View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4711-Insertion-3 (Length: 997)

Name: NF4711-Insertion-3
Description: NF4711
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4711-Insertion-3
NF4711-Insertion-3
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (8-997)||(5605798-5606784)
chr7 (8-981)||(5594128-5595099)
chr7 (8-45)||(5589167-5589204)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (8-324)||(6623864-6624174)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 907; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 907; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 997
Target Start/End: Complemental strand, 5606784 - 5605798
Alignment:
Q  8 cagctcatgcattttttggaagagccacaatatgcagtgtttgtcttgtcgtccacttctatccttctttaaatgaccagccttttcagcagcaagttgc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5606784 cagctcatgcattttttggaagagccacaatatgcagtgtttgtcttgtcgtccacttctattcttctttaaatgaccagctttttcagcagcaagttgc 5606685  T
Q  108 tcgaacatcttcaaaatacggtcctcccccggctgattctgaaaagcaccatcaataacaataggagacgattgttcaatcggatagtcaatggcatcag 207  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5606684 tcgaacatcttcaaaatccggtcctcccccggcttattctgaaaagcaccatcaataacaataggagacgattgttcaatcggatagtcaatggcatcag 5606585  T
Q  208 aagatccattaattccatactccaaagttggtgattgttgagatgcatcaattatggagttgaaagtgaccacatttggctttattcctttctccatcat 307  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5606584 aagatccattaactccatactccaaagttggcgattgttgagatgcatcaattatggagttgaaagtgaccacatttggctttattcctttctccatcat 5606485  T
Q  308 tgctataagcaacataatagaagactccattaaaccgtttttgcatagtgtatctatgattgcactataaaagacgacatcaatctccaatcttgccatc 407  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5606484 tgccataagcaacataatagaagactccattaaaccgtttttgcatagtgtatctatgattgcactataaaagacgacgtcaatctccaatcttgccatc 5606385  T
Q  408 ttgaactctctataaacatccatcgcttcctgaaacatttcacctttagtgtacatatcgatcattgtagagtaagttagcgtatttggatatatattcc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5606384 ttgaactctctataaacatccatcgcttcctgaaacatttcacctttagtgtacatatcgatcattgtagagtaagttagcgtatttggatatatattcc 5606285  T
Q  508 gagccttcatctcctcaaatagtcttctaacttcatcatacatgccatgcttgccatacccggacaaaagagcattgtaggttactacatctctattgat 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5606284 gagccttcatctcctcaaatagtcttctaacttcatcatacatgccatgcttgccatacccggacaaaagagcattgtaggttactacatctctattgat 5606185  T
Q  608 tccgcttctctccatctctttgcacttctcaatagcttcatcaagattgccgagcttctcgtagattccgatgagtgtgttataggacactctatcaaga 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5606184 tccgcttctctccatctctttgcacttctcaatagcttcatcaagattgccgagcttctcgtagattccgacgagtgtgttataggacactctatcaaga 5606085  T
Q  708 caaacagatcggagcttcatttcttcatacaggtttagggcgtcttccaagaggttggccttggcatagccatccatcattgcactgtaagtcaccacat 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5606084 caaacagatcggagcttcatttcttcatacaggtttagggcgtcttccaagaggttggccttggcatagccatccatcattgcactgtaagtcaccacat 5605985  T
Q  808 ttggccaaactctctttgacgacatctcttcgaataccctttctagccaaatcaatttgggcctgcctttacacaaggtgtccaaatatgtgttataagt 907  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5605984 ttggccaaactctcttcgacgacatctcttcaaataccc-ttctagccaaatcaattt-ggcctgcc-ttacacaaggtgtccaaatatgtgttataagt 5605888  T
Q  908 aaacacatc-ggaacaatacacctgtggtccatttcactcaataatttttgagccatttcccacatgcccttcgatgccgcaaacagaaag 997  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5605887 aaacacatcgggaacaatacacctgtggtccatttcactcaataatttttgagccatttcccacatgcccttcgatg-cgcaaacagaaag 5605798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 981
Target Start/End: Original strand, 5594128 - 5595099
Alignment:
Q  8 cagctcatgcattttttggaagagccacaatatgcagtgtttgtcttgtcgtccacttctatccttctttaaatgaccagccttttcagcagcaagttgc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | |||||||||| |  ||||||||| |||||||||||||| |||    
T  5594128 cagctcatgcattttttggaagagccacaatatgcagtgttggtcttgtcgtcccttcctatccttctctctatgaccagctttttcagcagcaagctgc 5594227  T
Q  108 tcgaacatcttcaaaatacggtcctcccccggctgattctgaaaagcaccatcaataacaataggagacgattgttcaatcggatagtcaatggcatcag 207  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||||| | || |||||||||||||||||| ||||  |||| |||| |||||||| | ||||| |||| ||| |  |    
T  5594228 tcgaacattttcaagatccggtcatcccctgtcttattctgaaaagcaccatcgataagcatagaagacaattgttcagttggatactcaacggcttgtg 5594327  T
Q  208 aagatccattaattccatactccaaagttggtgattgttgagatgcatcaattatggagttgaaagtgaccacatttggctttattcctttctccatcat 307  Q
    |||| |||| ||  ||||| |||| |||||| ||||||   || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  5594328 aagaaccatgaaccccatattccagagttggcgattgtctggaggcatcaattatggagttgaaagtgacaacatttggcttgattcctttctctatcat 5594427  T
Q  308 tgctataagcaacataatagaagactccattaaaccgtttttgcatagtgtatctatgattgcactataaaagacgacatcaatctccaatcttgccatc 407  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||| | |||||||||| ||||||| |||||||  |||| ||    
T  5594428 tgcaataagcaacataatagaagactccactaaaccatttttgcatagtgaatctataattgaagtataaaagacaacatcaacctccaattgtgccttc 5594527  T
Q  408 ttgaactctctataaacatccatcgcttcctgaaacatttcacctttagtgtacatatcgatcattgtagagtaagttagcgtatttggatatatattcc 507  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5594528 ttgaaatctttataaacatccattgcttcctgaaacattcctcctttagtgtaaacatcaatcattgtagagtaagttagcgtatttggatatatgttcc 5594627  T
Q  508 gagccttcatctcctcaaatagtcttctaacttcatcatacatgccatgcttgccatacccggacaaaagagcattgtaggttactacatctctattgat 607  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| || ||    
T  5594628 aagccttcatctcttcaaatagtcttctaacttcatcatacatgccatacctgccgtatccggacaaaagtgcattataagttacaacatctcttttcat 5594727  T
Q  608 tccgcttctctccatctctttgcacttctcaatagcttcatcaagattgccgagcttctcgtagattccgatgagtgtgttataggacactctatcaaga 707  Q
    ||| |  ||||||||||||||||| |   |||| ||||||||||   | ||||||||| | ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |    
T  5594728 tccacaactctccatctctttgcattgaccaatggcttcatcaaacctaccgagcttcgcatagattccgaccattgtgttataggacactctatcaaca 5594827  T
Q  708 caaacagatcggagcttcatttcttcatacaggtttagggcgtcttccaagaggttggccttggcatagccatccatcattgcactgtaagtcaccacat 807  Q
     ||| |||||| |||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||  || |||||||| |||     
T  5594828 gaaatagatcgaagcttcatttcttcgtacaaatttagggcatcttccaagaggttagccttggcacaaccatctatcattgtgctataagtcacaacag 5594927  T
Q  808 ttggccaaactctctttgacgacatctcttcgaataccctttctagccaaatcaatttgggcctgcctttacacaaggtgtccaaatatgtgttataagt 907  Q
    |||||||||||||| | || ||||| ||||| || |||| | ||||||||||| ||||||  | ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  5594928 ttggccaaactctcctggaagacatttcttccaagaccc-tcctagccaaatctatttgg--ccgcccttacacaatgtgtccaaataagtgttataagt 5595024  T
Q  908 aaacacatcg-gaacaatacacctgtggtccatttcactcaataatttttgagccatttcccacatgcccttcga 981  Q
    |||  ||||| ||||||||| | | || ||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||    
T  5595025 aaaggcatcgcgaacaatacccttttgatccatttcactcaataacttctgagccgtttcccacatgcccttcga 5595099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 8 - 45
Target Start/End: Original strand, 5589167 - 5589204
Alignment:
Q  8 cagctcatgcattttttggaagagccacaatatgcagt 45  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5589167 cagctcatgcattttttggaagagccacaatatgcagt 5589204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 70; Significance: 5e-31; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 8 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 6624174 - 6623864
Alignment:
Q  8 cagctcatgcattttttggaagagccacaatatgcagtgtttgtcttgtcgtccacttctatccttctttaaatgaccagccttttcagcagcaagttgc 107  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||| ||||| |||| | ||||||| |||| || ||||||||| ||   | ||  || |||||||||||| |||||    
T  6624174 cagctcatacattttctggaagagccacgatatgtagtgatggtcttgttgtcccctcctatccttcattgtgtcacatgctttttcagcagcatgttgc 6624075  T
Q  108 tcgaacatcttcaaaatacggtcctcccccggctgattctgaaaagcaccatcaataacaataggagacgattgttcaatcggatagtcaatggcatcag 207  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||| | || ||||| ||||||| |||| ||||  |||| ||| ||||||||| ||| ||| |||||||  |  |    
T  6624074 tcgaacatcttcaagatccggtcatccccggccttattctaaaaagcatcatcgataagcatagaagaagattgttcactcgtatactcaatggattgcg 6623975  T
Q  208 aagatccattaattccatactccaaagttggtgattgttgagatgcatcaattatggagttgaaagtgaccacatttggctttattcctttctccatcat 307  Q
    |||| | || || |||||| ||||||||||      |  |  ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| |||| |||| | |||||    
T  6623974 aagaacaatgaactccatattccaaagttg------gccggaatgcatcaattttggagttgaaagtcaccaaatttggcttgattcgtttccctatcat 6623881  T
Q  308 tgctataagcaacataa 324  Q
    ||| ||||| |||||||    
T  6623880 tgcaataaggaacataa 6623864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University