View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4710_high_3 (Length: 390)

Name: NF4710_high_3
Description: NF4710
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4710_high_3
NF4710_high_3
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (18-377)||(39451797-39452156)
chr5 (18-373)||(39455424-39455780)
chr5 (23-373)||(39484065-39484415)
chr5 (23-373)||(39476314-39476664)
chr5 (19-375)||(39463576-39463932)
chr5 (19-372)||(39487263-39487616)
chr5 (19-382)||(39457307-39457670)
chr5 (20-367)||(39461049-39461399)
chr5 (19-377)||(39472828-39473186)
chr5 (19-222)||(39469932-39470135)
chr5 (19-345)||(43311579-43311905)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 377
Target Start/End: Original strand, 39451797 - 39452156
Alignment:
Q  18 gtttcgatgaggatcaggttaaggagatcgcacatgctattgagaatagtggggcccacttcgtatggtctctccgtaaaccagcaccaaagggcgccat 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39451797 gtttcgatgaggaccaggttaaggagatcgcacatgctattgagaatagtggggcccacttcgtatggtctctccgtaaaccagcaccaaagggcgccat 39451896  T
Q  118 ggctgcaccttctgattacactctttctgatctgtgttcggttttaccagaaggattcttagatcgaacggaagagattggaagggtgattggttgggcc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39451897 ggctgcaccttctgattacactctttctgatctgtgttcggttttaccagaaggattcttagatcgaacggaagagattggaagggtgattggttgggcc 39451996  T
Q  218 ccacaagcccaaatactagcacatccagccataggaggatttgtttcacattgtggctggaattccacactcgagagcatatattttggtgtgcccattg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39451997 ccacaagcccaaatactagcacatccagccataggaggatttgtttcacattgtggctggaattccacactcgagagcatatattttggtgtgcccattg 39452096  T
Q  318 caacatggccgctctttgctgagcaacaggttaatgcttttgaattggtgtgtgagttga 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39452097 caacatggccgctctttgctgagcaacaggttaatgcttttgaattggtgtgtgagttga 39452156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 18 - 373
Target Start/End: Original strand, 39455424 - 39455780
Alignment:
Q  18 gtttcgatgaggatcaggttaaggagatcgcacatgctattgagaatagtggggcccacttcgtatggtctctccgtaaaccagcaccaaaggg-cgcca 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||    
T  39455424 gttttgatgaggatcaggttaaggagatcgcatgtgctattgagaatagtaagtcccacttcatatggtctctccgtaaacctgtaccgaaggggcgcca 39455523  T
Q  117 tggctgcaccttctgattacactctttctgatctgtgttcggttttaccagaaggattcttagatcgaacggaagagattggaagggtgattggttgggc 216  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39455524 gggctgcaccttctgattacactctttctgatttgtgttcgattttacccgaaggattcttagatcgtacggcagagattggaagggtgattggttgggc 39455623  T
Q  217 cccacaagcccaaatactagcacatccagccataggaggatttgtttcacattgtggctggaattccacactcgagagcatatattttggtgtgcccatt 316  Q
     |||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  39455624 tccacaaacccaaatactagcccatccagccacaggaggatttgtttcacattgtggttggaattccacactcgagggcatatactttggtgtgcccatt 39455723  T
Q  317 gcaacatggccgctctttgctgagcaacaggttaatgcttttgaattggtgtgtgag 373  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39455724 gcaacatggccgctctttgctgaacaacaggttactgcttttgaattggtgtgtgag 39455780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 23 - 373
Target Start/End: Original strand, 39484065 - 39484415
Alignment:
Q  23 gatgaggatcaggttaaggagatcgcacatgctattgagaatagtggggcccacttcgtatggtctctccgtaaaccagcaccaaagggcgccatggctg 122  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||   |  ||||||| |||||||||    
T  39484065 gatgaagatcaggttaaggagatcgcacatgttgttgagaatagtggggcacgcttcgtgtggtctctgcgtaaacctctagtaaagggcaccatggctg 39484164  T
Q  123 caccttctgattacactctttctgatctgtgttcggttttaccagaaggattcttagatcgaacggaagagattggaagggtgattggttgggccccaca 222  Q
    |||| ||||||||| |||||| |||| || || |||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||||| | ||| | ||||||| |||    
T  39484165 caccctctgattactctctttatgatttgggtccggttttacctgaaggattcttagatcgaactgccgagattggaaggataattagatgggcccaaca 39484264  T
Q  223 agcccaaatactagcacatccagccataggaggatttgtttcacattgtggctggaattccacactcgagagcatatattttggtgtgcccattgcaaca 322  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  39484265 agcccaaatactagcccacccagccataggaggatttgtttcacattatggttggaattcaacactcgagagcatatattttggtgtgcctattgccgca 39484364  T
Q  323 tggccgctctttgctgagcaacaggttaatgcttttgaattggtgtgtgag 373  Q
    ||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39484365 tggccactctttgttgaacaacaggctaatgcttttgaattggtgtgtgag 39484415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 23 - 373
Target Start/End: Original strand, 39476314 - 39476664
Alignment:
Q  23 gatgaggatcaggttaaggagatcgcacatgctattgagaatagtggggcccacttcgtatggtctctccgtaaaccagcaccaaagggcgccatggctg 122  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||  || |||||||| | |||||||    
T  39476314 gatgaagatcaggttaaggagatcgcacatgctgttgagaatagtggggcacgcttcgtgtggtctctgcgtaaacctccagcaaagggcactatggctg 39476413  T
Q  123 caccttctgattacactctttctgatctgtgttcggttttaccagaaggattcttagatcgaacggaagagattggaagggtgattggttgggccccaca 222  Q
    |||| || |||||| |||||| |||| || ||  ||||||||| ||||||||||||||| |||| |  |||||||||||| |  |||| ||||||| |||    
T  39476414 caccctcggattaccctctttatgatttgggtctggttttacctgaaggattcttagatagaactgctgagattggaaggatagttggatgggcccaaca 39476513  T
Q  223 agcccaaatactagcacatccagccataggaggatttgtttcacattgtggctggaattccacactcgagagcatatattttggtgtgcccattgcaaca 322  Q
     |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||    
T  39476514 ggcccaaatactagcccacccagccataggaggatttgtttcacattgtggttggaattcaacactcgagagcatatattttggtgtaccaattgccgca 39476613  T
Q  323 tggccgctctttgctgagcaacaggttaatgcttttgaattggtgtgtgag 373  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39476614 tggccactctttgctgaacaacaggctaatgcttttgaattggtgtgtgag 39476664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 19 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 39463932 - 39463576
Alignment:
Q  19 tttcgatgaggatcaggttaaggagatcgcacatgctattgagaatagtggggcccacttcgtatggtctctccgtaaaccagcaccaaagggcgccatg 118  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||| || |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||    
T  39463932 tttcgatgaagatcaggttaaggagattgcacttgctattgagaatagtggggctcgctttgtttggtctctacgtaaacccccaccaaagggcgccatg 39463833  T
Q  119 gctgcaccttctgattacactctttctgatctgtgttcggttttaccagaaggattcttagatcgaacggaagagattggaagggtgattggttgggccc 218  Q
      ||| || ||||||||| ||||||||||| |  |||| |||||||| |||||||||||| |||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  39463832 attgcgccatctgattaccctctttctgatttaggttccgttttacccgaaggattcttatatcggactgtagagattggaagggtgattggttgggctc 39463733  T
Q  219 cacaagcccaaatactagcacatccagccataggaggatttgtttcacattgtggctggaattccacactcgagagcatatattttggtgtgcccattgc 318  Q
    |||| |||||||||||||| || || ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||    
T  39463732 cacaggcccaaatactagcccacccggccacgggaggatttgtctcacattgtggctggaattcgacactggagagcatatattttggtgttccacttgc 39463633  T
Q  319 aacatggccgctctttgctgagcaacaggttaatgcttttgaattggtgtgtgagtt 375  Q
     || |||||| |||||||||| ||||||   |||||||||||| |||||||||||||    
T  39463632 cacttggccgatctttgctgaacaacagacaaatgcttttgaactggtgtgtgagtt 39463576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 19 - 372
Target Start/End: Original strand, 39487263 - 39487616
Alignment:
Q  19 tttcgatgaggatcaggttaaggagatcgcacatgctattgagaatagtggggcccacttcgtatggtctctccgtaaaccagcaccaaagggcgccatg 118  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||  || || |||||||| ||||||||  |||| |||||   ||||    
T  39487263 tttcgatgaggatcaggttaaagagattgcacatgctattgagaattgtggagcccgttttgtgtggtctctgcgtaaaccctcaccgaagggaatcatg 39487362  T
Q  119 gctgcaccttctgattacactctttctgatctgtgttcggttttaccagaaggattcttagatcgaacggaagagattggaagggtgattggttgggccc 218  Q
    | | |||| ||||||||| ||||||||||| ||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||   || |||||||||||| ||||| |||||||    
T  39487363 gtttcaccctctgattaccctctttctgatttggaatcggttttacctgaaggattcttagatcgaacaacagggattggaagggtaattggatgggccc 39487462  T
Q  219 cacaagcccaaatactagcacatccagccataggaggatttgtttcacattgtggctggaattccacactcgagagcatatattttggtgtgcccattgc 318  Q
     ||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39487463 aacaggcccaaatactagctcatccagccactggaggatttgtttcgcattgtggttggaattcaacactcgagagcatatattttggtgtgcctattgc 39487562  T
Q  319 aacatggccgctctttgctgagcaacaggttaatgcttttgaattggtgtgtga 372  Q
      | ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39487563 cgcgtggccactctatgctgagcaacaggctaatgcttttgaattggtgtgtga 39487616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 39457670 - 39457307
Alignment:
Q  19 tttcgatgaggatcaggttaaggagatcgcacatgctattgagaatagtggggcccacttcgtatggtctctccgtaaaccagcaccaaagggcgccatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||||| ||||| ||  || || |||||||| ||||||||| |||| |||| | |||||    
T  39457670 tttcgatgaggatcaggttaaggagatcgcccttgctgtagagaatactggggtccgatttgtgtggtctctacgtaaaccaccaccgaaggacaccatg 39457571  T
Q  119 gctgcaccttctgattacactctttctgatctgtgttcggttttaccagaaggattcttagatcgaacggaagagattggaagggtgattggttgggccc 218  Q
      ||| || ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | || | ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  39457570 aatgcgccatctgattacactctttctgatttgagttcggttttaccagaaggattcttagataggacagcagagattggaagggttattggatgggccc 39457471  T
Q  219 cacaagcccaaatactagcacatccagccataggaggatttgtttcacattgtggctggaattccacactcgagagcatatattttggtgtgcccattgc 318  Q
    ||||  | || |||||||| || |||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||    
T  39457470 cacagacgcacatactagcccacccagccacgggaggatttgtttctcattgtggctggaattccacactcgagaacatatattttggtgtgcctgttgc 39457371  T
Q  319 aacatggccgctctttgctgagcaacaggttaatgcttttgaattggtgtgtgagttgatgatg 382  Q
     || ||||||||||||||||| || |||   ||||| ||| ||||||| |||||| ||| ||||    
T  39457370 cacgtggccgctctttgctgatcagcagacaaatgcatttcaattggtatgtgagctgaagatg 39457307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 20 - 367
Target Start/End: Original strand, 39461049 - 39461399
Alignment:
Q  20 ttcgatgaggatcaggttaaggagatcgcacatgctattgagaatagtggggcccacttcgtatggtctctccgtaaaccagcaccaaaggg---cgcca 116  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||| ||| |||||||||| ||||||||   ||| |||||   |||||    
T  39461049 ttcgatgaggatcagattaaggagatcgcacatgccattgaggatagtggcgtccatttcatatggtctcttcgtaaacccaaaccgaagggtgtcgcca 39461148  T
Q  117 tggctgcaccttctgattacactctttctgatctgtgttcggttttaccagaaggattcttagatcgaacggaagagattggaagggtgattggttgggc 216  Q
    ||| |||||| ||||||||| ||||| ||||  || | | ||||||||| ||||| ||||||||||| || | || |||||||||||| ||||| |||||    
T  39461149 tggttgcaccctctgattactctcttactgaattgggcttggttttacccgaagggttcttagatcggacagcagggattggaagggtcattggatgggc 39461248  T
Q  217 cccacaagcccaaatactagcacatccagccataggaggatttgtttcacattgtggctggaattccacactcgagagcatatattttggtgtgcccatt 316  Q
     || ||  | |||||| | || || |||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39461249 tccgcagactcaaatattggcccacccagccacgggaggattcgtttcccattgtggctggaattcaatactcgagagcatgtattttggtgtgcccatt 39461348  T
Q  317 gcaacatggccgctctttgctgagcaacaggttaatgcttttgaattggtg 367  Q
    || || ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| | ||||||    
T  39461349 gccacgtggccgctctttgctgaacaacagactaatgcttttcagttggtg 39461399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 377
Target Start/End: Original strand, 39472828 - 39473186
Alignment:
Q  19 tttcgatgaggatcaggttaaggagatcgcacatgctattgagaatagtggggcccacttcgtatggtctctccgtaaaccagcaccaaagggcgccatg 118  Q
    |||||| ||||||||||||| | |||| |||   ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||||  ||||  ||||| |||||    
T  39472828 tttcgacgaggatcaggttacgcagattgcatgcgctattgagaatagtggggcccggttcatatggtctcttcgtaaacctccaccggagggcaccatg 39472927  T
Q  119 gctgcaccttctgattacactctttctgatctgtgttcggttttaccagaaggattcttagatcgaacggaagagattggaagggtgattggttgggccc 218  Q
    ||  | || ||||||||| |||||| |||| || ||||   |||||| |||||||| ||||| || || | |||||||||||||||  |||| |||||||    
T  39472928 gcctcgccctctgattaccctctttttgatttgggttcaagtttacccgaaggatttttagagcggacagcagagattggaagggttgttggatgggccc 39473027  T
Q  219 cacaagcccaaatactagcacatccagccataggaggatttgtttcacattgtggctggaattccacactcgagagcatatattttggtgtgcccattgc 318  Q
    |||||| |||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||   |||||||||||| |||||||||||||| || ||    
T  39473028 cacaagtccaaatactagcccacccagccattggaggatttgcttcgcattgtggttggaattcagtactcgagagcatttattttggtgtgcctatagc 39473127  T
Q  319 aacatggccgctctttgctgagcaacaggttaatgcttttgaattggtgtgtgagttga 377  Q
      ||||||| || | ||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39473128 cgcatggccactttatgcagaacaacagactaatgcttttgaattggtgtgtgagttga 39473186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 39470135 - 39469932
Alignment:
Q  19 tttcgatgaggatcaggttaaggagatcgcacatgctattgagaatagtggggcccacttcgtatggtctctccgtaaaccagcaccaaagggcgccatg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||||| ||||| ||   | || |||||||| ||||||||| |||| |||||| |||||    
T  39470135 tttcgatgaggatcaggttaaggggatcgcacttgctgtagagaatactggggtccgtattgtgtggtctctacgtaaaccaccacctaagggcaccatg 39470036  T
Q  119 gctgcaccttctgattacactctttctgatctgtgttcggttttaccagaaggattcttagatcgaacggaagagattggaagggtgattggttgggccc 218  Q
    | ||| || ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  39470035 gttgcgccatctgattaccctctttctgatttgagttcggttttaccagaaggattcttagataggacagaagagattggaagggttattggatgggctc 39469936  T
Q  219 caca 222  Q
    ||||    
T  39469935 caca 39469932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 19 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 43311905 - 43311579
Alignment:
Q  19 tttcgatgaggatcaggttaaggagatcgcacatgctattgagaatagtggggcccacttcgtatggtctctccgtaaaccagcaccaaagggcgccatg 118  Q
    |||||||||||||||  ||| |||||| ||  ||||||||||||| |||| ||| | |||| | |||||||| || |||||  |||| |||||  |||||    
T  43311905 tttcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattgagaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaaccatg 43311806  T
Q  119 gctgcaccttctgattacactctttctgatctgtgttcggttttaccagaaggattcttagatcgaacggaagagattggaagggtgattggttgggccc 218  Q
    | ||   | ||||||||| ||||||||||| ||    | |||||||| ||||| |||||||||||||| |    || ||||||||| ||||| ||||| |    
T  43311805 ggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctc 43311706  T
Q  219 cacaagcccaaatactagcacatccagccataggaggatttgtttcacattgtggctggaattccacactcgagagcatatattttggtgtgcccattgc 318  Q
    | || | |||| |||| || |||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  43311705 ctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgtggttggaattcgactctcgagagcatatattatggtgtgcctattgc 43311606  T
Q  319 aacatggccgctctttgctgagcaaca 345  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||    
T  43311605 cacatggccactctttgctgatcaaca 43311579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University