View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4699-Insertion-9 (Length: 617)

Name: NF4699-Insertion-9
Description: NF4699
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4699-Insertion-9
NF4699-Insertion-9
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (12-597)||(36314145-36314733)
[»] chr8 (29 HSPs)
chr8 (17-495)||(19503674-19504134)
chr8 (17-479)||(19345209-19345653)
chr8 (14-444)||(19410817-19411229)
chr8 (182-493)||(19355714-19356022)
chr8 (164-479)||(19376801-19377113)
chr8 (158-447)||(19404923-19405209)
chr8 (169-493)||(19337681-19337996)
chr8 (14-442)||(19592167-19592574)
chr8 (14-442)||(19540124-19540531)
chr8 (158-444)||(19555171-19555454)
chr8 (14-429)||(19469213-19469607)
chr8 (14-284)||(19457836-19458091)
chr8 (14-284)||(19522987-19523242)
chr8 (12-255)||(19390618-19390864)
chr8 (322-444)||(19390951-19391073)
chr8 (158-281)||(19468410-19468533)
chr8 (17-106)||(19337493-19337582)
chr8 (173-255)||(19172660-19172742)
chr8 (170-268)||(19287901-19287999)
chr8 (322-447)||(19172474-19172599)
chr8 (29-106)||(19355525-19355602)
chr8 (12-75)||(19468610-19468673)
chr8 (12-75)||(19555531-19555594)
chr8 (368-495)||(19450666-19450793)
chr8 (368-495)||(19530283-19530410)
chr8 (14-75)||(19404785-19404846)
chr8 (12-88)||(19172821-19172897)
chr8 (192-239)||(19371145-19371192)
chr8 (12-88)||(19287749-19287825)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (158-254)||(19543241-19543337)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 563; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 563; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 36314733 - 36314145
Alignment:
12 tgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagct 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
36314733 tgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatatgatgggagct 36314634  T
112 atcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36314633 atcctcgaagggcaagttaacaagtggtgttgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgc 36314534  T
212 caaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa---gcaaaatggacaatgcatcatcatatg 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||    
36314533 caaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaaaaagcaaaatggacaatgcatcatcatatg 36314434  T
309 aatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36314433 aatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatg 36314334  T
409 tgtattctattcatggaattcgacacaagatgttgatttagacagtcagggtaactttaacgtcttggtaatgccaacaaaatcagctctacgtaagtta 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36314333 tgtattctattcatggaattcgacacaagatgttgatttagacagtcagggtaactttaacgtcttggtaatgccaacaaaatcagctctacgtaagtta 36314234  T
509 taatatcattttaattagataggttcaaagtgattatttactgcttatttcaccgtagacatagccttccttcatactattagatacaa 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
36314233 taatatcattttaattagataggttcaaagtgattatttactgcttatttcaccgtagacatagccttccttcataccattagatacaa 36314145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 29)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 17 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 19504134 - 19503674
Alignment:
17 gttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcct 116  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| | ||| |||    
19504134 gttcaacgtatatatcagtacattattgtctctaacaagaatgaagattctttcgctttcgaagttaaagatgggaagtttgcacgatggcaactaacct 19504035  T
117 cgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaa 216  Q
    ||||||| | ||||  |   ||| ||||            |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
19504034 cgaaggggaggttagta---ggtcatga------------tggagagattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaa 19503950  T
217 atgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaat 316  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||  | ||||||||||| |  |   ||||||||| || | | ||||  | ||    
19503949 atgggaggaaataccaaattgtagggaaaatggtgaggtttttcagaaaattgcgggaacaccaaacgta---gacaatgcaacaacgtttgaacaggat 19503853  T
317 gtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattct 416  Q
    || | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||| |||| ||||  |||||||||| ||||||    
19503852 gtgacttatagttacagtgattgcaagattagatgttggagaaattgtaattgcaatggattccaggaattttatggtaatgggactggatgtatattct 19503753  T
417 attcatggaattcgacacaagatgttgatttagacagtcagggtaactttaacgtcttggtaatgccaacaaaatcagc 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||  ||||||  ||||||||||||   | |||||||||||    
19503752 attcatggaattcgacacaagatgttgatttggtgagtcagaataacttctacgtcttggtaaactctacaaaatcagc 19503674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 17 - 479
Target Start/End: Original strand, 19345209 - 19345653
Alignment:
17 gttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcct 116  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| | ||| |||    
19345209 gttcaacgtatatatcagtacattattgtctctaacaagaatgaagattctttcgctttcgaagttaaagatgggaagtttgcacgatggcaactaacct 19345308  T
117 cgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaa 216  Q
    |||| || | ||||  |   ||| ||||            |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
19345309 cgaacgggaggttagta---ggtcatga------------tggagatattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaa 19345393  T
217 atgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaat 316  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    | ||| ||| | ||   | |||||   ||    
19345394 atgggaggaaataccaaattgtagggaaaatggtgaggtttttcagaaaatggtgggaacaccaacc---ttagactatgaaacagtgtttgaattcgat 19345490  T
317 gtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattct 416  Q
    || | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||   ||||| |||| ||||  ||||||||||  |||||    
19345491 gtgacttatagttacagtgattgcaagattagatgttggagaaattgttattgcaatggattccaggaattttatggtaatgggactggatgtacattct 19345590  T
417 attcatggaattcgacacaagatgttgatttagacagtcagggtaactttaacgtcttggtaa 479  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||| |  ||||||  ||||||  ||||||||||||    
19345591 attcatggaattcaacacaatatgttgatttggtgagtcagaataacttctacgtcttggtaa 19345653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 14 - 444
Target Start/End: Original strand, 19410817 - 19411229
Alignment:
14 aatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctat 113  Q
    |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| ||||    
19410817 aatgttcaaagtaggtatcagtacattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactat 19410916  T
114 cctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgcca 213  Q
    |||||||||| ||||||  |   ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||    
19410917 cctcgaaggggaagttagta---ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgcca 19411001  T
214 aaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatgg 313  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||   || |||||| || || |||||||||      
19411002 aaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagc---atagacaattcaacaacatatgaattc 19411098  T
314 aatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtat 413  Q
     | || | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  |  ||  |||  |||| |||||||||||||||    
19411099 gacgtgacttatagttacagtgattgcaagatcagatgttggaaaaattgtagttgcaatggattccaactatattatagtaatatgactggatgtgtat 19411198  T
414 tctattcatggaattcgacacaagatgttga 444  Q
    ||  ||||||||||||||||||| |||||||    
19411199 tcctttcatggaattcgacacaatatgttga 19411229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 182 - 493
Target Start/End: Original strand, 19355714 - 19356022
Alignment:
182 tgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 281  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
19355714 tgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaaaggtgggaagaccaa 19355813  T
282 gcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgt 381  Q
      |||   ||||||||| || |   |||| |  |||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||      
19355814 ataaa---gacaatgcaacaactactgaaggtgatgtgaattatggttatagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtaattgctatggattcca 19355910  T
382 agaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcatggaattcgacacaagatgttgatttagacagtcagggtaactttaacgtcttggtaatg 481  Q
    |||||||||   |||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||   ||  ||||||| ||| |||||||| |    
19355911 agaattatacattaattttactggatgtatatactattcatggaattcaacacaagacgttgatttggacaaaaagaataacttttacgccttggtaaag 19356010  T
482 ccaacaaaatca 493  Q
    ||||||||||||    
19356011 ccaacaaaatca 19356022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 164 - 479
Target Start/End: Original strand, 19376801 - 19377113
Alignment:
164 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcaga 263  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| |    
19376801 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagtgatcgagggtgccaaaaatgggaggatataccagcttgcagggaacctggtgaggtgtttcaaa 19376900  T
264 aaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattg 363  Q
     ||||   |||| ||||| || |   |||||||||||| |   ||||  | |||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
19376901 gaaagactggaagaccaaacata---gacaatgcatcaaccattgaacaggatgtgacttatgtttacagtgattgcaagataagatgttggagaaattg 19376997  T
364 tagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcatggaattcgacacaagatgttgatttagacagtcagggtaac 463  Q
    || |||||||||||||  |||||| |||   |||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||| ||||    
19376998 taattgcaatggattccaagaattttatcgcaatgggactggatgtatattctattcatggaattcgacacaagatcttgatttggtgagtcaggataac 19377097  T
464 tttaacgtcttggtaa 479  Q
    ||| ||| ||||||||    
19377098 ttttacgccttggtaa 19377113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 158 - 447
Target Start/End: Original strand, 19404923 - 19405209
Alignment:
158 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 257  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
19404923 ggagatattggaaatgcagatatgtgttatggatataatagggacggagggtgccaaaagtgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtgt 19405022  T
258 ttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggag 357  Q
    ||||||  |||  ||||| ||||| ||  ||   |||||||||| |   |||| |  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
19405023 ttcagaggaagacgggaagaccaaacatcat---caatgcatcaactactgaaggtgatgtgaattatggttacagtgattgcaagatgagatgttggag 19405119  T
358 aaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcatggaattcgacacaagatgttgattt 447  Q
    |||||||| |||| ||||||||| |||| ||||   |||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| || |||||    
19405120 aaattgtaattgctatggattcgaagaactatacagtaattttactggatgtatatactattcatggaattcgacacaagacgtggattt 19405209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 169 - 493
Target Start/End: Original strand, 19337681 - 19337996
Alignment:
169 aaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 268  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
19337681 aaatgcagacatgtgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaatg 19337780  T
269 gtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagtt 368  Q
    ||||||| |||||  |||   ||||||||| || || |||||     ||  |   ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
19337781 gtgggaagaccaaataaa---gacaatgcaacaacagatgaacc---tgcta---atggttacgatgattgcaagatgagatgttggagaaattgtaatt 19337871  T
369 gcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcatggaattcgacacaagatgttgatttagacagtcagggtaactttaa 468  Q
    || ||||||||| |||||||||   |||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||   ||  ||||||| |    
19337872 gctatggattcgaagaattatacagtaattttactggatgtatatactattcatggaattcgacacaagacgttgatttggacaaaaagaataactttta 19337971  T
469 cgtcttggtaatgccaacaaaatca 493  Q
    || |||||||| |||||||||||||    
19337972 cgccttggtaaagccaacaaaatca 19337996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 14 - 442
Target Start/End: Original strand, 19592167 - 19592574
Alignment:
14 aatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctat 113  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||     
19592167 aatgttcaaaataggtatcagtacattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaa 19592266  T
114 cctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgcca 213  Q
     |||||| || | ||||  |   ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||||| |    ||||||| |||||    
19592267 tctcgaaagggaggttagta---ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatatagtg---atggaggatgcca 19592348  T
214 aaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatgg 313  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||  | ||||||||| || | | ||||  |    
19592349 aaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggcgggaacacca---aacgtagacaatgcaacaacgtttgaacag 19592445  T
314 aatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtat 413  Q
     |||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||  |||||  |||||||||  ||||||||||||||    
19592446 gatgtgacttatagttacagtgattgcaagattagatgttggagaaattgtaattgcagtgcattccaagaatattatgataatgggactggatgtgtat 19592545  T
414 tctattcatggaattcgacacaagatgtt 442  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||    
19592546 tccattcatggaattcgacacaatatgtt 19592574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 14 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 19540531 - 19540124
Alignment:
14 aatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctat 113  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||     
19540531 aatgttcaaaataggtatcagtacattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaa 19540432  T
114 cctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgcca 213  Q
     |||||| || | ||||  |   ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||||| |    ||||||| |||||    
19540431 tctcgaaagggaggttagta---ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatatagtg---atggaggatgcca 19540350  T
214 aaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatgg 313  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||   | |||||| || || | | ||||  |    
19540349 aaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgaggtgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca---ttgacaattcaacaacgtttgaagag 19540253  T
314 aatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtat 413  Q
     |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||  |||||  |||||||||  ||||||||||||||    
19540252 gatgtgacttatagttacagtgattgcaagatgagatgttggaaaaattgtaattgcagtgcattccaagaatattatgataatgggactggatgtgtat 19540153  T
414 tctattcatggaattcgacacaagatgtt 442  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||    
19540152 tccattcatggaattcgacacaatatgtt 19540124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 158 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 19555454 - 19555171
Alignment:
158 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 257  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
19555454 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19555355  T
258 ttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggag 357  Q
    |||||||||||| ||||| ||||   || || |||||| || || | |||||||   |||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||     
19555354 ttcagaaaaaggcgggaagacca---aacatagacaattcaacaacgtatgaattcgatgtgacttatagttacagtgattgcaagatgaaatgttggaa 19555258  T
358 aaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcatggaattcgacacaagatgttga 444  Q
    ||||||||||||||||||||||  |  ||  |||  |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||    
19555257 aaattgtagttgcaatggattccaactatattatagtaatatgactggatgtgtattcctttcatggaattcgacacaatatgttga 19555171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 14 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 19469607 - 19469213
Alignment:
14 aatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctat 113  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||     
19469607 aatgttcaaaataggtatcagtacattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaa 19469508  T
114 cctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgcca 213  Q
     |||||| || | ||||  |   ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||||| |    ||||||| |||||    
19469507 tctcgaaagggaggttagta---ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatatagtg---atggaggatgcca 19469426  T
214 aaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatgg 313  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||   || |||||| || || | | ||||  |    
19469425 aaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgaggtgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagc---attgacaattcaacaacgtttgaagag 19469329  T
314 aatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtat 413  Q
     |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||  |||||  |||||||||  ||||||||||||||    
19469328 gatgtgacttatagttacagtgattgcaagatgagatgttggaaaaattgtaattgcagtgcattccaagaatattatgataatgggactggatgtgtat 19469229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 14 - 284
Target Start/End: Original strand, 19457836 - 19458091
Alignment:
14 aatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctat 113  Q
    |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| ||||    
19457836 aatgttcaaagtaggtatcagtacattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactat 19457935  T
114 cctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgcca 213  Q
    |||||||||| ||||||  |   ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||    
19457936 cctcgaaggggaagttagta---ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgcca 19458020  T
214 aaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 284  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
19458021 aaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19458091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 14 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 19523242 - 19522987
Alignment:
14 aatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctat 113  Q
    |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| ||||    
19523242 aatgttcaaagtaggtatcagtacattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactat 19523143  T
114 cctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgcca 213  Q
    |||||||||| ||||||  |   ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||    
19523142 cctcgaaggggaagttagta---ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgcca 19523058  T
214 aaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 284  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
19523057 aaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19522987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 19390618 - 19390864
Alignment:
12 tgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagct 111  Q
    |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    |    
19390618 tgaatgttcaacgtatatatcaatacattattgtctctaacaaggatgaagattcttttgctttcgaagttaaagatgggaagtttatacgatggttcat 19390717  T
112 atcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatga---agacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggaggg 208  Q
      |||||||||| | ||||| ||||| ||||||   ||| | |  ||||| ||| ||||  ||||||||||  |||||||||||||||||  |||  |||    
19390718 tacctcgaaggggaggttaataagtgctgatgagggagagatttatagtgcagacattgctaatgcagataagtgttatggatataatagtgatgccggg 19390817  T
209 tgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggt 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
19390818 tgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaccctcgtgaggt 19390864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 322 - 444
Target Start/End: Original strand, 19390951 - 19391073
Alignment:
322 ttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattca 421  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||  |||||||||| |||||||||||    
19390951 ttatagttacagtgattgcaagatgagatgttggaaaaattgtagttgcaatggattccaagaattgtatgataatgggactggatgtatattctattca 19391050  T
422 tggaattcgacacaagatgttga 444  Q
    ||||||||||| ||| |||||||    
19391051 tggaattcgacgcaatatgttga 19391073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 158 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 19468533 - 19468410
Alignment:
158 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 257  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
19468533 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19468434  T
258 ttcagaaaaaggtgggaacaccaa 281  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
19468433 ttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19468410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 17 - 106
Target Start/End: Original strand, 19337493 - 19337582
Alignment:
17 gttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgg 106  Q
    ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
19337493 gttcaacgtatataccagtacattattgtgtctaacaaggatgaagattcttttgcttttgaagttaaagatgggaaatttatacgatgg 19337582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 173 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 19172742 - 19172660
Alignment:
173 gcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggt 255  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
19172742 gcagatatgtgttatggctataataccgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacctgcagggaacccggtgaggt 19172660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 170 - 268
Target Start/End: Original strand, 19287901 - 19287999
Alignment:
170 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 268  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
19287901 aatgcagataagtgttatggatataataatgatgaagggtgccaaaaatgggaggatatgccaacttgcagggaacgtggtgaggtctttcaaaaaaag 19287999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 322 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 19172599 - 19172474
Alignment:
322 ttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattca 421  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||   |||||||| |||  |||||| |||  ||||  |||||||||| |||| ||||||    
19172599 ttatggttacagtgattgtaagatcagttgttggagaaactgtgaatgcaatgggttccaagaattttatcgtaatgggactggatgtatattttattca 19172500  T
422 tggaattcgacacaagatgttgattt 447  Q
    | ||||||||||||||||||||||||    
19172499 tcgaattcgacacaagatgttgattt 19172474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 29 - 106
Target Start/End: Original strand, 19355525 - 19355602
Alignment:
29 tatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgg 106  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||    
19355525 tatcggtacattattgtgtctaacaaggatgaagattcttttgctttcgaagttaatgatgggaattttatacgatgg 19355602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 19468673 - 19468610
Alignment:
12 tgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttt 75  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||    
19468673 tgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtctctaacaaagacgaagattctttcacttt 19468610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 19555594 - 19555531
Alignment:
12 tgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttt 75  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||    
19555594 tgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtctctaacaaagacgaagattctttcacttt 19555531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 368 - 495
Target Start/End: Original strand, 19450666 - 19450793
Alignment:
368 tgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcatggaattcgacacaagatgttgatttagacagtcagggtaacttta 467  Q
    ||||||||||||  |||||||| |  ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| || | |||   ||| |||     
19450666 tgcaatggattccaagaattatttagtaatgggactggatgtatattctattcatggaattcgacaaaagaagtggatttggagaatcaatataattttt 19450765  T
468 acgtcttggtaatgccaacaaaatcagc 495  Q
    ||| |||||||| |||||||||| ||||    
19450766 acgccttggtaaagccaacaaaaacagc 19450793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 368 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 19530410 - 19530283
Alignment:
368 tgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcatggaattcgacacaagatgttgatttagacagtcagggtaacttta 467  Q
    ||||||||||||  |||||||| |  ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| || | |||   ||| |||     
19530410 tgcaatggattccaagaattatttagtaatgggactggatgtatattctattcatggaattcgacaaaagaagtggatttggagaatcaatataattttt 19530311  T
468 acgtcttggtaatgccaacaaaatcagc 495  Q
    ||| |||||||| |||||||||| ||||    
19530310 acgccttggtaaagccaacaaaaacagc 19530283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 14 - 75
Target Start/End: Original strand, 19404785 - 19404846
Alignment:
14 aatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttt 75  Q
    |||||||||  ||||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||    
19404785 aatgttcaaactatgtatcaatacactattgtctctaacaaggatgaagattctttcacttt 19404846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 12 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 19172897 - 19172821
Alignment:
12 tgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagat 88  Q
    |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||| |||| ||| | ||||||    
19172897 tgaaagttcaacatgtgtatcaatacattattgtctctaacaaggatgaagactccttcactttcgaaatcaaagat 19172821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 192 - 239
Target Start/End: Original strand, 19371145 - 19371192
Alignment:
192 ataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgta 239  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||    
19371145 ataatagtaatggtggatgccaaaaatgggagtatataccaacttgta 19371192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 12 - 88
Target Start/End: Original strand, 19287749 - 19287825
Alignment:
12 tgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagat 88  Q
    |||| ||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||| |||| ||| | ||||||    
19287749 tgaaagttcaacgtgtgtatcaatacattattgtctctaacaaggatgaagactccttcactttcgaaatcaaagat 19287825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 158 - 254
Target Start/End: Original strand, 19543241 - 19543337
Alignment:
158 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgagg 254  Q
    ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
19543241 ggagatattggaaatgcagacttgtgttatggatataatatcaacggagggtgccaaaaatgggaggatataccaagttgtagggaacctggtgagg 19543337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University