||||||||||| |||||| || | ||| |||||||||| || |||  ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  21083788 aagtccagtaacatacctctggcaaactatgatgagaaaagtccagtaac-taattctggcaaaatgatgagtaagagtggtaccacaatcatataggtc 21083886  T
Q  190 -ttaggactgagtccatatgcata 212  Q
     ||||||  |||||||||||||||    
T  21083887 gttagga--gagtccatatgcata 21083908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 9190756 - 9190594
Alignment:
Q  49 gagaaaagttcaataaaatatttctggcaaccatgttg-agaaaagtccagtaacatatctctggtaaccatgttg-agaaaagttcaataatataactc 146  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||||||  |||| | ||| ||||||||||||||| ||||   ||| |||| | |||||||| || ||||||||||     
T  9190756 gagaaaagttcactaacatacttctggcaattatgtgggagagaagtccagtaacatacctctaacaactatgtgggagaaaagtccactaatataactt 9190657  T
Q  147 tgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcat 211  Q
    ||  |||||  ||||||  | ||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||    
T  9190656 tggaaaaattgtgagtagctatggtaccacattcatataggtcatagga--gagtccatatgcat 9190594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 36 - 112
Target Start/End: Original strand, 22396677 - 22396753
Alignment:
Q  36 tggcaactatgttgagaaaagttcaataaaatatttctggcaaccatgttgagaaaagtccagtaacatatctctgg 112  Q
    |||||| |||||||| |||| | || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  22396677 tggcaattatgttgaaaaaattccagtaacatatctctggcaaccatgttgagaaaagtctagtaatataactctgg 22396753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 168 - 211
Target Start/End: Original strand, 19548079 - 19548122
Alignment:
Q  168 tggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcat 211  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19548079 tggtaccacattcatataggtcttaggaatgagtccatatgcat 19548122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 449 - 489
Target Start/End: Original strand, 27122409 - 27122449
Alignment:
Q  449 tgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  27122409 tgatacgactttgacttaattgcttacgtgttcttctcatt 27122449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 186
Target Start/End: Original strand, 10641811 - 10641870
Alignment:
Q  127 aaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatag 186  Q
    |||||||| ||| |||||||||  |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||    
T  10641811 aaagttcagtaacataactctggaaaaatgacaagtaggtgtggtaccacattcatatag 10641870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 21 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 6821220 - 6820739
Alignment:
Q  21 ccagtaagatacttttggcaactatgttgagaaaagttcaataaaatatttctggcaaccatgttgagaaaagtccagtaacatatctctggtaaccatg 120  Q
    ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||| || ||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  6821220 ccagtaacatacttctgacaactatgttgagaaaagtccagtaacatacttctgacaactatgttgagaaaagtccagtaacatatctctggcaactatg 6821121  T
Q  121 ttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattga 220  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||| |||||||    
T  6821120 ttgagaaaagtccagtaatataactctggcaaaacgatgagtaggtgtggtaccacattcatataggtcttaggattgagtaaatatgcataaaaattga 6821021  T
Q  221 tgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgtaacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattg-------- 312  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||      ||| |||  ||||  ||||||||| | ||| || |||||||||||||| |||||||            
T  6821020 tgatgatttgtatttggtgaataagtgtaa------ctgcgtgagacgataaaggtgattgtatgtcgatgttcttatgaagatggttattggtgactat 6820927  T
Q  313 -------gtgactattttagaattgaattgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttattccgtaatgata-----ttttttattgatgtggattg 400  Q
           ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||     ||||||| | | ||||||||    
T  6820926 atgtgttgtgactattttggaattaaattttgacattgtgtttgtgaagatcttggttcttatgttgtaatgatattcttttttttactaacgtggattg 6820827  T
Q  401 cgttgatatagtatatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
     |||||| |||||||| |||||| ||| | |||||| |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  6820826 agttgatctagtatattcttcaa-gttttcaatattatgtttgtgatgtgatatgactttgacttaattgcttacatgttcttctcatt 6820739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 165 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 17418329 - 17417997
Alignment:
Q  165 gtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgt 264  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||| |||| |||||  |         
T  17418329 gtgtggtaccacattcatataggtcttaggactgagtccatatgcataaaatttgacgatgatttgtatttggtgaataagagtaattgtgtgag----- 17418235  T
Q  265 aacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgactat---------------tttagaattgaattgtgacattgtgtttg 349  Q
     |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||               |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  17418234 -acgatgaaggtgattatctgttgatgttcttatgaagatggttattggtgactatatgtgttgtgactagtttgaaattgaattgtgacattgtgtttg 17418136  T
Q  350 tgaagattttggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgt 449  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||| ||||||| || | || |||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| |    
T  17418135 tgaagattttggttcttaagctgtaattatattttctactaatatggattgacatgatatagtatattcttcaaggttctgaatattatgtttgtgattt 17418036  T
Q  450 gatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
    |||||||| || |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  17418035 gatacgac-ttgacttaactgcttacgtgttcttctcatt 17417997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 165 - 489
Target Start/End: Original strand, 3576630 - 3576963
Alignment:
Q  165 gtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgt 264  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |         
T  3576630 gtgtggtaccacattcatataggtcttagtactacgtccatatgcataaaatttgatgatgatatgtatttggtgaataagtgtaattgtgtgag----- 3576724  T
Q  265 aacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtga---------------ctattttagaattgaattgtgacattgtgtttg 349  Q
     |  | |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||               ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3576725 -ataatgaaggtgattatatgttgatgttcttatgaagatggttattggtgactatatgttttgtgactattttggaattgaattgtgacattgtgtttg 3576823  T
Q  350 tgaagattttggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgt 449  Q
    ||||| |||| ||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||||| |||| |||||| |||| |||||||    
T  3576824 tgaaggttttagttcttatgatgtaatgatattttttattaatgtggattgagttgatatagtatatttttcaagtttctaaatattatgtttgtgatgt 3576923  T
Q  450 gatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
     ||| |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||    
T  3576924 catatgactttgacttaattgtttacgtgttcttctcatt 3576963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 165 - 489
Target Start/End: Original strand, 19728784 - 19729118
Alignment:
Q  165 gtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgt 264  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| || |||| |||||| | | |||||||||||||||||| |||||  |         
T  19728784 gtgtggtaccacattcatataggtcttaggattgagtccacatgcataaaatttgacgatgatttctgtttggtgaataagtgtaattgtgtgag----- 19728878  T
Q  265 aacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgactat---------------tttagaattgaattgtgacattgtgtttg 349  Q
     |||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||               |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  19728879 -acgatgaagatgattatctgttgatgttcttatgaagatggttattggtgactatatgttttgtgacttgtttgaaattgaattgtgacattgtgtttg 19728977  T
Q  350 tgaagatttt-ggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgatg 448  Q
    ||||| |||| ||||||||  | ||||||||||||| || | || ||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||  ||||| |||| ||||||    
T  19728978 tgaagttttttggttcttaagctgtaatgatattttctactaatatggattgagatgatataatatattcttcaaggttctagatattatgtttgtgatg 19729077  T
Q  449 tgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||    
T  19729078 tgatatgactttgacttaattgcttatgtgttcttctcatt 19729118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 91 - 212
Target Start/End: Original strand, 15873344 - 15873465
Alignment:
Q  91 aagtccagtaacatatctctggtaacc-atgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatc 189  Q
    |||||||||||||||||||||  || | ||| |||||||||| || ||| ||||||||| | |||||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||    
T  15873344 aagtccagtaacatatctctgacaaactatgatgagaaaagtccagtaacataactctggctaaatgatgagtaggagtggtaccacaatcatataggtc 15873443  T
Q  190 -ttaggactgagtccatatgcata 212  Q
     ||||||  |||||||||||||||    
T  15873444 gttagga--gagtccatatgcata 15873465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 49 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 6821229 - 6821130
Alignment:
Q  49 gagaaaagttcaataaaatatttctggcaaccatgttgagaaaagtccagtaacatatctctggtaaccatgttgagaaaagttcaataatataactctg 148  Q
    ||||||| | || ||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||  ||| |||||||||||||| || ||| ||| |||||    
T  6821229 gagaaaattccagtaacatacttctgacaactatgttgagaaaagtccagtaacatacttctgacaactatgttgagaaaagtccagtaacatatctctg 6821130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 127 - 186
Target Start/End: Original strand, 16285528 - 16285587
Alignment:
Q  127 aaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatag 186  Q
    ||||| || ||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16285528 aaagtccagtaacataactctggcaaaatgacgagtaggtgtggtaccacattcatatag 16285587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 168 - 211
Target Start/End: Original strand, 18557654 - 18557697
Alignment:
Q  168 tggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcat 211  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  18557654 tggtaccacattcatataggtcttaggaatgagtccatatgcat 18557697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 127 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 11555636 - 11555579
Alignment:
Q  127 aaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatat 184  Q
    ||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  11555636 aaagtccagtaacataactctggcaaaatgatgagtaggtgtggtaccgcattcatat 11555579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 9564058 - 9563987
Alignment:
Q  91 aagtccagtaacatatctctggtaacc-atgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgag 161  Q
    |||| ||||||||||||||||| || | |||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  9564058 aagtacagtaacatatctctggcaaactatgacgagaaaagttcagtaacataactctgacaaaatgttgag 9563987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 148; Significance: 7e-78; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 86 - 489
Target Start/End: Original strand, 35922692 - 35923098
Alignment:
Q  86 gagaaaagtccagtaacatatctctggtaaccatgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatata 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  35922692 gagaaaagtccagtaacatatctctggcaactatgttgagaaaagtccagtaataaaactctggcaaaacgatgagtagatgtggtaccacattcatata 35922791  T
Q  186 gatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgtaacgacgaaggtgattatctg 285  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||             ||||||  |||| ||||||| |||||||    
T  35922792 ggtcttaggactgagtccatatgcataaaaattgatgatgatttgtatttggtg--taa------------ttgtgtgacacgatgaaggtgtttatctg 35922877  T
Q  286 ttgaggttcttatgaagattgttattggtgac---------------tattttagaattgaattgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttattc 370  Q
    |||| ||||||||||||||  |||||||||||               |||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||       
T  35922878 ttgatgttcttatgaagatgattattggtgactatatgtgttgtgattattttggaattgaattatgacatcgtgttagtgaagattttgattcttacga 35922977  T
Q  371 cgtaatgata--ttttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtgatacgactttaacttaat 468  Q
     |||||||||  ||||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  35922978 tgtaatgatattttttttactaatgtggattgagttgatataatatattcttcaagattctgaatattatgtttgtgatgtgatacgactttgacttaat 35923077  T
Q  469 tgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
    |||||| |||||| |||||||    
T  35923078 tgcttaggtgttcttctcatt 35923098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 165 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 23907492 - 23907166
Alignment:
Q  165 gtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgt 264  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |         
T  23907492 gtgtggtactacattcatataggtcttaggaatgagtccatatgcataaaatttgacgatgatttgtatttggtgaataagtgtaattgtgtgag----- 23907398  T
Q  265 aacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgactat---------------tttagaattgaattgtgacattgtgtttg 349  Q
     |||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||               ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23907397 -acgatgaaggtgattatcttttgatgttcttatgaagatggttattggtgactatatgtcttgtgactagtttggaattgaattgtgacattgtgtttg 23907299  T
Q  350 tgaagatttt-ggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgatg 448  Q
    ||||| |||| ||||||||  | ||||||||||||| || | || ||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  23907298 tgaagctttttggttcttaagctgtaatgatattttctactaatatggattaagatgatatagtatattcttcaaggttctgaatattatgtttgtgatg 23907199  T
Q  449 tgatacgactttaacttaattgcttacgtgttc 481  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||||| |||||    
T  23907198 tgataggactttgacttagttgcttacatgttc 23907166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 167 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 22521435 - 22521108
Alignment:
Q  167 gtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgtaa 266  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |      |    
T  22521435 gtggtaccacattcataaaggtcttaggactgagtccatatccataaaaattaatgatgatttgtatttggtgaataagtgtaactgtgtgag------a 22521342  T
Q  267 cgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgactat---------------tttagaattgaattgtgacattgtgtttgtg 351  Q
    ||| |||||||||||| |||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||               ||| ||||| ||||||| ||||||| |||||    
T  22521341 cgatgaaggtgattatatgttaatgttcttataaagatggttattggtgactatatgtgttgtgactattttggaattaaattgtggcattgtgcttgtg 22521242  T
Q  352 aagattttggttcttattccgtaatgatatttttt----attgatgtggattgcgttgatatagtatatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgat 447  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||||||    ||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| | |||||  |||| |||||    
T  22521241 aagattttggttcttatgatgtaatgatatttttttttcattaatgtggattgagttgatctagtatattcttcaaggttttaaatatcatgtttgtgat 22521142  T
Q  448 gtgatacgactttaacttaattgcttacgtgttc 481  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  22521141 gtgatacgactttgacttaattgcttacatgttc 22521108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 165 - 489
Target Start/End: Original strand, 23247574 - 23247901
Alignment:
Q  165 gtgtggtaccacattcatatagatcttaggact-gagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtg 263  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||  |        
T  23247574 gtgtggtaccacattcatataggtcttaggaattgagtccatatgcataaaatttgatgatgatttgtatttggcgaataagtgtaattgtgtgag---- 23247669  T
Q  264 taacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgacta------------ttttagaattgaattgtgacattgtgtttgtg 351  Q
      | || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||            |||| ||||||||||||||| | |||||||||    
T  23247670 --atgatgaaggtgattatctgttgatgttcttatgatgatggttattggtgactaatgttttgactattttggaattgaattgtgacgtggtgtttgtg 23247767  T
Q  352 aagattttggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtga 451  Q
    || ||||||||||||||   |||||||||||||||| | |||||||||     |||||||||||| |||| ||||| | |||||| |||| ||||| |||    
T  23247768 aaaattttggttcttatgatgtaatgatattttttactaatgtggattc----gatatagtatattcttctaggttgtaaatattatgtttgtgatatga 23247863  T
Q  452 tacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
    ||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||    
T  23247864 tacaactttgacttaatttcttacatgttcttctcatt 23247901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 313 - 489
Target Start/End: Original strand, 39527712 - 39527889
Alignment:
Q  313 gtgactattttagaattgaattgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttattccgtaatgatat-tttttattgatgtggattgcgttgatatag 411  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||| |||||||| ||||||| || | |||||||     
T  39527712 gtgactcttttggaattgaattgtgacgttgtgtttgtgaagattttggttcttatgttgtaattatatgtttttattaatgtggaatgagctgatataa 39527811  T
Q  412 tatatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||| |||| | ||||||||||   ||| |||||||||| || |||||| |||||||    
T  39527812 tatattcttcaaagttttgaatattatgtttgggatgtgatacagttttgacttaattgcctatgtgttcttctcatt 39527889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 314 - 489
Target Start/End: Original strand, 23246825 - 23246996
Alignment:
Q  314 tgactattttagaattgaattgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagta 413  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||| | |||||||||     |||||||||    
T  23246825 tgactattttggaattgaattgtgacgtggtgtttgtgaaaattttggttcttatgatgtaatgatattttttactaatgtggattc----gatatagta 23246920  T
Q  414 tatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
    ||| |||| ||||| | |||||| |||| ||||| |||||| ||||| |||||||| ||||| || || |||||||    
T  23246921 tattcttctaggttgtaaatattatgtttgtgatatgatacaactttgacttaatttcttacatgctcttctcatt 23246996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 90 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 13361500 - 13361399
Alignment:
Q  90 aaagtccagtaacatatctctggtaacc-atgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaat-gatgagtaagtgtggtaccacattcatataga 187  Q
    |||||||||||||||| |||||| || | |||| ||||||||| || ||| ||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13361500 aaagtccagtaacatacctctggcaaactatgtagagaaaagtccagtaacataactctggcaaaattgaagagtaggtgtggtaccacattcatataga 13361401  T
Q  188 tc 189  Q
    ||    
T  13361400 tc 13361399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 186
Target Start/End: Original strand, 44586894 - 44586953
Alignment:
Q  127 aaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatag 186  Q
    ||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44586894 aaagtccagtaacataactctggcaaaatgatgagtaggtgtggtaccacattcatatag 44586953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 86 - 186
Target Start/End: Original strand, 32252530 - 32252633
Alignment:
Q  86 gagaaaagtccagtaacatat--ctctggtaaccatgttg-agaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcat 182  Q
    ||||||||||||||||||||   |||| | ||| |||| | |||||||| || |||||||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||| |||    
T  32252530 gagaaaagtccagtaacatacacctctcgaaactatgtgggagaaaagtccagtaatataactctgcaaaaatggtgagtaggtgtggtaccacatacat 32252629  T
Q  183 atag 186  Q
    ||||    
T  32252630 atag 32252633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 123 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 16858447 - 16858360
Alignment:
Q  123 gagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatc-ttaggactgagtccatatgcat 211  Q
    ||||||||| | |||| |||||| || |||||||| || || |||||||||||||||||||||| || ||||||  ||||||||||||||    
T  16858447 gagaaaagtccgataacataactttggcaaaatgacgaataggtgtggtaccacattcatataggtcgttagga--gagtccatatgcat 16858360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 21 - 101
Target Start/End: Original strand, 35922663 - 35922744
Alignment:
Q  21 ccagtaagatacttttggcaactatgttg-agaaaagttcaataaaatatttctggcaaccatgttgagaaaagtccagtaa 101  Q
    ||||||| |||||| ||| || ||||| | |||||||| || ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35922663 ccagtaacatacttctggaaattatgtgggagaaaagtccagtaacatatctctggcaactatgttgagaaaagtccagtaa 35922744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 91 - 186
Target Start/End: Original strand, 23656830 - 23656926
Alignment:
Q  91 aagtccagtaacatatctctggtaacc-atgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatag 186  Q
    ||||| ||||||||| |||||| || | ||| |||||||||  || ||| |||||||||  |||| |||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  23656830 aagtctagtaacatacctctggaaaactatgatgagaaaagcccagtaacataactctggaaaaacgatgagtaggagtggtaccacattcatatag 23656926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 91 - 176
Target Start/End: Original strand, 24724912 - 24724998
Alignment:
Q  91 aagtccagtaacatatctctggtaa-ccatgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccac 176  Q
    ||||||||||||||| |||||| || | ||| |||||||||| || ||| |||||| |||||| ||| |||||| | ||||||||||    
T  24724912 aagtccagtaacatacctctggcaagctatgatgagaaaagtccagtaacataactttgacaatatggtgagtaggagtggtaccac 24724998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 166 - 211
Target Start/End: Original strand, 18988136 - 18988180
Alignment:
Q  166 tgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcat 211  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  18988136 tgtggtaccacattcatataggtcttagga-tgactccatatgcat 18988180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 250
Target Start/End: Original strand, 23246698 - 23246751
Alignment:
Q  197 tgagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaa 250  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  23246698 tgagtccatatgtataaaatttgatgatgatttgtgtttggcgaataagtgtaa 23246751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 125; Significance: 4e-64; HSPs: 1)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 165 - 487
Target Start/End: Original strand, 18453 - 18784
Alignment:
Q  165 gtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgt 264  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||  |         
T  18453 gtgtggtacgacattcatataggtcttaggactgagtccatatgcataaaaattgatgatgatttgtatttgacgaataagtgtaattgtgtgag----- 18547  T
Q  265 aacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgactat---------------tttagaattgaattgtgacattgtgtttg 349  Q
     | || |||||||| |||||||||| |||||||||  ||| |||||| ||||||||               ||| |||||||||| ||||||  || |||    
T  18548 -atgatgaaggtgactatctgttgatgttcttatggcgatggttattagtgactatatatgttttgactattttggaattgaattatgacatgctgattg 18646  T
Q  350 tgaagattttggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgt 449  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||||||||||| | ||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| |||| |||||||    
T  18647 tgaagattttggttcttatgatgtaatgatattttttactaatgtggaatgagttgatatagtatattcttctaggttctaaatattatgtttgtgatgt 18746  T
Q  450 gatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctca 487  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18747 gatacgactttaacttaattgcttacgtgttcttctca 18784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 109; Significance: 1e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 165 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 141962 - 141627
Alignment:
Q  165 gtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgt 264  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || |||| |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||  |         
T  141962 gtgtggtaccacattcatataggtcttaggactgagtccatttgcataaaatttgacgatgatttgtgtttggtgaataagtgtaattgtgtgag----- 141868  T
Q  265 aacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgactat---------------tttagaattgaattgtgacattgtgttt- 348  Q
     |||| |||| ||||||| |||||  |||||||||||||| ||||| |||||||||               |||  |||||||||||||||||||||||     
T  141867 -acgatgaagatgattatttgttgttgttcttatgaagatggttatcggtgactatatcttttgtgacttgtttgaaattgaattgtgacattgtgtttt 141769  T
Q  349 gtgaagatttt-ggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgat 447  Q
    |||||| |||| ||||||||  | ||||||||||||| || | || ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||    
T  141768 gtgaaggtttttggttcttaagctgtaatgatattttctactaatatggattgagatgatatagtatattcttcaaggttctggatattatgtttgtgat 141669  T
Q  448 gtgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  141668 gtgatatgactttgacttaattgcttacgtgttcttctcatt 141627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 106; Significance: 8e-53; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 165 - 489
Target Start/End: Original strand, 17862583 - 17862918
Alignment:
Q  165 gtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgt 264  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||  |         
T  17862583 gtgtggtaccacattcatataggtcttaggactgagtccatatgcataaaatttgacgatgatttgtgtttggtgaataggtgtaattgtgtgag----- 17862677  T
Q  265 aacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgactat---------------tttagaattgaattgtgacattgtgtttg 349  Q
     |||| | || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||               |||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  17862678 -acgatgtagatgattatctgttgatgttcttatgaagatggttattggttactatatgttttgtgacttgtttgaaattgaattatgacattgtgtttg 17862776  T
Q  350 tgaagatttt--ggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgat 447  Q
    ||||| ||||  ||||||||  | | ||||||||||| || | || ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| | ||| |||| |||||    
T  17862777 tgaagtttttttggttcttaagctgaaatgatattttctactaatatggattgagatgatatagtatattcttcaaggttctggagattatgtttgtgat 17862876  T
Q  448 gtgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  17862877 gtgatatgactttgacttaattgcttacgtgttcttctcatt 17862918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0170 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 1)
Name: scaffold0170
Description:

Target: scaffold0170; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 165 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 16954 - 16637
Alignment:
Q  165 gtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgt 264  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| || |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |         
T  16954 gtgtggtaccacattcatataggtcttagaaatgagtccatatgcataaaatttgacgatgatttgtatttggtgaataagtgtaattgtgtgag----- 16860  T
Q  265 aacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgactat-----------------tttagaattgaattgtgacattgtgtt 347  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||                 ||| ||||||||||||| |||| || |    
T  16859 -acgacgaaggtgattatctgttgatgttcttatgaagatggttattggtgattatatatgtgttgtgactagtttggaattgaattgtgtcattatggt 16761  T
Q  348 tgtgaagatttt-ggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatacttcaaggttctgaatattgtgttagtga 446  Q
    ||||||| |||| ||||||||    ||||||||||||| || | || ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  16760 tgtgaagctttttggttcttaagttgtaatgatattttctactaatatggattgagatgatatagtatattcttcaaggttctgaatattatgtttgtga 16661  T
Q  447 tgtgatacgactttaacttaattg 470  Q
    ||| |||||||||| |||||||||    
T  16660 tgttatacgactttgacttaattg 16637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1043 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold1043
Description:

Target: scaffold1043; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 165 - 489
Target Start/End: Original strand, 1764 - 2098
Alignment:
Q  165 gtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgtctgtgtgt 264  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||| |||||||||||||| ||| |||||  |         
T  1764 gtgtggtaccacattcatataggtcttaggactgagtccatatgcataaaatttgacgatgatttgtgtttggtgaataagtataattgtgttag----- 1858  T
Q  265 aacgacgaaggtgattatctgttgaggttcttatgaagattgttattggtgactat---------------tttagaattgaattgtgacattgtgtttg 349  Q
     |||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||               |||  |||||||||||||||||||||||     
T  1859 -acgatgaagatgattatatgttgatgttcttatgaagatgattattggtgactatatgttttgtgacttatttgaaattgaattgtgacattgtgttta 1957  T
Q  350 tgaagatttt-ggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgatg 448  Q
    ||||| |||| ||||||||  |  |||||||||||| || | || |||| || | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  1958 tgaagttttttggttcttaagctataatgatattttctactaatatggaatgagatgatatagtatattcttcaaggttctggatattatgtttgtgatg 2057  T
Q  449 tgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
    ||||| |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2058 tgatatgactttgacttaattgcgtacgtgttcttctcatt 2098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 314 - 489
Target Start/End: Original strand, 3089772 - 3089948
Alignment:
Q  314 tgactattttagaattgaattgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttattccgtaatgatatttttt-attgatgtggattgcgttgatatagt 412  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||| | | |||||||||| |||||||||||    
T  3089772 tgactattttggaatcgaattgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcctatgttgtaatgatatttttttactaatgtggattgagttgatatagt 3089871  T
Q  413 atatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
     ||| |||||||||||| |||||| |||| |  ||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||    
T  3089872 ttattcttcaaggttctaaatattatgtttggtatgtgatacaacattgacttaattgcttacgtgttcttctcatt 3089948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 150 - 256
Target Start/End: Original strand, 3089569 - 3089675
Alignment:
Q  150 caaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgta 249  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3089569 caaaacgatgagtaggtctggtaccacattcatataggtcttaggtctgagtccatatgcataaaaattgatgatgatttgtatttggtgaataagtgta 3089668  T
Q  250 actgtgt 256  Q
    | |||||    
T  3089669 attgtgt 3089675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 351 - 478
Target Start/End: Original strand, 33571607 - 33571733
Alignment:
Q  351 gaagattttggttcttattccgtaatgatattttttattgatgtggattgcgttgatatagtatatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtg 450  Q
    ||||||||||||||||||   | |||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| |||| ||||||||    
T  33571607 gaagattttggttcttatgttgaaatgatattttttact-atgtggattgagttgatatagtatattcttcaatgttctaaatattatgtttgtgatgtg 33571705  T
Q  451 atacgactttaacttaattgcttacgtg 478  Q
    ||| |||| | ||||||||||| |||||    
T  33571706 atatgactgttacttaattgctgacgtg 33571733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 165 - 225
Target Start/End: Original strand, 16074830 - 16074890
Alignment:
Q  165 gtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatgatg 225  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||    
T  16074830 gtgtggtaccacatgcatataggtcttaggactgagtccatatgcataaaatttgacgatg 16074890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 186
Target Start/End: Original strand, 4532170 - 4532266
Alignment:
Q  91 aagtccagtaacatatctctggtaacc-atgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatag 186  Q
    ||||| ||||||||| |||||| || | ||| |||||||||| || ||| |||||| || |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  4532170 aagtctagtaacatacctctggcaaactatgatgagaaaagtccagtaacataactatggcaaaatgatgagtaggagtggtaccacaatcatatag 4532266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 127 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 11655149 - 11655090
Alignment:
Q  127 aaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatag 186  Q
    ||||| |||||| |||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11655149 aaagtccaataacataactttggcaaaatgacgagtaggtgtggtaccacattcatatag 11655090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 127 - 186
Target Start/End: Original strand, 13477928 - 13477987
Alignment:
Q  127 aaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatag 186  Q
    ||||| || ||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13477928 aaagtccagtaacataactctggaaaaatgatgagtaggtgtggtaccacattcatatag 13477987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 183
Target Start/End: Original strand, 37946273 - 37946368
Alignment:
Q  90 aaagtccagtaacatatctctggtaacc-atgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatg-atgagtaagtgtggtaccacattcata 183  Q
    |||||||| ||||||| |||||  || | |||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||    
T  37946273 aaagtccaataacatacctctgacaaactatgtagagaaaagtccaataacataactctggcaaaatggaagagtaggtgtgttaccacattcata 37946368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 64; Significance: 9e-28; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 314 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 19019386 - 19019204
Alignment:
Q  314 tgactattttagaattgaattgtgacattg-tgtttgtgaagattttggttcttattccgtaatgata------ttttttattgatgtggattgcgttga 406  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||   |||||||||      ||||||| | |||||||||| ||| |    
T  19019386 tgactattttggaattgaattgtaacattggtgtttatgaagattttggttcttatgttgtaatgatactttttttttttactaatgtggattgagttta 19019287  T
Q  407 tatagtatatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtgatacgactttaacttaattgcttacgtgttcatctcatt 489  Q
     ||||||||| |||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||| | | || ||||||||||||| ||| |||||||    
T  19019286 gatagtatattcttcaaggttttaaatattatgtttgtgatgtgatacgattatgacgtaattgcttacgtattcttctcatt 19019204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 165 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 19019504 - 19019413
Alignment:
Q  165 gtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcatacaaattgatgatgatctgtatttggtgaataagtgtaactgtgt 256  Q
    |||| ||||||||||||||||| |  ||||| | ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  19019504 gtgtagtaccacattcatataggtaataggatttagtccatatacataaaaattgatgatgatttgtatatgatgaataagtgtaactgtgt 19019413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 122 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 13935423 - 13935351
Alignment:
Q  122 tgagaaaagttcaataatataactctgacaaa--atgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatctta 192  Q
    |||||||| | || ||| ||||||||||||||  ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13935423 tgagaaaaatccagtaacataactctgacaaactatgactagtaggtgtggtaccacattcatatagatctta 13935351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 127 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 24615019 - 24614936
Alignment:
Q  127 aaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatc-ttaggactgagtccatatgcat 211  Q
    ||||| || ||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||  |||||||||||| || ||||||  ||||||||||||||    
T  24615019 aaagtccagtaacataactctggcaaaatgacgagtaggtgtggtatgacattcatataggtcgttagga--gagtccatatgcat 24614936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 127 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 24711417 - 24711334
Alignment:
Q  127 aaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatc-ttaggactgagtccatatgcat 211  Q
    ||||| || ||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||  |||||||||||| || ||||||  ||||||||||||||    
T  24711417 aaagtccagtaacataactctggcaaaatgacgagtaggtgtggtatgacattcatataggtcgttagga--gagtccatatgcat 24711334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 127 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 24744413 - 24744330
Alignment:
Q  127 aaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatc-ttaggactgagtccatatgcat 211  Q
    ||||| || ||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||  |||||||||||| || ||||||  ||||||||||||||    
T  24744413 aaagtccagtaacataactctggcaaaatgacgagtaggtgtggtatgacattcatataggtcgttagga--gagtccatatgcat 24744330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 127 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 24757179 - 24757096
Alignment:
Q  127 aaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatc-ttaggactgagtccatatgcat 211  Q
    ||||| || ||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||  |||||||||||| || ||||||  ||||||||||||||    
T  24757179 aaagtccagtaacataactctggcaaaatgacgagtaggtgtggtatgacattcatataggtcgttagga--gagtccatatgcat 24757096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 49; Significance: 8e-19; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 91 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 21974904 - 21974783
Alignment:
Q  91 aagtccagtaacatatctctggtaacc-atgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatc 189  Q
    |||||||||||||||||||||| || | ||| |||||||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||| |||||||| ||    
T  21974904 aagtccagtaacatatctctggcaaactatgatgagaaaagtccagtaacataactctggcaaaatgatgagtaggagttgtaccacaatcatataggtc 21974805  T
Q  190 -ttaggactgagtccatatgcata 212  Q
     ||||||  |||||||||||||||    
T  21974804 gttagga--gagtccatatgcata 21974783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 91 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 21997335 - 21997214
Alignment:
Q  91 aagtccagtaacatatctctggtaacc-atgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatc 189  Q
    |||||||||||||||||||||| || | ||| |||||||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||| |||||||| ||    
T  21997335 aagtccagtaacatatctctggcaaactatgatgagaaaagtccagtaacataactctggcaaaatgatgagtaggagttgtaccacaatcatataggtc 21997236  T
Q  190 -ttaggactgagtccatatgcata 212  Q
     ||||||  |||||||||||||||    
T  21997235 gttagga--gagtccatatgcata 21997214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 91 - 186
Target Start/End: Original strand, 13929182 - 13929278
Alignment:
Q  91 aagtccagtaacatatctctggtaacc-atgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatag 186  Q
    ||||||||||||||| |||||| || | ||| |||||||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| || |||||    
T  13929182 aagtccagtaacatacctctggcaaactatgatgagaaaagtccagtaacataactctggcaaaatgatgagtaggagtggtaccacaatcttatag 13929278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 91 - 186
Target Start/End: Original strand, 16363042 - 16363136
Alignment:
Q  91 aagtccagtaacatatctctggtaacc-atgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatag 186  Q
    |||||||||||||||||||||| || | ||| |||||||||| || ||| |  |||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  16363042 aagtccagtaacatatctctggcaaactatgatgagaaaagtccattaaca--actctggcaaaatgatgagtaggagtggtaccacaatcatatag 16363136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 94 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 22159475 - 22159383
Alignment:
Q  94 tccagtaacatatctctggtaacc-atgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatag 186  Q
    ||||||||||||||||||| || | ||| |||||||||| || ||| ||||||||| | |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  22159475 tccagtaacatatctctggcaaactatgatgagaaaagt-cagtaacataactctggcgaaatgatgagtatgagtggtaccacaatcatatag 22159383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 310 - 454
Target Start/End: Original strand, 1767200 - 1767347
Alignment:
Q  310 ttggtgactattttagaattgaattgtgacattgtgtttgtgaagattttggttcttattccgtaatga----tattttttattgatgtggattgcgttg 405  Q
    ||||| |||||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||   |||||||    | ||||||| | ||||| |||| | ||    
T  1767200 ttggtaactattttgga-ttgacttgtaacattgtgtttgtgaagattttgatttttatgttgtaatgatttttcttttttactaatgtgaattgagctg 1767298  T
Q  406 atatagtatatacttcaaggttctgaatattgtgttagtgatgtgatac 454  Q
    | ||||||||| ||| |||||| |||||||| |||| || |||||||||    
T  1767299 aaatagtatattctttaaggttttgaatattatgtttgtaatgtgatac 1767347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1001 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold1001
Description:

Target: scaffold1001; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 137 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 1054 - 1005
Alignment:
Q  137 aatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatag 186  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1054 aatataactctgacaaaatgacgagtaggtgtggtaccacattcatatag 1005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0385 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0385
Description:

Target: scaffold0385; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 13892 - 13773
Alignment:
Q  91 aagtccagtaacatatctctggtaacc-atgttgagaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatc 189  Q
    |||||||||||||||||||||| || | ||| |||||||||| || ||| |  |||||| |||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  13892 aagtccagtaacatatctctggcaaactatgatgagaaaagtccattaaca--actctggcaaaatgatgagtaggagtggtaccacaatcatatagatc 13795  T
Q  190 -ttaggactgagtccatatgcata 212  Q
     ||||||  |||| ||||||||||    
T  13794 gttagga--gagtacatatgcata 13773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0094 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0094
Description:

Target: scaffold0094; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 165 - 211
Target Start/End: Original strand, 5426 - 5472
Alignment:
Q  165 gtgtggtaccacattcatatagatcttaggactgagtccatatgcat 211  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  5426 gtgtggtaccacattcatataggtcttaggaatgagtccatatgcat 5472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 86 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 40797 - 40696
Alignment:
Q  86 gagaaaagtccagtaacatatctctggtaaccatgttga-gaaaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatat 184  Q
    |||||||||||| ||||||| |||| | ||| |||| |  ||||||| || ||||||||||||  ||||||| | ||||  |||||||||||||||||||    
T  40797 gagaaaagtccaataacatacctctagcaactatgtgggtgaaaagtccagtaatataactctagcaaaatggtaagtagatgtggtaccacattcatat 40698  T
Q  185 ag 186  Q
    ||    
T  40697 ag 40696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0145 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0145
Description:

Target: scaffold0145; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 12188 - 12129
Alignment:
Q  127 aaagttcaataatataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatag 186  Q
    ||||| || ||| ||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  12188 aaagtccagtaacataactctggcaaaatgacgagtaggtttggtaccacattcatatag 12129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0092 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0092
Description:

Target: scaffold0092; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 140 - 212
Target Start/End: Original strand, 20110 - 20181
Alignment:
Q  140 ataactctgacaaaatgatgagtaagtgtggtaccacattcatatagatc-ttaggactgagtccatatgcata 212  Q
    ||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||| || || ||||||  |||||||||||||||    
T  20110 ataactctggcaaaatgatgagtaggagtggtaccacaatcatacaggtcgttagga--gagtccatatgcata 20181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University