View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4716-Insertion-12 (Length: 291)

Name: NF4716-Insertion-12
Description: NF4716
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4716-Insertion-12
NF4716-Insertion-12
[»] chr4 (38 HSPs)
chr4 (8-291)||(46569812-46570095)
chr4 (12-291)||(26363884-26364163)
chr4 (12-289)||(8665027-8665305)
chr4 (16-278)||(40630616-40630878)
chr4 (12-278)||(50674116-50674382)
chr4 (12-278)||(54882652-54882918)
chr4 (15-278)||(6655588-6655851)
chr4 (12-278)||(55085635-55085902)
chr4 (12-278)||(50262968-50263234)
chr4 (68-278)||(2209340-2209550)
chr4 (12-261)||(12073042-12073290)
chr4 (64-289)||(27417273-27417498)
chr4 (12-289)||(41964037-41964313)
chr4 (16-276)||(46703135-46703394)
chr4 (16-258)||(35662094-35662336)
chr4 (16-260)||(379028-379273)
chr4 (16-271)||(33989501-33989756)
chr4 (12-187)||(8647861-8648036)
chr4 (119-289)||(10071505-10071676)
chr4 (125-289)||(8653220-8653385)
chr4 (51-227)||(33089582-33089758)
chr4 (131-289)||(22883141-22883300)
chr4 (131-289)||(22934805-22934964)
chr4 (21-273)||(26699724-26699979)
chr4 (68-253)||(38811405-38811590)
chr4 (116-218)||(10071963-10072065)
chr4 (109-278)||(3785722-3785891)
chr4 (138-278)||(35370732-35370874)
chr4 (138-278)||(35369834-35369971)
chr4 (126-261)||(47514885-47515021)
chr4 (16-208)||(34112314-34112506)
chr4 (83-278)||(25723557-25723752)
chr4 (17-169)||(12119281-12119432)
chr4 (155-257)||(32091222-32091326)
chr4 (111-207)||(6719289-6719384)
chr4 (107-252)||(22629254-22629399)
chr4 (12-45)||(2209578-2209611)
chr4 (106-195)||(43135810-43135897)
[»] scaffold0466 (1 HSPs)
scaffold0466 (15-278)||(6960-7223)
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (12-291)||(11383605-11383884)
chr8 (12-278)||(42435261-42435527)
chr8 (12-281)||(44353424-44353690)
chr8 (12-278)||(40221376-40221643)
chr8 (54-291)||(22976153-22976389)
chr8 (12-278)||(4283178-4283422)
chr8 (12-213)||(40328476-40328677)
chr8 (51-258)||(2999829-3000037)
chr8 (16-278)||(40585356-40585619)
chr8 (141-271)||(20686456-20686586)
chr8 (77-245)||(3846153-3846321)
chr8 (21-214)||(9633816-9634007)
chr8 (108-224)||(40535538-40535652)
chr8 (85-248)||(3817675-3817840)
chr8 (57-254)||(11136796-11136994)
chr8 (126-200)||(10020150-10020224)
chr8 (107-196)||(10101525-10101613)
chr8 (216-278)||(10239720-10239782)
chr8 (12-65)||(18655246-18655299)
chr8 (86-169)||(40873414-40873497)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (12-291)||(40146880-40147159)
chr5 (12-281)||(213097-213367)
chr5 (12-278)||(38746637-38746903)
chr5 (12-259)||(27015183-27015430)
chr5 (15-291)||(5057668-5057942)
chr5 (12-261)||(28277964-28278214)
chr5 (12-289)||(27637884-27638161)
chr5 (73-289)||(16642209-16642424)
chr5 (19-256)||(316419-316655)
chr5 (90-272)||(35615809-35615992)
chr5 (73-272)||(30802579-30802778)
chr5 (76-273)||(10055040-10055238)
chr5 (16-260)||(4160284-4160527)
chr5 (76-278)||(30792872-30793073)
chr5 (108-276)||(14689774-14689942)
chr5 (16-205)||(33906303-33906491)
chr5 (197-289)||(33906586-33906678)
chr5 (17-166)||(21205927-21206076)
chr5 (17-74)||(16641215-16641272)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (12-289)||(1632002-1632279)
chr2 (12-291)||(45726549-45726827)
chr2 (12-291)||(35447154-35447433)
chr2 (12-261)||(42288380-42288628)
chr2 (16-289)||(17450212-17450485)
chr2 (52-289)||(7450921-7451158)
chr2 (16-261)||(33647817-33648064)
chr2 (16-273)||(24397701-24397952)
chr2 (83-278)||(42261950-42262146)
chr2 (83-278)||(30218374-30218570)
chr2 (104-252)||(40935542-40935690)
chr2 (105-166)||(24197643-24197703)
[»] chr1 (27 HSPs)
chr1 (16-289)||(34603197-34603470)
chr1 (12-278)||(29135880-29136145)
chr1 (16-289)||(34602613-34602886)
chr1 (12-278)||(13547359-13547625)
chr1 (12-278)||(13549270-13549536)
chr1 (12-281)||(11348327-11348596)
chr1 (17-289)||(19754112-19754384)
chr1 (12-259)||(37167948-37168195)
chr1 (16-289)||(7482504-7482778)
chr1 (12-278)||(37879181-37879447)
chr1 (12-289)||(47255610-47255881)
chr1 (12-278)||(193244-193509)
chr1 (12-274)||(42298245-42298507)
chr1 (12-289)||(19752307-19752583)
chr1 (12-278)||(37033343-37033605)
chr1 (12-257)||(47114825-47115069)
chr1 (12-257)||(28242041-28242286)
chr1 (21-278)||(41135452-41135709)
chr1 (21-273)||(6808083-6808336)
chr1 (21-258)||(9109680-9109918)
chr1 (12-135)||(31925976-31926099)
chr1 (142-289)||(31928208-31928348)
chr1 (138-257)||(22078995-22079107)
chr1 (16-215)||(16216769-16216966)
chr1 (51-128)||(4535783-4535861)
chr1 (126-171)||(3331283-3331328)
chr1 (78-200)||(38747052-38747173)
[»] chr3 (26 HSPs)
chr3 (12-278)||(49199740-49200007)
chr3 (12-278)||(43404003-43404269)
chr3 (12-289)||(30235745-30236023)
chr3 (12-278)||(43402060-43402326)
chr3 (12-271)||(6095869-6096128)
chr3 (12-289)||(34490833-34491111)
chr3 (12-291)||(54593323-54593603)
chr3 (12-291)||(55302235-55302514)
chr3 (12-278)||(4569583-4569849)
chr3 (12-289)||(47303872-47304149)
chr3 (12-278)||(40912969-40913237)
chr3 (12-278)||(36018482-36018749)
chr3 (16-260)||(46860120-46860365)
chr3 (21-261)||(41819801-41820040)
chr3 (38-289)||(28074238-28074488)
chr3 (17-273)||(5434152-5434410)
chr3 (16-289)||(34795490-34795763)
chr3 (83-278)||(39127191-39127386)
chr3 (90-271)||(26323860-26324042)
chr3 (16-252)||(1683146-1683382)
chr3 (200-278)||(31340499-31340577)
chr3 (16-278)||(35138980-35139250)
chr3 (42-252)||(36796064-36796279)
chr3 (114-169)||(31340448-31340503)
chr3 (109-164)||(1737257-1737311)
chr3 (108-169)||(22859306-22859368)
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (12-281)||(6431600-6431869)
chr7 (12-278)||(2361241-2361507)
chr7 (12-289)||(4512660-4512936)
chr7 (12-258)||(2389934-2390180)
chr7 (12-281)||(34310986-34311256)
chr7 (12-276)||(48599604-48599858)
chr7 (12-278)||(29608373-29608634)
chr7 (12-278)||(6360182-6360448)
chr7 (12-289)||(22269595-22269871)
chr7 (95-291)||(32358189-32358385)
chr7 (16-289)||(3258616-3258890)
chr7 (12-289)||(4510818-4511086)
chr7 (12-289)||(4508976-4509244)
chr7 (17-261)||(22328673-22328919)
chr7 (170-278)||(30814397-30814505)
chr7 (12-127)||(8359588-8359703)
chr7 (83-272)||(5116272-5116462)
chr7 (86-200)||(22552782-22552895)
chr7 (144-193)||(37545308-37545357)
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (12-278)||(3808978-3809245)
chr6 (12-279)||(2973209-2973477)
chr6 (12-291)||(17762606-17762887)
chr6 (16-291)||(21593285-21593560)
chr6 (14-260)||(5043278-5043523)
chr6 (12-289)||(26830394-26830671)
chr6 (16-274)||(22425099-22425358)
chr6 (12-212)||(603350-603550)
chr6 (12-200)||(17757792-17757982)
chr6 (51-242)||(26800438-26800629)
chr6 (18-278)||(25072817-25073076)
chr6 (9-71)||(5741057-5741119)
chr6 (238-279)||(26661580-26661621)
chr6 (238-279)||(26767551-26767592)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (12-276)||(80553-80817)
[»] scaffold0286 (1 HSPs)
scaffold0286 (15-278)||(11190-11453)
[»] scaffold0176 (1 HSPs)
scaffold0176 (12-281)||(18271-18539)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (83-278)||(490785-490981)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (131-289)||(1794-1953)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 38)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 8 - 291
Target Start/End: Original strand, 46569812 - 46570095
Alignment:
Q  8 atgattcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttcc 107  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  46569812 atgattcaataaggaccttctcttttggtttcataagattcacctaagttgttcacaaaagactttccactcatttgtttcccaaccccatgaatctttc 46569911  T
Q  108 ccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttag 207  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||    
T  46569912 ccaaaaggcaccaatccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacctaaagaccttcaacatttag 46570011  T
Q  208 tatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgcttaca 291  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46570012 tatctaaaaccctaaaatttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgcttaca 46570095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 12 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 26364163 - 26363884
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  26364163 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaa 26364064  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||    
T  26364063 aaggccccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaaggccctcaacctttagtatc 26363964  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgcttaca 291  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26363963 taaaaccctaaaagttccctcccttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgggtcatggagtgcttaca 26363884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 12 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 8665305 - 8665027
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8665305 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcctgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 8665206  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  8665205 aaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 8665106  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaac-aaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| |||||||    
T  8665105 taaaaccctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacctaacaaaatgggtcatggagtgctta 8665027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 40630878 - 40630616
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaagg 115  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  40630878 ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaagg 40630779  T
Q  116 caccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa 215  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  40630778 caccaacccttttcacaaaagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa 40630679  T
Q  216 accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40630678 accctaaaagtttcatcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgggtca 40630616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Original strand, 50674116 - 50674382
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||     
T  50674116 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatctttcccat 50674215  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||     
T  50674216 aaggcaccaacccttttcattagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagacccttaacatttagtatt 50674315  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  50674316 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgggtca 50674382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 54882918 - 54882652
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  54882918 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacgagactcacccaagtttctcacaaaagactctacactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaa 54882819  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  54882818 aaggcaccaacccttttcataagagccccctcttttggttctccaagattcacattttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 54882719  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||    
T  54882718 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcactaagcttacccaacaaatgagtca 54882652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 15 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 6655851 - 6655588
Alignment:
Q  15 actaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaag 114  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||| ||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  6655851 actaatgatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcagaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaag 6655752  T
Q  115 gcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa 214  Q
    ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  6655751 gcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttaaagttttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaa 6655652  T
Q  215 aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  6655651 aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagatttaccaagcttacccaacaaatgggtca 6655588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Original strand, 55085635 - 55085902
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  55085635 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacacaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 55085734  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttg-aagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtat 210  Q
    |||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  55085735 aaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggttctccaagatttacatcttgaaagcttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtat 55085834  T
Q  211 ctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  55085835 ctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttcattgagattcaccaagcttacccaacaaatgggtca 55085902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Original strand, 50262968 - 50263234
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| | | |||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  50262968 ttcactaagggtcttctcttttggtttcacaagagtcaccgaggttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 50263067  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||    
T  50263068 aaggcaccaaccctttttccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagactctcaacctttagtgtc 50263167  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||   ||||||||||||||    
T  50263168 taaaaccctaaaagttccctcctttggttttcatgagattcaccaaactttttcaacaaatgggtca 50263234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 68 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 2209550 - 2209340
Alignment:
Q  68 gactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatc 167  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2209550 gactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagtcccctcgtttggttctccaagattcacatc 2209451  T
Q  168 ttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaa 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2209450 ttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcatttgctttccatgagattcaccaagcttacccaa 2209351  T
Q  268 caaatgggtca 278  Q
    |||||||||||    
T  2209350 caaatgggtca 2209340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 12 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 12073290 - 12073042
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  12073290 ttcactaaggatcttctcttttggtttcataagactcacccaagttgctcacaaaagactcttcactcatgtgttttccaaccccatgaatcttccc-aa 12073192  T
Q  112 aaggcaccaaccctttt-cacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtat 210  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  12073191 aaggcaccaaccctttttcccaagag-cccctcttttggttctccaagatttacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtat 12073093  T
Q  211 ctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctt 261  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12073092 ctaaaaccctaaaagttccatcctttggtttccatgagattcaccaagctt 12073042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 64 - 289
Target Start/End: Original strand, 27417273 - 27417498
Alignment:
Q  64 aaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattca 163  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  27417273 aaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaagacaccaacccctttcccaagagccccttcttttggttctccaagattca 27417372  T
Q  164 catcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgc 263  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  27417373 catcttaaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggttttcatgagattcaccaagcttac 27417472  T
Q  264 ccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  27417473 ccaacaaatgggtcatggagtgctta 27417498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 12 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 41964313 - 41964037
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  41964313 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctctactcatgtgtttcccaaccccatgaatctttcccaa 41964214  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||  || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  41964213 aag--actaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcatgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 41964116  T
Q  212 ta-aaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    || | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | || |||||||||||| | |||||||    
T  41964115 tacataccctaaaagttccctcctttgatttccatgagattcaccaaactttctcaccaaatgggtcatagagtgctta 41964037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 16 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 46703394 - 46703135
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaagg 115  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| | |||||||||| |||| |||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  46703394 ctaaggattttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctgacaaaagactctccattcatgt-tttcccatccccatgaatcttccccaaaagg 46703296  T
Q  116 caccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa 215  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  46703295 caccaacccttttcccaagagccccctcttttgattctcgaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa 46703196  T
Q  216 accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggt 276  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | || |||||||||    
T  46703195 accctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagcctcctcagcaaatgggt 46703135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 16 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 35662336 - 35662094
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaagg 115  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||  ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35662336 ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaagaactctccattcatgtgttttccaaccccatgaatcttccccaaaagg 35662237  T
Q  116 caccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa 215  Q
    ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  35662236 caccaacccttttcctaagagccccctcttttggttctccaagattcacatattgaagctttgaacctcacccaaagactctcaacctttagtatctaaa 35662137  T
Q  216 accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaag 258  Q
    | ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  35662136 atcctaaaagttctctcatttggtgtccatgagattcaccaag 35662094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 16 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 379273 - 379028
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaagg 115  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| |||  | ||||||||||||||||||||    
T  379273 ctaaggatcttctcttttgatttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccattctcatgaatcttccccaaaagg 379174  T
Q  116 caccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatcta-a 214  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| |    
T  379173 caccgacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcatgaagctttgaacctcacccaaagtccctcaacctttagtatctaca 379074  T
Q  215 aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagct 260  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  379073 aatcctaaaagttctctcctttggtttccacgagattcaccaagct 379028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 16 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 33989756 - 33989501
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaagg 115  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| |||| |||||||||||  |||||||||    
T  33989756 ctaaggatcttctcttttggtttcaaaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaatcccatgaatctctcccaaaagg 33989657  T
Q  116 caccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa 215  Q
    |||||||| || || |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  33989656 caccaacc-ttctcccaagagccccctattttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaaactttagtatctaaa 33989558  T
Q  216 -accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaa 271  Q
     ||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33989557 taccctaaaagttatctgctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaa 33989501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 12 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 8648036 - 8647861
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8648036 ttcactaaggatcttctcttttgatttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcctgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 8647937  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacc 187  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8647936 aaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacc 8647861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 119 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 10071676 - 10071505
Alignment:
Q  119 caacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaaacc 218  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  10071676 caacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttaaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaacc 10071577  T
Q  219 ctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaac-aaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  10071576 ttaaaagttccctcctttgatttccatgagattcaccaagattacccaacaaaatgggtcatggagtgctta 10071505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 125 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 8653385 - 8653220
Alignment:
Q  125 ttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaaaccctaaaa 224  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  8653385 ttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaa 8653286  T
Q  225 gttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaac-aaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| |||||||    
T  8653285 gttctctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacctaacaaaatgggtcatggagtgctta 8653220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 51 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 33089758 - 33089582
Alignment:
Q  51 ccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttgg 149  Q
    |||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||| || ||||||| |||||||||| | | |||||| |||||||||||     
T  33089758 ccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttttcgaccccatgaatctctctccaaaagacaccaaccctctcc-caagagccccctcttttga 33089660  T
Q  150 ttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaaaccctaaaagtt 227  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  33089659 ttctccaagattcacatcttcaaactttgaacctcacccaaagaccctcaatctttagtatctaaatacctaaaagtt 33089582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 131 - 289
Target Start/End: Original strand, 22883141 - 22883300
Alignment:
Q  131 caagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa-accctaaaagttcc 229  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  22883141 caagagccccctctttttgttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcactcaaatagtctcaacctttagtatctaaataccctaaaatttcc 22883240  T
Q  230 ctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| | || |||||||    
T  22883241 ctcatttggtttccatgagattcaccaagcttactcaacaaatgggttaaggagtgctta 22883300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 131 - 289
Target Start/End: Original strand, 22934805 - 22934964
Alignment:
Q  131 caagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa-accctaaaagttcc 229  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  22934805 caagagccccctctttttgttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcactcaaatagtctcaacctttagtatctaaataccctaaaatttcc 22934904  T
Q  230 ctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| | || |||||||    
T  22934905 ctcatttggtttccatgagattcaccaagcttactcaacaaatgggttaaggagtgctta 22934964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 21 - 273
Target Start/End: Original strand, 26699724 - 26699979
Alignment:
Q  21 gatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcacc 119  Q
    |||| |||||||||||||   |||| |||||  |||||||||| || || | ||||||||| | | | || ||||||||||||| | |  ||||||||||    
T  26699724 gatcatctcttttagttttctaagactcatctgagttgttcactaatgaatctccactcatgtatctcccgaccccatgaatctcttctgaaaaggcacc 26699823  T
Q  120 aacccttttcacaagagtcccct-cttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa-ac 217  Q
    |||||||||  |||||  ||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||  |    
T  26699824 aaccctttttccaagatcccccttcatttggctctctaagattcacatcttgaagttttgaacctcaaccaaagatcttcaacctttagtatctaaatgc 26699923  T
Q  218 cctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatg 273  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  26699924 cctacaagttccctcatttggtttccatgagattcacaaagcttgctcaacaaatg 26699979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 68 - 253
Target Start/End: Original strand, 38811405 - 38811590
Alignment:
Q  68 gactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacat 166  Q
    |||| |||||| || ||||| | |||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38811405 gactctccacttatgtgtttcctaacctcatgaatctctccgcaaaagacaccaaccctttcc-caagag-cccctctttgggttctccaagattcacat 38811502  T
Q  167 cttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa-aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattca 253  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38811503 cttaaagctttgaacctcacccaaataccctcaacctttagtatctaagtaccctaaaagttccctcctttagtttccatgagattca 38811590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 116 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10072065 - 10071963
Alignment:
Q  116 caccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  10072065 caccaacccttttcacaagagccccctcttttagttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa 10071966  T
Q  216 acc 218  Q
    |||    
T  10071965 acc 10071963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 109 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 3785891 - 3785722
Alignment:
Q  109 caaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagt 208  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||  |||| |||||||    
T  3785891 caaaaggcaccaacccttttc-caagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaatctcgcctaaagactctcaacctttagt 3785793  T
Q  209 atcta-aaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||| |   | |||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||    
T  3785792 atccatgtatcctaaaagttccatcctttgatttccatgagatccaccaaacttactcaacaaatgggtca 3785722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 138 - 278
Target Start/End: Original strand, 35370732 - 35370874
Alignment:
Q  138 cccctctttt-ggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa-accctaaaagttccctcctt 235  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  35370732 cccctcttttaggttctccaagattcacatcttaaagctttgaacctctcccaaagaccctcaacctttagtatctaaataccttaaaagttccctcctt 35370831  T
Q  236 tggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    || ||||||||||||||| ||||||| | ||| | ||||||||    
T  35370832 tgatttccatgagattcatcaagcttactcaatagatgggtca 35370874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 138 - 278
Target Start/End: Original strand, 35369834 - 35369971
Alignment:
Q  138 cccctctttt-ggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctccttt 236  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    |||||||||||||||||    
T  35369834 cccctcttttaggttctccaagattcacatcttaaatctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa----taaaagttccctccttt 35369929  T
Q  237 ggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
      ||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||    
T  35369930 aatttccatgagattcatcaagcttactcaacagatgggtca 35369971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 126 - 261
Target Start/End: Original strand, 47514885 - 47515021
Alignment:
Q  126 tttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa-aaccctaaaa 224  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| | |||  |||||||||    
T  47514885 tttcccaagagtccactcttttggttcaccaagattcatatcttgaagctttgaacttcacccgaagaccttcaacctttagtgtttaagtaccctaaaa 47514984  T
Q  225 gttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctt 261  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||  |||||||    
T  47514985 gttcactcatttggtttccatgagattccacaagctt 47515021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 16 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 34112506 - 34112314
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaag 114  Q
    ||||||||||||  ||||  |||  |||||||||||||||||| ||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||    
T  34112506 ctaaggatcttcagttttgtttttccaagattcatccaagttgctcacagatgactctccactcatgtgttttccaaccccgtgaacctctccccaaaag 34112407  T
Q  115 gcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagt 208  Q
    |||||||||||||||  ||||| | | ||||| |||| |||||||||||||  | ||   |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  34112406 gcaccaacccttttc-taagagcctcgtctttaggttatccaagattcacaattggacattttgaatctcacacaaagaccctcaatctttagt 34112314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 83 - 278
Target Start/End: Original strand, 25723557 - 25723752
Alignment:
Q  83 tgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaac 181  Q
    ||||| ||||||||| ||| || || ||||||||||  |||| || || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25723557 tgtttcccaaccccacgaagctctctccaaaaggcattaaccattatc-caagagctccctcttttggttctccaagattcacattttgaagctttgaac 25723655  T
Q  182 ctcac-ccaaagaccttcaatctttagtatctaa-aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||| | ||||||||  ||||  ||||||||  ||  ||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| |  ||||||| |||||    
T  25723656 ctccctccaaagac--tcaacatttagtattgaagtaccctaagagttcactcatttggtttccatgaaattcaccaagcttacttaacaaataggtca 25723752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 12119432 - 12119281
Alignment:
Q  17 taaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggc 116  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  || |||| ||| ||||||| || |  ||||| || |||||  ||||||||||||||||||| ||| ||     
T  12119432 taaggatcttctcttttggtttcacaagacacacccaaattgctcacaaatgattcaccactaatgtgtttcgcaaccccatgaatcttcccaaaaggga 12119333  T
Q  117 accaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatctt 169  Q
    |||||||| |||| ||||||| |||| ||||  |||||||||||||| |||||    
T  12119332 accaaccc-tttcccaagagttcccttttttaattctccaagattcatatctt 12119281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 155 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 32091326 - 32091222
Alignment:
Q  155 caagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa--accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattc 252  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||| |||  ||| ||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||    
T  32091326 caagattcacatcttgaagttttgaacctcactcaaagaccctcaacatttagtatccaaaataccttaaaaattccctcttttagtttccatgaaattc 32091227  T
Q  253 accaa 257  Q
    |||||    
T  32091226 accaa 32091222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 111 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 6719384 - 6719289
Alignment:
Q  111 aaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttag 207  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||| ||||||    
T  6719384 aaaggcatcaaccctttcc-caagaatccactcttttagttttccaagattcacatcttgaacctttgaatctcaccctaaaaccttcaacctttag 6719289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 107 - 252
Target Start/End: Original strand, 22629254 - 22629399
Alignment:
Q  107 cccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatcttta 206  Q
    |||||||||||| |||| ||||  ||| | || ||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||| || |||||||| ||||  | || |||||    
T  22629254 cccaaaaggcactaaccattttt-caatattctcctattttggttctccaagattcacatcttgaacttttaaatctcacccagagacactgaaccttta 22629352  T
Q  207 gtatctaaa-accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattc 252  Q
    || ||||||   ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  22629353 gtttctaaatttcctaaaagttcactcatttggtttctatgagattc 22629399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 2209611 - 2209578
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaaga 45  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2209611 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaaga 2209578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 195
Target Start/End: Original strand, 43135810 - 43135897
Alignment:
Q  106 ccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagacc 195  Q
    ||||||||| |||||||||| | | |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||  |||| ||| |||||||||||||    
T  43135810 ccccaaaagacaccaaccctct-ctcaagag-cccctcttttggttcaccatgattcacatttggacactttaaacatcacccaaagacc 43135897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0466 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: scaffold0466
Description:

Target: scaffold0466; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 15 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 7223 - 6960
Alignment:
Q  15 actaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7223 actaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgttttccaaccccatgaatcttccccaaaag 7124  T
Q  115 gcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa 214  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  7123 gcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaa 7024  T
Q  215 aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7023 aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgggtca 6960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 12 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 11383884 - 11383605
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  11383884 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactttccacttatgtatttcccaaccccatgaatcttcctcaa 11383785  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  11383784 aaggcaccaacccttttcacaatagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 11383685  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgcttaca 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||    
T  11383684 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcctaacaaatgggacatggagtgcttaca 11383605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Original strand, 42435261 - 42435527
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42435261 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcactcaagttgctcacaaaagactctccattcatatgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 42435360  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    ||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  42435361 aagtcaccaacctttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 42435460  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  42435461 taaaaccctaaaagtttcctcctttggtttccatgagattcaccaagcttaccgaacaaatgggtca 42435527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 12 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 44353690 - 44353424
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||  | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44353690 ttcactaagaatcttttcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcaccgatgactctccactcatgtgttttccaaccccatgaatcttctccaa 44353591  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||   |||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  44353590 aaggcaccaaccctcttcacaagagccccctcttttagttctccaagattc---tcttgaagttttaaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 44353494  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatgg 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  44353493 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgagtcatgg 44353424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 40221643 - 40221376
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||| | |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40221643 ttcactaaggatcttctcttttggttttacaagactcacctaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 40221544  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    ||||||| ||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||| |||||||||||| | ||||||||||    
T  40221543 aaggcactaacccctttcccaagagccccctattttggttctcgaagattcacatcttgaagttctaaacctcatccaaagaccttccacctttagtatc 40221444  T
Q  212 taaaaccctaaaagtt-ccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
     ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  40221443 aaaaaccctaaaagttcccctcctatggtttccatgagattcaccaagcttactcaacaaatgggtca 40221376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 54 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 22976389 - 22976153
Alignment:
Q  54 agttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttct 153  Q
    ||||| |||||| ||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | ||||||||||||||    
T  22976389 agttgctcacaatagactcttcactcatgtgttttc-aaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccctttttccaagagcctcctcttttggttct 22976291  T
Q  154 ccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattca 253  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  22976290 ccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaactctaaaagttcactcctttggtttcgaagagattca 22976191  T
Q  254 ccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgcttaca 291  Q
    | |||||| |||||||||||||| |||| |||||||||    
T  22976190 ctaagcttacccaacaaatgggttatggagtgcttaca 22976153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 4283422 - 4283178
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  4283422 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcaaccaagtttctcacaaaagactttccactcatgtgtttcccaaccccatgaatctttcccaa 4283323  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |                      || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  4283322 a----------------------agccccctcttttggttctccaagatccacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 4283245  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  4283244 taaaaccctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacacaacaaatgggtca 4283178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 12 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 40328677 - 40328476
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| | ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||    
T  40328677 ttcactaaagatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctacactcatgtgtttcccatccccatgaatcttccctaa 40328578  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  40328577 aaggcaccaacccttttcccaagaaccccctcttttggttctccaagattcacatcatgaagctttgaacctcacccaaagaccctaaatctttagtatc 40328478  T
Q  212 ta 213  Q
    ||    
T  40328477 ta 40328476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 51 - 258
Target Start/End: Original strand, 2999829 - 3000037
Alignment:
Q  51 ccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatctt-ccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttgg 149  Q
    |||||||| ||||||  |||| || |||||| |||||  || ||||||||||||| ||||||||| |||||||| | | | |||||  ||||||||||||    
T  2999829 ccaagttgctcacaattgactctctactcatgtgtttctcatccccatgaatctttccccaaaagacaccaaccatatcc-caagaaccccctcttttgg 2999927  T
Q  150 ttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa-accctaaaagttccctcctttggtttccatgag 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  2999928 ttctccaagattcacatcttgaagctttgaacatcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaattccctaaaagttctctcctttggtttctatgag 3000027  T
Q  249 attcaccaag 258  Q
    ||||||||||    
T  3000028 attcaccaag 3000037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 16 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 40585619 - 40585356
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaag 114  Q
    |||||||||||||||||| || |  ||| | ||| |||| ||| ||||||| |||| |||  | || ||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  40585619 ctaaggatcttctcttttggtctaccaatactcacccaaattgctcacaaa-gactctcctttgatgtgttttcaaaccccatgaatctctcaccaaaag 40585521  T
Q  115 gcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa 214  Q
     || ||||||| | || ||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | || |||||||||||||    
T  40585520 acatcaaccctctccaaaagagcccactcttttgattctcaaatattcacatcttgaagctttgaacctcaaccaaagactcttaacctttagtatctaa 40585421  T
Q  215 a-accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    | || |||||||||   ||||||||||| ||||||||| | ||||||  | ||||||||||||||    
T  40585420 atactctaaaagttatttcctttggttttcatgagattaatcaagctcacgcaacaaatgggtca 40585356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 141 - 271
Target Start/End: Original strand, 20686456 - 20686586
Alignment:
Q  141 ctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa-accctaaaagttccctcctttggt 239  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||||  ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||    
T  20686456 ctcttttggttatccaagattcacatcttgaagctttgaacttcacc-aaagatcctcaacatttagtatctaagtaccctgaaagttccctcctttggt 20686554  T
Q  240 ttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaa 271  Q
    ||| |||||||||||| ||||| |||||||||    
T  20686555 ttcaatgagattcaccgagcttacccaacaaa 20686586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 77 - 245
Target Start/End: Original strand, 3846153 - 3846321
Alignment:
Q  77 ctcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagct 175  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||| | | |||||||||||| ||||||||||||  |||| ||    
T  3846153 ctcatgtgtttcccaaccccatgaatctctccccaaaagacaccaactcttttc-caagag-ctcttcttttggttcttcaagattcacattatgaacct 3846250  T
Q  176 ttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa-aaccctaaaagttccctcctttggtttccat 245  Q
    ||||| ||||| |||  ||| |||| ||||||| || ||  ||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  3846251 ttgaatctcactcaagaaccctcaacctttagtttcaaagtaccctgaaagttttctcctttggtttccat 3846321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 21 - 214
Target Start/End: Original strand, 9633816 - 9634007
Alignment:
Q  21 gatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcacca 120  Q
    ||||||||| ||| |||||  |||||||| |||||||| ||||||| |||| ||  || || ||||| |||||||||| |||||  ||||||||| ||||    
T  9633816 gatcttctcgtttggtttcctaagattcacccaagttgctcacaaatgactctcatcttatgtgtttaccaaccccattaatctctcccaaaaggtacca 9633915  T
Q  121 acccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa 214  Q
    ||| ||||||  ||||  || ||||||| || | |||||||||||| | ||  ||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||| |||||    
T  9633916 acctttttca--agagcgccatcttttgattattcaagattcacatttggacactttgaatctcacccaaagacgttcgacctttagtttctaa 9634007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 108 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 40535652 - 40535538
Alignment:
Q  108 ccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttag 207  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||  ||||||||||||||||  ||||| |||| |||||| |||||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  40535652 ccaaaaggcatcaacccttt-ctcaagaaccccctcttttggttctaaaagatccacaacttgaaactttgaacc--acccaaagaccatcaatctttag 40535556  T
Q  208 tatctaaa-accctaaaa 224  Q
    |||||||| |||||||||    
T  40535555 tatctaaataccctaaaa 40535538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 85 - 248
Target Start/End: Original strand, 3817675 - 3817840
Alignment:
Q  85 ttttccaaccccatgaatcttcc-ccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcc--cctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaac 181  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| ||    |||||||||||| ||||| || |||||| || |||||||     
T  3817675 ttttccaaccccatgaatctttctccaaaaggcaccaacccttttc-caagagccctaattcttttggttcttcaagaatcccatcttcaacctttgaa- 3817772  T
Q  182 ctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa-aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgag 248  Q
     | || || | ||| |||| ||||||| |||||  ||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  3817773 tttactcagaaaccctcaacctttagtttctaagtaccctaaaagttttctcctttggtttccatgag 3817840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 57 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 11136994 - 11136796
Alignment:
Q  57 tgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctcc 155  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||| |||||||| |||| ||||| || ||||||||||||| | |||  |||| |||||| || ||||||| |||||||    
T  11136994 tgtttacaaatgactctccactcatgtgttttcctacccaatgaacctctccccaaaaggcatcgaccaatttc-caagagccctctcttttagttctcc 11136896  T
Q  156 aagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa-aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcac 254  Q
    || ||||| || | ||   |||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | |||   |||||||| |  | |||||| |||||||||||||||||    
T  11136895 aaaattcatatttggacaatttgaatctcacccaaagacccccaacctttagtttttaagttccctaaaaatctcatcctttagtttccatgagattcac 11136796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 10020224 - 10020150
Alignment:
Q  126 tttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaa 200  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||   |||||| |||||| ||||||| ||||    
T  10020224 tttcccaagagccccctcttttggttctctaagattcacatattgatcatttgaatctcacctaaagaccctcaa 10020150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 107 - 196
Target Start/End: Original strand, 10101525 - 10101613
Alignment:
Q  107 cccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagacct 196  Q
    ||||||| ||| ||||||||| | |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||  | ||||| ||||| |||||||||    
T  10101525 cccaaaatgcagcaaccctttcc-caagagcctcctcttttggttctccaaggttcacattttgacccattgaatctcactcaaagacct 10101613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 216 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 10239782 - 10239720
Alignment:
Q  216 accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  ||||||| | ||||||| ||||||    
T  10239782 accctaaaagttccctctattgatttccatgagattcgtcaagcttactcaacaaaagggtca 10239720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 18655299 - 18655246
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaa 65  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| | |||||| ||||||    
T  18655299 ttcactaaggatcttctcttttgatttcacaagactcaccgaagttgctcacaa 18655246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 86 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 40873497 - 40873414
Alignment:
Q  86 tttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatctt 169  Q
    |||||| |||||||||||  | |||||||||||| |||| ||||| ||||| || ||||| ||||||| | ||||||||||||||    
T  40873497 tttccacccccatgaatccctacccaaaaggcactaacctttttc-caagaatctcctctcttggttccctaagattcacatctt 40873414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 12 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 40147159 - 40146880
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40147159 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 40147060  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  40147059 aaggcaccaaccattttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 40146960  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgcttaca 291  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||    
T  40146959 taaaaccctaaaagtttcatcctttggtttccatgagattcaccaagcttaaccaacaaatgggtcatggagtgcttaca 40146880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 12 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 213367 - 213097
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  213367 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaa 213268  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctcc-aagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtat 210  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  213267 aaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctcccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtat 213168  T
Q  211 ctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatgg 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  213167 ctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcatcaagcttacccaaaaaatgggtcatgg 213097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 38746903 - 38746637
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| || |||| |||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38746903 ttcaataaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcgcaaatgactctccactcacgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 38746804  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  38746803 aaggcaccaacccttttcttaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaactttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 38746704  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  38746703 taaaaccctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgagtca 38746637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 12 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 27015430 - 27015183
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  27015430 ttcactaaggatcttctcttttggttttacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgattcttccccaa 27015331  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  27015330 aaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgatcctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 27015231  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagc 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||    
T  27015230 taaaaccctaaaagttccctcctttgatttccattagattcgccaagc 27015183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 15 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 5057942 - 5057668
Alignment:
Q  15 actaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5057942 actaaggatcttctcttttggtttcacaagactcgcccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgttttccaaccccatgaatcttccccaaaag 5057843  T
Q  115 gcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa 214  Q
    ||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  5057842 gcaccaacctttttcccaaaag-cccctcttttggttctcaaagattcacatcttgaagctttgatcctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaa 5057744  T
Q  215 aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgcttaca 291  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |    |||||||||||||||| |||||||||    
T  5057743 aaccctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcacccagc-tctttaacaaatgggtcatggagtgcttaca 5057668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 12 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 28278214 - 28277964
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    ||||||||  ||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||| |||||| || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28278214 ttcactaacaatcttctcttttgatttcacaagactcacccaagttgctcacaatagtctctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 28278115  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccc-tcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtat 210  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  28278114 aaggcaccaacccttttcccaagagcccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcatccaaagaccctcaacctttagtat 28278015  T
Q  211 ctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctt 261  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  28278014 ctaaaaccctaaaagtttcctcctttagtttccttgagattcaccaagctt 28277964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 12 - 289
Target Start/End: Original strand, 27637884 - 27638161
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctct--tttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttcccc 109  Q
    |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||| |||||||| ||| |||||||| | ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||     
T  27637884 ttcactaaggatcttctctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcataaaagactcttcactcatgtgtttcctaaccccatgaatcttccc- 27637982  T
Q  110 aaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagta 209  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||| ||||||||    
T  27637983 aaaatgcaccaacccttttcccaagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaa-ctttgaacctcacccaaagattctcaacctttagta 27638081  T
Q  210 tctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||||||||||||| | |||||||    
T  27638082 tctaaaaccttaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcctttttaacaaatgggtcatagagtgctta 27638161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 73 - 289
Target Start/End: Original strand, 16642209 - 16642424
Alignment:
Q  73 tccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttga 171  Q
    ||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  16642209 tccactcatgtgtttcctaaccccatgaatctgtccccaaaaggcaccaaccctttcc-caagag--ccctcttttggttcttcaagattcacttcttga 16642305  T
Q  172 agctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa-accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaa 270  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16642306 agctttgaacctcacccaaagaccatcaacctttagtatctaaataccctaaaagtgctctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaa 16642405  T
Q  271 atgggtcatggtgtgctta 289  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  16642406 atgggtcatggagtgctta 16642424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 316655 - 316419
Alignment:
Q  19 aggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggca 117  Q
    ||||| ||||||||| || || ||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||   | || ||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  316655 aggattttctcttttggtctcccaagattca-ccaagttgctcacaaa-gactctcttttgatgtgtttcccaaccttatgaatctctccccaaaaggca 316558  T
Q  118 ccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa-aa 216  Q
    |||||||| | | |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  |    
T  316557 ccaaccctctcc-caagagcccccccttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaagta 316459  T
Q  217 ccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcacca 256  Q
    |  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  316458 caataaaagttctctcctttagtttccatgagattcacca 316419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 90 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 35615992 - 35615809
Alignment:
Q  90 caaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcaccc 188  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  35615992 caactccatgaatctctccccaaaaggcatcacccctttcc-caagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcactc 35615894  T
Q  189 aaagaccttcaatctttagtatctaaa-accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaat 272  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||   || ||||||||| | |||||||||||||||| | ||||||||    
T  35615893 aaagaccctcaacctttagtatctaaatactctaaaagttttttcatttggtttcaaggagattcaccaagcttacgcaacaaat 35615809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 73 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 30802778 - 30802579
Alignment:
Q  73 tccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttga 171  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||| | ||||||||||||||| |||||  ||||| |||    
T  30802778 tccactcatgtgttttctaaccccatgaatctctccccaaaaggcacaaaccctttcc-caagagcctcctcttttggttctctaagata-acatcatga 30802681  T
Q  172 agctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa-accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaa 270  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| ||  | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | | ||||||    
T  30802680 agctttgaacctcacctaaagaccctcaacctagaatatctaaataccctaaaagttccctcatttggtttccatgagattcaccaagcgtactcaacaa 30802581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 76 - 273
Target Start/End: Original strand, 10055040 - 10055238
Alignment:
Q  76 actcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagc 174  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||||||| ||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10055040 actcatgtgtttcccaaccccgtgaatctctccccataaggcaccaaacctttcc-caagagccctctcttttggttctccaagattcacatcttgaagc 10055138  T
Q  175 tttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa-aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatg 273  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||  || ||||| ||||| || |||| |||| |||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  10055139 tttgaatctcacccaaaaaccttcaatctttagtatccaagtactctaaatgttccatcatttgatttctatgagattcaccaaacttactcaacaaatg 10055238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 16 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 4160527 - 4160284
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaag 114  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||| ||||||| |||| |||||| |  || || ||||||| |||||||| ||||||||||    
T  4160527 ctaaggatcttctcttttggtttcccaagattcaccctagttgctcacaaatgactctccacttacgtg-ttcccaaccctatgaatctctccccaaaag 4160429  T
Q  115 gcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa 214  Q
     |||  |||| | || |||||| |||||||||| |||||||| ||||||| |||| || |||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  4160428 acacttaccc-tctcccaagagccccctcttttagttctccaggattcacttctttaaactttgaacatcacccaaa-accctcaaactttagtatctaa 4160331  T
Q  215 a-accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagct 260  Q
    | |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  4160330 ataccctaaatgttctctcatttggtttccatgagattcaccgagct 4160284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 76 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 30793073 - 30792872
Alignment:
Q  76 actcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagc 174  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||| || | | | |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  30793073 actcatgtgtttcccaaccccatgaatatctccccaaaaggcaccaacc-ttttcccaa-agccacatattttggttctccaagata-acatcttgaagc 30792977  T
Q  175 tttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa-accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatg 273  Q
    ||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||||  ||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||    
T  30792976 tttgaacatcacctaaagaccctcaacctttagtatctaattaccctaaaagtttactcatttggtttccatgagattcaccaagcttacttaacaaatg 30792877  T
Q  274 ggtca 278  Q
    |||||    
T  30792876 ggtca 30792872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 108 - 276
Target Start/End: Original strand, 14689774 - 14689942
Alignment:
Q  108 ccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttag 207  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| | || ||| |     
T  14689774 ccaaaaggcaccaacccttt-cacaagaaccccttcttttggttctccaaaattcacatcttgaaactttgaacatcactcaaagacccttaaccttcac 14689872  T
Q  208 tatctaaa-accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggt 276  Q
    ||||||||  |||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||    
T  14689873 tatctaaatgccctaaaagttttctcctttagtttccatgagattcaccaagcctactcaacaaatgggt 14689942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 205
Target Start/End: Original strand, 33906303 - 33906491
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaag 114  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||| |||| || | || |||  | || |||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  33906303 ctaaggatcttctcttttggtttcccaagactcacccaagttgctcactaa-gtctctcctttgatgtgtttctcaaccccatgaatctctccccaaaag 33906401  T
Q  115 gcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatcttt 205  Q
    ||||||||||| | | |||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  33906402 gcaccaaccctctcc-caagagcccccttttttggttctacaagattcacattttgaggcttcgaacctcactcaaagaccctcaaccttt 33906491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 197 - 289
Target Start/End: Original strand, 33906586 - 33906678
Alignment:
Q  197 tcaatctttagtatctaaa-accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||| | || |||||||    
T  33906586 tcaacctttaatatctaaataccctaaaagttctcttctttggtttc-atgagattcaccaagcttgttcaacaaatgggttaaggagtgctta 33906678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 166
Target Start/End: Original strand, 21205927 - 21206076
Alignment:
Q  17 taaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaagg 115  Q
    ||||| ||||| |||||||||||  || ||||| |||| ||  | ||||| ||||   ||||||| ||||| ||||||| ||||| || |||  |||||     
T  21205927 taaggttcttcacttttagtttcctaaaattcacccaaatttctgacaaatgactcctcactcatgtgtttcccaaccctatgaacctctccgaaaaaga 21206026  T
Q  116 caccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacat 166  Q
    |||||||||||| || ||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  21206027 caccaaccctttcca-aagaaccccatcttttggttctctaagattcacat 21206076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 74
Target Start/End: Original strand, 16641215 - 16641272
Alignment:
Q  17 taaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttc 74  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||  |||||||    
T  16641215 taagtatcttctcttttggtttcacaagactcaccaaagttgttcacaattgactttc 16641272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 12 - 289
Target Start/End: Original strand, 1632002 - 1632279
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1632002 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 1632101  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  1632102 aagacaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttccccaagattcacatcttgaagctttgaacctcactcaaagaccctcaacctttagtatc 1632201  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||    
T  1632202 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacacaacaaataggtcatggagtgctta 1632279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 12 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 45726827 - 45726549
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  45726827 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacatgactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttccaaaccccatgaatcttccccaa 45726728  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  45726727 aaggcaccaaccctttcc-caagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagactctcaacctttagtatc 45726629  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgcttaca 291  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45726628 taaaaccctaaaagttccctcatttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgggtcatggagtgcttaca 45726549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 12 - 291
Target Start/End: Original strand, 35447154 - 35447433
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  35447154 ttcactaagtatcttctcttttggttttacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatctttcccaa 35447253  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctc-caagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtat 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||| |||||||||    
T  35447254 aaggcaccaacccttttcacaagag-cccctcttttggttctctcaagactcacatcttgaagctttgaacctcacacaaatactctcaacctttagtat 35447352  T
Q  211 ctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgcttaca 291  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35447353 ctaaaaccctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgggtcatggagtgcttaca 35447433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 12 - 261
Target Start/End: Original strand, 42288380 - 42288628
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  42288380 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccc-aa 42288478  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  42288479 aaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagttttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 42288578  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctt 261  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  42288579 taaaaccctaaaagttctctcatttggtttccatgagattcacctagctt 42288628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 17450485 - 17450212
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactt-tccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaag 114  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||  ||||||  ||||  | | ||||| ||||| ||| ||||||||||||| | |||| |    
T  17450485 ctaatgatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagtttctcacaattgactccttcgctcatgtgtttcccatccccatgaatctttcacaaagg 17450386  T
Q  115 gcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa 214  Q
    ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||    
T  17450385 gcaccaaccctttcc-caagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcactcaaagaccctcaacctttagtatctaa 17450287  T
Q  215 aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||  |||||||    
T  17450286 aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattctctaagtttgcccaacaaatgggtcatgaagtgctta 17450212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 52 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 7451158 - 7450921
Alignment:
Q  52 caagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggtt 151  Q
    ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||| |  ||||| ||||||||||||||    
T  7451158 caagttgctcacaaatgactctccactcatgtgttttccaaccccataaatcttctccaaaagtcatcaaccctttaccaaagagccccctcttttggtt 7451059  T
Q  152 ctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagatt 251  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7451058 ctccaagattcacatcctgaagctttgaacctcacccaaaga-cgccaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctccttttgtttccatgagatt 7450960  T
Q  252 caccaagcttgcccaac-aaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  7450959 caccaagcttacccaacaaaatgggtcatggagtgctta 7450921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 16 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 33648064 - 33647817
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaag 114  Q
    |||||||||||||||||| |||| | |||| ||  | |||| | | ||||| |||| || |||||| |||||||||||| | ||||||| ||| ||||||    
T  33648064 ctaaggatcttctcttttggttttataagactcgcctaagtagctaacaaatgactctctactcatatgttttccaacctcgtgaatctctcctcaaaag 33647965  T
Q  115 gcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa 214  Q
    ||||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33647964 gcaccaacccttttcccaagagcctcctcttttgattctccaagattcacatcttgaaactttgaacctcacccaaagaccttcaacctttagtatctaa 33647865  T
Q  215 a-accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctt 261  Q
    | || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33647864 atactctaaaagttctctcctttggtttccatgaaattcaccaagctt 33647817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 16 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 24397952 - 24397701
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaag 114  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||| | | |||| ||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| ||| ||| |||| ||| |||| |||||    
T  24397952 ctaaggatattctcttttggtttcacaagactaacccaaattggtcacaaatgactctccactcatgtgtttaccagcccgatgagtctctccctaaaag 24397853  T
Q  115 gcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa 214  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||    
T  24397852 gcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacattttgaagctttgaacctcacacaaagaccgtcaacctttagtatctaa 24397753  T
Q  215 a-accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatg 273  Q
    | ||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  24397752 ataccctaaaag--------tttggtttccatgagattcaccaagcttttccaacaaatg 24397701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 83 - 278
Target Start/End: Original strand, 42261950 - 42262146
Alignment:
Q  83 tgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaac 181  Q
    ||||| |||| ||||||||||| || || ||||||||||||||| | || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42261950 tgtttcccaatcccatgaatctctcacctaaaggcaccaaccctctcca-aagagcccccttttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaac 42262048  T
Q  182 ctcacccaaagaccttcaatctttagtatcta-aaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42262049 ctcacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagctccctcctttggttctcatgagattcaccaagcttgctcaacaaatgggtca 42262146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 83 - 278
Target Start/End: Original strand, 30218374 - 30218570
Alignment:
Q  83 tgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaac 181  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || | | ||  || || |  |||||||| |||||||||||||| |||| | |||||||    
T  30218374 tgtttcccaaccccatgaatctctccccaaaaggcactaactctctcc-cataagccctcatttttggttgtccaagattcacattttgatgttttgaac 30218472  T
Q  182 ctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa-accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    |||||||||||||| ||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||||||| || |||||| ||| |||||    
T  30218473 ctcacccaaagaccctcaacatatagtatctaaataccctaaaagttccctcctttgagttccataatattcaccaagattacccaacgaataggtca 30218570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 104 - 252
Target Start/End: Original strand, 40935542 - 40935690
Alignment:
Q  104 ttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatct 203  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | |||||| | | |||||||||||||| |||||||||| | ||  ||||||| ||| ||||||| || |||| ||    
T  40935542 ttccccaataggcaccaaccctttcc-caagagcctcatcttttggttctcctagattcacatttggacactttgaatctctcccaaaggccctcaacct 40935640  T
Q  204 ttagtatctaa-aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattc 252  Q
    ||||| |||||   ||||||| | || |||||||||||||||||||||||    
T  40935641 ttagtttctaagttccctaaacggtctctcctttggtttccatgagattc 40935690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 105 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 24197703 - 24197643
Alignment:
Q  105 tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacat 166  Q
    ||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24197703 tccccaaaaggcaccaaccctctcc-caagagtcccctcttttggttccccaagattcacat 24197643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 27)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 16 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 34603470 - 34603197
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaagg 115  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34603470 ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagacttttcactcatgtgttttccaaccccatgaatcttccccaaaagg 34603371  T
Q  116 caccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa 215  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  34603370 caccaacccttttcccaagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacatcacccaaagaccttcaacctttaatatctaaa 34603271  T
Q  216 accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | |||||||    
T  34603270 accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttttccaacaaatgggtcatagagtgctta 34603197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 29136145 - 29135880
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  29136145 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaaaactctccactcatgt-ttttccaaccccatgaatcttccccaa 29136047  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  29136046 aaggcaccaacccttttcccaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcactcaaagaccctcaacctttagtatc 29135947  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  29135946 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttactcaacaaatgggtca 29135880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 16 - 289
Target Start/End: Original strand, 34602613 - 34602886
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaagg 115  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34602613 ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagacttttcactcatgtgttttccaaccccatgaatcttccccaaaagg 34602712  T
Q  116 caccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa 215  Q
    |||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  34602713 caccaacccttttaccaagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacatcacccaaagaccttcaacctttaatatctaaa 34602812  T
Q  216 accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | |||||||    
T  34602813 accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttttccaacaaatgggtcatagagtgctta 34602886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Original strand, 13547359 - 13547625
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||    
T  13547359 ttcactaagtatcttctcttttggtttcacaagattcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgttttccaaccccatgaattttcctcaa 13547458  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  13547459 aaggcaccgacccttttcacaagagctccctcttttggttatccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 13547558  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  13547559 taaaactctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagcttaccaaacaaatgggtca 13547625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Original strand, 13549270 - 13549536
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||    
T  13549270 ttcactaagtatcttctcttttggtttcacaagattcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgttttccaaccccatgaattttcctcaa 13549369  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  13549370 aaggcaccgacccttttcacaagagctccctcttttggttatccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 13549469  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  13549470 taaaactctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagcttaccaaacaaatgggtca 13549536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 11348596 - 11348327
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11348596 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgttttccaaccccatgaatcttctccaa 11348497  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||    
T  11348496 aaggcaccagaccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaactttgaacctcacccaaagaccctcaacccttagtatc 11348397  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatgg 281  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  11348396 taaaaccctaaaagttccatcctttggtttccatgagattcactaagcttacccaacaaatgggtcatgg 11348327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 17 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 19754384 - 19754112
Alignment:
Q  17 taaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggc 116  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19754384 taaggattttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggc 19754285  T
Q  117 accaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaaa 216  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||| ||    
T  19754284 accaacccttttcacaagagccccctctcttggttttccaagattcaaatcatggtgctttgaacctcacccaaagacccttaacctttagtatctagaa 19754185  T
Q  217 ccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  19754184 ccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgggtcatggagtgctta 19754112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 12 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 37168195 - 37167948
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37168195 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 37168096  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  37168095 aaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaaaaccctcaacctttagtatc 37167996  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagc 259  Q
    ||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  37167995 taaaactgtaaaagttccctcctttgatttccatgagattccccaagc 37167948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 16 - 289
Target Start/End: Original strand, 7482504 - 7482778
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaagg 115  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7482504 ctaaggatcttctctttttgtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaagg 7482603  T
Q  116 caccaacccttttcacaagagtcccc-tcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa 214  Q
    |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  7482604 caccaacccttttcccaagagcccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaaccgttagtatctaa 7482703  T
Q  215 aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||  ||||||||||| |||||||||    
T  7482704 aaccctaaaagtttcctcctttggtttccatgagattcaccaaacttattcactaaatgggtcatagtgtgctta 7482778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Original strand, 37879181 - 37879447
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  37879181 ttcactaaggatcttctcttttgatttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaattttccccaa 37879280  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||    
T  37879281 aaggcaccaacctttttcacaagagccccctctttttgttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagatcctcaacatttagtatc 37879380  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37879381 taaaaccctaacagttccttcctttgatttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgggtca 37879447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 181; E-Value: 8e-98
Query Start/End: Original strand, 12 - 289
Target Start/End: Original strand, 47255610 - 47255881
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  47255610 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactca-ctaagttgctcacaaaagactctccaatcatgtgtttcccaaccc-atgaatcttccccaa 47255707  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||    ||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  47255708 aaggcacca----ttttcccaagagccccatcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 47255803  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||    
T  47255804 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgggtcatgaagtgctta 47255881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 193509 - 193244
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| | ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  193509 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcatccaagttgctcacaaaagactcttcacacatgtgtttcccaaccccatgaatcttccc-aa 193411  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| ||||    
T  193410 aaggcaccaaccttttccccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcatgaagctttgaacctcaccgaaagaccctcaacctttaatatc 193311  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  193310 taaaaccctaaaagttatctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgggtca 193244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 12 - 274
Target Start/End: Original strand, 42298245 - 42298507
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| || |||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  42298245 ttcacttaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcgcaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaa 42298344  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  42298345 aaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 42298444  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgg 274  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||   ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  42298445 taaaaccctaaaagtttcatcctttggttgttatgggattcaccaagcttacccaacaaatgg 42298507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 12 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 19752583 - 19752307
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||    
T  19752583 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcatctaagttgctcacaaaatactctccactcatgtgtttcccaactcaatgaatcttccccaa 19752484  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||| |||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19752483 aaggcaccaacc-ttttcataagagccccatcttttggttctccaagattcacattatgacgcttagaacctcacccaaagaccttcaacctttagtatc 19752385  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  19752384 taaaaccctaaaaattccctcatttggttttcatgagattcaccaagcttacccaacaaatgggtcatggagtgctta 19752307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Original strand, 37033343 - 37033605
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||| |||||||||||| |||    
T  37033343 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaacctcatgaatcttcctcaa 37033442  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||        
T  37033443 aaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttag---- 37033538  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||    
T  37033539 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcacccagcttactcaacaaaagggtca 37033605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 12 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 47115069 - 47114825
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  47115069 ttcattaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccattcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccc-aa 47114971  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  47114970 aaggtaccaaccctgttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacagcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaatctttaatatc 47114871  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaa 257  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47114870 taaagccttaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaa 47114825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 12 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 28242286 - 28242041
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||| ||    
T  28242286 ttcactaaggatattctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccttatgaatcttccc-aa 28242188  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  28242187 aaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacattttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 28242088  T
Q  212 ta-aaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaa 257  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28242087 tacataccctaaaagttccctcctttggttttcatgagattcaccaa 28242041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 21 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 41135709 - 41135452
Alignment:
Q  21 gatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcacc 119  Q
    ||||||||||||| |||||  |||| ||| |||||||  ||||||| |||| |||  | || ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  41135709 gatcttctcttttggtttcctaagactcacccaagtttctcacaaa-gactctcctttgatgtgtttcccaaccccatgaatctctccctaaaaggcacc 41135611  T
Q  120 aacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa-acc 218  Q
    |||||| | | ||| |    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||     
T  41135610 aaccctctcc-caaaatcttcctcttttggttctccaagatccacatcttgaaggtttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaataca 41135512  T
Q  219 ctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||    
T  41135511 ttaaaatttccctcctttggtttccatgagattaaccaagcttattcaacaaatgggtca 41135452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 21 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 6808336 - 6808083
Alignment:
Q  21 gatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcacc 119  Q
    ||||||||||||| ||||  ||  | ||| || ||||| ||||||| |||| | || |||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||     
T  6808336 gatcttctcttttggttttccattactcaccctagttgctcacaaatgactcttcattcatgtgttttccaaccccatgaatctcttcccaaaagacaca 6808237  T
Q  120 aacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaaga-ccttcaatctttagtatct-aaaac 217  Q
    ||  || | ||  |||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||| ||||     
T  6808236 aaatctctcca--agagcccaatcttttggttctccaagattcacatcttgaagttttgaacctcacctaaagacccctcaacctttagtatctaaaaaa 6808139  T
Q  218 cctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatg 273  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  6808138 tctaaaagtttcctcctttggtttccatgagattcaccaagcttactcaacaaatg 6808083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 21 - 258
Target Start/End: Original strand, 9109680 - 9109918
Alignment:
Q  21 gatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcacc 119  Q
    |||||||| ||||  |||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||   | || ||| | |||||| ||||||||| |||||||||| || |    
T  9109680 gatcttctattttgatttcccaagactcatccaaattgctcacaaaagactctcatttgatgtgtctcccaacctcatgaatctctccccaaaagacatc 9109779  T
Q  120 aacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatcta-aaacc 218  Q
    |||||| | | || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| || | |||    
T  9109780 aaccctctcc-catgagtccccttttttggttctccaagattcacatcttgaagttttgaacctcacccaaataccctcaacctttagtatttatatacc 9109878  T
Q  219 ctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaag 258  Q
    | ||||||| | || |||| ||||||||| ||||||||||    
T  9109879 ccaaaagtttcatcatttgatttccatgacattcaccaag 9109918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 12 - 135
Target Start/End: Original strand, 31925976 - 31926099
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||||| |||||||||| | ||||||||  ||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  31925976 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagtctcacccaagttgctcacaaaagattctccactcacgtgtttcccaaacccatgaatcttccccaa 31926075  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaaga 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  31926076 aaggcaccaacccttttcacaaga 31926099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 142 - 289
Target Start/End: Original strand, 31928208 - 31928348
Alignment:
Q  142 tcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggttt 241  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||        |||||||||||||||||||    
T  31928208 tcttttggttttctaagattcacatcttgaagctttgaacctcatccaaagactctcaacctttagtatctaa--------aagttccctcctttggttt 31928299  T
Q  242 ccatgagattcaccaagcttgcccaa-caaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  31928300 ccatgaaattcaccaagcttacccaatcaaatgggtcatggagtgctta 31928348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 138 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 22079107 - 22078995
Alignment:
Q  138 cccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 237  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||       ||| |||||||||||||| || |||     
T  22079107 cccctcttttggttctttaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaaactt-------taataccctaaaagttccatcattta 22079015  T
Q  238 gtttccatgagattcaccaa 257  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  22079014 gtttccataagattcaccaa 22078995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 16 - 215
Target Start/End: Original strand, 16216769 - 16216966
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaag 114  Q
    |||||||||||||||||||  ||  ||| |||||  ||||||| ||||||  |||| ||| ||||| ||||| ||||| | |||||| | |  ||||||     
T  16216769 ctaaggatcttctcttttaagttttcaaaattcactcaagttgctcacaat-gactctcctctcatgtgtttgccaacac-atgaatttctatccaaaat 16216866  T
Q  115 gcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa 214  Q
    |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||  ||||||||||||| | || ||||||| |||||    
T  16216867 gcaccaacccttttcg-aagagccccctcttttggttcttcaagatatacatcttgaacctttgaatatcacccaaagacccttaacctttagtttctaa 16216965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 51 - 128
Target Start/End: Original strand, 4535783 - 4535861
Alignment:
Q  51 ccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaaccctttt 128  Q
    |||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  4535783 ccaagttgctcacaaacgactatccactcatgtgtttttcaaccccatgaatctattcccaaaagacaccaaccctttt 4535861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 126 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 3331328 - 3331283
Alignment:
Q  126 tttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttga 171  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3331328 tttcccaagagccccctcttttggttctctaagattcacatcttga 3331283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 78 - 200
Target Start/End: Original strand, 38747052 - 38747173
Alignment:
Q  78 tcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctt 176  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||  |||||| ||||  |||||||| || |||||||| |||||||  |||    
T  38747052 tcatgtgttttccaaccctatgaacctctctccaaaaggcaccaaccctttt-tcaagag-cccccgttttggttgtctaagattcatatcttgaccctt 38747149  T
Q  177 tgaacctcacccaaagaccttcaa 200  Q
    |||  ||||| ||||  |||||||    
T  38747150 tgagtctcactcaaatgccttcaa 38747173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 26)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Original strand, 49199740 - 49200007
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatcc-aagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttcccca 110  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  49199740 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcaacccaagttgctcacaaaagactctccactcatatgtttcccaaccccatgaatcttcccca 49199839  T
Q  111 aaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtat 210  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  49199840 aaaggcaccaacccttttcacaatagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaactttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtat 49199939  T
Q  211 ctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  49199940 ctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgggtca 49200007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Original strand, 43404003 - 43404269
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43404003 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagactcacccaagttgctcccaaatgactctccactcatgtgttttccaaccccatgaatcttccccaa 43404102  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  43404103 aaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaactttgaacctcacccaaagaccctcaacttttagtatc 43404202  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  43404203 taaaaccctaaaagttccctcatttggtttccatgagattcaccaagctcacccaacaaatgggtca 43404269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 12 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 30236023 - 30235745
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||| ||||||| |||| ||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30236023 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaacttgctcacaaatgactctccactcttgtgttttccaaccccatgaatattccccaa 30235924  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  30235923 aaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 30235824  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaac-aaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  30235823 taaaaccctaaaagttctctcctttggtttcattgagattcaccaagcttacccaacaaaatgggtcatggagtgctta 30235745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Original strand, 43402060 - 43402326
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||| || | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43402060 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagacttacccaagttgttcacaaatgattctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 43402159  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  43402160 aaggcaccaacccttttctcaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 43402259  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  43402260 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccataagattcaccaagctcacccaacaaatgagtca 43402326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 12 - 271
Target Start/End: Original strand, 6095869 - 6096128
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6095869 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 6095968  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  6095969 aaggcaccaacccttttcaaaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 6096068  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaa 271  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6096069 taaaaccctaaaagttctctcctctgatttccatgagattcaccaagctttcccaacaaa 6096128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 12 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 34491111 - 34490833
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  34491111 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttttcaactccatgaatcttctccaa 34491012  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  34491011 aaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 34490912  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaa-caaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  |||||||| |||| |||||||    
T  34490911 taaaaccctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagctttcacaataaaatgggtgatggagtgctta 34490833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 54593603 - 54593323
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||  ||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  54593603 ttcactaaggatcttctattttggtttcacaagactcactcaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgttttccatccccatgaatcttccccaa 54593504  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||    
T  54593503 aaggtaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaggaccctcaacctttagtatc 54593404  T
Q  212 ta-aaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgcttaca 291  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||||||||    
T  54593403 tacataccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttttcgaacaaatgggtcatggagtgcttaca 54593323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 12 - 291
Target Start/End: Original strand, 55302235 - 55302514
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||| |||||||||| | ||||||||| |||||||||||| ||||||| || |||||    
T  55302235 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcactcaagttgctcacaaaagaatctccactcatgtgttttccaacctcatgaatttttcccaa 55302334  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  |||||||||    
T  55302335 aaggcaccaacccttttcccaagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcatccaaagaccctcaacttttagtatc 55302434  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgcttaca 291  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  55302435 taaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgaaattcaccaagcttacccaacaaatgggtcatggagtgcttaca 55302514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 4569849 - 4569583
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4569849 ttcactaaagatcatctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 4569750  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
     ||||||   |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  4569749 taggcacacccccttttcccaagagccccctcttttgattctccaagatttacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 4569650  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  4569649 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttactcaacaaatgggtca 4569583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 12 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 47304149 - 47303872
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||| | |||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  47304149 ttcactaaggatattctcttttggttttacaagactcacctaagttgctcacaaaa-actctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 47304051  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  47304050 aaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaacatttagtatc 47303951  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaac-aaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||||    
T  47303950 taaaaccataaaagttctctcctttgatttccatgagattcaccaagcttacccaacaaaatgggtcgtggagtgctta 47303872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 40913237 - 40912969
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||| ||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  40913237 ttcactaaggatcttctcttttgctttcacaagactcacccaatttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaa 40913138  T
Q  112 aa-ggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtat 210  Q
    || |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||    
T  40913137 aaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacattttgaagctttgaacctcacccaaagaccctaaacctttagtat 40913038  T
Q  211 ctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagc-ttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  40913037 ctaaaaccctaaaagtcccctcctttggtttccatgagattcaccaagctttacccaacaaatgggtca 40912969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 36018749 - 36018482
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||| |||| |||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||    
T  36018749 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccattcatgtgtttcccatccccatggatcttccccaa 36018650  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||    
T  36018649 aaggcaccaacccttttcccaaaagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcatccaaagaccctcaacctttagtatc 36018550  T
Q  212 ta-aaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    || | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  36018549 tacataccctgaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagcttatccaacaaatgggtca 36018482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 16 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 46860365 - 46860120
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaagg 115  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  46860365 ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccatccctatgaatcttccccaaaagg 46860266  T
Q  116 caccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatcta-a 214  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |    
T  46860265 caccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcatgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaca 46860166  T
Q  215 aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagct 260  Q
     ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  46860165 taccctaaaagttctctcatttggtttccatgagattcaccaagct 46860120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 21 - 261
Target Start/End: Original strand, 41819801 - 41820040
Alignment:
Q  21 gatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcacca 120  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| || | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41819801 gatcttctcttttggtttcataagactcactcaagttgctcacaaatgagtctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccc-aaaaggcacca 41819899  T
Q  121 acccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaaaccct 220  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||    
T  41819900 acccttttcccaagagccccctcttttggttctctaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaacct 41819999  T
Q  221 aaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctt 261  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41820000 aaaagttatctcctttggtttccatgagattcaccaagctt 41820040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 38 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 28074488 - 28074238
Alignment:
Q  38 tcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagt 137  Q
    |||||||| ||| | |||||  || ||| ||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| | ||||||     
T  28074488 tcacaagactcacctaagtttctctcaatagactctccactcatgtgtttcccatccccatgaatcttccccaaaacgcaccaactatttcc-caagagc 28074390  T
Q  138 cccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttg 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28074389 cccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaactttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttg 28074290  T
Q  238 gtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||    
T  28074289 gtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgggtcatgaagtgctta 28074238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 273
Target Start/End: Original strand, 5434152 - 5434410
Alignment:
Q  17 taaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaagg 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||| ||||      
T  5434152 taaggatcttctcttttggtttcccaagactcacccaacttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcctaaccccatgaatctctccctaaaaaa 5434251  T
Q  116 caccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa 215  Q
    ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||| | ||  ||| |||||||||    
T  5434252 cactaacccttttcccaagagccccctcttttggttctataagatttacatcttgaagctttaaacctccctcaaagacccttaacttttggtatctaaa 5434351  T
Q  216 -accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatg 273  Q
     | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  5434352 tatcctaaaagttccctcctttgatttccatgagattcaccaagcttactcaacaaatg 5434410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 16 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 34795763 - 34795490
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaag 114  Q
    |||||||||||||||||| || || ||||| ||| |||||||  | |||||| ||| |||  | || ||| | |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  34795763 ctaaggatcttctcttttggtctcccaagactcacccaagtttcttacaaaa-actctcctttgatgtgtatcccaaccccatgaatctctcctcaaaag 34795665  T
Q  115 gcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa 214  Q
    |||  || ||| | | | |||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  34795664 gcatgaaacctctcc-ctagaaccccctcttctggttctccaagattcagatcttgaagctttgaacatcacccaacgaccatcaacctttagtatctaa 34795566  T
Q  215 a-accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    | |||||||||| || |||||||||||| |||  |||||||||| ||| ||||||||||  ||||| | |||||||    
T  34795565 ataccctaaaagatctctcctttggttttcataggattcaccaaacttacccaacaaataagtcatagagtgctta 34795490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 83 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 39127386 - 39127191
Alignment:
Q  83 tgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaac 181  Q
    ||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| || ||| |||||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  39127386 tgtttcccaacctcatgaatctctcccaaaaaggcaccaactctcttc-caagagtcccctattttagttctctaagattcatatcttgaagctttgaac 39127288  T
Q  182 ctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa-accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    |||| |||||| ||   || ||||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||||    
T  39127287 ctca-ccaaaggccccaaacctttagtatgtaaataccctaaaagttctctccgttgatttccatgagattcactaagcttactcaacaaatgagtca 39127191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 90 - 271
Target Start/End: Original strand, 26323860 - 26324042
Alignment:
Q  90 caaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcaccc 188  Q
    ||||||||||||||| | |  |||| ||||||||||||| | ||| || || |||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  26323860 caaccccatgaatctctgctgaaaatgcaccaaccctttcc-caatagccctctcttttgattcttcaagatttacatcttgaagctttgaacttcaccc 26323958  T
Q  189 aaagaccttcaatctttagtatctaaa-accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaa 271  Q
    || |||| |||| |||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||    
T  26323959 aatgaccctcaacctttagtatctaaatatcttaaaagtttcctcctttggtttccatgagattcaccaaacttactcaacaaa 26324042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 16 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 1683382 - 1683146
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaag 114  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||| ||| | |||||| ||| ||| || | ||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||     
T  1683382 ctaaggatcttctcttttggtctcacaagactcaccaaagttgctcataaatgattatccactcatgtgttttccaaccccatgaatctcttcccaaaat 1683283  T
Q  115 gcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagc-tttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatcta 213  Q
    |||||||||| ||||  || |  |  |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| |||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  1683282 gcaccaaccc-tttccgaaaaaccttctcttttggttctccaagattcacat-ttgaaacatttgaatctcacccaaagaccctcaacctttagtttcta 1683185  T
Q  214 aaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattc 252  Q
    |   ||  ||| ||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  1683184 agttccataaatttctctcatttgatttccatgagattc 1683146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 200 - 278
Target Start/End: Original strand, 31340499 - 31340577
Alignment:
Q  200 atctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31340499 atctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttggtttccataagattcaccaagcttacccaacaaatgggtca 31340577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 278
Target Start/End: Original strand, 35138980 - 35139250
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaag 114  Q
    ||||||||||||| |||| || || ||||| |||| ||||||| ||| ||| |||| ||   | ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||    
T  35138980 ctaaggatcttctattttggtctcccaagactcattcaagttgctcataaa-gactctcatttgatttgttttccaacctcatgaatctctcctcaaaag 35139078  T
Q  115 gcaccaacccttttcacaagagtcccct-cttttggttctccaagattcacatcttg-------aagctttgaacctcacccaaagaccttcaatcttta 206  Q
    ||| ||||||||| |  ||||  ||  | |||||||||||||||||||||||||||        ||| ||||||||||| | ||||||| ||||  ||||    
T  35139079 gcatcaaccctttccg-aagaacccatttcttttggttctccaagattcacatcttacatcttaaagttttgaacctcatctaaagaccctcaacgttta 35139177  T
Q  207 gtatctaaa-accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  35139178 gtatctaaatacccaaaaagtaccctcctttggtttccatgaaattcaccaagcttacttaacaaatgggtca 35139250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 42 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 36796279 - 36796064
Alignment:
Q  42 aagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtccc 140  Q
    |||||||| |||||||| | || || |||| ||||||| | ||| | || ||||| ||||||| |||||||||   ||| ||| |||||| |||||||||    
T  36796279 aagattcacccaagttgctaaccaatgactctccactcttgtgtctcccgaccccgtgaatctctccccaaaatcaaccgacctttttca-aagagtccc 36796181  T
Q  141 ctcttttggttctccaaga----ttcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa-aaccctaaaagttccctcctt 235  Q
    ||||||||||||| ||| |    || ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| |||||   |||||||||||  ||||||    
T  36796180 ctcttttggttcttcaaaagaggtttacatcttgaagctttgaacctcatctaaagaccttcaacctttagtttctaagttccctaaaagttatctcctt 36796081  T
Q  236 tggtttccatgagattc 252  Q
    || ||||||||||||||    
T  36796080 tgatttccatgagattc 36796064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 114 - 169
Target Start/End: Original strand, 31340448 - 31340503
Alignment:
Q  114 ggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatctt 169  Q
    |||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31340448 ggcaccaaccattttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctt 31340503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 109 - 164
Target Start/End: Original strand, 1737257 - 1737311
Alignment:
Q  109 caaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcac 164  Q
    |||||| ||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  1737257 caaaagacacgaacccttttc-caagagtccgctcttttggttccccaagattcac 1737311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 108 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 22859368 - 22859306
Alignment:
Q  108 ccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctct--tttggttctccaagattcacatctt 169  Q
    |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||    
T  22859368 ccaaaaggcaccaaccattttt-caagagtcccctctcttttacttctccaagattcacatctt 22859306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 206; Significance: 1e-113; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 12 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 6431869 - 6431600
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6431869 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctacactcatgtgttttccaaccccatgaatcttccccaa 6431770  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  6431769 aaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagttttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 6431670  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatgg 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  6431669 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttctatgagattcaccaagcttacccaataaatgggtcatgg 6431600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Original strand, 2361241 - 2361507
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  2361241 ttcactaaggatcttctcttttggtttcataagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcatccccaa 2361340  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2361341 aaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttgattcttcaagattcacatcttgaaggattgaatctcacccaaagaccctcaatctttagtatc 2361440  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2361441 taaaatcctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcactaagcttgcccaacaaatgggtca 2361507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 289
Target Start/End: Original strand, 4512660 - 4512936
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  4512660 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttccaaaccccatgaatcttccccaa 4512759  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||    
T  4512760 aaggcaccaaccctttcc-caagagccccctcttttggttctctaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagaatc 4512858  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||    
T  4512859 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccattaaatgggtcatggagtgctta 4512936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 12 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 2390180 - 2389934
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2390180 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactatccactcatgtgttttccaaccccatgaatcttccccaa 2390081  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    ||| |||||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  2390080 aagccaccaacccttttcgcaatagccccctcttttggttttccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 2389981  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaag 258  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2389980 taaaaccctaaaagtttcctcctttggtttccatgagattcaccaag 2389934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 12 - 281
Target Start/End: Original strand, 34310986 - 34311256
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  34310986 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgttttccatccccatgaaccttccccaa 34311085  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||    
T  34311086 aaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaggaccctcaacctttagtatc 34311185  T
Q  212 ta-aaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatgg 281  Q
    || | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  34311186 tacataccctaaaagttccttcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaaaaaattggtcatgg 34311256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 12 - 276
Target Start/End: Original strand, 48599604 - 48599858
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  48599604 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctctactcatgttttttccaaccccatgaatcttccccaa 48599703  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  48599704 aaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttgg----------ttcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 48599793  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggt 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48599794 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgggt 48599858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 29608634 - 29608373
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||     |||    
T  29608634 ttcactaagaatcttctattttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatc-----caa 29608540  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  29608539 aaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagttttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatc 29608440  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||    
T  29608439 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctttatcaacatatgggtca 29608373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Original strand, 6360182 - 6360448
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||| |||| ||||||||||||  |||    
T  6360182 ttcactaaggatcttctcttttgatttcacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttttcaactccatgaatcttcttcaa 6360281  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||    
T  6360282 aaggcaccattccttttctcaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttaatatc 6360381  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6360382 taaaaccctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgggtca 6360448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 12 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 22269871 - 22269595
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||||  || ||| ||||| ||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||    
T  22269871 ttcactaaggatcttctattttggtttcacaagactcacccaagtttctctcaatagactctccactcatgtgtttcccctccccatgaatcttccccaa 22269772  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    ||||||||||| |||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  22269771 aaggcaccaactctttcc-caagag-cccctcttttggttctccaagattcacatcttgtagctttgaacctcacccaaagaccctcaaactttagtatc 22269674  T
Q  212 ta-aaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    || | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  22269673 tacataccctaaatgttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatgaagtgctta 22269595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 95 - 291
Target Start/End: Original strand, 32358189 - 32358385
Alignment:
Q  95 ccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagac 194  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32358189 ccatgaattttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagac 32358288  T
Q  195 cttcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgcttaca 291  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||    
T  32358289 cctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctttttcaacaaatgggtcatggagtgcttaca 32358385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 16 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 3258890 - 3258616
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaagg 115  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| | | |||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  3258890 ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctaataaaagactctccactcatatgtttcccatccccatgaatcttccccaaaagg 3258791  T
Q  116 caccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatcta-a 214  Q
    |||||||||||||| |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |    
T  3258790 caccaacccttttcccaagagccccatctttttgttctccaagattcacatcatgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaca 3258691  T
Q  215 aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||   || |||||||||||| | |||||||    
T  3258690 taccctaaaagttccctcctctggtttccatgagattcaccaagttttttcaccaaatgggtcatagagtgctta 3258616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 12 - 289
Target Start/End: Original strand, 4510818 - 4511086
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4510818 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcaccaaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 4510917  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  4510918 aaggcaccaaccctttcc-caagagctccctcttttggttctc--------acatcttgaagctttgaacctcacccaaaaaccctcaacctttagtatc 4511008  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||    
T  4511009 taaaaccctaaaagttccatcctttggtttccatgagattaaccaagcttacccaacaaatgggtcatagagtgctta 4511086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 12 - 289
Target Start/End: Original strand, 4508976 - 4509244
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| | |||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4508976 ttcactaaggatcttatcttttggtttcacaagactcaccaaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 4509075  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  4509076 aaggcaccaaccctttcc-caagagctccctcttttggttctc--------acatcttgaagctttgaacctcacccaaaaaccctcaacctttagtatc 4509166  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||    
T  4509167 taaaaccctaaaagttccatcctttggtttccatgagattaaccaagcttacccaacaaatgggtcatagagtgctta 4509244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 17 - 261
Target Start/End: Original strand, 22328673 - 22328919
Alignment:
Q  17 taaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaagg 115  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| |||| || |||||| | ||| ||||||| |||||||| |||||||||||    
T  22328673 taaggatattctcttttagtttcccaagattcacccaagttgctcacaaatgactctctactcatgtttttcccaaccctatgaatctctccccaaaagg 22328772  T
Q  116 caccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa 215  Q
    ||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||| | |||| ||||||||||||||    
T  22328773 caccaactcttttcctaagagccccctcttttggttctccaagatttacatcttgaagcttttaacctccaccaaagatcctcaacctttagtatctaaa 22328872  T
Q  216 -accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctt 261  Q
     ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22328873 taccctaaaagttttctcctttggtttccatgagattcactaagctt 22328919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 170 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 30814505 - 30814397
Alignment:
Q  170 gaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaaca 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30814505 gaagctttgaacctcacccaaagaccctcaaccttaagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaaca 30814406  T
Q  270 aatgggtca 278  Q
    |||||||||    
T  30814405 aatgggtca 30814397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Original strand, 8359588 - 8359703
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8359588 ttcactaaggattttctcttttggtttcacaagactcatccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 8359687  T
Q  112 aaggcaccaacccttt 127  Q
    ||||||||||||||||    
T  8359688 aaggcaccaacccttt 8359703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 83 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 5116462 - 5116272
Alignment:
Q  83 tgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaac 181  Q
    ||||| |||| || |||||||| || |||||||||||| ||||| | | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  5116462 tgtttaccaatccaatgaatctctctccaaaaggcaccgaccctctcc-caagagccccctcttttggttctcaaagattcacatcttgaagttttgaac 5116364  T
Q  182 ctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa-accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaat 272  Q
     ||||| ||||||| |||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || ||||| || |||||    
T  5116363 atcacctaaagaccctcaacctttagtatttaaataccctaaaagtcccctcctttggtatccatgagattcactaaacttgctcatcaaat 5116272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 86 - 200
Target Start/End: Original strand, 22552782 - 22552895
Alignment:
Q  86 tttccaaccccatgaatcttc-cccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctc 184  Q
    |||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||| || |||    
T  22552782 tttccaaagccatgaatcttttcccaaaaggcaccaaccgtttcca--agagccccctcttttggttctctaagattcacattttgaccctttaaatctc 22552879  T
Q  185 acccaaagaccttcaa 200  Q
    ||||||||||| ||||    
T  22552880 acccaaagaccctcaa 22552895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 144 - 193
Target Start/End: Original strand, 37545308 - 37545357
Alignment:
Q  144 ttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaaga 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || | |||||||    
T  37545308 ttttggttctccaagattcacatcttaaacctttgaatcttatccaaaga 37545357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 12 - 278
Target Start/End: Original strand, 3808978 - 3809245
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  3808978 ttcactaaggattttctcttttggttttacaagactcacccaagttgctcacaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaa 3809077  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccc-tcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtat 210  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  3809078 aaggaaccaacccttttcacaagagcccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtat 3809177  T
Q  211 ctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3809178 ctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgctcaacaaatgggtca 3809245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 12 - 279
Target Start/End: Original strand, 2973209 - 2973477
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| | || |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  2973209 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgttcacaaatgactctgcattcatgtgtttcccaaccccatgaatcttcccaaa 2973308  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2973309 aaagcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaacctttagtatc 2973408  T
Q  212 ta-aaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcat 279  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |  ||||||||||||||    
T  2973409 tacaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaaggtctcttaacaaatgggtcat 2973477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 12 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 17762887 - 17762606
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatctt--cccc 109  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||   ||||    
T  17762887 ttcactaaggatcttctctttttgtttcacaagactcacccaagttgctcccaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatctaaccccc 17762788  T
Q  110 aaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagta 209  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | |||| ||||||||    
T  17762787 aaaaggcaccaaaccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagccttgaacttcacccaaagatcctcaacctttagta 17762688  T
Q  210 tctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgcttaca 291  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  17762687 tctaaaaccctaaaagttctctccttttgtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgggccatggagtgcttaca 17762606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 16 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 21593560 - 21593285
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaagg 115  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21593560 ctaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcaaaaatgactctccactcatgtgttttccaaccccatgaatcttctccaaaagg 21593461  T
Q  116 caccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa 215  Q
    |||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  21593460 caccaaccctttccccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttaaatctttgaacctcacccaaagaccctcaacatttagtatctaaa 21593361  T
Q  216 accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgcttaca 291  Q
    |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||    
T  21593360 accctaaaagttctaacctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatgggttatggagtgcttaca 21593285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 14 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 5043523 - 5043278
Alignment:
Q  14 cactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaa 113  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  5043523 cactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaaattgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccc-aaaa 5043425  T
Q  114 ggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatcta 213  Q
    |||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5043424 ggcaccaacccttttcccaagagccctctcttttggttctccaagattctcatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaatctttagtatcta 5043325  T
Q  214 aaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagct 260  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5043324 aaaccctaaaagttccctcctttgatttccatgagattcaccaagct 5043278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 12 - 289
Target Start/End: Original strand, 26830394 - 26830671
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||| ||||||| |||| | | ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  26830394 ttcactaagaatcttctcttttggtttcacaagactcgcccaagttgctcacaaatgactctgcgctcatctgtttcccaaccccatgaatcttctccaa 26830493  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||| |||  ||||| ||||    
T  26830494 aaggcaccaacctttttcccaagagactcctcttttggttctccaagattcacatcttgaagttttaaaccttactcaaagaccctcagcctttattatc 26830593  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||    
T  26830594 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatggatcatggagtgctta 26830671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 16 - 274
Target Start/End: Original strand, 22425099 - 22425358
Alignment:
Q  16 ctaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaagg 115  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||| | | | |||||| ||  ||| |||| | ||| ||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |    
T  22425099 ctaaggatattctcttttggtttcacaagactaaccgaagttgctcttaaatgactcttcacccatgtgtttcacaaccccatgaatcttccccaaaatg 22425198  T
Q  116 caccaacccttttcacaagagtcccc--tcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatcta 213  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22425199 caccaacccttatcccaagaggcccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctctgaaccacacccaaagaccctcaacctttagtatcta 22425298  T
Q  214 aaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgg 274  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  22425299 aaaccct-aaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttatccaacaaatgg 22425358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 12 - 212
Target Start/End: Original strand, 603350 - 603550
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||  ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  603350 ttcactaaggatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaggacactccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaa 603449  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    |||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||    
T  603450 aaggcaccaaccctttcctcaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcatccaaagaccctcaacctttactatc 603549  T
Q  212 t 212  Q
    |    
T  603550 t 603550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 12 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 17757982 - 17757792
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatctt--cccc 109  Q
    |||||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||   ||||    
T  17757982 ttcactgatgatcttctctttttgtttcacaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatctaaccccc 17757883  T
Q  110 aaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaa 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  17757882 aaaatgcaccaacccttttcacaagagccccctattttggttctccaacattcacatcttcaagctttgaatctcacccaaagaccatcaa 17757792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 51 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 26800629 - 26800438
Alignment:
Q  51 ccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggt 150  Q
    |||||||| || ||| ||||| ||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||    
T  26800629 ccaagttgctctcaatagactctccactcatgtgtttcccatccc-atgaatcttccccaaaaggcaccaacctttttcccaagagccccctcttttggt 26800531  T
Q  151 tctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatcta-aaaccctaaaagttccctcctttggtttc 242  Q
    | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||  |||||||||||||    
T  26800530 tatccatgatccacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttttctcctttggtttc 26800438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 18 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 25073076 - 25072817
Alignment:
Q  18 aaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcaca-aaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaagg 115  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||   |||||||||  ||||| ||||||| |||  | || ||||| | ||||| |||||||| | ||||| |||    
T  25073076 aaggatcttctcttttggtttcccaagacctatccaagtt--tcacataaagactctcctttgatgtgtttccaaaccctatgaatctcttcccaagagg 25072979  T
Q  116 caccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa 215  Q
    ||| | |||||||| |||||| |||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  25072978 cacaatcccttttc-caagagccccc-ctttgggttctcaaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa 25072881  T
Q  216 -accctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
     ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||    
T  25072880 taccctaaaagttcacttctttgatttccatgagattcatcaagcttactcaacaaatgagtca 25072817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 9 - 71
Target Start/End: Original strand, 5741057 - 5741119
Alignment:
Q  9 tgattcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagact 71  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  5741057 tgatttactaaggatcttcactttttgtttctcaagattcacccaaattgctcacaaaagact 5741119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 238 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 26661621 - 26661580
Alignment:
Q  238 gtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcat 279  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  26661621 gtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaattggtcat 26661580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 238 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 26767592 - 26767551
Alignment:
Q  238 gtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcat 279  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  26767592 gtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaattggtcat 26767551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 276
Target Start/End: Original strand, 80553 - 80817
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaa 111  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  80553 ttcactaaggatctactcttttagtttcccaagactcacccaagttgctcacaaaagactctccgctcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaa 80652  T
Q  112 aaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatc 211  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||    
T  80653 aaggcaccaacccttttcataagagccccctcttttggttctccaagattcaaatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctctagtatc 80752  T
Q  212 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggt 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||    
T  80753 taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagattttccaacaaatgggt 80817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0286 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: scaffold0286
Description:

Target: scaffold0286; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 15 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 11453 - 11190
Alignment:
Q  15 actaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttccccaaaag 114  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||| ||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  11453 actaatgatcttctcttttggtttcacaagactcacccaagttgctcagaaatgactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaag 11354  T
Q  115 gcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaa 214  Q
    ||||||||||||| | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  11353 gcaccaaccctttccccaagagccccatcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaa 11254  T
Q  215 aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  11253 aaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagatttaccaagcttacccaacaaatgggtca 11190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0176 (Bit Score: 159; Significance: 1e-84; HSPs: 1)
Name: scaffold0176
Description:

Target: scaffold0176; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 12 - 281
Target Start/End: Original strand, 18271 - 18539
Alignment:
Q  12 ttcactaaggatcttctcttttagtttcacaagattcatccaagttgttcacaaaagactttccactcatttgttttccaaccccatgaatcttcccc-a 110  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||  ||||||| |||||||  ||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| |    
T  18271 ttcactaaggatcttctcttttggttttacaagactcactcaagttgctcacaaataactctccactcatgtgttttc-aacctcatgaatcttccccca 18369  T
Q  111 aaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  18370 aaaggcaccaacccttttcacaagagccccctctttttgttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagacccgcaacctttagtat 18469  T
Q  211 ctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatgg 281  Q
    |||||| |||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  18470 ctaaaa-cctataagttttctcctttggtttccatgagattcacccagcttacccaacaaatgtgtcatgg 18539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 114; Significance: 7e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 83 - 278
Target Start/End: Original strand, 490785 - 490981
Alignment:
Q  83 tgttttccaaccccatgaatct-tccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaac 181  Q
    ||||| |||| ||||||||||| || || ||||||||||||||| | || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  490785 tgtttcccaatcccatgaatctctcacctaaaggcaccaaccctctcca-aagagcccccttttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaac 490883  T
Q  182 ctcacccaaagaccttcaatctttagtatcta-aaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtca 278  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  490884 ctcacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagctccctcctttggttctcatgagattcaccaagcttgctcaacaaatgggtca 490981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 131 - 289
Target Start/End: Original strand, 1794 - 1953
Alignment:
Q  131 caagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccttcaatctttagtatctaaa-accctaaaagttcc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||     
T  1794 caagagtcccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttggagctcacccaaagaccttcaacctttagtatctaaataccctaaaagttct 1893  T
Q  230 ctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaacaaatgggtcatggtgtgctta 289  Q
    ||| |||||||||||| | |||||||||| || |  ||||||| ||||| || |||||||    
T  1894 ctcatttggtttccataaaattcaccaagtttacttaacaaataggtcaaggagtgctta 1953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University