View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4720-Insertion-8 (Length: 431)

Name: NF4720-Insertion-8
Description: NF4720
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4720-Insertion-8
NF4720-Insertion-8
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (8-431)||(41366235-41366658)
chr5 (8-424)||(41332062-41332481)
chr5 (8-431)||(41328042-41328468)
chr5 (8-424)||(41316082-41316501)
chr5 (8-425)||(41324150-41324570)
chr5 (68-431)||(31188453-31188816)
chr5 (68-431)||(31178408-31178771)
chr5 (68-431)||(31224997-31225360)
chr5 (128-293)||(41369703-41369869)
chr5 (10-185)||(41310581-41310759)
chr5 (213-424)||(41322132-41322344)
chr5 (217-401)||(41286141-41286325)
chr5 (8-431)||(41336984-41337410)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-421)||(17249078-17249494)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 41366658 - 41366235
Alignment:
Q  8 taacctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtgatttacacgttgaatcttgagaagaacatctactagatcatcattctt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41366658 taacctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtgatttacacgttgaatcttgagaagaacatctactagatcatcattctt 41366559  T
Q  108 cccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcaatgatctcttgcaatatcatatcagtctctctatgaagtttttcaagttttttccttggccaactt 207  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41366558 cctagctttcttgtgactacttttgtgatcatcgatgatctcttgcaatatcatatcagtctctctatgaagtttttcaagttttttccttggccaactt 41366459  T
Q  208 aacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttcttggt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41366458 aacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttcttggt 41366359  T
Q  308 gtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaactgatccttcacttgcagttat 407  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41366358 gtttattcttttttccaaatgctgcccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaaccgatccttcacttgcagttat 41366259  T
Q  408 tgatttaacaagatttgacacctc 431  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  41366258 tgatttaacaagatttgacacctc 41366235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 8 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 41332481 - 41332062
Alignment:
Q  8 taacctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtgat---ttacacgttgaatcttgagaagaacatctactagatcatcatt 104  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||||| ||||| || ||||||| ||||| ||   || |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  41332481 taacctggatgattgatttcatattgtcatcggttaaaggatgttctgagtaataattttcctgttgaatcttgagaagaacatctactagatcttcatc 41332382  T
Q  105 cttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcaatgatctcttgcaatatcatatcagtctctctatgaagtttttcaagttttttccttggccaa 204  Q
     || |  |||| ||||||| | ||| ||||||| || ||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||| |||||| | |||  || |   || |    
T  41332381 gttgcttgcttccttgtgaatgcttctgtgatcgtcgatgatgtcttgcattatcatatcaagctctctatgaattttttccattttggtcttctcccta 41332282  T
Q  205 cttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttctt 304  Q
    || |    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| ||||||   |||| || || |||||||||| | ||||| ||||    
T  41332281 ctcatgcattgaagcattttaatagaaggatacaaatctgcaatttcaaatcctcctaatagcaccaatactttctccattgctgatatgaacacatctt 41332182  T
Q  305 ggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaactgatccttcacttgcagt 404  Q
    ||| | ||||| |||| ||||| |||| ||||||||| |||||| |||| | ||||| |||| |  |||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  41332181 ggtttctattccttttcccaaaagctgcccgcgctgttatcccatttgtcattgagaaaatcttccgagtgagatttacaaccgatccttcacttgcagt 41332082  T
Q  405 tattgatttaacaagatttg 424  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  41332081 tattgatttaacaagatttg 41332062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 8 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 41328468 - 41328042
Alignment:
Q  8 taacctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtgat---ttacacgttgaatcttgagaagaacatctactagatcatcatt 104  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||||| ||||| || ||||||| ||||||||   || |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  41328468 taacctggatgattgatttcatattgtcatcggttaaaggatgttctgagtgataattttcctgttgaatcttgagaagaacatctactagatcttcatc 41328369  T
Q  105 cttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcaatgatctcttgcaatatcatatcagtctctctatgaagtttttcaagttttttccttggccaa 204  Q
     || |  |||| ||||||| ||||| ||||||| || ||||| |||||   |||||||||| ||||| ||||||||||||| | |||  || |   || |    
T  41328368 attgcttgcttccttgtgaatacttctgtgatcgtcgatgatgtcttgtgctatcatatcaatctctgtatgaagtttttccattttggtcttctcccta 41328269  T
Q  205 cttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttctt 304  Q
     | | |  |||||| | ||||||||||||||||||||||||||    ||||| ||| ||||||   | || || || || ||||| | | ||||| ||||    
T  41328268 gtcatccattgaagcaatttaatagaaggatacaaatctgcaatttcaaatcttcctaatagcaccactactttctccaatgctggtatgaacacatctt 41328169  T
Q  305 ggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaactgatccttcacttgcagt 404  Q
    ||||| ||||| |||| ||||| |||| ||||||||| |||||| |||| | ||||| |||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41328168 ggtgtctattccttttcccaaaagctgcccgcgctgttatcccatttgtcattgagaaaatcttccgagtgagattaacaactgatccttcacttgcagt 41328069  T
Q  405 tattgatttaacaagatttgacacctc 431  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||    
T  41328068 tattgatttaacaaggtttgacacctc 41328042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 8 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 41316501 - 41316082
Alignment:
Q  8 taacctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtgat---ttacacgttgaatcttgagaagaacatctactagatcatcatt 104  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| || || || ||||||||||||||||   || |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  41316501 taacctggatgattgattttatattgtcatcagttaaaggatgttgtgagtgataattttcctgttgaatcttgagaagaacatctactagatcttcatc 41316402  T
Q  105 cttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcaatgatctcttgcaatatcatatcagtctctctatgaagtttttcaagttttttccttggccaa 204  Q
     || |   ||| ||||||| | ||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||||  |||| | ||||||||||| | |||  || | |  | |    
T  41316401 attgctttcttccttgtgaatgcttttgtgatcgtcgatgatgtcttgcaatgtcatatcaagctctttgtgaagtttttccattttggtcttcgctcta 41316302  T
Q  205 cttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttctt 304  Q
    || ||   |||||| | ||||||||||||| |||||||  ||| | |||  |||||||| |   |   || |||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  41316301 ctcaagcattgaagcaatttaatagaaggaaacaaatccacaatacaaacgcctcccaacaaacttgctacttcctctattgctgatctaaacacttctt 41316202  T
Q  305 ggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaactgatccttcacttgcagt 404  Q
    |||||||  || |||| ||||| || |  |||||||| ||||||  |||   ||| | |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41316201 ggtgtttgctccttttcccaaaagccgctcgcgctgttatcccatatgtcgttgacaaaatcttctgagtgagattaacaactgatccttcacttgcagt 41316102  T
Q  405 tattgatttaacaagatttg 424  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  41316101 tattgatttaacaagatttg 41316082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 8 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 41324570 - 41324150
Alignment:
Q  8 taacctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtgat---ttacacgttgaatcttgagaagaacatctactagatcatcatt 104  Q
    ||||||||||||  || ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||   || |  ||||||||||||||||||||||||||||||  || |     
T  41324570 taacctggatgattgactttatattgtcatcggttaaaggatgttgtgagtgataattttcctgttgaatcttgagaagaacatctactagatattcttc 41324471  T
Q  105 cttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcaatgatctcttgcaatatcatatcagtctctctatgaagtttttcaagttttttccttggcca- 203  Q
     || | | ||| ||||||| | ||||||||||| || || || |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| | ||||  |||| |||      
T  41324470 attgctatcttccttgtgaatgcttttgtgatcgtcgataatgtcttgcaatatcatatcaatctctttgtgaagtttttcca-ttttggccttcgccct 41324372  T
Q  204 acttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttct 303  Q
    ||| |    |||||| | |||||||||||||||||||||  ||| | |||  |||||||| |   | | ||||||||  | |||||||||||||  ||      
T  41324371 actcacgcattgaagcaatttaatagaaggatacaaatcaacaatacaaatgcctcccaacaaacttactatttcctctactgctgatttaaacgattgc 41324272  T
Q  304 tggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaactgatccttcacttgcag 403  Q
    ||||||||  || |||| ||||| || | ||||| ||| ||||||  ||| | ||||| |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41324271 tggtgtttgctccttttgccaaaagccgcccgcgttgttatcccatatgtcattgagaaaatcttatgagtgagattaacaattgatccttcacttgcag 41324172  T
Q  404 ttattgatttaacaagatttga 425  Q
    |||||||| || ||||||||||    
T  41324171 ttattgatgtagcaagatttga 41324150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 68 - 431
Target Start/End: Original strand, 31188453 - 31188816
Alignment:
Q  68 gttgaatcttgagaagaacatctactagatcatcattcttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcaatgatctcttgcaatatcatatcagt 167  Q
    |||||||||||||||||  ||| |||||||| |||| ||| |   ||| ||||||| |  |||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||| |    
T  31188453 gttgaatcttgagaagagtatcaactagatcttcatccttgctttcttccttgtgaatgtttttatgatcaacgatgatatcttgcaatatcatatcaat 31188552  T
Q  168 ctctctatgaagtttttcaagttttttccttggccaacttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagc 267  Q
    |||| ||||||| ||||||| |||  || | | || ||| | |  |||||  ||||||| ||||||||||| ||| |||| | ||||| ||||||  |      
T  31188553 ctctttatgaagcttttcaactttcgtcttcgccctactcacccattgaaacattttaacagaaggatacacatcagcaatacaaaattctcccagcaaa 31188652  T
Q  268 ttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttcttggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatca 367  Q
     ||  ||| ||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||| || |||| ||||| ||||  || |  || |||||   ||| | | | | ||||     
T  31188653 ctagctatctcctttattgctgatttgaaagcttcttggtgtttactccttttcccaaacgctgctcgtgtcgttatccctgatgtcattaaaaaaatct 31188752  T
Q  368 tttgagtgagattaacaactgatccttcacttgcagttattgatttaacaagatttgacacctc 431  Q
    | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31188753 tatgactgagattaacaattgatccttcacttgcagatattgatttaacaagatttgacacctc 31188816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 68 - 431
Target Start/End: Original strand, 31178408 - 31178771
Alignment:
Q  68 gttgaatcttgagaagaacatctactagatcatcattcttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcaatgatctcttgcaatatcatatcagt 167  Q
    |||||||||||| |||  |||| |||||||| |||| ||| |   ||| ||||||| |  |||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||| |    
T  31178408 gttgaatcttgataagtgcatcaactagatcttcatccttgctttcttccttgtgaatgtttttatgatcatcgacgatatcttgcaatatcatatcaat 31178507  T
Q  168 ctctctatgaagtttttcaagttttttccttggccaacttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagc 267  Q
    |||| ||||||  ||||||| |||  || |   || ||| | |  |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| | ||||||||||||  |      
T  31178508 ctctttatgaaacttttcaaatttggtcttcaccccactcacccgttgaagcattttaatagaaggatacacatcagcaatacaaaatcctcccatcaaa 31178607  T
Q  268 ttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttcttggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatca 367  Q
     |   ||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||  || |  || ||| |   ||| | || || ||||     
T  31178608 ctcgctatttcctttattgctgattggaacacttgttggtgtttattccttttcccaaacgctgctcgtgtcgttatcgccgatgtcattgcgaaaatct 31178707  T
Q  368 tttgagtgagattaacaactgatccttcacttgcagttattgatttaacaagatttgacacctc 431  Q
    | ||| ||||||| ||||||||||||| ||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||    
T  31178708 tatgactgagatttacaactgatcctttacttgtagatatcgatttaataagatttgacacctc 31178771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 68 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 31225360 - 31224997
Alignment:
Q  68 gttgaatcttgagaagaacatctactagatcatcattcttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcaatgatctcttgcaatatcatatcagt 167  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||||||| |||| ||| |   ||| ||||||| |  |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |    
T  31225360 gttgtatcttgagaagagtatcaactagatcttcatccttgctttcttccttgtgaatgtttttatgatcatcgatgatatcttgcaatatcatatcaat 31225261  T
Q  168 ctctctatgaagtttttcaagttttttccttggccaacttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagc 267  Q
    |||| ||||||| ||||||| |||  || | | || ||| | |  |||||| ||||| ||||||||||||| |||  ||| | ||||||||||||  |      
T  31225260 ctctttatgaagcttttcaactttggtcttcgccctactcacccattgaagcatttttatagaaggatacacatcaacaatacaaaatcctcccatcaaa 31225161  T
Q  268 ttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttcttggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatca 367  Q
     ||  ||| ||||| | ||||||| | |||||||  || || |||||| |||| ||||| |||| | | |  || |||||   ||| | ||    ||||     
T  31225160 ctagttatctcctttagtgctgatctgaacacttgatgctgcttattccttttcccaaacgctgcctgtgtcgttatccccgatgtcattgcataaatct 31225061  T
Q  368 tttgagtgagattaacaactgatccttcacttgcagttattgatttaacaagatttgacacctc 431  Q
    | ||| | |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  31225060 tatgactcagattaacaattgatccttcacttgcagatattgattcaacaagatttgacacctc 31224997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 128 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 41369869 - 41369703
Alignment:
Q  128 ttttgtgatcatcaatgatctcttgcaatatcatatca-gtctctctatgaagtttttcaagttttttccttggccaacttaacatttgaagaattttaa 226  Q
    ||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||| | || ||| ||||||||||| | |||  || ||| || ||||| | ||||||| |||||||    
T  41369869 ttttgtgatcattgatgatatcttgcaatataatatcatgcctttctctgaagtttttccattttggtctttgccctacttaccctttgaagtattttaa 41369770  T
Q  227 tagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgattt 293  Q
    |||||||||||||||| ||||   |||||||| |||||| ||| | |  ||||| ||||||||||||    
T  41369769 tagaaggatacaaatcagcaatgcaaaatccttccaataactttattgattcctccattgctgattt 41369703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 10 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 41310759 - 41310581
Alignment:
Q  10 acctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtgat---ttacacgttgaatcttgagaagaacatctactagatcatcattct 106  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||| || || || ||||||| ||||||||   || |  ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  41310759 acctggatgattgatttcatattgtcatccgttaaaggatgttctgagtgataattttcctgtttaatcttgagaagaacatctactagatcttcatcat 41310660  T
Q  107 tcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcaatgatctcttgcaatatcatatcagtctctctatgaagtttttc 185  Q
    | | | ||| |||| || | ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| | ||||| | |||| ||||||    
T  41310659 tgctatcttccttgcgaatgcttttgtgatcgtcgatgatgtcttgcaatatcatataaatctctttgtgaactttttc 41310581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 213 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 41322344 - 41322132
Alignment:
Q  213 ttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttcttggtgttta 312  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||    ||||| ||| ||||||   | || || || || ||||| | | ||||| ||||||||| ||    
T  41322344 ttgaagcaatttaatagaaggatacaaatctgcaatttcaaatcttcctaatagcaccactactttctccaatgctggtatgaacacatcttggtgtcta 41322245  T
Q  313 ttcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaactgatccttcactt-gcagttattgat 411  Q
    ||| |||| |||||  | | || |||||| ||||||  ||| | ||||| |||| | | | ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  41322244 ttccttttcccaaaaaccgccctcgctgttatcccatatgtcattgagaaaatcttctcactgagattaacaactgatccttcacttaaaagttattgat 41322145  T
Q  412 ttaacaagatttg 424  Q
    |||||||||||||    
T  41322144 ttaacaagatttg 41322132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 217 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 41286325 - 41286141
Alignment:
Q  217 agaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttcttggtgtttattct 316  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  |||   ||||||||||||  ||  | |||  ||||| ||||||| |||| ||  ||||||||||| | ||||    
T  41286325 agaaatttaatagaaggatacaaatcaacaatgcaaaatcctcccatcaggctcaatgcttcctccattgctaatttgaatgcttcttggtgtatgttct 41286226  T
Q  317 tttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaactgatccttcacttgc 401  Q
    |||| ||||| | ||  ||||| || ||||||   |||  ||| | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41286225 ttttcccaaaagttgcacgcgccgttatcccataggttgttgacaaaatcttctgagtgagattaacaactgatccttcacttgc 41286141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 8 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 41337410 - 41336984
Alignment:
Q  8 taacctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtg---atttacacgttgaatcttgagaagaacatctactagatcatcatt 104  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| || || |||||||| |||||||||||   |||| || |||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||     
T  41337410 taacctgaatgactgattttatattttcatcagtcaagggttgttgtgagtgaacattttcatgttgaaccttgagaagaacatcaactaggtcttcatc 41337311  T
Q  105 cttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcaatgatctcttgcaatatcatatcagtctctctatgaagtttttcaagttttttccttggccaa 204  Q
    ||| |  | |||  ||||| |  || | |||||||  ||||| |||||||||||| ||||| ||||||  || | | | |||| | |  || |    | |    
T  41337310 cttgcttgttttactgtgattgtttctatgatcattgatgatgtcttgcaatatcctatcaatctctccttgtaatctctcaactctggtcttcactcta 41337211  T
Q  205 cttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttctt 304  Q
    |||| | ||||||| |||||||||||||||||||| || |||| | ||||| ||||||||||    |||  |||||  |||| |||||| |||| || ||    
T  41337210 cttaccttttgaagtattttaatagaaggatacaagtcagcaatacaaaattctcccaataggcccaatgcttcctctattgttgatttgaacaattgtt 41337111  T
Q  305 ggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaactgatccttcacttgcagt 404  Q
    ||||| | |||||||| ||||| ||||  || ||    ||||||   || | ||||| ||||   | || ||||||||| | |||||||||| ||||||     
T  41337110 ggtgtctgttctttttcccaaacgctgaacgtgccacgatcccataagtcattgagaaaatcgacttagagagattaacgattgatccttcatttgcaga 41337011  T
Q  405 tattgatttaacaagatttgacacctc 431  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||    
T  41337010 tattgatttaacaagatcggacacctc 41336984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 8 - 421
Target Start/End: Original strand, 17249078 - 17249494
Alignment:
Q  8 taacctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtgat---ttacacgttgaatcttgagaagaacatctactagatcatcatt 104  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| || ||||| | || ||||| || ||   || |  |||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||     
T  17249078 taacctggatgattgattttatattgtcatcagtcaatgaattttgtgggtaatcactttcttgttgaatcttgataagagcatcaactagatcttcatc 17249177  T
Q  105 cttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcaatgatctcttgcaatatcatatcagtctctctatgaagtttttcaagttttttccttggccaa 204  Q
    ||| |  ||||| || || | | || |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||| | |||  |  |   |  |    
T  17249178 cttgcgtgctttgttttgtccatttctgtgatcatctatgatatcttgcaatatcatatcaatttccctatgaagtttttccattttggttttcacctga 17249277  T
Q  205 cttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttctt 304  Q
    |||| | ||| ||| ||||| |||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||| |   | | ||||||||  ||||||||||| ||||||| ||    
T  17249278 cttacccttttaagtattttgatagaaggatacaaatcaacaatacaaaatcctcccaacaaactcactatttcctctattgctgatttgaacacttgtt 17249377  T
Q  305 ggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaactgatccttcacttgcagt 404  Q
    ||||||| ||| |||| || || ||||  |||||    ||||||  |||||| ||   |||| | |||||||||||||||||  |||||||||||| |      
T  17249378 ggtgtttgttccttttcccgaaagctgctcgcgccactatcccatatgttaaagaagaaatcttctgagtgagattaacaacacatccttcacttgaaaa 17249477  T
Q  405 tattgatttaacaagat 421  Q
    |||||||||||||||||    
T  17249478 tattgatttaacaagat 17249494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University