View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4703-Insertion-9 (Length: 509)

Name: NF4703-Insertion-9
Description: NF4703
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4703-Insertion-9
NF4703-Insertion-9
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (8-509)||(24283998-24284498)
chr7 (19-426)||(24232319-24232725)
chr7 (18-315)||(24121935-24122231)
chr7 (18-222)||(24132459-24132662)
chr7 (18-284)||(24151055-24151320)
chr7 (164-413)||(21194383-21194632)
chr7 (57-426)||(21199526-21199898)
chr7 (36-314)||(3494735-3495012)
chr7 (45-249)||(24146099-24146302)
chr7 (25-318)||(24161089-24161381)
chr7 (19-200)||(24154294-24154474)
chr7 (18-118)||(21194274-21194374)
chr7 (19-133)||(24238059-24238173)
chr7 (45-222)||(24138392-24138568)
chr7 (59-133)||(23342854-23342928)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (8-335)||(10988798-10989123)
chr2 (52-109)||(28160506-28160563)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (18-265)||(3151053-3151298)
chr1 (18-133)||(15380168-15380283)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 438; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 509
Target Start/End: Original strand, 24283998 - 24284498
Alignment:
Q  8 aaaattacgtttgagagttatgggggataaagaaagtaacaaagttctatatgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttacc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24283998 aaaattacgtttgagagttatggtggataaagaaagtaacaaagttctatatcctgaagcagtgaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttacc 24284097  T
Q  108 ttgcccttagggacgattgcaagactcgttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactggatcaaagtgtaaaagat 207  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24284098 ttgcccttagggactattgcaagactcgttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactgtatcaaagtgtaaaagat 24284197  T
Q  208 cttgatcaacaatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatggtgctgcagccaagaagctctatggaagcttattgtcaaaagctcaaactgaatatag 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  24284198 cttgatcaacaatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatgctgctgcagccaagaagctctatggaagcttattgtcaaaagctccagctgaatatag 24284297  T
Q  308 acgacacagaacctttggagcacttcgtgtgcgagaactgggattgtgttagaaagcaaagtggaggccgtttgaggatttttaggaatcaaaagtgcag 407  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24284298 acgacacagaacctttgcagcacttcgtgtgcgagaactgggattgtgttagaaa-caaagtggagcccgtttgagcatttttaggaatcaaaagtgcag 24284396  T
Q  408 ttgtggaaaagtaatgaacctagtaatattcccaccacaagaatttttgagtttaggaaatggctttgctaaggaaaccgccacatttataatttctgat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24284397 ttgtggaaaagtaatgaacctagtaatgttcccaccaaaagaatttttgagtctaggaaatggctttgctaaggaaaccgccacatttataatttctgat 24284496  T
Q  508 ga 509  Q
    ||    
T  24284497 ga 24284498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 24232725 - 24232319
Alignment:
Q  19 tgagagttatgggggataaagaaagtaacaaagttctatatgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagg 118  Q
    ||||| || ||| ||| |||||||  ||||||||| | |||||||| || ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| || ||||| |||||    
T  24232725 tgagaattttggtggacaaagaaaagaacaaagttgtgtatgctgaggctgggaaggatttcgttgatgctctcttcagcttcttaacattgcctttagg 24232626  T
Q  119 gacgattgcaagactcgttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactggatcaaagtgtaaaagatcttgatcaaca 218  Q
    ||| ||||||||| | || ||||  ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||   | |||||||||||||    
T  24232625 gactattgcaagatttgtggctaaggactcaaatattgaagcagtgaaattt-ggcagcattagctcattgtatcaaagtgtgtcaaatcttgatcaaca 24232527  T
Q  219 atatttatgcacaaatacctgcaaggaaatggtgctgcagccaagaagctctatggaagcttattgtcaaaagctcaaactgaatatagacgacacagaa 318  Q
    |||||| | | ||  ||| |||||||||||| | ||||| ||||||| ||| ||||||| ||| || | | |||| |||||||||||||||||||| |||    
T  24232526 atatttgtcctcacttacttgcaaggaaatgctactgcaaccaagaaactcgatggaagattactgccgacagctgaaactgaatatagacgacactgaa 24232427  T
Q  319 cctttggagcacttcgtgtgcgagaactgggattgtgttagaaagcaaagtggaggccgtttgaggatttttaggaatcaaaagtgcagttgtggaaaag 418  Q
    |  ||| || |||| |||||||||||||||||||||   ||||||   |||||  ||| ||||||  |||||||||| ||||| |||  |||||| ||||    
T  24232426 cgcttgcagtactttgtgtgcgagaactgggattgtagaagaaaggttagtggctgccttttgagcttttttaggaaccaaaaatgctattgtgggaaag 24232327  T
Q  419 taatgaac 426  Q
    ||||||||    
T  24232326 taatgaac 24232319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 24122231 - 24121935
Alignment:
Q  18 ttgagagttatgggggataaagaaagtaacaaagttctatatgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttag 117  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||||| || ||||    
T  24122231 ttgagagtcatggtggacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttcttaaccttaccattag 24122132  T
Q  118 ggacgattgcaagactcgttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactggatcaaagtgtaaaagatcttgatcaac 217  Q
    | || ||| ||||||| || ||||  || ||| |||||||||||| | |  ||||||||| | ||  ||||  |||||||||||  |||||||||| |||    
T  24122131 gtactatttcaagacttgtggctaaggagtcagatattgaagcag-tgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtatcagatcttgatgaac 24122033  T
Q  218 aatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatggtgctgcagccaagaagctctatggaagcttattgtcaaaagctcaaactgaatatagacgacaca 315  Q
    | ||| ||||  | ||||||||||| |||||| | ||  | || |||| ||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  24122032 actatctatggtccaatacctgcaaagaaatgctactcaaccctagaaactcaatggaggcgtattgtcaacagctcaaactgaatattgatgacaca 24121935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24132662 - 24132459
Alignment:
Q  18 ttgagagttatgggggataaagaaagtaacaaagttctatatgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttag 117  Q
    ||||||||| ||| ||| ||| |||  | ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| || ||||| ||||    
T  24132662 ttgagagttttggtggacaaacaaaagagcaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttcttaacattgcctttag 24132563  T
Q  118 ggacgattgcaagactcgttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactggatcaaagtgtaaaagatcttgatcaac 217  Q
    | || ||||||||||| || || |  || ||| |||||||||||| | |  |||||||||||||  |||||| |||||||||| | ||||||||||||||    
T  24132562 gtactattgcaagacttgtggcaaaggagtcagatattgaagcag-tgatatttggcagcattaattcactgtatcaaagtgtgacagatcttgatcaac 24132464  T
Q  218 aatat 222  Q
    |||||    
T  24132463 aatat 24132459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 24151320 - 24151055
Alignment:
Q  18 ttgagagttatgggggataaagaaagtaacaaagttctatatgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttag 117  Q
    ||||||||| |||  |||||||| |  |||||||||||||  ||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||| || || || ||||    
T  24151320 ttgagagttttggtcgataaagagaaaaacaaagttctattggctgaggctgggaaggattttgttgatgcactcttcagcttcttaacatttcctttag 24151221  T
Q  118 ggacgattgcaagactcgttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactggatcaaagtgtaaaagatcttgatcaac 217  Q
    | || ||||| |||||||| |||  ||| |||||||| ||||||| | || ||||| ||  | || |||||  |||||||||| ||||||||||||| ||    
T  24151220 gtactattgctagactcgtggctgaagagtcaaatatcgaagcag-tgaaatttggtagtttgagttcactatatcaaagtgtgaaagatcttgatccac 24151122  T
Q  218 aatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatggtgctgcagccaagaagctctatggaagcttattg 284  Q
    ||||| ||||  || |||||||||| |||||| | ||  ||||||||| ||| ||| || |||||||    
T  24151121 aatatctatggtcacatacctgcaaagaaatgctacttaagccaagaaactccatgcaaccttattg 24151055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 164 - 413
Target Start/End: Original strand, 21194383 - 21194632
Alignment:
Q  164 tcaattttggcagcattagctcactggatcaaagtgtaaaagatcttgatcaacaatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatggtgctgcagccaag 263  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||   | |||||||| |||||||| |||| ||   ||| |||||||||||| | ||   ||||||    
T  21194383 tcaaatttggcagcattagctcactatatcaaagtgtggcaaatcttgatgaacaatatctatggactcgtacttgcaaggaaatgctacttaggccaag 21194482  T
Q  264 aagctctatggaagcttattgtcaaaagctcaaactgaatatagacgacacagaacctttggagcacttcgtgtgcgagaactgggattgtgttagaaag 363  Q
    ||  || ||||||  ||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||  || | |||||| | || | ||||||||||||||||||||||    
T  21194483 aaattccatggaaagttattgtcagaagatgaaactgaatatcgacgacacagaacccatgaaacacttcatctgtgggaactgggattgtgttagaaag 21194582  T
Q  364 caaagtggaggccgtttgaggatttttaggaatcaaaagtgcagttgtgg 413  Q
     | || ||   || |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||    
T  21194583 gagagagggaaccttttgagcatatttaggaatcaaatgtgcagttgtgg 21194632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 57 - 426
Target Start/End: Original strand, 21199526 - 21199898
Alignment:
Q  57 tatgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagggacgattgcaagactcgttgctacagactcaaatattg 156  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| ||  |    || || |||||||    
T  21199526 tatgctgaggcaggaaaggattttgttgatgctctcttcggcttcttaacattgcctttaggaactattgcaagactagtgtccgaggagtcgaatattg 21199625  T
Q  157 aagcagttcaattttggcagcattagctcactggatcaaagtgtaaaagatcttg----atcaacaatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatggtg 252  Q
    ||||  |  ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||   | ||||||    || |||||||| |||| |    | | |||||||||||| |     
T  21199626 aagctatgaaattt-ggcagcattagctcactgtatcagagtgtggcaaatcttgcttgatgaacaatatctatggagtcgttcttgcaaggaaatgcta 21199724  T
Q  253 ctgcagccaagaagctctatggaagcttattgtcaaaagctcaaactgaatatagacgacacagaacctttggagcacttcgtgtgcgagaactgggatt 352  Q
    ||  ||||||| |  || ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||| | | || | | | |||||||    
T  21199725 ctcgagccaaggaattccatggaagcttattgtcagaagatgaaactgaatatcgacgacacagaacctatgcagcactacatctgtggggattgggatt 21199824  T
Q  353 gtgttagaaagcaaagtggaggccgtttgaggatttttaggaatcaaaagtgcagttgtggaaaagtaatgaac 426  Q
    ||| ||||||| |||| ||   || ||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  21199825 gtggtagaaaggaaagcgggaaccttttgagcttatttaggaatcaaatgtgcagttgtggaagagtaatgaac 21199898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 36 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 3495012 - 3494735
Alignment:
Q  36 aaagaaagtaacaaagttctatatgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagggacgattgcaagactcg 135  Q
    |||||||| || | |||||| ||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||| || ||||| || |||||  |||| || ||||||||| | |    
T  3495012 aaagaaagaaatagagttctgtatgctgaagccggtaaggatttcgtcgatgttctctttagtttcttaacattgcctctaggtactattgcaagattag 3494913  T
Q  136 ttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactggatcaaagtgtaaaagatcttgatcaacaatatttatgcacaaata 235  Q
    || |||  || |||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||  ||||||||||   | |  |||| ||||||||| ||||  || |||    
T  3494912 tttctaaggattcaaatattgaagcag-tgaaatttggtagcattagctcactatatcaaagtgtgtcaaaatttgaccaacaatatctatggtcacata 3494814  T
Q  236 cctgcaaggaaatggtgctgcagccaagaagctctatggaagcttattgtcaaaagctcaaactgaatatagacgacac 314  Q
    | ||||| |||||| | ||  | || |||| ||| ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  3494813 cttgcaaagaaatgctactcaatcctagaaactcgatggaagattattgccagaagctcaaactgaatatagacgacac 3494735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 45 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 24146302 - 24146099
Alignment:
Q  45 aacaaagttctatatgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagggacgattgcaagactcgttgctacag 144  Q
    ||||||||||| | ||| || ||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||  | ||||| |||||||| ||||||| |||||| || |  |    
T  24146302 aacaaagttctgtttgcagaggcaggaaaggattttgttgatgttcttttgagcttcttatcattgcctttagggaccattgcaaaactcgtggcaaagg 24146203  T
Q  145 actcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactggatcaaagtgtaaaagatcttgatcaacaatatttatgcacaaatacctgcaagg 244  Q
    |||||||||||||| ||| | || |||||||||||||||||| || ||||||||||   ||||||||||  ||||||| | ||  || | ||||||||||    
T  24146202 actcaaatattgaatcag-tgaaatttggcagcattagctcattgtatcaaagtgtgtcagatcttgatacacaatatctttggtcacacacctgcaagg 24146104  T
Q  245 aaatg 249  Q
    |||||    
T  24146103 aaatg 24146099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 25 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 24161381 - 24161089
Alignment:
Q  25 ttatgggggataaagaaagtaacaaagttctatatgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagggacgat 124  Q
    |||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || ||  ||||||| ||    
T  24161381 ttatggtggacaaagaaaggaagaaagttctatatgctgaggctggaaaggattttgtcgatgttcttttcagcttcttgacattacctctagggactat 24161282  T
Q  125 tgcaagactcgttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactggatcaaagtgtaaaagatcttgatcaacaatattt 224  Q
    |||  ||||| |  ||| ||| |||||||| ||||||| | |  |||||||||||||| |||||| | | ||||||   |||||| |||  ||| ||| |    
T  24161281 tgcttgactcatatctaaagagtcaaatatggaagcag-tgaggtttggcagcattagttcactgtacctaagtgtgtcagatctcgatgcacagtatct 24161183  T
Q  225 atgcacaaatacctgcaaggaaatggtgctgcagccaagaagctctatggaagcttattgtcaaaagctcaaactgaatatagacgacacagaa 318  Q
     ||  |||||||||||| | ||||| | ||  | || |||| |||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||| ||||| ||||||    
T  24161182 ctggtcaaatacctgcaggaaaatgctactcaatcccagaaactctatggaagcttattgccaaaagatgaaattgaatattgacgaaacagaa 24161089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 24154474 - 24154294
Alignment:
Q  19 tgagagttatgggggataaagaaagtaacaaagttctatatgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagg 118  Q
    |||||||| ||| ||| ||||  || || |||||| | ||||||||||||| ||||||||| |||||||| || || |||||||| || ||||| |||||    
T  24154474 tgagagttttggtggacaaagcgaggaaaaaagttgtttatgctgaagcagagaaggatttcgttgatgttctgttaagcttcttaacattgcctttagg 24154375  T
Q  119 gacgattgcaagactcgttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactggatcaaagtgt 200  Q
     || ||||||||||| ||  ||| ||| || ||||||||||||||| || |||   |||||||| |||||| ||||||||||    
T  24154374 tactattgcaagacttgtatctaaagagtcgaatattgaagcagtt-aaatttaatagcattagttcactgtatcaaagtgt 24154294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 118
Target Start/End: Original strand, 21194274 - 21194374
Alignment:
Q  18 ttgagagttatgggggataaagaaagtaacaaagttctatatgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttag 117  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||| || || ||||||||||| || ||||| ||||    
T  21194274 ttgagggttatggtggacaaagaaaggaacaaagttttgtatgctgaggcagggaaggattttattgaagttctattcagcttcttaacattgcctttag 21194373  T
Q  118 g 118  Q
    |    
T  21194374 g 21194374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 19 - 133
Target Start/End: Original strand, 24238059 - 24238173
Alignment:
Q  19 tgagagttatgggggataaagaaagtaacaaagttctatatgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagg 118  Q
    |||||||||||| |||   | |||| ||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||| ||||  |||||||| ||||| || ||||| |||||    
T  24238059 tgagagttatggtggacggaaaaaggaacaaagttgtgtatgctgaggcaggcaaggattttgtcgatgctctcttcagtttcttaacattgcctttagg 24238158  T
Q  119 gacgattgcaagact 133  Q
     || |||||||||||    
T  24238159 aactattgcaagact 24238173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24138568 - 24138392
Alignment:
Q  45 aacaaagttctatatgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagggacgattgcaagactcgttgctacag 144  Q
    ||||||||||| | | |||| ||||  ||||||||||||||||| || || || ||||| || || |||||||| || || ||| || |||| | || ||    
T  24138568 aacaaagttctgtttactgaggcagataaggattttgttgatgttcttttgagtttcttaacattacccttaggtactatcgcaggaatcgtggataaag 24138469  T
Q  145 actcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactggatcaaagtgtaaaagatcttgatcaacaatat 222  Q
    | |||||||||||||||| | |  ||||||||||| || |||||  ||||||||||   || ||||||||||||||||    
T  24138468 agtcaaatattgaagcag-tgagatttggcagcataagttcactctatcaaagtgtgtcagttcttgatcaacaatat 24138392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 59 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 23342928 - 23342854
Alignment:
Q  59 tgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagggacgattgcaagact 133  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||    
T  23342928 tgctgaagcaggaaaggactttgtggatgttctgtttagcttcttaacattgcctttaggaactattgcaagact 23342854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 152; Significance: 3e-80; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 8 - 335
Target Start/End: Original strand, 10988798 - 10989123
Alignment:
Q  8 aaaattacgtttgagagttatgggggataaagaaagtaacaaagttctatatgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttacc 107  Q
    ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||     
T  10988798 aaaattacgtt-gagagttaaggtggataaagaaagtaacaaagttctgtatgctgaggcagtgaaggatttcgttgatgttctcttcagcttcttaaca 10988896  T
Q  108 ttgcccttagggacgattgcaagactcgttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactggatcaaagtgtaaaagat 207  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||  |||||||||| ||||||    
T  10988897 ttgcctttagggactattgcgagacttgtggctacagagtcaaatattgaagcagttcaa-tttggtagcattagttcactatatcaaagtgtgaaagat 10988995  T
Q  208 cttgatcaacaatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatggtgctgcagccaagaagctctatggaagcttattgtcaaaagctcaaactgaatatag 307  Q
    |||||||| ||||||||||| |   | ||||||||  ||||| | ||| ||||||||| ||||| |||| ||||||| || |||||||| || |||||||    
T  10988996 cttgatcagcaatatttatggaatcaaacctgcaaaaaaatgctactgaagccaagaaactctacggaaacttattgccagaagctcaatctcaatatag 10989095  T
Q  308 acgacacagaacctttggagcacttcgt 335  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  10989096 acgacacagaaccattgcagcacttcgt 10989123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 52 - 109
Target Start/End: Original strand, 28160506 - 28160563
Alignment:
Q  52 ttctatatgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttacctt 109  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||| |||||    
T  28160506 ttctgtatgctgaagcagggaaggattttgttggtgctcttttcagcttcttaacctt 28160563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 265
Target Start/End: Original strand, 3151053 - 3151298
Alignment:
Q  18 ttgagagttatgggggataaagaaagtaacaaagttctatatgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttag 117  Q
    |||||| |||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| || || || || || || || ||  |||    
T  3151053 ttgagaattatggtggacaaagaaaggaacaa-gttctatatgctgaggctgggaaggatttcgtcgatgttcttttgagttttttaacattacctctag 3151151  T
Q  118 ggacgattgcaagactcgttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactggatcaaagtgtaaaagatcttgatcaac 217  Q
    |||| |||||||||||| || ||   || |||||||||||||||| | ||  |||||||||| |||||| || ||| | |||||   |||||||||||||    
T  3151152 ggactattgcaagactcatttctcaggagtcaaatattgaagcag-tgaaacttggcagcataagctcattgtatcgaggtgtatcggatcttgatcaac 3151250  T
Q  218 aatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatggtgctgcagccaagaa 265  Q
    ||||| ||||  || |  | ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  3151251 aatatctatggtcacaggcatgcaaagaaatgctgctgcagccaagaa 3151298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Original strand, 15380168 - 15380283
Alignment:
Q  18 ttgagagttatgggggataaagaaagtaacaaagttctatatgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttag 117  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||   || ||||||||||| |  || || ||||    
T  15380168 ttgagatttatggtggatagagaaaggaacaaagttctatatgtagaggcagggaaggattttgttgatactcttttcagcttcttaatatttcctttag 15380267  T
Q  118 ggacgattgcaagact 133  Q
    |||| |||||||||||    
T  15380268 ggactattgcaagact 15380283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University