View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4717-Insertion-7 (Length: 630)

Name: NF4717-Insertion-7
Description: NF4717
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4717-Insertion-7
NF4717-Insertion-7
[»] chr1 (31 HSPs)
chr1 (367-541)||(526907-527081)
chr1 (369-541)||(46845666-46845838)
chr1 (366-541)||(39858347-39858522)
chr1 (368-545)||(13276473-13276650)
chr1 (368-538)||(40314095-40314265)
chr1 (365-541)||(49430480-49430646)
chr1 (366-541)||(1994953-1995137)
chr1 (461-541)||(6487728-6487808)
chr1 (370-535)||(29731194-29731369)
chr1 (461-541)||(44797568-44797648)
chr1 (462-541)||(27325731-27325810)
chr1 (461-539)||(26040972-26041050)
chr1 (368-539)||(47571562-47571743)
chr1 (459-539)||(7178211-7178291)
chr1 (461-537)||(29637312-29637388)
chr1 (461-541)||(40294833-40294913)
chr1 (370-535)||(48489455-48489630)
chr1 (462-541)||(1673369-1673448)
chr1 (468-538)||(15225100-15225170)
chr1 (366-541)||(32267462-32267647)
chr1 (369-539)||(33502524-33502704)
chr1 (461-541)||(2403027-2403107)
chr1 (368-436)||(15066019-15066087)
chr1 (491-541)||(40030838-40030888)
chr1 (365-534)||(19989246-19989422)
chr1 (365-433)||(2402921-2402988)
chr1 (368-436)||(40030902-40030969)
chr1 (464-519)||(15066126-15066181)
chr1 (373-436)||(34311217-34311280)
chr1 (365-436)||(44797463-44797533)
chr1 (368-436)||(27325626-27325694)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (366-541)||(15285329-15285504)
chr5 (372-541)||(35905994-35906163)
chr5 (368-541)||(13988247-13988430)
chr5 (365-539)||(12248275-12248459)
chr5 (461-542)||(36890376-36890457)
chr5 (369-539)||(43100208-43100388)
chr5 (440-539)||(33687649-33687748)
chr5 (366-541)||(11247192-11247377)
chr5 (465-538)||(1447853-1447926)
chr5 (368-432)||(8076374-8076438)
chr5 (8-93)||(19303743-19303825)
chr5 (472-541)||(20151384-20151453)
chr5 (365-436)||(20151490-20151560)
chr5 (480-541)||(8378344-8378405)
chr5 (368-436)||(36890492-36890559)
[»] chr6 (17 HSPs)
chr6 (367-541)||(23915972-23916146)
chr6 (186-368)||(33167321-33167503)
chr6 (8-93)||(33167169-33167254)
chr6 (369-541)||(34792651-34792833)
chr6 (462-541)||(14314089-14314168)
chr6 (368-541)||(9045833-9046015)
chr6 (468-535)||(29429590-29429657)
chr6 (369-540)||(16717991-16718179)
chr6 (461-538)||(1244658-1244735)
chr6 (576-630)||(33167527-33167583)
chr6 (449-541)||(9521905-9521999)
chr6 (462-535)||(12748217-12748290)
chr6 (367-432)||(12748331-12748396)
chr6 (366-434)||(9521809-9521876)
chr6 (51-93)||(793496-793537)
chr6 (472-533)||(14022942-14023002)
chr6 (364-436)||(14313982-14314052)
[»] chr2 (23 HSPs)
chr2 (369-541)||(3121610-3121782)
chr2 (372-541)||(24475714-24475883)
chr2 (368-541)||(33299979-33300154)
chr2 (365-541)||(14945732-14945918)
chr2 (369-538)||(36272661-36272840)
chr2 (369-540)||(13696965-13697146)
chr2 (368-541)||(32599247-32599430)
chr2 (366-541)||(36709189-36709373)
chr2 (368-539)||(40216411-40216592)
chr2 (464-541)||(4434695-4434772)
chr2 (369-543)||(17823577-17823761)
chr2 (448-541)||(5562936-5563029)
chr2 (461-540)||(42061333-42061412)
chr2 (471-541)||(14242627-14242697)
chr2 (8-93)||(22113007-22113090)
chr2 (471-541)||(23860276-23860346)
chr2 (366-541)||(33555359-33555545)
chr2 (461-541)||(40095263-40095343)
chr2 (464-541)||(25333144-25333221)
chr2 (369-436)||(4434592-4434658)
chr2 (368-432)||(14242523-14242586)
chr2 (170-219)||(22113147-22113196)
chr2 (480-537)||(42081433-42081490)
[»] chr8 (26 HSPs)
chr8 (369-541)||(28897995-28898167)
chr8 (380-541)||(2599531-2599692)
chr8 (368-541)||(45413554-45413720)
chr8 (402-541)||(10391348-10391487)
chr8 (369-539)||(11904855-11905035)
chr8 (368-541)||(14342186-14342371)
chr8 (455-533)||(8368467-8368545)
chr8 (458-541)||(1993739-1993822)
chr8 (437-540)||(27497174-27497276)
chr8 (461-536)||(41075699-41075774)
chr8 (461-540)||(43066006-43066085)
chr8 (367-538)||(35200559-35200740)
chr8 (461-536)||(31774729-31774804)
chr8 (455-533)||(45502670-45502748)
chr8 (459-536)||(16465712-16465789)
chr8 (484-541)||(4077086-4077143)
chr8 (440-507)||(10592010-10592077)
chr8 (475-539)||(12142083-12142147)
chr8 (367-437)||(41075594-41075663)
chr8 (459-521)||(41880209-41880271)
chr8 (472-540)||(44081068-44081136)
chr8 (457-539)||(31523610-31523692)
chr8 (367-437)||(31774841-31774910)
chr8 (367-436)||(4076767-4076835)
chr8 (480-520)||(7313527-7313567)
chr8 (377-437)||(42354443-42354503)
[»] chr4 (34 HSPs)
chr4 (366-541)||(50498210-50498385)
chr4 (366-541)||(22364468-22364643)
chr4 (368-541)||(42179148-42179319)
chr4 (373-540)||(32290215-32290377)
chr4 (461-541)||(5817482-5817562)
chr4 (436-538)||(51579323-51579425)
chr4 (364-541)||(37605686-37605873)
chr4 (424-541)||(20107110-20107228)
chr4 (369-540)||(25164471-25164652)
chr4 (368-541)||(25783908-25784090)
chr4 (369-541)||(45995895-45996076)
chr4 (461-541)||(55281208-55281288)
chr4 (462-541)||(17044003-17044082)
chr4 (461-542)||(43749091-43749172)
chr4 (464-541)||(51579581-51579657)
chr4 (462-541)||(24059236-24059315)
chr4 (464-541)||(32525127-32525204)
chr4 (369-538)||(3287087-3287262)
chr4 (448-536)||(41277220-41277308)
chr4 (492-541)||(39631271-39631320)
chr4 (369-539)||(48525328-48525508)
chr4 (465-537)||(36851231-36851303)
chr4 (365-432)||(14149956-14150023)
chr4 (367-434)||(14786734-14786801)
chr4 (461-535)||(26720003-26720077)
chr4 (368-436)||(17044118-17044185)
chr4 (175-285)||(40010338-40010449)
chr4 (366-436)||(9118512-9118582)
chr4 (168-285)||(35063504-35063621)
chr4 (365-409)||(20107230-20107274)
chr4 (507-541)||(14786853-14786887)
chr4 (369-434)||(5817380-5817444)
chr4 (35-67)||(48100415-48100447)
chr4 (368-436)||(55281324-55281391)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (365-541)||(31741043-31741219)
chr7 (369-539)||(42974395-42974558)
chr7 (367-539)||(38349457-38349639)
chr7 (369-541)||(38754897-38755077)
chr7 (366-541)||(46576239-46576424)
chr7 (368-539)||(28713679-28713860)
chr7 (462-543)||(47480116-47480196)
chr7 (371-539)||(37536317-37536495)
chr7 (391-455)||(6220185-6220249)
chr7 (367-436)||(43359087-43359156)
chr7 (469-541)||(48460659-48460731)
chr7 (439-534)||(11752604-11752699)
chr7 (470-541)||(33496499-33496570)
chr7 (367-541)||(30922708-30922892)
chr7 (505-541)||(51938-51974)
chr7 (368-436)||(33496615-33496682)
chr7 (370-433)||(36675940-36676003)
chr7 (471-537)||(43068765-43068831)
[»] chr3 (24 HSPs)
chr3 (368-540)||(23004757-23004938)
chr3 (436-541)||(8330669-8330774)
chr3 (368-537)||(46135531-46135708)
chr3 (461-541)||(50989203-50989283)
chr3 (461-541)||(51092335-51092415)
chr3 (461-537)||(33288136-33288212)
chr3 (462-538)||(38247801-38247877)
chr3 (371-540)||(12224006-12224184)
chr3 (461-541)||(9271110-9271190)
chr3 (8-93)||(7644857-7644942)
chr3 (369-446)||(44092433-44092510)
chr3 (435-535)||(39947233-39947333)
chr3 (369-539)||(36674519-36674699)
chr3 (461-541)||(8496706-8496786)
chr3 (461-541)||(48034911-48034991)
chr3 (33-93)||(52029294-52029354)
chr3 (369-519)||(40725869-40726029)
chr3 (465-533)||(54713532-54713600)
chr3 (491-541)||(29915091-29915141)
chr3 (491-541)||(29964244-29964294)
chr3 (8-67)||(44109637-44109694)
chr3 (172-285)||(44109764-44109876)
chr3 (168-241)||(53717046-53717119)
chr3 (465-533)||(54413504-54413572)
[»] scaffold0005 (2 HSPs)
scaffold0005 (367-434)||(52929-52996)
scaffold0005 (507-541)||(52843-52877)
[»] scaffold0933 (1 HSPs)
scaffold0933 (365-432)||(3052-3118)
[»] scaffold0533 (1 HSPs)
scaffold0533 (500-541)||(10372-10413)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 31)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 367 - 541
Target Start/End: Original strand, 526907 - 527081
Alignment:
Q  367 aaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagaccac 466  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  526907 aaggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccac 527006  T
Q  467 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  527007 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 527081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 369 - 541
Target Start/End: Original strand, 46845666 - 46845838
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagaccacat 468  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  46845666 ggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacattatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccacat 46845765  T
Q  469 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  46845766 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 46845838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 366 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 39858522 - 39858347
Alignment:
Q  366 aaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagacca 465  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||| |||||    
T  39858522 aaaggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatatgagagagtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggacca 39858423  T
Q  466 catggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39858422 catggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 39858347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 368 - 545
Target Start/End: Original strand, 13276473 - 13276650
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagaccaca 467  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||  ||||||    
T  13276473 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtgggtaccaca 13276572  T
Q  468 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcctct 545  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13276573 tggacacatgtcataattgtgtatgagtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcactactactct 13276650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 368 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 40314265 - 40314095
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagaccaca 467  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||    
T  40314265 aggataatgtttcatgaacaccattttttccatacatactatataccactcccatatgagagtgtgtgaatgtgagttttttgtgtgtgtggggaccaca 40314166  T
Q  468 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 538  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  40314165 tggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataaatggtacatactacctaaggtggtttatgtatcacta 40314095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 365 - 541
Target Start/End: Original strand, 49430480 - 49430646
Alignment:
Q  365 aaaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagacc 464  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||          |||||||||||| | ||||||||    
T  49430480 aaaaggataatatttcatgaacactcttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgaaagtg----------agtttcttgtgtgtgtggagacc 49430569  T
Q  465 acatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49430570 agatggacacatgtcacaattgtgtattgatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaccactc 49430646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 366 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 1995137 - 1994953
Alignment:
Q  366 aaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtat 455  Q
    |||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||||||| || ||| |    
T  1995137 aaaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgt 1995040  T
Q  456 atggag-accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
     ||||| ||||||  ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1995039 gtggaggaccacaaagacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 1994953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 461 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 6487808 - 6487728
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  6487808 gaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaattggtctatgtatcactactc 6487728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 370 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 29731369 - 29731194
Alignment:
Q  370 gataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatatgg 459  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||| |||| |||||||||||||| |||  |          ||| |||||||||| | | |    
T  29731369 gataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtatcacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgaatttcttgtgtgtgtag 29731270  T
Q  460 agaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 535  Q
     ||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  29731269 ggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtactagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 29731194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 461 - 541
Target Start/End: Original strand, 44797568 - 44797648
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||| |||||| | ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44797568 gaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 44797648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 462 - 541
Target Start/End: Original strand, 27325731 - 27325810
Alignment:
Q  462 accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||| |||||| | ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27325731 accacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 27325810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 461 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 26041050 - 26040972
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 539  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  26041050 gaccacgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtttgtgtatcactac 26040972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 368 - 539
Target Start/End: Original strand, 47571562 - 47571743
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatat 457  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||  |          |||||||||| ||| | |    
T  47571562 aggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttatgtgtgt 47571661  T
Q  458 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 539  Q
     | ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||| | ||| ||||||||||||| ||| |||||||||    
T  47571662 agggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggcatatgtcacctaaggtggtttatatatcactac 47571743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 459 - 539
Target Start/End: Original strand, 7178211 - 7178291
Alignment:
Q  459 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 539  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7178211 gagaccacatagacacttgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcactac 7178291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 461 - 537
Target Start/End: Original strand, 29637312 - 29637388
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 537  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29637312 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcact 29637388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 461 - 541
Target Start/End: Original strand, 40294833 - 40294913
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40294833 gaccacatagatacatgtcacaattgtgtataggtggacaagtggtacgtgccacctaaagtggtctatgtatcactactc 40294913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 370 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 48489630 - 48489455
Alignment:
Q  370 gataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatatgg 459  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||| |||||||| ||||| |||  |          ||||||||||||||   | |    
T  48489630 gataatgtttcatgaacaccattttctctatacatacattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgcgtag 48489531  T
Q  460 agaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 535  Q
     ||||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||    
T  48489530 ggaccacatggacagatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatca 48489455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 462 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 1673448 - 1673369
Alignment:
Q  462 accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||| |||||| | ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1673448 accacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 1673369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 468 - 538
Target Start/End: Original strand, 15225100 - 15225170
Alignment:
Q  468 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 538  Q
    |||||| ||||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15225100 tggacatatgtcacaattgcatgtgggtgtataagttgtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 15225170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 366 - 541
Target Start/End: Original strand, 32267462 - 32267647
Alignment:
Q  366 aaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtat 455  Q
    |||||||||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||          |||||||||| || |||||    
T  32267462 aaaggataatatttcatgtacacacttttttccatacacacattgtactactcc-atgtgagagtgtgtgagagccaatacatgtgagtttttt-tgtat 32267559  T
Q  456 atgga--gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
     ||||  ||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| || | ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  32267560 gtggaaggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaattgtacatgccacttaagatggtctatgtatcactactc 32267647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 369 - 539
Target Start/End: Original strand, 33502524 - 33502704
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaa----------tgtgagtttcttgtgtatatg 458  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||| | |||| ||  ||||||||  | |||||||||||||||||          ||||||||| |||||| | ||    
T  33502524 ggataatgtttcatgaacatccttttcttcgtacatacattgtaccacctctatgtgagagtgtgtgaaagatataaaatgtgagttttttgtgtgtgtg 33502623  T
Q  459 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 539  Q
    |||||||  || ||| ||||||||||||  | | |||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||    
T  33502624 gagaccatgtgaacatatgtcacaattgcatgtaggtgtacaagtggtacatgtcatctaatgtggtctatgtatcactac 33502704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 461 - 541
Target Start/End: Original strand, 2403027 - 2403107
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||| | |||| | ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2403027 gaccacaagaacacttttcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaagatggtctatgtatcactactc 2403107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 368 - 436
Target Start/End: Original strand, 15066019 - 15066087
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 436  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15066019 aggataatgtttcatgaacactcttttttccatacatacaatgtaccactctcatgtgagagtgtgtga 15066087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 491 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 40030888 - 40030838
Alignment:
Q  491 tgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40030888 tgggtgtacaagtggtacatgctacctaaggtggtctatgtatcactactc 40030838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 365 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 19989422 - 19989246
Alignment:
Q  365 aaaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgta 454  Q
    ||||||||||||||||||  ||||  ||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||          |||| ||||| || |||     
T  19989422 aaaaggataatgtttcatagacactcttttctc-atacacacattgtaccactctcatgtgagagtgtgtgagagacacaaaatgtaagttttttatgtg 19989324  T
Q  455 tatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatc 534  Q
    |  ||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||| |||||||| ||| || |||||||||| ||||||||    
T  19989323 t--ggaaaccacatggacacatgtcacacttgtatgtggatgtacaagtggtatatgtcatctaaggtggtttatgtatc 19989246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 365 - 433
Target Start/End: Original strand, 2402921 - 2402988
Alignment:
Q  365 aaaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtg 433  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||||| | |||||||||||||||    
T  2402921 aaaaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtacca-ttccatgtgagagtgtg 2402988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 368 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 40030969 - 40030902
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 436  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||| | |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40030969 aggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtga 40030902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 464 - 519
Target Start/End: Original strand, 15066126 - 15066181
Alignment:
Q  464 cacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaa 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||| || || ||||||| ||||||    
T  15066126 cacatggacacatgtcacaattgtgtatgaatgtacaaatgatacatgctacctaa 15066181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 373 - 436
Target Start/End: Original strand, 34311217 - 34311280
Alignment:
Q  373 aatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 436  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||| | || ||||||||| ||||    
T  34311217 aatgtttcattcacaccattttctccatacacataatgtaccaccctcacgtgagagtgcgtga 34311280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 365 - 436
Target Start/End: Original strand, 44797463 - 44797533
Alignment:
Q  365 aaaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 436  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  |||| || ||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||    
T  44797463 aaaaggataatgtttcatgtacacacttttttctatacacacattgtaccact-tcatgtgagagtgtgtga 44797533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 368 - 436
Target Start/End: Original strand, 27325626 - 27325694
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtg-agagtgtgtga 436  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  27325626 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgaagagtgtgtga 27325694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 152; Significance: 4e-80; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 366 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 15285504 - 15285329
Alignment:
Q  366 aaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagacca 465  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  15285504 aaaggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggacca 15285405  T
Q  466 catggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15285404 catggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 15285329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 372 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 35906163 - 35905994
Alignment:
Q  372 taatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagaccacatgga 471  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||| | | | ||| |||||||    
T  35906163 taatgtttcatgaacacccttttctccatacatactatgtaccactctcatgtgagagtgtgtaaaagtgagtttcttgtgtgtgtagggactacatgga 35906064  T
Q  472 cacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35906063 cacatgtcacaattgtatatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 35905994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 368 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 13988430 - 13988247
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttctt-gtgtata 456  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||| ||| || |||| |     
T  13988430 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtg 13988332  T
Q  457 tggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
     || ||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13988331 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 13988247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 365 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 12248459 - 12248275
Alignment:
Q  365 aaaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgta 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||| ||||| |||  |          |||||||||||||      
T  12248459 aaaaggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgcg 12248360  T
Q  455 tatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 539  Q
    | | | ||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  12248359 tgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatcactac 12248275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 461 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 36890457 - 36890376
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcc 542  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36890457 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcc 36890376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 369 - 539
Target Start/End: Original strand, 43100208 - 43100388
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatatg 458  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||  ||||||| ||||| |||  |          ||| |||||||||| | |     
T  43100208 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgaatttcttgtgtgtgta 43100307  T
Q  459 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 539  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  43100308 gagaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatataccacctaagatggtttatgtatcactac 43100388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 440 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 33687748 - 33687649
Alignment:
Q  440 tgagtttcttgtgtatatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 539  Q
    |||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||||| | ||||| |||| |||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||    
T  33687748 tgagtttcttgtgtgtgtagagatcacatggacacatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 33687649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 366 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 11247377 - 11247192
Alignment:
Q  366 aaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgag-tttcttgtgta 454  Q
    |||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||          ||||||| ||| ||||||     
T  11247377 aaaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtg 11247279  T
Q  455 tatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    || || || ||||  ||||  ||||| |||||||| ||| |||| |||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  11247278 tagggggatcacaaagacatttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtagtatatgccatctaaggtagtctatgtatcactactc 11247192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 465 - 538
Target Start/End: Original strand, 1447853 - 1447926
Alignment:
Q  465 acatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 538  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||    
T  1447853 acatggacatatgtcacaattgtgcgtggatgtataagtggtacatgccacctaaagttgtctatatataacta 1447926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 368 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 8076438 - 8076374
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgt 432  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  8076438 aggataatgtttcatgaacacccttttctctatacatacattgtaccacttccatgtgagagtgt 8076374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 19303825 - 19303743
Alignment:
Q  8 aattgtgtaacatttccaaccactatatatgctacatgcaaattcaaattcaactattatctgcaactattatataacttattttt 93  Q
    |||||||||| |||||||||  ||| ||  |||||| |||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  19303825 aattgtgtaaaatttccaacggctacat--gctacaagcaaattcaa-ttcaactattatttacaactattatataatttattttt 19303743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 472 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 20151453 - 20151384
Alignment:
Q  472 cacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||||| |||| ||| |||||||  |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  20151453 cacatgtcataattatgtgtgggtgttcaagtggtatatgctacctaaagtggtctatgtatcattactc 20151384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 365 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 20151560 - 20151490
Alignment:
Q  365 aaaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 436  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||| ||  | |||||| |||||||||||||||||||    
T  20151560 aaaaggataatatttcatgtacacctttttttccatacatacattataccac-cccatgtgagagtgtgtga 20151490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 480 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 8378405 - 8378344
Alignment:
Q  480 acaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||| ||||| ||| |||| || ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  8378405 acaactgtgtgtggatgtacaaatggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcaccactc 8378344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 368 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 36890559 - 36890492
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 436  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||||||| | |||||||||||| |||    
T  36890559 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-cgatgtgagagtgtatga 36890492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 151; Significance: 1e-79; HSPs: 17)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 367 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 23916146 - 23915972
Alignment:
Q  367 aaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagaccac 466  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  23916146 aaggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccac 23916047  T
Q  467 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  23916046 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtgatctatgtatcactactc 23915972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 186 - 368
Target Start/End: Original strand, 33167321 - 33167503
Alignment:
Q  186 aacaatagaagagagatagtgcatataaaaacaccaatctttatgagcatcatattcattgatatcataatggggtatttatttaacatgatgctaaata 285  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  33167321 aacaataggagagagatagtgcatataaaaacaccaatctttatgagtatcatattcattgatatcacaatagggtgtttgtttaacatgatgctaaata 33167420  T
Q  286 aaggaaaaacaatgtatcaaaataaaattcttatatttaatggttgtttagtttaacatgcttttcaatctatctttctaaaa 368  Q
    | |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33167421 agggaacaagaaggtatcaaaataaaattcttatatttaatggttgtttagtttaacatgcttttcaatctatctttctaaaa 33167503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 8 - 93
Target Start/End: Original strand, 33167169 - 33167254
Alignment:
Q  8 aattgtgtaacatttccaaccactatatatgctacatgcaaattcaaattcaactattatctgcaactattatataacttattttt 93  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33167169 aattgtgtaaaatttccaacgactattgatgctacatgcaaattcaaattcaactattatctgcaactattatataatttattttt 33167254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 369 - 541
Target Start/End: Original strand, 34792651 - 34792833
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttct-tgtgtatat 457  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||| | |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||||||| | ||||| ||     
T  34792651 ggataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttgtgtgtgtag 34792749  T
Q  458 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
     ||||||||| |||||| ||||| |||| | | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34792750 agagaccacaaggacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 34792833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 462 - 541
Target Start/End: Original strand, 14314089 - 14314168
Alignment:
Q  462 accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14314089 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14314168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 368 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 9046015 - 9045833
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatat 457  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||| | |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||| ||||| |||||| | |    
T  9046015 aggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagttt-ttgtgtgtgt 9045918  T
Q  458 ggag-accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||| |||||| | |||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9045917 ggaggaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 9045833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 468 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 29429657 - 29429590
Alignment:
Q  468 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 535  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  29429657 tggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtagtctgtgtatca 29429590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 369 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 16718179 - 16717991
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtg----------aatgtgagtttcttgtgtatatg 458  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||| ||||| ||          ||  |||||||||||||| | |     
T  16718179 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 16718080  T
Q  459 gagaccacatggaca-----catgtcacaat--tgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 540  Q
    | ||||| |||||||     |||||||||||  | ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16718079 gggaccaaatggacacatgtcatgtcacaattatatgtgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 16717991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 461 - 538
Target Start/End: Original strand, 1244658 - 1244735
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 538  Q
    ||||||| |||||| || || |||||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1244658 gaccacaaggacacttgccaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcacta 1244735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 576 - 630
Target Start/End: Original strand, 33167527 - 33167583
Alignment:
Q  576 ttggcagcactttgacca--gagtgctgactgtggcttaacacacaacttggaccaa 630  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33167527 ttggcagcactttgaccatagagtgctgactgtggcttaacacacaacttggaccaa 33167583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 449 - 541
Target Start/End: Original strand, 9521905 - 9521999
Alignment:
Q  449 tgtgtatatggagaccacatggacacatgtcacaatt--gtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||| ||| || |||||| | | |||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  9521905 tgtgtatgtggggatcacatgaatatatgtcacaattatgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtgatctatgtattactactc 9521999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 462 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 12748290 - 12748217
Alignment:
Q  462 accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 535  Q
    |||||||||||| ||||||||||| | | |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  12748290 accacatggacagatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatca 12748217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 367 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 12748396 - 12748331
Alignment:
Q  367 aaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgt 432  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||  ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  12748396 aaggataatgtttcataaacacccttttctttatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgt 12748331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 366 - 434
Target Start/End: Original strand, 9521809 - 9521876
Alignment:
Q  366 aaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgt 434  Q
    |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||  ||||||| |||||||| | |||||||    
T  9521809 aaaggataatgtttcatgtacatccttttctccatacacacattgtacca-tcccatgtaaaagtgtgt 9521876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 51 - 93
Target Start/End: Original strand, 793496 - 793537
Alignment:
Q  51 tcaaattcaactattatctgcaactattatataacttattttt 93  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  793496 tcaaattcaactattatctacaactattatataa-ttattttt 793537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 472 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 14023002 - 14022942
Alignment:
Q  472 cacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 533  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||  ||||||||||||||||| |||||||    
T  14023002 cacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctaaggtggtttatgtat 14022942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 364 - 436
Target Start/End: Original strand, 14313982 - 14314052
Alignment:
Q  364 taaaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 436  Q
    |||||||||||||||||||| ||| || ||| |||||||||||  |||||||||   ||||||||||||||||    
T  14313982 taaaaggataatgtttcatgtaca-cactttttccatacacacattgtaccact-ttatgtgagagtgtgtga 14314052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 149; Significance: 2e-78; HSPs: 23)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 369 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 3121782 - 3121610
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagaccacat 468  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  3121782 ggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccacat 3121683  T
Q  469 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3121682 ggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 3121610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 372 - 541
Target Start/End: Original strand, 24475714 - 24475883
Alignment:
Q  372 taatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagaccacatgga 471  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||||| | ||| ||| |||||||    
T  24475714 taatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccacgtgagagtgtgtaaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggactacatgga 24475813  T
Q  472 cacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24475814 cacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 24475883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 368 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 33300154 - 33299979
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttctt--gtgtatatggagacca 465  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| | ||| |||||    
T  33300154 aggataatgtttcatgaacaccgtattcttcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtgtggggacca 33300055  T
Q  466 catggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33300054 catgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtataaatggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcactactc 33299979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 365 - 541
Target Start/End: Original strand, 14945732 - 14945918
Alignment:
Q  365 aaaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgag----------tttcttgtgta 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||          ||| || | |     
T  14945732 aaaaggataatgtttcatgaacacccttttcttcatacacattatgtaccactcctatgtgagagtgcgtgaatgtgagttttttttttttttttttttg 14945831  T
Q  455 tatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    | ||| ||||| ||  |||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14945832 tgtggggaccaaataaacacatgttacatttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14945918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 369 - 538
Target Start/End: Original strand, 36272661 - 36272840
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaa----------tgtgagtttctt-gtgtatat 457  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||| |||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||          ||||||||| || |||| | |    
T  36272661 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatatacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgaaagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgt 36272759  T
Q  458 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 538  Q
    || ||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36272760 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 36272840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 369 - 540
Target Start/End: Original strand, 13696965 - 13697146
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttctt-gtgtatat 457  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||| ||| || |||| |      
T  13696965 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 13697063  T
Q  458 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 540  Q
    ||  |||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13697064 gggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 13697146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 368 - 541
Target Start/End: Original strand, 32599247 - 32599430
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatat 457  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||||||| || ||| | |    
T  32599247 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgacagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtgt 32599344  T
Q  458 ggag--accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||  |||||| |||||| ||||| |||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32599345 ggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 32599430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 366 - 541
Target Start/End: Original strand, 36709189 - 36709373
Alignment:
Q  366 aaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtat 455  Q
    |||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||| ||  ||||||||||| || ||||| |||||||          |||||||||| |||||| |    
T  36709189 aaaggataatgtttcatgtacacatttttttccatacaaacattgtaccactcc-atatgagaatgtgtgacagacaatacatgtgagttttttgtgtgt 36709287  T
Q  456 atggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
      || |||||||  ||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  36709288 ggggggaccacaatgacatttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacataccacctaagatggtctatgtatcagtactc 36709373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 368 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 40216592 - 40216411
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtg----------aatgtgagtttcttgtgtatat 457  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||          ||  |||||||||| ||| | |    
T  40216592 aggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacataaaagatgagtttcttatgtgtgt 40216493  T
Q  458 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 539  Q
     | ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||| ||  || |||||||||| ||| |||||||||    
T  40216492 agggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatatcatctaaggtggtttatatatcactac 40216411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 464 - 541
Target Start/End: Original strand, 4434695 - 4434772
Alignment:
Q  464 cacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  4434695 cacatggacacatgtcacaatagtgtgtggaagtacaagtggtacatgccacataaggtggtctatatatcactactc 4434772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 369 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 17823761 - 17823577
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttctt-gtgtatat 457  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||||||| || |||| |      
T  17823761 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgg 17823663  T
Q  458 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcct 543  Q
    || ||||||| |||||| | ||| |||||| | |||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  17823662 ggggaccacaaggacacttatcaaaattgtatgtgggtgtacaagtgatacataccatctaaggtggtttatgtatcactactcct 17823577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 448 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 5563029 - 5562936
Alignment:
Q  448 ttgtgtatatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||||||| |||| | ||||  ||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  5563029 ttgtgtgtgtggagaccacatcgacacatgtcaaaattatatatgaatgtataaatggtacatgccacctaaaatagtctatgtatcactactc 5562936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 461 - 540
Target Start/End: Original strand, 42061333 - 42061412
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 540  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||| | |||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||    
T  42061333 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacccaaagtgctctatgtatcactact 42061412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 471 - 541
Target Start/End: Original strand, 14242627 - 14242697
Alignment:
Q  471 acacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14242627 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaggtggtacataccacctaagatggtctatgtatcactactc 14242697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 8 - 93
Target Start/End: Original strand, 22113007 - 22113090
Alignment:
Q  8 aattgtgtaacatttccaaccactatatatgctacatgcaaattcaaattcaactattatctgcaactattatataacttattttt 93  Q
    |||||||||| |||| ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||    
T  22113007 aattgtgtaaaattttcaaccgctata--tgctacaagcaaattcaaattcaactattatttataactattatataatttattttt 22113090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 471 - 541
Target Start/End: Original strand, 23860276 - 23860346
Alignment:
Q  471 acacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||| ||||| ||| |||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23860276 acacttgtcaaaatagtgtgtgagtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 23860346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 366 - 541
Target Start/End: Original strand, 33555359 - 33555545
Alignment:
Q  366 aaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtat 455  Q
    |||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||          |||||||||| || | | |    
T  33555359 aaaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagaatgtgtgacagacaatacatgtgagttttttttttgt 33555457  T
Q  456 atggag--accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
     ||| |  ||||||  ||||| ||||| |||||||| |  ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  33555458 gtggggggaccacaatgacacttgtcaaaattgtgtgtaagtgtacaagtggtacatgccacttaaggtgatctatgtatcactactc 33555545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 461 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 40095343 - 40095263
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||||  ||||| ||||| |||||| | ||| |||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  40095343 gaccacaatgacacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaagtggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcactactc 40095263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 464 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 25333221 - 25333144
Alignment:
Q  464 cacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||| | | |||| ||||||||||||| | | |||||||||||||||| |||||||    
T  25333221 cacatgaacacatgtcacaaatgtgtgttgatgtacaagtggtacatgcgatccaaggtggtctatgtataactactc 25333144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 369 - 436
Target Start/End: Original strand, 4434592 - 4434658
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 436  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||| | ||||||||| |||||||    
T  4434592 ggataatgtttcatgaacactattttttccatacacacattgtaccac-ctcatgtgagaatgtgtga 4434658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 368 - 432
Target Start/End: Original strand, 14242523 - 14242586
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgt 432  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  14242523 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgt 14242586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 170 - 219
Target Start/End: Original strand, 22113147 - 22113196
Alignment:
Q  170 acatgtgagacctatgaacaatagaagagagatagtgcatataaaaacac 219  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  22113147 acatgtgggacctatgaataataggagagagagagtgcctataaaaacac 22113196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 480 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 42081490 - 42081433
Alignment:
Q  480 acaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 537  Q
    |||||||||| |||||||||||||  |||||| ||  |||||| ||||||||||||||    
T  42081490 acaattgtgtctgggtgtataagtaatacatgtcatttaaggtagtctatgtatcact 42081433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 141; Significance: 1e-73; HSPs: 26)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 369 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 28898167 - 28897995
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagaccacat 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  28898167 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactctcatatgagagtgtgtgaaagggagtttcttgtgtgtgtggggaccacat 28898068  T
Q  469 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28898067 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 28897995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 380 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 2599692 - 2599531
Alignment:
Q  380 catgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagaccacatggacacatgtc 479  Q
    |||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  2599692 catgaacaccctttttttcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccacatgaacacatgtc 2599593  T
Q  480 acaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2599592 acaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 2599531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 368 - 541
Target Start/End: Original strand, 45413554 - 45413720
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagaccaca 467  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||        |||||||| | ||| ||||| |    
T  45413554 aggacaatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgcaccactcctatgtgagggtgcgtgaaa-------tcttgtgtgtgtggggaccata 45413646  T
Q  468 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45413647 tggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 45413720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 402 - 541
Target Start/End: Original strand, 10391348 - 10391487
Alignment:
Q  402 cacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataa 501  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10391348 cacattatgtactactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttatgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataa 10391447  T
Q  502 gtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  10391448 gtggcacatgccacctaagatgatctatgtatcattactc 10391487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 369 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 11905035 - 11904855
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatatg 458  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||  |          ||||||||||||||   |     
T  11905035 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgagta 11904936  T
Q  459 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 539  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11904935 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 11904855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 368 - 541
Target Start/End: Original strand, 14342186 - 14342371
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatat 457  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||| ||| || ||| |||    
T  14342186 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgaattttttttgtgtat 14342284  T
Q  458 ggag--accacatggacacatgtcacaa-ttgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    || |  |||||| |||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14342285 ggggggaccacaaggacacttgtcaaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14342371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 455 - 533
Target Start/End: Original strand, 8368467 - 8368545
Alignment:
Q  455 tatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 533  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8368467 tatggggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 8368545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 458 - 541
Target Start/End: Original strand, 1993739 - 1993822
Alignment:
Q  458 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1993739 ggagaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 1993822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 437 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 27497276 - 27497174
Alignment:
Q  437 atgtgagtttcttgtgtatatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 536  Q
    |||||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||| ||||||| | ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  27497276 atgtgagttttttgtgtgtatggaaaccacatgaacacatgtcgcaattgtctgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaagtggtct-tgtatcac 27497178  T
Q  537 tact 540  Q
    ||||    
T  27497177 tact 27497174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 461 - 536
Target Start/End: Original strand, 41075699 - 41075774
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 536  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41075699 gaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 41075774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 461 - 540
Target Start/End: Original strand, 43066006 - 43066085
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 540  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43066006 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 43066085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 367 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 35200740 - 35200559
Alignment:
Q  367 aaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtata 456  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||  |          |||||||||||| | |     
T  35200740 aaggataatgtttgatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtatgtg 35200641  T
Q  457 tggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 538  Q
    | | |||| |||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35200640 tagggaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtaatatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 35200559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 461 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 31774804 - 31774729
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 536  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31774804 gaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgagtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 31774729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 455 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 45502748 - 45502670
Alignment:
Q  455 tatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  45502748 tatggagaccacatggacacatgtcacaattgtatatgaatgtacaagtggtacataccacttaaggtggtttatgtat 45502670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 459 - 536
Target Start/End: Original strand, 16465712 - 16465789
Alignment:
Q  459 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 536  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  16465712 gagaccacgtagacacatgtcacaattgtatgtgggtatacaagtggtacatgccgtctaaggtggtctatgtatcac 16465789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 484 - 541
Target Start/End: Original strand, 4077086 - 4077143
Alignment:
Q  484 ttgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4077086 ttgtgtgtgggtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatatatcactactc 4077143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 440 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 10592077 - 10592010
Alignment:
Q  440 tgagtttcttgtgtatatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggta 507  Q
    |||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||    
T  10592077 tgagtttcttgtgtgtgtagagaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggta 10592010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 475 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 12142147 - 12142083
Alignment:
Q  475 atgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 539  Q
    ||||||||||| | | ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12142147 atgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 12142083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 367 - 437
Target Start/End: Original strand, 41075594 - 41075663
Alignment:
Q  367 aaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaa 437  Q
    |||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  41075594 aaggataatgtttcgtagacaccattttctc-atacacacattgtaccactatcatgtgagagtgtgtgaa 41075663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 459 - 521
Target Start/End: Original strand, 41880209 - 41880271
Alignment:
Q  459 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagg 521  Q
    |||||||||| || || |||||||||||||||| | |||| || |||||||||||||||||||    
T  41880209 gagaccacatagatacgtgtcacaattgtgtatagatgtacaaatggtacatgccacctaagg 41880271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 472 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 44081136 - 44081068
Alignment:
Q  472 cacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 540  Q
    ||||||||||||||  || ||| |||| || || ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  44081136 cacatgtcacaattacgtgtggatgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtgtatgtatcactact 44081068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 457 - 539
Target Start/End: Original strand, 31523610 - 31523692
Alignment:
Q  457 tggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 539  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||||| | ||| | |||| ||||| |||||| || ||||| |||||||| |||||||||    
T  31523610 tggagatcacatggacacttatcacaattatatatagatgtacaagtgatacatgtcatctaagatggtctatctatcactac 31523692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 367 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 31774910 - 31774841
Alignment:
Q  367 aaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaa 437  Q
    |||||||||||||| |  |||| |||||||| ||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  31774910 aaggataatgtttcgtagacactattttctc-atacacacattgtaccactatcatgtgagagtgtgtgaa 31774841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 367 - 436
Target Start/End: Original strand, 4076767 - 4076835
Alignment:
Q  367 aaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 436  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||   ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  4076767 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacatattgtaccact-ctatgtgagagtgtgtga 4076835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 480 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 7313567 - 7313527
Alignment:
Q  480 acaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaag 520  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  7313567 acaattgtgtgtgggtgtatcagtggtacatgtcacctaag 7313527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 377 - 437
Target Start/End: Original strand, 42354443 - 42354503
Alignment:
Q  377 tttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaa 437  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||   ||||||||  |||||||||||| ||||||    
T  42354443 tttcatggacacctttttctccatacacatattgtaccacctccatgtgagagtatgtgaa 42354503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 140; Significance: 5e-73; HSPs: 34)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 366 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 50498385 - 50498210
Alignment:
Q  366 aaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagacca 465  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||    
T  50498385 aaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacatactatataccactcccatatgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtggggacca 50498286  T
Q  466 catggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||    
T  50498285 catggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatactacctaaggtgatctatgtatcactactc 50498210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 366 - 541
Target Start/End: Original strand, 22364468 - 22364643
Alignment:
Q  366 aaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagacca 465  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| |  || |||||    
T  22364468 aaaggataatgtttcatgaacacccttttctccatacatattatgtaccactcccatgtgagagtgtataaaagtgagtttcttgtgtgttaggggacca 22364567  T
Q  466 catggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||||    
T  22364568 catggacacatatcacaattgtatatgggtgtataagtggtatatgccacctaagttgatttatgtatcactactc 22364643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 368 - 541
Target Start/End: Original strand, 42179148 - 42179319
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagaccaca 467  Q
    |||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  || |||||||| |||||| | ||| |||||||    
T  42179148 aggataatgtttcatgaacatcctttttttcatacacactatgtaccactcctatgtgagagtctg--aaagtgagttttttgtgtgtgtggggaccaca 42179245  T
Q  468 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42179246 tggacacatgtcacaattgtgcatgggtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 42179319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 373 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 32290377 - 32290215
Alignment:
Q  373 aatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagaccacatggac 472  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| | ||  ||||||||||      
T  32290377 aatgtttcatgaacactcttttctccatacatactatgtaccactcccatgtgagagtgtatgaaagtgaatttcttgtgtgtgtgaggaccacatgg-- 32290280  T
Q  473 acatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 540  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32290279 ---tgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 32290215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 461 - 541
Target Start/End: Original strand, 5817482 - 5817562
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5817482 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 5817562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 436 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 51579425 - 51579323
Alignment:
Q  436 aatgtgagtttcttgtgtatatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 535  Q
    ||||||||||| |||| | | |||  |||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51579425 aatgtgagttttttgtatgtgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 51579326  T
Q  536 cta 538  Q
    |||    
T  51579325 cta 51579323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 364 - 541
Target Start/End: Original strand, 37605686 - 37605873
Alignment:
Q  364 taaaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttctt-gtg 452  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||| ||| || |||    
T  37605686 taaatggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagggacaatacatgtgactttttttgtg 37605784  T
Q  453 tatatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    | |  || ||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37605785 tgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 37605873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 424 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 20107228 - 20107110
Alignment:
Q  424 tgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggg-tgtataagtggtacatgccacctaaggt 522  Q
    |||||||||||||||| |||||| || ||    |||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  20107228 tgagagtgtgtgaatgcgagttttttatgcgcgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtgtgcggggtgtacaagtggtacatgccacctaaggt 20107129  T
Q  523 ggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||||||||||||||||    
T  20107128 ggtctatgtatcactactc 20107110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 369 - 540
Target Start/End: Original strand, 25164471 - 25164652
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatatg 458  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||| | |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||||||| || ||| | ||    
T  25164471 ggataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtgtg 25164568  T
Q  459 gag--accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 540  Q
    |||  |||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25164569 gaggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 25164652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 368 - 541
Target Start/End: Original strand, 25783908 - 25784090
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtg----------aatgtgagtttcttgtgtatat 457  Q
    |||||||||||||||||||| | |||| || ||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||          || |||||||| |||||||| |    
T  25783908 aggataatgtttcatgaacatctttttttctatacacacgttgtacca-tcctatgtgagagtgtgtgtgaaacaataaaagtgagttttttgtgtatgt 25784006  T
Q  458 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    || ||| ||||| | ||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  25784007 ggggactacatgaatacatgtcacaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaagatgatctatgtatcactactc 25784090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 369 - 541
Target Start/End: Original strand, 45995895 - 45996076
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatatg 458  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||||||| || ||| | ||    
T  45995895 ggataatgtttcatgtacacatttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtgtg 45995992  T
Q  459 g-agaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    | |||||||| | |||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45995993 ggagaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 45996076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 461 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 55281288 - 55281208
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55281288 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 55281208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 462 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 17044082 - 17044003
Alignment:
Q  462 accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17044082 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 17044003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 461 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 43749172 - 43749091
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcc 542  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43749172 gaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcc 43749091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 464 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 51579657 - 51579581
Alignment:
Q  464 cacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51579657 cacatggacacatgtcacaattgtatttgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtct-tgtatcactactc 51579581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 462 - 541
Target Start/End: Original strand, 24059236 - 24059315
Alignment:
Q  462 accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24059236 accacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 24059315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 464 - 541
Target Start/End: Original strand, 32525127 - 32525204
Alignment:
Q  464 cacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32525127 cacatagacacatatcacaattgtgtgtggatgtataagtggtatatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 32525204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 369 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 3287262 - 3287087
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacac-cattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga------atgtgagtttcttgtgtatatggag 461  Q
    ||||||||||||||| |||| | |||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||      ||  |||||| || ||| |   |||    
T  3287262 ggataatgtttcatgtacacactttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagataatacgagttttttttgtgtggagag 3287164  T
Q  462 accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 538  Q
    |||||| |||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  3287163 accacaaggactcttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccatctaaggtggtttatgtatcacta 3287087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 448 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 41277308 - 41277220
Alignment:
Q  448 ttgtgtatatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 536  Q
    |||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  41277308 ttgtgtgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaggtggtacatgtcacctaaggtgatctatgtatcac 41277220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 492 - 541
Target Start/End: Original strand, 39631271 - 39631320
Alignment:
Q  492 gggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39631271 gggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 39631320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 369 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 48525508 - 48525328
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatatg 458  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||  |          | |||||||| ||| | |     
T  48525508 ggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagataagtttcttatgtgtgta 48525409  T
Q  459 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 539  Q
    | || |||||| ||||||||||||||| | | ||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  48525408 gggaacacatgaacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatcactac 48525328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 465 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 36851303 - 36851231
Alignment:
Q  465 acatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 537  Q
    ||||||||||||||||||||  ||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  36851303 acatggacacatgtcacaatcatgcgtgggtgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgcatcact 36851231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 365 - 432
Target Start/End: Original strand, 14149956 - 14150023
Alignment:
Q  365 aaaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgt 432  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||| |||||    
T  14149956 aaaaggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgaaagtgt 14150023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 367 - 434
Target Start/End: Original strand, 14786734 - 14786801
Alignment:
Q  367 aaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgt 434  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||    
T  14786734 aaggataatgtttcatggacaccatttttttcatacacattatgtaccactctcatgtgagattgtgt 14786801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 461 - 535
Target Start/End: Original strand, 26720003 - 26720077
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 535  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||  | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  26720003 gaccacaaagacacatgttacaattgaatgtgggtgtagaagtggtacacgccacctaaggtggtttatgtatca 26720077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 368 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 17044185 - 17044118
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 436  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17044185 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtga 17044118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 175 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 40010449 - 40010338
Alignment:
Q  175 tgagacctatgaacaatagaagagagatagtgcatataaaaacaccaatctttatgagcatcatattcattgatatcataatgg-ggtatttatttaaca 273  Q
    ||||||| ||||  ||||| |||||||  |||| |||| ||||| | |||||||| || | |||||| |||||||| ||||||| ||| | |||||||||    
T  40010449 tgagacccatgagtaataggagagagaaggtgcctatacaaacatccatctttataagtaccatatttattgatattataatggaggtgtctatttaaca 40010350  T
Q  274 tgatgctaaata 285  Q
    ||||||||||||    
T  40010349 tgatgctaaata 40010338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 366 - 436
Target Start/End: Original strand, 9118512 - 9118582
Alignment:
Q  366 aaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 436  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||||   |||||||||||| ||||    
T  9118512 aaaggataatatttcatgaacaccctttcctccatacatacaatgtaccacattcatgtgagagtgcgtga 9118582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 168 - 285
Target Start/End: Original strand, 35063504 - 35063621
Alignment:
Q  168 gtacatgtgagacctatgaacaatagaagagagatagtgcatataaaaacaccaatctttatgagcatcatattcattgatatcataatggggtatttat 267  Q
    |||||||||||| | ||||  |||||||||||||   |   ||||||| |||  || ||||| |||||||||||||||||  ||| ||| ||||  ||||    
T  35063504 gtacatgtgagatccatgagtaatagaagagagaggttatctataaaagcactcatttttataagcatcatattcattgacgtcacaatagggtgcttat 35063603  T
Q  268 ttaacatgatgctaaata 285  Q
    ||||||||||||||||||    
T  35063604 ttaacatgatgctaaata 35063621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 365 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 20107274 - 20107230
Alignment:
Q  365 aaaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||    
T  20107274 aaaaggataatgtttcatgaacaccctttttttcatacacactat 20107230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 507 - 541
Target Start/End: Original strand, 14786853 - 14786887
Alignment:
Q  507 acatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14786853 acatgtcacctaaggtggtctatgtatcactactc 14786887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 369 - 434
Target Start/End: Original strand, 5817380 - 5817444
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgt 434  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||  |||||||| ||||||| | |||||||    
T  5817380 ggataatgtttcatgtacatccttttctccatacacacattgtaccac-cccatgtaaaagtgtgt 5817444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 35 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 48100447 - 48100415
Alignment:
Q  35 tatgctacatgcaaattcaaattcaactattat 67  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  48100447 tatgctacaagcaaattcaaattcaactattat 48100415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 368 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 55281391 - 55281324
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 436  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||| |||||||| ||  ||||||||| |||||||||| |||||||    
T  55281391 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacatacattgtaccact-ccatgtgagaatgtgtga 55281324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 133; Significance: 8e-69; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 365 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 31741219 - 31741043
Alignment:
Q  365 aaaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagacc 464  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| || |    
T  31741219 aaaaggataatgtttcatgaacatccttttttctatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggagc 31741120  T
Q  465 acatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31741119 acatagacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 31741043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 369 - 539
Target Start/End: Original strand, 42974395 - 42974558
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatggagaccacat 468  Q
    ||||||||||||||||||||| || | |||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||      |||| |||||| | ||| ||||| ||    
T  42974395 ggataatgtttcatgaacacctttgtttccatacacacattgtac-actcccatgtaagagtgtgtga------gttttttgtgtgtgtggggaccatat 42974487  T
Q  469 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 539  Q
    | ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42974488 gaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 42974558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 367 - 539
Target Start/End: Original strand, 38349457 - 38349639
Alignment:
Q  367 aaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtata 456  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||  |          |||||||||| ||| |     
T  38349457 aaggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttatgtgtg 38349556  T
Q  457 tggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 539  Q
    | | || |||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  38349557 tagggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaagatggtttatgtatcactac 38349639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 369 - 541
Target Start/End: Original strand, 38754897 - 38755077
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatatg 458  Q
    ||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||| ||  | |||||| |||||||||||||||||||          |||||||||| || ||| | ||    
T  38754897 ggataatatttcatgtacacctttttttccatacatacattataccac-cccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtgagtttttt-tgtgtgtg 38754994  T
Q  459 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    | || ||||||||||||||||| |||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38754995 gggatcacatggacacatgtcataattatgtatgggtgttcaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 38755077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 366 - 541
Target Start/End: Original strand, 46576239 - 46576424
Alignment:
Q  366 aaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttctt-gtgta 454  Q
    |||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||| ||| || ||||     
T  46576239 aaaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtg 46576337  T
Q  455 tatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |  ||  |||||| |||||| ||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46576338 tgggggaaccacaaggacacttgttaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 46576424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 368 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 28713860 - 28713679
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatat 457  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||   |||||||||  ||||||||||||| |||  |          |||||||||| ||| | |    
T  28713860 aggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacatattgtaccactttcatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttatgtgtgt 28713761  T
Q  458 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 539  Q
     | || |||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28713760 agggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 28713679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 462 - 543
Target Start/End: Original strand, 47480116 - 47480196
Alignment:
Q  462 accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcct 543  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  47480116 accatatggacacatgtcacaattgtat-tgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactcct 47480196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 371 - 539
Target Start/End: Original strand, 37536317 - 37536495
Alignment:
Q  371 ataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtg----------aatgtgagtttcttgtgtatatgga 460  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||  ||||||||||||| ||          ||  |||||||||||||| | | |     
T  37536317 ataatgtttcatgaacaccattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgagagtgtttgagagatacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagg 37536416  T
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 539  Q
    |||| |||||||||||||||||||| | | |||||||| | ||| || |||||||||||| || | |||||||||||||    
T  37536417 gaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacatgtgatatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 37536495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 391 - 455
Target Start/End: Original strand, 6220185 - 6220249
Alignment:
Q  391 ttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtat 455  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  6220185 ttttttccatacacactatgtaccactctcatgtgagagtgtgtgaatgtgagttttttttgtat 6220249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 367 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 43359156 - 43359087
Alignment:
Q  367 aaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 436  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  43359156 aaggataatgtttcattgacaccattttctccatacacacaatgtatcaccctcatgtgagagtgtgtga 43359087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 469 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 48460731 - 48460659
Alignment:
Q  469 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||| ||||| |||||| | ||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48460731 ggacacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 48460659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 439 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 11752699 - 11752604
Alignment:
Q  439 gtgagtttcttgtgtatatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatc 534  Q
    |||||||| || ||| | ||| |||||| || ||||||||||||||| | | | |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11752699 gtgagttttttatgtgtgtggggaccacgtgaacacatgtcacaattatatgtaggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatc 11752604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 470 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 33496570 - 33496499
Alignment:
Q  470 gacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||| ||||| |||| | | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33496570 gacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatccctactc 33496499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 367 - 541
Target Start/End: Original strand, 30922708 - 30922892
Alignment:
Q  367 aaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgag-tttcttgtgtat 455  Q
    ||||||||||||||||| |||   |||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||          ||||||| ||| |||||| |    
T  30922708 aaggataatgtttcatgtacatacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgt 30922806  T
Q  456 atggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
      || ||| ||| |||||| ||||| |||| ||| ||  |||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30922807 ggggggactacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgaatgtacatgtggtacataccacctaaggtgatctatgtatcactactc 30922892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 505 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 51974 - 51938
Alignment:
Q  505 gtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51974 gtacataccacctaaggtggtctatgtatcactactc 51938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 368 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 33496682 - 33496615
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 436  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  33496682 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattataccact-ccatgtgagagtgtgtga 33496615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 370 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 36676003 - 36675940
Alignment:
Q  370 gataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtg 433  Q
    |||||| ||| || |||||| ||||||||||| | |||||||| |||| |||||||||||||||    
T  36676003 gataatatttgatcaacacccttttctccatatatactatgtatcacttccatgtgagagtgtg 36675940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 471 - 537
Target Start/End: Original strand, 43068765 - 43068831
Alignment:
Q  471 acacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 537  Q
    |||||||||| |||| ||| |||  || |||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||    
T  43068765 acacatgtcaaaattatgtgtggaggtttaagtggtacatgcgacctaaggtggtatgtgtatcact 43068831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 96; Significance: 9e-47; HSPs: 24)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 368 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 23004938 - 23004757
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaa----------tgtgagtttcttgtgtatat 457  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||          ||||||||| || ||| | |    
T  23004938 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgcaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgtgtgaatgtgagttt-ttatgtgtgt 23004840  T
Q  458 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 540  Q
    || ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23004839 ggggaccacatgaatacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 23004757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 436 - 541
Target Start/End: Original strand, 8330669 - 8330774
Alignment:
Q  436 aatgtgagtttcttgtgtatatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 535  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8330669 aatgtgagttttttgtgcatatggggaccacatggacatatatcacaattgtgtgtgaatgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatca 8330768  T
Q  536 ctactc 541  Q
    ||||||    
T  8330769 ctactc 8330774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 368 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 46135708 - 46135531
Alignment:
Q  368 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtg--------aatgtgagtttcttgtgtatatgg 459  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||||        ||  ||||||| ||||||||||||    
T  46135708 aggataatgtttcatgaacatcattttctccatacacacattgtaccacccctatgtgagagtgtgtgagagatataaaatgagttttttgtgtatatgg 46135609  T
Q  460 agaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 537  Q
      ||||   ||||||||||||||||||| | | |||||| || || |||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  46135608 gaaccatgcggacacatgtcacaattgtatgtaggtgtacaaatgatacatgccatttaagatggtctatgtatcact 46135531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 461 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 50989283 - 50989203
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50989283 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 50989203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 461 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 51092415 - 51092335
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51092415 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 51092335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 461 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 33288212 - 33288136
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 537  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33288212 gaccacatagacacatatcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcact 33288136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 462 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 38247877 - 38247801
Alignment:
Q  462 accacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 538  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38247877 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 38247801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 371 - 540
Target Start/End: Original strand, 12224006 - 12224184
Alignment:
Q  371 ataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagttt-cttgtgtatatgg 459  Q
    ||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||          |||||||||| ||||||| |  ||    
T  12224006 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacact-tgtaccacttc-aggtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttcttgtgtgtgagg 12224103  T
Q  460 agaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 540  Q
     ||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12224104 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 12224184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 461 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 9271190 - 9271110
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9271190 gaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 9271110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 8 - 93
Target Start/End: Original strand, 7644857 - 7644942
Alignment:
Q  8 aattgtgtaacatttccaaccactatatatgctacatgcaaattcaaattcaactattatctgcaactattatataacttattttt 93  Q
    |||||||||| ||||||||   |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  7644857 aattgtgtaaaatttccaaaggctatatatactacaagcaaattcaaattcaactattatttgcagctattatataatttattttt 7644942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 369 - 446
Target Start/End: Original strand, 44092433 - 44092510
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagttt 446  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  44092433 ggataatgtttcatgaacacccttttctctctacaaactatgtaccactctcatgtaagagtgtgtgaatgagagttt 44092510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 435 - 535
Target Start/End: Original strand, 39947233 - 39947333
Alignment:
Q  435 gaatgtgagtttcttgtgtatatggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatc 534  Q
    |||||||||||| ||  || | || ||| ||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  39947233 gaatgtgagtttttttggtgtgtgaagatcacatggacacatatcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgtcacttaaggtggtctatatatc 39947332  T
Q  535 a 535  Q
    |    
T  39947333 a 39947333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 369 - 539
Target Start/End: Original strand, 36674519 - 36674699
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatatg 458  Q
    |||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||||  ||||||||| |||| ||||||||| |||  |          |||||||||| ||| | |     
T  36674519 ggattatgtttcatgaacatccttttctctatacacacattgtaccacttccatatgagagtgtttgagagacataaaagatgagtttcttatgtgtgta 36674618  T
Q  459 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 539  Q
    | || |||||||||||||||||||||| | | || ||||| |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  36674619 gtgatcacatggacacatgtcacaattatatgtgagtgtacaagtggtatatgtcacctaaggtggtttatgtatcactac 36674699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 461 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 8496786 - 8496706
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||||  ||||| ||||| |||||| | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8496786 gaccacaaagacacttgtcaaaattgtatgtgggtggacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaatactc 8496706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 461 - 541
Target Start/End: Original strand, 48034911 - 48034991
Alignment:
Q  461 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  48034911 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtttatgtatcaccactc 48034991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 33 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 52029354 - 52029294
Alignment:
Q  33 tatatgctacatgcaaattcaaattcaactattatctgcaactattatataacttattttt 93  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  52029354 tatatgctacaagcaaattcaaattcaactattatttacaactattatataatttattttt 52029294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 369 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 40726029 - 40725869
Alignment:
Q  369 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactccca----------tgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatatg 458  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||| | ||||||||||||||| |||||| |          ||||||||||| ||||||||| ||| || ||||| ||    
T  40726029 ggataatgtttcatggacacattttttttcatacacactatgtatcactcctatgtgagaatgtgtgagagtgtatgaatgtgatttttttttgtatttg 40725930  T
Q  459 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaa 519  Q
    | ||||| ||  |||||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  40725929 gggaccatataaacacatgtaacaattgtatatggatgtacaagtggtacataccacctaa 40725869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 465 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 54713600 - 54713532
Alignment:
Q  465 acatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 533  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| ||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  54713600 acatggacacatgtcataattatgtgtggatgttcaagtggtacatgccacctaacgtggtctatgtat 54713532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 491 - 541
Target Start/End: Original strand, 29915091 - 29915141
Alignment:
Q  491 tgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29915091 tgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactc 29915141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 491 - 541
Target Start/End: Original strand, 29964244 - 29964294
Alignment:
Q  491 tgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29964244 tgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactc 29964294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 8 - 67
Target Start/End: Original strand, 44109637 - 44109694
Alignment:
Q  8 aattgtgtaacatttccaaccactatatatgctacatgcaaattcaaattcaactattat 67  Q
    |||||||||| ||||||||  |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44109637 aattgtgtaaaatttccaa--aggatatatgctacaagcaaattcaaattcaactattat 44109694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 285
Target Start/End: Original strand, 44109764 - 44109876
Alignment:
Q  172 atgtgagacctatgaacaatagaagagagatagtgcatataaaaacaccaatctttatgagcatcatattcattgatatcataatggggtatttatttaa 271  Q
    ||||| |||| ||||| ||||| |||||||  |||| ||||||| |||  ||| |||| | || ||||||||||||| ||| ||| |||| | |||||||    
T  44109764 atgtgggacccatgaataataggagagagagggtgcctataaaagcacacatccttataaacaccatattcattgatgtcacaat-gggtgtctatttaa 44109862  T
Q  272 catgatgctaaata 285  Q
     |||||||||||||    
T  44109863 aatgatgctaaata 44109876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 168 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 53717119 - 53717046
Alignment:
Q  168 gtacatgtgagacctatgaacaatagaagagagatagtgcatataaaaacaccaatctttatgagcatcatatt 241  Q
    ||||| ||| |||||||||  ||||| |||||||  |||| |||||||||||| | |||||| |||||||||||    
T  53717119 gtacacgtgggacctatgagtaataggagagagagggtgcctataaaaacacccacctttataagcatcatatt 53717046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 465 - 533
Target Start/End: Original strand, 54413504 - 54413572
Alignment:
Q  465 acatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 533  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||  || ||  |||||||||||||||||    
T  54413504 acatggtcacatgtcgcaattgtgtgtgggtgtacaagtgttagttgtcagttaaggtggtctatgtat 54413572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 367 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 52996 - 52929
Alignment:
Q  367 aaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgt 434  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||    
T  52996 aaggataatgtttcatggacaccatttttttcatacacattatgtaccactctcatgtgagattgtgt 52929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 507 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 52877 - 52843
Alignment:
Q  507 acatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  52877 acatgtcacctaaggtggtctatgtatcactactc 52843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 365 - 432
Target Start/End: Original strand, 3052 - 3118
Alignment:
Q  365 aaaaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgt 432  Q
    ||||||||||||||||||  ||||  |||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  3052 aaaaggataatgtttcatatacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgt 3118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0533 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0533
Description:

Target: scaffold0533; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 500 - 541
Target Start/End: Original strand, 10372 - 10413
Alignment:
Q  500 aagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 541  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10372 aagtagtacatgtcacctaaggtggtctatgtattactactc 10413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University