View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4714-Insertion-2 (Length: 694)

Name: NF4714-Insertion-2
Description: NF4714
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4714-Insertion-2
NF4714-Insertion-2
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (85-486)||(3399722-3400123)
chr1 (437-694)||(3400158-3400414)
chr1 (373-627)||(42606285-42606539)
chr1 (376-619)||(27120882-27121129)
chr1 (554-670)||(13117050-13117169)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (437-686)||(20000241-20000489)
chr3 (369-486)||(20000089-20000206)
chr3 (458-683)||(8820713-8820938)
chr3 (370-543)||(13411305-13411478)
chr3 (540-687)||(31982185-31982332)
chr3 (377-486)||(8821034-8821143)
chr3 (577-651)||(7850830-7850904)
chr3 (378-468)||(7851088-7851178)
chr3 (415-464)||(31981950-31981999)
chr3 (434-486)||(8820992-8821044)
[»] scaffold0001 (2 HSPs)
scaffold0001 (458-692)||(509712-509945)
scaffold0001 (370-474)||(509582-509686)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (370-651)||(20634509-20634790)
chr4 (378-599)||(36010787-36011008)
chr4 (437-692)||(40287085-40287339)
chr4 (434-652)||(44078873-44079095)
chr4 (370-472)||(40287346-40287448)
chr4 (375-486)||(44079085-44079196)
chr4 (377-468)||(22466359-22466450)
chr4 (377-464)||(16739296-16739383)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (434-692)||(38809836-38810094)
chr8 (512-651)||(33933248-33933387)
chr8 (375-486)||(38810084-38810195)
chr8 (377-461)||(1807272-1807356)
chr8 (434-472)||(33933422-33933460)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (446-650)||(18573355-18573559)
chr7 (370-486)||(18573118-18573229)
chr7 (370-456)||(47405088-47405174)
[»] chr6 (17 HSPs)
chr6 (104-299)||(6672658-6672852)
chr6 (552-670)||(34220276-34220393)
chr6 (512-649)||(28549941-28550078)
chr6 (104-214)||(30812926-30813036)
chr6 (104-214)||(30822189-30822299)
chr6 (147-284)||(19839907-19840044)
chr6 (527-652)||(20130187-20130312)
chr6 (527-652)||(22202558-22202683)
chr6 (539-652)||(20087753-20087865)
chr6 (556-617)||(22749100-22749161)
chr6 (377-453)||(22749223-22749299)
chr6 (437-489)||(34220478-34220530)
chr6 (239-313)||(30822301-30822376)
chr6 (277-313)||(12592726-12592762)
chr6 (415-471)||(20088038-20088094)
chr6 (242-313)||(30813041-30813113)
chr6 (434-486)||(34220439-34220491)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (437-652)||(3470403-3470615)
chr2 (512-644)||(12529974-12530105)
chr2 (511-688)||(19038499-19038677)
chr2 (416-479)||(12530179-12530244)
chr2 (377-486)||(3470257-3470368)
chr2 (561-686)||(42494169-42494293)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (370-486)||(5539042-5539158)
chr5 (435-621)||(5538867-5539051)
chr5 (104-177)||(11830635-11830709)
chr5 (389-467)||(25699468-25699546)
chr5 (434-467)||(21485106-21485139)
[»] scaffold0329 (1 HSPs)
scaffold0329 (207-337)||(18831-18960)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 85 - 486
Target Start/End: Original strand, 3399722 - 3400123
Alignment:
Q  85 cttcggtaacactttataaggtaatctaatagattggagaggaagataaaatagataacaacacaagcaacaaacaaaaaacataatctcatacgataat 184  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3399722 cttcggtaacactttatagggtaatctaatagattggagaggaagattaaatagataacaacacaagcaacaaacaaaaaacataatctcataagataat 3399821  T
Q  185 ggatttcaaaaactacaaatatatctccactcttgtagtgtagtataaagcattctttaaattagaatttgagatttttatgcaaaaacatatgaatgaa 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3399822 ggatttcaaaaactacaaatatatctccacccttgtagtgtagtataaagcattctttaaattagaatttgagatttttatgcaaaaacatatgaatgaa 3399921  T
Q  285 cactaacacctcaaagcaaaagttaatgtcgctcagctacaacagctagcaacgttggaaaaaattgagatttttatacaaaaactggattggtatggag 384  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3399922 caccaacacctcaaagcaaaagttaatgtcgctctgctacaacagctagcaacgttaaaaaaaattgagatttttatacaaaaactggactggtatggag 3400021  T
Q  385 gaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgcttaactcagtttg 484  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||    
T  3400022 gaccataccacgtggactcttatatacattgactattcaacatgtacaacttagcttgatcgttcaggtcacgtgagctccacctgcttagctcagcttg 3400121  T
Q  485 at 486  Q
    ||    
T  3400122 at 3400123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 437 - 694
Target Start/End: Original strand, 3400158 - 3400414
Alignment:
Q  437 agcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgcttaactcagtttgattgtctaagtcatgtgatcaccaccatcaacatcactagcactctctcacg 536  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  3400158 agcttgatcgttcaggtcatgtgagctccacctgcttagctcagtttgattgtctaagtcatgtgatcaccaccatcaacttcactagaactctctcacg 3400257  T
Q  537 ttgttgttcaagtaacattgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtactcttgactc 636  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3400258 tcgttgtccaagtaacattgtggtcctcctcttgagagcatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtacccttgactc 3400357  T
Q  637 cacgcgccttgtacgggacgagcactgcaaggaatattgatcagctccacacgcctag 694  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  3400358 cacgcgccttgtac-ggacgagcactgcaaggaatcttgatcagctccatgcgcctag 3400414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 373 - 627
Target Start/End: Original strand, 42606285 - 42606539
Alignment:
Q  373 attggtatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgct 472  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||| || || || ||    
T  42606285 attggtatagaggaccataccacgtggactctcctatacattgactattcaatatgtacaactcaacttgatcgttcaggtcacgtgaacttcatcttct 42606384  T
Q  473 taactcagtttgattgtctaagtcatgtgatcaccaccatcaacatcactagcactctctcacgttgttgttcaagtaacattgtggtcctcctcttgag 572  Q
    ||  |||||||||| ||  | |||||||||   ||||||| |||  || |||| |||||| | || ||||| |||  |||||||||||||||||||||||    
T  42606385 tagttcagtttgatcgttcaggtcatgtgagttccaccatgaacgccattagctctctcttaagtcgttgtccaaacaacattgtggtcctcctcttgag 42606484  T
Q  573 agtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtac 627  Q
     |||||||||||||  |||  ||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42606485 ggtatctcataacgctccatacgttctgcacggacaagtgacgtgagctgtgtac 42606539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 376 - 619
Target Start/End: Original strand, 27120882 - 27121129
Alignment:
Q  376 ggtatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgcttaa 475  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| |||||||||||||||||| || ||||||||  || ||||||  |||||||||||||||||     
T  27120882 ggtatggaggaccataccacgtggactctcctttacattgactattcaacatgtacaacttagcttgatcattaaggtcatgtgagctccacctgcttag 27120981  T
Q  476 ctcagtttgattgtctaagtcatgtgatcaccaccatcaacatcactagcactctctcacgttgttgttcaagtaacatt----gtggtcctcctcttga 571  Q
    ||||| ||||| ||  | |||| |||| | |||   |||||||||||||| ||||  || ||| |||| |||  ||| ||    ||||||||||||||||    
T  27120982 ctcagcttgatcgttcaggtcacgtgagctccattgtcaacatcactagctctctagcaggttattgtccaaacaacgttgtacgtggtcctcctcttga 27121081  T
Q  572 gagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgag 619  Q
      || ||||||||||||||| | |||||||||| |||| ||| |||||    
T  27121082 aggtgtctcataacgtgccatgtgtcctgcacgaacaagtgatgtgag 27121129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 554 - 670
Target Start/End: Original strand, 13117050 - 13117169
Alignment:
Q  554 ttgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgt-----gccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtactcttgactccacgcgccttgt 648  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |     |||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||| |||| || |    
T  13117050 ttgtggtcctcctcttgag-gtatctcataacataacgcgccacgcgtccttcacggacaagtgacgtgagttgtgtacctttgactccatgcgcattat 13117148  T
Q  649 acgggacgagcactgcaaggaa 670  Q
    |  ||||||||| |||||||||    
T  13117149 a-tggacgagcaatgcaaggaa 13117169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 170; Significance: 7e-91; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 7e-91
Query Start/End: Original strand, 437 - 686
Target Start/End: Original strand, 20000241 - 20000489
Alignment:
Q  437 agcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgcttaactcagtttgattgtctaagtcatgtgatcaccaccatcaacatcactagcactctctcacg 536  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||    
T  20000241 agcttgatcgttcaggtcatgtgagctccacctgcttagctcagtttgattgtctaagtcatgtgatcaccaccatcaacatcattagttctctctcacg 20000340  T
Q  537 ttgttgttcaagtaacattgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtactcttgactc 636  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  20000341 ttgttgtccaagtaacgtcgtggtcctcctcttgagagcatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagttgtgtacccttgactc 20000440  T
Q  637 cacgcgccttgtacgggacgagcactgcaaggaatattgatcagctccac 686  Q
    ||| || ||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  20000441 cacacgtcttgtac-gaacgagcactgcaagaaatcttgatcagctccac 20000489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 369 - 486
Target Start/End: Original strand, 20000089 - 20000206
Alignment:
Q  369 ctggattggtatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacc 468  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  20000089 ctggactggtatggaggaccataccacgtggactcctatatacattgactattcaacatgtacaactcaacttgatcgttcaggtcacgtgagctccacc 20000188  T
Q  469 tgcttaactcagtttgat 486  Q
    |||||| ||||| |||||    
T  20000189 tgcttagctcagcttgat 20000206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 458 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 8820938 - 8820713
Alignment:
Q  458 tgagctccacctgcttaactcagtttgattgtctaagtcatgtgatcaccaccatcaacatcactagcactctctcacgttgttgttcaagtaacattgt 557  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||  | ||||||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||  ||||| |    
T  8820938 tgagctccatctgcttagctcagcttgattgttcaggtcatgtgagctccactatcaacatcactagcgctctctcaagtcgttgtccaagagacattat 8820839  T
Q  558 ggtcctcctc-ttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtactcttgactccacgcgccttgtacgggacg 656  Q
    ||||| || | ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  8820838 ggtccacccccttgagggtatctcataacgtgccactcatcctgcacagacaagtgacgtgagttgtttacccttgactccacgtgccttatac-ggacg 8820740  T
Q  657 agcactgcaaggaatattgatcagctc 683  Q
    ||||  ||||||||  |||||||||||    
T  8820739 agcagagcaaggaaacttgatcagctc 8820713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 370 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 13411478 - 13411305
Alignment:
Q  370 tggattggtatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacct 469  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||   |||| || ||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||   ||||   |||| ||||| |    
T  13411478 tggactggtatggaggatcataccacgtggactctcctatatattgactaatcaacgtgtacaactcagtttgattgtatgggtcgtgtgagttccactt 13411379  T
Q  470 gcttaactcagtttgattgtctaagtcatgtgatcaccaccatcaacatcactagcactctctcacgttgttgt 543  Q
    ||||| ||||| ||||||||  | |||| |||| | ||||  | |||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  13411378 gcttagctcaggttgattgttcatgtcaggtgagctccactgttaacatcactagttctctctcaggttgttgt 13411305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 540 - 687
Target Start/End: Original strand, 31982185 - 31982332
Alignment:
Q  540 ttgttcaagtaacattgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtactcttgactccac 639  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||| |  ||||||||||| ||||| ||| ||||| ||  | ||||  |||||||    
T  31982185 ttgtccaagtaatattgtggtccttctcttggaagtatctcataatgtgtcgtgcgtcctgcacagacaattgatgtgagatgcatgctctaaactccac 31982284  T
Q  640 gcgccttgtacgggacgagcactgc-aaggaatattgatcagctccaca 687  Q
    ||| ||||||| |||| |||| ||| |||||| | ||||||||||||||    
T  31982285 gcgtcttgtac-ggacaagcagtgcaaaggaaaagtgatcagctccaca 31982332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 377 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 8821143 - 8821034
Alignment:
Q  377 gtatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgcttaac 476  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||   ||||||| ||||||||| ||| |||| |||| | |||| ||||| |||||  |||||||| || |||| |    
T  8821143 gtatggaggaccatgccacgtggactctcctatacattgactattcaccatatacaactcaacctgatcgttcaagtcacgagagctccagcttcttagc 8821044  T
Q  477 tcagtttgat 486  Q
    |||| |||||    
T  8821043 tcaggttgat 8821034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 577 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 7850904 - 7850830
Alignment:
Q  577 tctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtactcttgactccacgcgccttgtacg 651  Q
    |||||||||  |||||| || ||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7850904 tctcataacacgccacgtgtgctgcacaaacaagtgatgtgagttgtgtactctttactccacgcgccttgtacg 7850830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 378 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 7851178 - 7851088
Alignment:
Q  378 tatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacc 468  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||||   |||| || |||||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||| ||| |||||||||||    
T  7851178 tatggagaatcatgccacgtggactctcctatagattgactattcaacatgtatagctcagcttgatcgtttaggccacgtgagctccacc 7851088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 415 - 464
Target Start/End: Original strand, 31981950 - 31981999
Alignment:
Q  415 gactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctc 464  Q
    |||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  31981950 gactattcaacaagtccatctcagtttgatcgtccaggtcacatgagctc 31981999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 434 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 8821044 - 8820992
Alignment:
Q  434 ctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgcttaactcagtttgat 486  Q
    ||||| |||||  |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  8821044 ctcaggttgatcattcaggtcacgtgagctccacctacttagctcagtttgat 8820992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 135; Significance: 5e-70; HSPs: 2)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 458 - 692
Target Start/End: Original strand, 509712 - 509945
Alignment:
Q  458 tgagctccacctgcttaactcagtttgattgtctaagtcatgtgatcaccaccatcaacatcactagcactctctcacgttgttgttcaagtaacattgt 557  Q
    ||||||| | |||||||  |||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||  |||| || |||||||||||||    
T  509712 tgagctctatctgcttagttcagtttgattgtctaagtcatgtgagctccgccatcaacatcactagctctctctcaatttgtggtccaagtaacattgt 509811  T
Q  558 ggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtactcttgactccacgcgccttgtacgggacga 657  Q
    ||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| |||| |    
T  509812 ggtcctccttttgagtgcatctcataacgtgccatgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagcggtgtacccttgactccacgcgccttttac-ggacaa 509910  T
Q  658 gcactgcaaggaatattgatcagctccacacgcct 692  Q
    ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  509911 gcagtgcaaggaaacttgatcagctccacacgcct 509945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 370 - 474
Target Start/End: Original strand, 509582 - 509686
Alignment:
Q  370 tggattggtatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacct 469  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||   ||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  509582 tggactggtatggaagaccataccacgtggactctcatatacattgactattcaacatatacggttcaacttaatcgttcaggtcacgtgagctccacct 509681  T
Q  470 gctta 474  Q
    |||||    
T  509682 gctta 509686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 122; Significance: 3e-62; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 370 - 651
Target Start/End: Original strand, 20634509 - 20634790
Alignment:
Q  370 tggattggtatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacct 469  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||| || ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  20634509 tggactggtatggaggaccataccacatggactctcctatacattgaatattcaacatgtacaactcagtttgatcgttcaggtcacgtgagctccacct 20634608  T
Q  470 gcttaactcagtttgattgtctaagtcatgtgatcaccaccatcaacatcactagcactctctcacgttgttgttcaagtaacattgtggtcctcctctt 569  Q
    ||||| || ||||||||  |  | |||| |||| | || |  |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  20634609 gcttagcttagtttgatctttcaggtcacgtgagctcctctttcaacatcactagctctctctcaagttgttgtccaagcaaccttgtggtcctcctctt 20634708  T
Q  570 gagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtactcttgactccacgcgccttgtacg 651  Q
    ||  || |||||||| ||||||||| |||| |||  |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20634709 gaaggtgtctcataatgtgccacgcatcctacacaaacaagtgacgtgagttgtgtacccttgactccacgcgccttgtacg 20634790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 378 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 36011008 - 36010787
Alignment:
Q  378 tatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgcttaact 477  Q
    |||||||||||||||||||||||| | | ||||||| |||||||||||||||||| || | |||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  36011008 tatggaggaccataccacgtggacccttttatacattgactattcaacatgtacagcttaacttgatcgtttaggtcacgtgaactccacctgcttaact 36010909  T
Q  478 cagtttgattgtctaagtcatgtgatcaccaccatcaacatcactagcactctctcacgttgttgttcaagtaacattgtggtcctcctcttgagagtat 577  Q
    ||| ||||| ||  | |||| |||| |  ||   |||||||||||||| ||||||   || |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  36010908 cagcttgatcgttcaggtcacgtgagcttcattgtcaacatcactagctctctctttggtcgttgatcaagcaacattgtggtcctcctcttgaaagtat 36010809  T
Q  578 ctcataacgtgccacgcgtcct 599  Q
     ||||||| |||||||||||||    
T  36010808 atcataacatgccacgcgtcct 36010787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 437 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 40287339 - 40287085
Alignment:
Q  437 agcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgcttaactcagtttgattgtctaagtcatgtgatcaccaccatcaacatcactagcactctctcacg 536  Q
    |||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||   || |||||| ||     |||||||| | ||||  ||||| |||||||| |||||||  |    
T  40287339 agcttgatcgttcagatcacataagctccacctgcttagtccaatttgatcgttccgatcatgtgagctccactttcaacctcactagctctctctccgg 40287240  T
Q  537 ttgttgttcaagtaacattgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtactcttgactc 636  Q
    |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||| | || |||||| |||| |||| |||| ||||||| ||||||||    
T  40287239 ttgttgtctaagcaacattgtggtcctcctcttgaagttatcgcataacgtgccacacatcttgcacgaacaagtgacttgagttgtgtacccttgactc 40287140  T
Q  637 cacgcgccttgtacgggacgagcactgcaaggaatattgatcagctccacacgcct 692  Q
    ||||||| |||||  ||| ||||| ||||| |||   ||||||||| |||||||||    
T  40287139 cacgcgctttgta-tggaggagcagtgcaaagaaacatgatcagctgcacacgcct 40287085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 434 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 44079095 - 44078873
Alignment:
Q  434 ctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgcttaactcagtttgattgtctaagtcatgtgatcaccaccatcaacatcactagcactctctc 533  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  | |  | || | | |||| ||| ||||||||| | |||||||    
T  44079095 ctcagcttgatcgttcaggtcacgtgagctccacctgcttagctcagtttgatcgttcaggataggttagctccacaatcgacatcactaactctctctc 44078996  T
Q  534 ac----gttgttgttcaagtaacattgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtactc 629  Q
     |    || ||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  || ||||||||||  |||| |||| ||| ||  || | |    
T  44078995 tctcatgtcgttgtccaagcaacattgtggtcctccccttgaaagtatctcataacgtgttacacgtcctgcacacacaagtgacatgacctacgtgccc 44078896  T
Q  630 ttgactccacgcgccttgtacgg 652  Q
    || |||||||| |||||||||||    
T  44078895 ttaactccacgtgccttgtacgg 44078873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 370 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 40287448 - 40287346
Alignment:
Q  370 tggattggtatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacct 469  Q
    |||| |||||| || ||||||||||| ||||||| | |||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  40287448 tggaatggtatcgaagaccataccacatggactcttctatacattcactattcaacatgtacaactcagtttgatcattcaggtcacgtgagctccacct 40287349  T
Q  470 gct 472  Q
    |||    
T  40287348 gct 40287346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 375 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 44079196 - 44079085
Alignment:
Q  375 tggtatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgctta 474  Q
    ||||||| |||||  ||||||||||| ||   ||||||| ||  ||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44079196 tggtatgaaggactctaccacgtggagtctcctatacattgatcattcaacgtgtacatcgcagcttgatcattcaggtcacatgaggtccacctgctta 44079097  T
Q  475 actcagtttgat 486  Q
    |||||| |||||    
T  44079096 actcagcttgat 44079085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 377 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 22466450 - 22466359
Alignment:
Q  377 gtatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacc 468  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||    ||||||| ||||||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  22466450 gtatagaggaccataccacatggactttactatacattgactattcaacatatccaactcaacttgattgttcaggtcacaggagatccacc 22466359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 377 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 16739383 - 16739296
Alignment:
Q  377 gtatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctc 464  Q
    ||||||||||||||| ||| || ||||   ||| ||| || |||||||  |||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  16739383 gtatggaggaccatatcacatgtactctcctatgcattgattattcaaattgtacaactcagcttgatcgttcagatcacatgagctc 16739296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 112; Significance: 3e-56; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 434 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 38810094 - 38809836
Alignment:
Q  434 ctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgcttaactcagtttgattgtctaagtcatgtgatcaccaccatcaacatcactagcactctctc 533  Q
    ||||||||||| |||||| |||  ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |  ||| |||| | | |||||||||||||||||| |||||||    
T  38810094 ctcagcttgatcgttcagatcatgtgagctccatctgcttagctcagtttgatcgtccagatcacgtgagctctaccatcaacatcactagctctctctc 38809995  T
Q  534 acgttgttgttcaagtaa-cattgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtactcttg 632  Q
    | || ||||| |||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||||    
T  38809994 aagtcgttgtccaagcaaacattgtggtcctcctcttgagggcatctcataacgtgccacacgtcctgcacgaacaagtgacgtgagttgtgtacccttg 38809895  T
Q  633 actccacgcgccttgtacgggacgagcactgcaaggaatattgatcagctccacacgcct 692  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||| || |||||    
T  38809894 actccatgcgccttttac-ggacgagcaatgcaaggaaacttgatcagctctacgcgcct 38809836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 512 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 33933387 - 33933248
Alignment:
Q  512 tcaacatcactagcactctctcacgttgttgttcaagtaacattgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaat 611  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |    
T  33933387 tcaacatcactagctctctctcaggttgttgtccaagcaacattgtggtcctcctcttgaaggtatctcataacgtgccacccatcttgcacggacaagt 33933288  T
Q  612 gacgtgagctgtgtactcttgactccacgcgccttgtacg 651  Q
    ||| |||| ||| ||| |||||||||| || |||||||||    
T  33933287 gacatgagttgtctacccttgactccaagcaccttgtacg 33933248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 375 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 38810195 - 38810084
Alignment:
Q  375 tggtatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgctta 474  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  38810195 tggtatggaggaccatatcacgtggactctcctatacattgactattcaacatgtacagctcaacttgatcgttcaggtcacgtgagctccatctgctta 38810096  T
Q  475 actcagtttgat 486  Q
     ||||| |||||    
T  38810095 gctcagcttgat 38810084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 377 - 461
Target Start/End: Original strand, 1807272 - 1807356
Alignment:
Q  377 gtatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgag 461  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||    
T  1807272 gtatgtaggaccataccacgtggactcttctataccttgactattcaacatgtacatctcaatttgatcattcaggtcacatgag 1807356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 434 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 33933460 - 33933422
Alignment:
Q  434 ctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgct 472  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  33933460 ctcagcttgatcgttcaggtcacttgagctccacctgct 33933422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 101; Significance: 1e-49; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 446 - 650
Target Start/End: Original strand, 18573355 - 18573559
Alignment:
Q  446 gttcaggtcacatgagctccacctgcttaactcagtttgattgtctaagtcatgtgatcaccaccatcaacatcactagcactctctcacgttgttgttc 545  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| ||| | ||||||||| | ||||||||||| |||||||  |||||||| || ||||| |    
T  18573355 gttcaggtcacatgagctccatctacttagctcagtttgatcgtccaggtcatgtgagctccaccatcaacgtcactagatctctctcaagtcgttgtcc 18573454  T
Q  546 aagtaacattgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtactcttgactccacgcgcct 645  Q
    ||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  18573455 aagcaacattgtggtcctcctctttagggcatctcataacgtgccatgcgtcctgcaccgacaggtgatgtgagttgtgtacccttgactccacgcgcct 18573554  T
Q  646 tgtac 650  Q
     ||||    
T  18573555 ggtac 18573559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 370 - 486
Target Start/End: Original strand, 18573118 - 18573229
Alignment:
Q  370 tggattggtatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacct 469  Q
    |||| ||||||  |||||||||||||||||||      ||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  18573118 tggactggtataaaggaccataccacgtggaca-----atatattgactattcaacatgtacaactcagcttgatcgtacaggtcacgtgagctccacct 18573212  T
Q  470 gcttaactcagtttgat 486  Q
    ||||| ||||| |||||    
T  18573213 gcttagctcagcttgat 18573229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 370 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 47405174 - 47405088
Alignment:
Q  370 tggattggtatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcac 456  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| || |||    ||||||| ||||||||||||| | || |||| ||||| ||||||||||||    
T  47405174 tggactggtatagaggaccataccacatgaactttactatacattgactattcaacatatccagctcaacttgagtgttcaggtcac 47405088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 96; Significance: 1e-46; HSPs: 17)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 104 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 6672852 - 6672658
Alignment:
Q  104 ggtaatctaatagattggagaggaagataaaatagataacaacacaagcaacaaacaaaaaacataatctcatacgataatggatttcaaaaactacaaa 203  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| | || |||| ||||||||||||| |    
T  6672852 ggtaatctaatagatgggggaggaagttaaaatagatatcaatacaagcaacagacagaaaacataatctcataaggta-tggacttcaaaaactacaga 6672754  T
Q  204 tatatctccactcttgtagtgtagtataaagcattctttaaattagaatttgagatttttatgcaaaaacatatgaatgaacactaacacctcaaa 299  Q
    |  |||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  6672753 tgaatctccacccttctactgtagtataaagcattctttaaatcagaaattgtgacttttatacaaaaacataggaatgaatactaacacctcaaa 6672658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 552 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 34220393 - 34220276
Alignment:
Q  552 cattgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtactcttgactccacgcgccttgtacg 651  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||     
T  34220393 cattgtggtcctcctcttgagagtatctcagaacacgccacacgtcttgcacagacaagtgacgtgagctgtgtacccttgactccacgtgccttgtac- 34220295  T
Q  652 ggacgagcactgcaaggaa 670  Q
    ||||||||| | |||||||    
T  34220294 ggacgagcagttcaaggaa 34220276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 512 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 28550078 - 28549941
Alignment:
Q  512 tcaacatcactagcactctctcacgttgttgttcaagtaacattgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaat 611  Q
    |||||||||||||| |||||| | || |||||  ||  |||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||  ||||||||| ||||| |    
T  28550078 tcaacatcactagctctctcttaagtcgttgtgaaaacaacgctgtggtcctcctcttgaaagtatctcataacataccacaagtcctgcacagacaagt 28549979  T
Q  612 gacgtgagctgtgtactcttgactccacgcgccttgta 649  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  28549978 gacgtgagctgtgtacccttgactccacgcgtcttgta 28549941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 104 - 214
Target Start/End: Original strand, 30812926 - 30813036
Alignment:
Q  104 ggtaatctaatagattggagaggaagataaaatagataacaacacaagcaacaaacaaaaaacataatctcatacgataatggatttcaaaaactacaaa 203  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||| |    
T  30812926 ggtaatctaatagatggggaaggaagataaaatagatagcaacacaagcaacatgcagaaaacataatctcataaggccatggatttcaaaaactacaga 30813025  T
Q  204 tatatctccac 214  Q
    || ||||||||    
T  30813026 taaatctccac 30813036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 104 - 214
Target Start/End: Original strand, 30822189 - 30822299
Alignment:
Q  104 ggtaatctaatagattggagaggaagataaaatagataacaacacaagcaacaaacaaaaaacataatctcatacgataatggatttcaaaaactacaaa 203  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||| |    
T  30822189 ggtaatctaatagatggggaaggaagataaaatagatagcaacacaagcaacatgcagaaaacataatctcataaggccatggatttcaaaaactacaga 30822288  T
Q  204 tatatctccac 214  Q
    || ||||||||    
T  30822289 taaatctccac 30822299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 147 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 19840044 - 19839907
Alignment:
Q  147 acaagcaacaaacaaaaaacataatctcatacgataatggatttcaaaaactacaaatatatctcca-ctcttgtagtgtagtataaagcattctttaaa 245  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||| | | |||||| |||||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||| ||||| ||||  |||||    
T  19840044 acaagcaacaaccataaaacataatctcataaggtcatggatatcaaaaactacagataaatctccaccccttgtagtgtagaataaatcattacttaaa 19839945  T
Q  246 ttagaatttgagatttttatgcaaaaacatatgaatgaa 284  Q
    | |||| ||||| ||||||| |||||||||| |||||||    
T  19839944 tcagaaattgag-tttttatacaaaaacataggaatgaa 19839907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 527 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 20130312 - 20130187
Alignment:
Q  527 ctctctcacgttgttgttcaagtaacattgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgta 626  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||   |||||  ||||| ||||| |||| || ||| | || ||| ||||| ||||||    
T  20130312 ctctctcaagttgttgtccaagcaacattgtggttctcctcttgaagatatctagtaacgcgccacacgtcttggacgaataagtgatgtgagatgtgta 20130213  T
Q  627 ctcttgactccacgcgccttgtacgg 652  Q
    | |||||||||| |||| ||||||||    
T  20130212 cccttgactccaagcgctttgtacgg 20130187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 527 - 652
Target Start/End: Original strand, 22202558 - 22202683
Alignment:
Q  527 ctctctcacgttgttgttcaagtaacattgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgta 626  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||   |||||  ||||| ||||| |||| || ||| | || ||| ||||| ||||||    
T  22202558 ctctctcaagttgttgtccaagcaacattgtggttctcctcttgaagatatctagtaacgcgccacacgtcttggacgaataagtgatgtgagatgtgta 22202657  T
Q  627 ctcttgactccacgcgccttgtacgg 652  Q
    | |||||||||| |||| ||||||||    
T  22202658 cccttgactccaagcgctttgtacgg 22202683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 539 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 20087865 - 20087753
Alignment:
Q  539 gttgttcaagtaacattgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtactcttgactcca 638  Q
    ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||  ||| ||| ||||| ||| | |||| || ||| | || ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  20087865 gttgtccaagcaacattgtggttctcctcttgaaggtaactcgtaacgcgccgcacgtcttggacgaataagtgacgtgagatgtgtac-cttgactcca 20087767  T
Q  639 cgcgccttgtacgg 652  Q
     |||||||||||||    
T  20087766 agcgccttgtacgg 20087753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 556 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 22749161 - 22749100
Alignment:
Q  556 gtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtg 617  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||    
T  22749161 gtggttctcctcttgaaggtatctcataacgtgccacacatcctgcacggacaagtgacgtg 22749100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 377 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 22749299 - 22749223
Alignment:
Q  377 gtatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggt 453  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||   | || || |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||    
T  22749299 gtatggaggaccatatcacgtggactctcttttatattgactattcaacatgtacaactaagcttgattgtttaggt 22749223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 437 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 34220530 - 34220478
Alignment:
Q  437 agcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgcttaactcagtttgattgt 489  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  34220530 agctttattgttcaggtcacgtgagctccacctgcttagctcagcttgattgt 34220478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 239 - 313
Target Start/End: Original strand, 30822301 - 30822376
Alignment:
Q  239 ctttaaattagaatttgagattttt-atgcaaaaacatatgaatgaacactaacacctcaaagcaaaagttaatgt 313  Q
    |||||||| |||| |||| |||||| || |||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30822301 ctttaaatcagaaattgaaattttttatacaaagacatgggaatgaatactaacacctcaaagcaaaagctaatgt 30822376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 277 - 313
Target Start/End: Original strand, 12592726 - 12592762
Alignment:
Q  277 tgaatgaacactaacacctcaaagcaaaagttaatgt 313  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12592726 tgaatgaatactaacacctcaaagcaaaagctaatgt 12592762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 415 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 20088094 - 20088038
Alignment:
Q  415 gactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgc 471  Q
    ||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| || || |||||| |||||||    
T  20088094 gactattcaacatgtacaattcaacttgattgttcatgttacgtgagcttcacctgc 20088038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 242 - 313
Target Start/End: Original strand, 30813041 - 30813113
Alignment:
Q  242 taaattagaatttgagattttt-atgcaaaaacatatgaatgaacactaacacctcaaagcaaaagttaatgt 313  Q
    |||||||||| |||| |||||| || |||| ||||  ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||    
T  30813041 taaattagaaattgaaattttttatacaaagacatgggaatgaatactaacacctcaaatcaaaagctaatgt 30813113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 434 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 34220491 - 34220439
Alignment:
Q  434 ctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgcttaactcagtttgat 486  Q
    |||||||||||||||||||| | | ||||| || |||||||||| ||||||||    
T  34220491 ctcagcttgattgttcaggtaaaacgagcttcatctgcttaacttagtttgat 34220439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 93; Significance: 6e-45; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 437 - 652
Target Start/End: Original strand, 3470403 - 3470615
Alignment:
Q  437 agcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgcttaactcagtttgattgtctaagtcatgtgatcaccaccatcaacatcactagcactctctcacg 536  Q
    |||||||  ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||  || | ||||||||| |    |||||||| ||||||||  ||||||| |    
T  3470403 agcttgaacgttcaggtcacataagcttcatctgcttaactcagtttgatcatccaggtcatgtgagctttgccatcaacgtcactagc--tctctcaag 3470500  T
Q  537 ttgttgttcaagtaacattgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtactcttgactc 636  Q
    | ||||| |||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||    
T  3470501 tcgttgtccaagcaacattgttgtcctcctcttgagggcatctcataacgtgtcacgcgtcctgcacggacaagtgacgtgatctgtgtgc-cttgactc 3470599  T
Q  637 cacgcgccttgtacgg 652  Q
    ||||||||||||||||    
T  3470600 cacgcgccttgtacgg 3470615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 512 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 12530105 - 12529974
Alignment:
Q  512 tcaacatcactagcactctctcacgttgttgttcaagtaacattgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaat 611  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||   |||| | ||||| |||| | |||||||||||| || |    
T  12530105 tcaacatcactaactctctctcaggttgttgtcaaagcaacattgtggtccacctcttgaagttatc-cgtaacgcgccatgtgtcctgcacggaaaagt 12530007  T
Q  612 gacgtgagctgtgtactcttgactccacgcgcc 644  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||    
T  12530006 gacgtgagttgtgtacccttgacttcacgcgcc 12529974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 511 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 19038677 - 19038499
Alignment:
Q  511 atcaacatcactagcactctctcacgttgttgttcaagtaacat--tgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggaca 608  Q
    |||||| ||| |||| |||| ||| || ||||| |||| |||||  | ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19038677 atcaacgtcattagctctctatcaagtcgttgtccaagcaacatattatggtcctcctcttgaggatatcccataacgtgccacgcgttctgcacggaca 19038578  T
Q  609 aatgacgtgagctgtgtactcttgactccacgcgccttgtacgggacgagcactgcaaggaatattgatcagctccacac 688  Q
    | | | ||||||| |||||  ||||||||| | | ||||||| ||| |||||  ||||||||  |||||||| |||||||    
T  19038577 agtaatgtgagctatgtaccattgactccatgtgtcttgtac-ggatgagcagggcaaggaaacttgatcagatccacac 19038499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 416 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 12530244 - 12530179
Alignment:
Q  416 actattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctc--cacctgcttaactca 479  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||    
T  12530244 actattcaacatgtacagctcagcttgatcgttcaggtcacgtgagctccacacctgcttaactca 12530179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 377 - 486
Target Start/End: Original strand, 3470257 - 3470368
Alignment:
Q  377 gtatggaggaccataccacgtggactc-ctata-tacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgctta 474  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||  | |||||  ||||||||| ||||| | ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||| |||    
T  3470257 gtatggaggaccataccacgcggactctctccaatacattaactattcaatatgtatagctcagtttgatcgtacaggtcacgtgagctccacctgatta 3470356  T
Q  475 actcagtttgat 486  Q
     ||||| |||||    
T  3470357 gctcagcttgat 3470368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 561 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 42494293 - 42494169
Alignment:
Q  561 cctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagctgtgtactcttgactccacgcgccttgtacgggacgagca 660  Q
    ||||||||||   |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| | || ||  | | | | ||||||| |||||||||| |||||||||    
T  42494293 cctcctcttggatgtatctcataacgtgccatgtgtcctgcacggacaaatgacataagttgccttc-cataactccacacgccttgtac-ggacgagca 42494196  T
Q  661 ctgc-aaggaatattgatcagctccac 686  Q
     ||| |||||| | |||||||||||||    
T  42494195 gtgcaaaggaaaagtgatcagctccac 42494169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 65; Significance: 3e-28; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 370 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 5539158 - 5539042
Alignment:
Q  370 tggattggtatggaggaccataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacct 469  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||||| |||||| |||||    
T  5539158 tggactggtatggaggaccataccacgtggactctcctatacattgactattcaacatgtacaactcaacttgatcattcaggtcacgtgagcttcacct 5539059  T
Q  470 gcttaactcagtttgat 486  Q
    |||||  ||||||||||    
T  5539058 gcttagttcagtttgat 5539042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 435 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 5539051 - 5538867
Alignment:
Q  435 tcagcttgattgttcaggtcacatgagctccacctgcttaactcagtttgattgtctaagtcatgtgatcaccaccatcaacatcactagcactctctca 534  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| |  |||||||||| ||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  5539051 tcagtttgatcgttcaggtcacgtgagctccatctgctcagttcagtttgatcgttcaggtcatgtgagctccaccatcaacgtcactag--ctctctca 5538954  T
Q  535 cgttgttgttcaagtaacattgtggtcctcctcttgagagtatctcataacgtgccacgcgtcctgcacggacaaatgacgtgagct 621  Q
      | ||||| |||| ||| || || ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||  |||| |||||| ||||    
T  5538953 aatcgttgtccaagcaactttttgatcctcctcttgagggtatctcataacgtgccacatgtcctgcacacacaagtgacgtaagct 5538867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 104 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 11830709 - 11830635
Alignment:
Q  104 ggtaatctaatagattggag-aggaagataaaatagataacaacacaagcaacaaacaaaaaacataatctcata 177  Q
    ||||||||||||||| || | || ||||||||||||||| ||  ||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  11830709 ggtaatctaatagatggggggagaaagataaaatagatagcattacaagcaacaaccataaaatataatctcata 11830635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 389 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 25699546 - 25699468
Alignment:
Q  389 ataccacgtggactcctatatacatcgactattcaacatgtacatctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccac 467  Q
    |||||| ||||||||   |||| | |||||||||||| |||||| || | |||||| |||||||||||| |||||||||    
T  25699546 ataccatgtggactctactatataccgactattcaacgtgtacaacttaacttgatcgttcaggtcacaagagctccac 25699468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 434 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 21485139 - 21485106
Alignment:
Q  434 ctcagcttgattgttcaggtcacatgagctccac 467  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21485139 ctcagcttgatcgttcaggtcacatgagctccac 21485106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0329 (Bit Score: 51; Significance: 7e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0329
Description:

Target: scaffold0329; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 207 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 18960 - 18831
Alignment:
Q  207 atctccactcttgtagtgtagtataaagcattctttaaattagaatttgagatttttatgcaaaaacatatgaatgaacactaacacctcaaagcaaaag 306  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||| ||||||| |||||| ||| ||||||| |||||| | |||| |||||||    
T  18960 atctccacccttgcagtgtagtataaatcattatttaaatcagaaattgag-tttttatacaaaaatataggaatgaatactaacccgtcaatgcaaaag 18862  T
Q  307 ttaatgtcgctcagctacaacagctagcaac 337  Q
     |||||| |||| ||||||  ||||||||||    
T  18861 ctaatgttgctctgctacaggagctagcaac 18831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University