View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4703-Insertion-1 (Length: 910)

Name: NF4703-Insertion-1
Description: NF4703
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4703-Insertion-1
NF4703-Insertion-1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (47-910)||(2097226-2098086)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 810; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 810; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 910
Target Start/End: Original strand, 2097226 - 2098086
Alignment:
Q  47 ctcaaaaactccttcagataaagagcctttgaaactcccacatgattaatcttcagaattgactctatttctagctagcatccgtctccatgttctcctc 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2097226 ctcaaaaactccttcagataaagagcctttgaaactcccacatgattaatcttcagaattgactctatttctagctagcatctgtctccatgttctcctc 2097325  T
Q  147 caaatcaatcaaccctgctttcgccatcggtgtcaaagcctgggtcgctgatccaacccagctcacggctgctcccattgacatcaaacttctgtaaacc 246  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2097326 caaatcaatcaaccctgctttcgccatcggtgtcaaagcctgggtcgctgatccaacccaggtcacggctgctcccattgacatcaaacttctgtaaacc 2097425  T
Q  247 tacttctacttccagcttgctgccagatgccactgcctcggcaagagttgcagcttcctcgtcacgaggtgcagctacaaataggttttgattttgatag 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2097426 tacttctacttccagcttgctgccagatgccactacctcggcaagagttgcagcttcctcgtcacgaggtgcagctacaaataggttttgattttgatag 2097525  T
Q  347 ttaatgtaaagaataacaaagaaaacaatgagccataaggtcaaattgagtatagcaacaatgtttggtaaaatgattgtcaatgctgcgaaggacacag 446  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2097526 ttaatgtaaagaataacaaagaaaacaatgagccataaggtcaaattgagtatagcaacaatgtttggtaaaatgattgtcaacgctgcgaaggacacag 2097625  T
Q  447 cacatgtaagaccgtacatgagtgagattggaaacaaggtttcaatagtgatatgatctggtataagtaggatggaaaaaatccagagtaagaaaaatat 546  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2097626 cacatgtaagaccgtacatgagtgagattggaaacaaggtttcaatagtgatatgatctggtata---aggatggaaaaaatccaaagtaagaaaaatat 2097722  T
Q  547 caaaactgcagctacaacccaaggagtatactgttttgcgaatagcgtttcgccaatctttgtgaacttgagtgttaccaatgcaaccaaaagtgcaaac 646  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2097723 caaaactgcagctacaacccaaggagtatactgttttgcgaatagcgtttcgccaatctttgtgaacttgagtgttaccaatgcaaccaaaagtgcaaac 2097822  T
Q  647 attttgtaaatgatgtctcctaagtctttaatcacctctcccttgaagttgcatttcctcatttccgcctctcctcctatttattcaggtgtttgcattt 746  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2097823 attttgtaaatgatgtctcctaagcctttaatcacctctcccttgaagttgcatttcctcatttccgcctctcctcctattttttcaggtgtttgcattt 2097922  T
Q  747 cctcaatgatgataggatggtaaaactgttgtatcttttcaatcatgatttcgtacttttatactagtacttctgtgtcgtcctccaattaaaaaacaaa 846  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2097923 cctcaatgatgataggatggtaaaactgttgtatcttttcattcatgatttcgtacttttatactagtacttctgtgtcgtcctccaattataaaacaaa 2098022  T
Q  847 tactccattattagggtatctccaacccgtggtattacattaccaggaaagtcaccaacacggg 910  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2098023 tactccattattagggtatctccaacccgtggtattacattacgaggaaagtcaccaacacggg 2098086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University