View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4710-Insertion-2 (Length: 798)

Name: NF4710-Insertion-2
Description: NF4710
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4710-Insertion-2
NF4710-Insertion-2
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (8-798)||(36511822-36512615)
chr3 (478-621)||(36808369-36808510)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 751; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 751; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 798
Target Start/End: Original strand, 36511822 - 36512615
Alignment:
Q  8 tttaatggcacactctctgatctcaggttgtttatctcgagcacagcatacttcagcttggaaagttgttaaagcaggggtgtcggaaagatcatcttca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36511822 tttaatggcacactctctgatctcaggttgtttatctcgagcacagcatacttcagcttggaaagttgttaaagcaggggtgtcggaaagatcatcttca 36511921  T
Q  108 gcttttgcggtaaaggtaatgtaaaagattctaccattaataagggcatgggtacacttgacaaggccatgaaacacaaaagttggaccctaatataatg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36511922 gcttttgcggtaaaggtaatgtaaaagattctaccattaataagggcatgggtacacttgacaaggccatgaaacacaaaagttggaccctaatataatg 36512021  T
Q  208 aagaagaacaattaattagtttggtcaatttaatgaataaacaacatacaatattcattctcttacctgattattgnnnnnnncacggtaatagtccaat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||    
T  36512022 aagaagaacaattaattagtttggtcaatttaatgaataaacaacatacaatattcattctcttacctgattattgtttttttcacggtaatagtccaat 36512121  T
Q  308 gcaagcttggagtatccttggagaataggatcatcataggaaatgacatggggtgtgacaccgcc---cactaaaattaaatgggatcttggtggacggg 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36512122 gcaagcttggagtatccttggagaataggatcatcataggaaatgacatggggtgtgacaccgccgcccattaaaattaaatgggatcttggtggacggg 36512221  T
Q  405 cgatagcatcgtacacctgcgttgtccaagaatgaatgaatgagagtgaaattaaaaacaaaattgaaatagatagatagatgcgtacacttaggttgcg 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36512222 cgatagcatcgtacacctgcgttgtccaagaatgaatgaatgagagtgaaattaaaaacaaaattgaaatagatagatagatgcgtacacttaggttgcg 36512321  T
Q  505 agacttctccttatagatttgaatttgagcctcaagcagcctatatgcctcattcttatactcaaaattaccacttttgacgtgataaggaaagtcggaa 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36512322 agacttctccttatagatttgaatttgagcctcaagcagcctatatgcctcattcttatactcaaaattaccacttttgacgtgataaggaaagtcggaa 36512421  T
Q  605 tcgtcatacttagagaacttagagaagtacttcacaaaatcttcttcaacggctttctgttccggtttcgattccacgagatctccatctgatttctgtt 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36512422 tcgtcatacttagagaacttagagaagtacttcacaaaatcttcttcaacggctttctgttccggtttcgattccacgagatctccatctgatttctgtt 36512521  T
Q  705 ccaatcccgaccctgattcctgtttcaacagtttctgttccattctctgttcaggttccaaattcagcccatttctccccttatttatgggcga 798  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36512522 ccaatcccgatcctgattcctgtttcaacagtttctgttccattctctgttcaggttccaaattcagcccatttctccccttatttatgggcga 36512615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 478 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 36808510 - 36808369
Alignment:
Q  478 tagatagatgcgtacacttaggttgcgagacttctccttatagatttgaatttgagcctcaagcagcctatatgcctcattcttatactcaaaattacca 577  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36808510 tagatagatgcgtacacttaggttgtgagacttctccttatatatttgaatttgagcctt--gcttcctatatgcctcattcttatactcaaaattacca 36808413  T
Q  578 cttttgacgtgataaggaaagtcggaatcgtcatacttagagaa 621  Q
    | |||| ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36808412 cgtttgccgtaatatggaaagtcggaatcgtcatgcttagagaa 36808369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University