View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4704-Insertion-2 (Length: 814)

Name: NF4704-Insertion-2
Description: NF4704
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4704-Insertion-2
NF4704-Insertion-2
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (244-814)||(26837941-26838515)
chr1 (6-246)||(26838558-26838798)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 244 - 814
Target Start/End: Complemental strand, 26838515 - 26837941
Alignment:
Q  244 tcatgggtaaatctgacagaatactcgatacacatcatttttcttaaccttcttcaatgattacattgatttttcggtagagccnnnnnnnnnnnnggga 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||            ||||    
T  26838515 tcatgggtaaatctgacagaatactcgatacacattatttttctcaaccttcttcaatgattacagtgattttttggtagagccaaaaataaaaaaggga 26838416  T
Q  344 agaatttacctatagtagtactatgaaaatgtaaacttcctatgaatgagccagaaaactatatctaacagttttacataaacttttttgtaattaagtt 443  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26838415 agaatctacctatagtagtactatgaaaatgtaaacttcctatgaatgagccaaaaaactatatctaacagttttacataaacttttttgtaattaagtt 26838316  T
Q  444 ataactgataaccataattttgaatgcgaatcttgaggtagcaatgtctactgatagatttaaccaaagtcaataatgattcaaacaaggcaacaattca 543  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26838315 ataactgataaccataattttgaatgcgaatcttgaggtagcaatgtctaccgatagatttaaccaaagtcaataatgattcaaacaaggcaacaattta 26838216  T
Q  544 ctatggagtataagataataagacaaagacatacaagccagtgcttttgatgtaataattcaaacgtggatacatcttttaggtacatgtgttttttgtg 643  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26838215 ctatggagtataagacaataagacaaagacatacaagccagtgcttttgatgtaataattcaaacgtggatacatcttttaggtacatgtgttttttgtg 26838116  T
Q  644 catttttagtatcatgttttataaattatgggnnnnnnntagaaa----gatcattcttatttttgctaaacaatcggtacaagttagttcttgaaaaga 739  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26838115 catttttagtatcatgttttataaattatgggaaaaaaatagaaagatcgatcattcttatttttgctaaacaatcggtacaagttagttcttgaaaaga 26838016  T
Q  740 agagaagacgacgacatgttgacaaccttaatataggaatcaagagtaagttttgtggaagtaagagggaaggtg 814  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26838015 agagaagacgacgacatgttgacaaccttaatataggaatcaagagtaagttttgtggaagtaagagggaaggtg 26837941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 6 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 26838798 - 26838558
Alignment:
Q  6 caattgtttcttttgtcattggcctattgcaaatcaattttagaagtaattccttaatattccttcacttcaatcagatccaaaattgatatatgtgtga 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26838798 caattgtttcttttgtcattggcctattgcaaatcaattttagtagtaattccttaatattccttcacttcaatcagatccaaaattgatatatgtgtga 26838699  T
Q  106 agtcaacaaacctcagatccattccccctcaacagttttatgaaatcataacaatcggtcaaatgactcaagttgctcatcatatatatgttccaggagg 205  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26838698 agtcaacaaacctcagatccatttcccctcaacagttttatgaaatcataacaattggtcaaatgactcaagttgttcatcatatatatgttccaggagg 26838599  T
Q  206 gcaattgttgcttaaagacaagagatgaatcattaatttca 246  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  26838598 gcaattgttgcttaaagacaagagaagaatgattaatttca 26838558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University