View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4717-Insertion-5 (Length: 710)

Name: NF4717-Insertion-5
Description: NF4717
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4717-Insertion-5
NF4717-Insertion-5
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-709)||(6506483-6507185)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 532; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 532; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 6507185 - 6506483
Alignment:
Q  8 gtttgcattgtaggtttgctaatttactctcagagattagaaaatgcaaaaagtccaacccacaaaatggcaagtaattgatcacaacaagattgaatat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6507185 gtttgcattgtaggtttgctaatttactctcagagattagaaaatgcaaaaagtccaacccacaaaatggcaagtaattgatcacaacaagattgaatat 6507086  T
Q  108 gtcgatccattgttgaagctttatcacttaattaatttgcttaattaacaattcatgtgtgtaacattttctactacctatctgtattttgaaattttca 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6507085 gtcgatccattgttgaagctttatctcttaattaatttgcttaattaacaattcatgtgtgtaacattttctactacctatctgtattttgaaattt-ca 6506987  T
Q  208 aagtaaataagaaatctaaagatttcatttaattcaacatgtatgttgtgttcgattgaaaaattatataataatccattatatattgtggaatgagttt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6506986 aagtaaataagaaatctaaagatttcatttaattcaacatgtatgttgtgttcaattgaaaaattatataataatccattatatattgtggaatgagttt 6506887  T
Q  308 tttcaacccacacaaactctaagcagcctggaaaataaaatctacttaaataaactccaaagcagcctcgatagtaatattttaagtaagtctgaaagta 407  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6506886 tttcaacccacacaaactccaagcagcctggaaaataaaatctatttaaataaactccaaagcagcctcgatagtaatattttaagtaagtctgaaagta 6506787  T
Q  408 acttnnnnnnngatgtcccacatactatggcgaaagtggatcaaaaatgacatatttcaaaaagtacaagacataaaatgacatattacaaaagttggga 507  Q
    ||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6506786 actt---aaaagatgtcccacatactatggcgaaagtggatcaaaaatgacatatttcaaaaagtacaagacataaaatgacatattacaaaagttggga 6506690  T
Q  508 caaacatgtatatgtc---nnnnnnnnnnnnnnnnnttgaagttaaataatcagcacccctttttcagaattctggatacaccattgcttatgataaaac 604  Q
    ||||||||||||||||                    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6506689 caaacatgtatatgtctaataataataataataatattgaagttaaataatcagcacccctttttcagaattctggatacaccattgcctatgataaaac 6506590  T
Q  605 ttgcacaaatgagc--nnnnnnnnnnngaaaaatgaatagtgtcttcgagctcgagtctcgatgacaacttataaagactaacccaaactgctcaggtga 702  Q
    ||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6506589 ttgcacaaatgagcttttttaaaaaaaaaaaaatgaatagtgtcttcgagctcgagtctcgatgacaacttataaagactaacccaaactgctcaggtaa 6506490  T
Q  703 tatcacc 709  Q
     ||||||    
T  6506489 catcacc 6506483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University