View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4713_high_4 (Length: 348)

Name: NF4713_high_4
Description: NF4713
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4713_high_4
NF4713_high_4
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (8-320)||(25988650-25988962)
chr6 (8-320)||(25320999-25321300)
chr6 (8-320)||(26150692-26150993)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 305; Significance: 1e-172; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 8 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 25988962 - 25988650
Alignment:
Q  8 aaataatactcagttagttacataatgaagctttctatcctatttgtagagaaaaatgagtggttagctctataactgtttcacacacttcgtaactaac 107  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25988962 aaataatacccagttagttacataatgaagctttctatcctatttgtagagaaaaatgagtggttagctctataactgtttcacacacttcgtaactaac 25988863  T
Q  108 aaccaaactaccattaagatatacacacgtgtgatatgtttacatctaaaaataattattattatgttagttgaaatcggagatagacaattagaggtta 207  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25988862 aaccaaactaccattaagatacacacacgtgtgatatgtttacatctaaaaataattattattatgttagttgaaatcggagatagacaattagaggtta 25988763  T
Q  208 gacaagttttttcatttgatggaaggttaagcaagggctatgtaagctagtatgtgtgtctcgaagacatcagacttagttgaagctcgagttggacaat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25988762 gacaagttttttcatttgatggaaggttaagcaagggctatgtaagctagtatgtgtgtctcgaagacatcagacttagttgaagctcgagttggacaat 25988663  T
Q  308 gaggcactaaact 320  Q
    |||||||||||||    
T  25988662 gaggcactaaact 25988650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 8 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 25321300 - 25320999
Alignment:
Q  8 aaataatactcagttagttacataatgaagctttctatcctatttgtagagaaaaatgagtggttagctctataactgtttcacacacttcgtaactaac 107  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||    
T  25321300 aaataatacccagttagttacataatgaagctttctatcctatttgcacagagaagtgagtggttagctctacaactttttcacacacttcctaactaac 25321201  T
Q  108 aaccaaactaccattaagatatacacacgtgtgatatgtttacatctaaaaataattattattatgttagttgaaatcggagatagacaattagaggtta 207  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25321200 aatcaaactacaattaagatatacacacgtgtaatatgtttacacctaaaaataa------ttatgatagttgaaatcggagatagacaattagagatta 25321107  T
Q  208 gacaagttttttcatttgatggaaggttaagcaagggctatgtaagctagtatgtgtgtctcgaagacatcagacttagttgaagctcgagttggacaat 307  Q
    ||| ||||||   |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25321106 gacgagtttt---att--atggaaggttaagcaaaggctatgtaagctagtatgtgtgtcccgaagacatcagacttagttgaagctcaagttggacaat 25321012  T
Q  308 gaggcactaaact 320  Q
    |||||||||||||    
T  25321011 gaggcactaaact 25320999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 8 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 26150993 - 26150692
Alignment:
Q  8 aaataatactcagttagttacataatgaagctttctatcctatttgtagagaaaaatgagtggttagctctataactgtttcacacacttcgtaactaac 107  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||    
T  26150993 aaataatacccagttagttacataatgaagctttctatcctatttgcacagagaagtgagtggttagctctacaactttttcacacacttcctaactaac 26150894  T
Q  108 aaccaaactaccattaagatatacacacgtgtgatatgtttacatctaaaaataattattattatgttagttgaaatcggagatagacaattagaggtta 207  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26150893 aatcaaactacaattaagatatacacacgtgtaatatgtttacacctaaaaataa------ttatgatagttgaaatcggagatagacaattagagatta 26150800  T
Q  208 gacaagttttttcatttgatggaaggttaagcaagggctatgtaagctagtatgtgtgtctcgaagacatcagacttagttgaagctcgagttggacaat 307  Q
    ||| ||||||   |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26150799 gacgagtttt---att--atggaaggttaagcaaaggctatgtaagctagtatgtgtgtcccgaagacatcagacttagttgaagctcaagttggacaat 26150705  T
Q  308 gaggcactaaact 320  Q
    |||||||||||||    
T  26150704 gaggcactaaact 26150692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University