View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4698-Insertion-2 (Length: 1000)

Name: NF4698-Insertion-2
Description: NF4698
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4698-Insertion-2
NF4698-Insertion-2
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (8-1000)||(41811850-41812846)
chr8 (133-834)||(41798804-41799511)
chr8 (258-837)||(41805194-41805766)
chr8 (836-909)||(41798708-41798781)
chr8 (911-999)||(41798581-41798673)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 926; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 926; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1000
Target Start/End: Complemental strand, 41812846 - 41811850
Alignment:
Q  8 cataatgccagtctgcttaataagttacatggaacaaaaaatttctatactgagcaaaacataaagaccccacttgtcactatgatactggaaaaattga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  41812846 cataatgccagtctgcttaataagttacatggaacaaaaaatttctatactgagcaaaacataaagaccccacttgtcactatgatactggaaaaatcga 41812747  T
Q  108 attatactagctcacttatccaaatttcaagagaagaacagaactaactctgctcatgatacaggaaaaatcaaattatacacacataccagtgttttta 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41812746 attatactagctcacttatccaaatttcaagagaagaacagaactaactctgctcacgatactggaaaaatcaaattatacacacataccagtgttttta 41812647  T
Q  208 aaacaaaagaatcaattcacagaaagaaaaaatgagctgattatatgctgaatcacgactatacctaactgggaaaatttgcataaaaaatatatgaaag 307  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41812646 aaacaaaagaatcaattcacagagagaaaaaatgagctgattatatgctgaatcacgactatacctaactgggaaaatttgcataaaaaatatatgaaag 41812547  T
Q  308 gatttaagctcctctctggcccctttgagtctttgagatgattcccttgagatagacattacactcgcggcgataatcaatcaacaaacagagctgcctg 407  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41812546 gatttaagcttctctctggcccctttgagtctttgagatgattcccttgagatagacattacactcgcggtgataatcaatcaacaaacagagctgcctg 41812447  T
Q  408 atggcctccctcttttcctctcccaaatccaacatgccttcctctttctcttttatcaacttctgtagctcttcaactgtcttcttaagttcatcaacag 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41812446 atggcctccctcttttcctctcccaaatccaatattccttcctctttctcttttatcaacttctgtagctcttcaactgtcttcttaagttcatcaacag 41812347  T
Q  508 ttgctgtcacattcatcttctctgattcctcctttcttgcctttgcctctagcttttcaacctctttctgcagagttgatccctcttcctttttaccctg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41812346 ttgctgtcacattcatcttctctgattcctcctttcttgcctttgcctctagcttttcaacctctttctgcagagttgatccctcttcctttttaccctg 41812247  T
Q  608 taactcctccaataaatggtttttatctgtctgtaactgccccttttccctactcatctcattgacagattcttttgcaacctgaagctcgtatgagatg 707  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41812246 caactcctccaataaatggtttttatctgtctgtaactgccccttttccctactcatctcattgacagattcttttgcaacctgaagctcgtatgagatg 41812147  T
Q  708 tttgagatgcggttctcataattattgcagtcatccgaaaatttagagcttatagtatctatcccagatatcatactgttgacacactttttaatacttg 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41812146 tttgagatgcggttctcataattattgcagtcatccgaaaatttagagcttatagtatctatcccagatatcatactgttgacacactttttaatacttg 41812047  T
Q  808 tgatagtttcatgaaaagcttcattgtcagtagcaatcctgtcttcaagtgctctctgaacttgctgaaacttctcttccaactttctaaagctctcttc 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  41812046 tgatagtttcatgaaaagcttcattgtcagtagcaatcctgtcttcaagtgctctctgaacttgctgaaacttttcttccacctttctaaagctctcttc 41811947  T
Q  908 ctcttggtttgacaggcaaagctttacctcaagattcatgacattttcaagc-aagagctgacctcatctcc-ttctct--caggtctcttttcagt 1000  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  41811946 ctcttggtttgacaggcaaagctttacctcaagattcatgacattttcaagcaaagagctgacctcatctcctttctcttccaggtctcttttcagt 41811850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 133 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 41799511 - 41798804
Alignment:
Q  133 ttcaagagaagaacagaactaactctgctcatgatacaggaaaaat--caaattatacacacataccagtgtttttaaaacaaaa-------gaatcaat 223  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||||  |||||||||||||||  |   ||||| ||||||||||       ||||||||    
T  41799511 ttcaagagaagaacaggactaactctgctcatgatatggggaaaatatcaaattatacacacactca--tgtttgtaaaacaaaaaacaaaagaatcaat 41799414  T
Q  224 tcacagaaagaaaaaatgagctgattatatgctgaatcacgactatacctaactgggaaaatttgcataaaaaa-tatatgaaaggatttaagctcctct 322  Q
    |||||||||  ||| |||||||  ||||||    |||||| ||  |||||||||||  ||| ||| |||||||| ||||   ||||| ||| ||| ||||    
T  41799413 tcacagaaa--aaatatgagctatttatatatcaaatcacaacattacctaactggacaaagttgaataaaaaaatatacagaaggacttatgctgctct 41799316  T
Q  323 ctggcccctttgagtctttgagatgattcccttgagatagacattacactcgcggcgataatcaatcaacaaacagagctgcctgatggcctccctcttt 422  Q
    |||||||||  | |||||||| |||||| ||||||||  | || ||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41799315 ctggcccctgcgtgtctttgatatgatttccttgagacggtcactactctcacggtgataatcaatccacaaacagagctgcctgatggcctccctcttt 41799216  T
Q  423 tcctctcccaaatccaacatgccttcctctttctcttttatcaacttctgtagctcttcaactgtcttcttaagttcatcaacagttgctgtcacattca 522  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  41799215 tcctctcccaaatccaatatgccttcctctttctctttcatcgacttctctagctctccaactgtcttcttaagttcaacaacagttgctgtcacattca 41799116  T
Q  523 tcttctctgattcctcctttcttgcctttgcctctagcttttcaacctctttctgcagagttgatccctcttcctttttaccctgtaactcctccaataa 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| || |  ||||||| || || |||||||||||||||| |  ||||| || ||    
T  41799115 tcttctctgattcctcctttcttgccttcacctctagcttctcaaccttttccctcagagttaattccccttcctttttaccctgcagttcctctaacaa 41799016  T
Q  623 atggtttttatctgtctgtaactgccccttttccctactcatctcattgacagattcttttgcaacctgaagctcgtatgagatgtttgagatgcggttc 722  Q
    |   | ||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||  ||||    
T  41799015 acaatctttatctctctgtaactgccccttcaccctattcatcttgctgacagattcttttgcaacctgaagctcatgggagatgtttgatatgtagttc 41798916  T
Q  723 tcataattattgcagtcatccgaaaatttagagcttatagtatctatcccagatatcatactgttgacacactttttaatacttgtgatagtttcatgaa 822  Q
    |||| ||| ||||  || || ||||||||   ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  41798915 tcatgatttttgctttcgtcggaaaatttccggctcaaagtatctatcccagatatcacactgttgacacacactttaacacttgtgatagtttcatgaa 41798816  T
Q  823 aagcttcattgt 834  Q
    ||||||||||||    
T  41798815 aagcttcattgt 41798804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 258 - 837
Target Start/End: Complemental strand, 41805766 - 41805194
Alignment:
Q  258 aatcacgactatacctaactgggaaaatttgcataaaaaatatatgaaaggatttaagctcctctctggcccctttgagtctttgagatgattcccttga 357  Q
    |||||||||  ||||||| |||  ||| |||||||||||| ||||  | || || |  || ||||||||||||   |||||||||| |||| | |||| |    
T  41805766 aatcacgacagtacctaattggacaaagttgcataaaaaaaatatagatgggttcacactgctctctggccccggcgagtctttgatatgaattccttta 41805667  T
Q  358 gatagacattacactcgcggcgataatcaatcaacaaacagagctgcctgatggcctccctcttttcctctcccaaatccaacatgccttcctctttctc 457  Q
    ||||| |||| | ||| | | |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |||||||||||    
T  41805666 gatagtcattgcgctccctgtgataatcaatccgcaaacaaagctgcctgatggcctccctcttttcctctcccaagttcaacataccctcctctttctc 41805567  T
Q  458 ttttatcaacttctgtagctcttcaactgtcttcttaagttcatcaacagttgctgtcacattcatcttctctga-ttcctcctttcttgcctttgcctc 556  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  41805566 ttccatcaacttctctagctcttcaactctcttcttaagttcaacaacaattgttgtcacattcatcttctctgatttccccctttcttgcctttgcctc 41805467  T
Q  557 tagcttttcaacctctttctgcagagttgatccctcttcctttttaccctgtaactcctccaataaatgg-tttttatctgtctgtaactgccccttttc 655  Q
    |||||||||||||| || |  ||||||| || |||||||| |||||||||| | ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41805466 tagcttttcaaccttttccctcagagttaattcctcttcccttttaccctgcagctcctccaacaaatggttttttatctgtctgtaactgcctcttttc 41805367  T
Q  656 cctactcatctcattgacagattcttttgcaacctgaagctcgtatgagatgtttgagatgcggttctcataattattgcagtcatccgaaaatttagag 755  Q
    | |  |||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||  |||       ||||||||||||||||  ||| |||  |   ||  |||| ||  ||    
T  41805366 cttgttcatcttattgatatattcttttgtaacctgaagctc--atg-------tgagatgcggttctcaatatttttgtggatgtcaaaaaaatttaag 41805276  T
Q  756 cttatagtatctatcccagatatcatactgttgacacactttttaatacttgtgatagtttcatgaaaagcttcattgtcag 837  Q
    |||| |||||| || |||||||||| ||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41805275 cttacagtatcgattccagatatcacactgttgaaccactctttagtacttgtgatagtttcatgaaaagcttcattgtcag 41805194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 836 - 909
Target Start/End: Complemental strand, 41798781 - 41798708
Alignment:
Q  836 agtagcaatcctgtcttcaagtgctctctgaacttgctgaaacttctc-ttccaactttctaaagctctcttcct 909  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  41798781 agtagcaatcctgtcttcaagttctctctgaacttgctgaaac-tctcgttccgcctttctaaagctctcttcct 41798708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 911 - 999
Target Start/End: Complemental strand, 41798673 - 41798581
Alignment:
Q  911 ttggtttgacaggcaaagctttacctcaagattcatgacattttcaagc-aagagctgacctcatctcc-ttctct--caggtctcttttcag 999  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||| ||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  41798673 ttggtttgacaggcgaagctttacctcaagattcctgacattctcaaacaaagtgctaacctcatctcctttctcttccaggtctcttttcag 41798581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University