View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4721_high_1 (Length: 1391)

Name: NF4721_high_1
Description: NF4721
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4721_high_1
NF4721_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (10-1372)||(43365300-43366662)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 1276; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 1276; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 1372
Target Start/End: Original strand, 43365300 - 43366662
Alignment:
Q  10 catcatcacaacaataactagcatgttggacacctaacttacaatgttggaaccacaaattttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagct 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365300 catcaacacaacaataactagcatgttggacacctaacttacaatgttggaaccacaaattttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagct 43365399  T
Q  110 tccaattagggacctttaatgaaacacttacacgtttcttgatcagcactggtaaaacacgaccctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacg 209  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365400 tccaattagggacctttaattaaacacttacacgtttcttgatcagcactggtaaaacacgaccctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacg 43365499  T
Q  210 cactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaactcttatgtcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaat 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365500 cactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaactcttatgtcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaat 43365599  T
Q  310 aattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaattaaggggtacaatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatg 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365600 aattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaattaaggggtacaatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatg 43365699  T
Q  410 tgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagacctgttgtctttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaag 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365700 tgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagacctgttgtctttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaag 43365799  T
Q  510 agtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatctgtatcttttcaataccagaaatattgcatccacataaca 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365800 agtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatctgtattttttcaataccagaaatattgcatccacataaca 43365899  T
Q  610 ttatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaattgagnnnnnnnagccgaacggcacatacaaaatctgta 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||    
T  43365900 ttatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaattgagtttttttagccgaacggcacatacaaaatctgta 43365999  T
Q  710 tatcaatcaccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcctatacttttttgcaaatgaccacggtcccactctatgaaataaagtta 809  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  43366000 tatcgatcaccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcctatacttttttgcaaatgaccagggtcccactctatgaaataaagtta 43366099  T
Q  810 tagcatattacatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactcagaatgcaattatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgctt 909  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366100 tagcatattacatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactcagaatgcaattatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgctt 43366199  T
Q  910 aaataaaacaatttggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatactttaacctcactgaactccttccttta----tatttatttgatcaaaa 1005  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||    
T  43366200 aaataaaaaaaattggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatactttaacctcactgaactccttcctttatatttatttatttgatcaaaa 43366299  T
Q  1006 ggattgcaaaaacaaacaaatgccacagttcattaataaagaagcttagcttacccctgttctctgttgatttaagcctccactggttgcgattaacaag 1105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366300 ggattgcaaaaacaaacaaatgccacagttcattaataaagaagcttagcttacccctgttctctgttgatttaagcctccactggttgcgattaacaag 43366399  T
Q  1106 tatcggtccggatgagttttgctattagcctctgcaacaattagaaatataaataaatacactcaatcaaaattaaattgatgagatgaaaaaaggacta 1205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  43366400 tatcggtccggatgagttttgctattagcctctgcaacaattagaaatataaataaatacactcaatcaaaattaaattgatgagatgaaaaaagga--- 43366496  T
Q  1206 gctaggagtctaggatgaagtttacttgcaaagttgacaccggcattactgcaggcagagaaaagctgcgagttcctcgaattccatagatcatgcttgt 1305  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366497 -ctaggagtctaggatgaagtttacttgcaaagttgacaccggcataactgcaggcagagaaaagctgcgagttcctcgaattccatagatcatgcttgt 43366595  T
Q  1306 aagtaccttcacttgtcttcaaattcgaagaaacaaaaggaagatattagcaacataacaaacaatg 1372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43366596 aagtaccttcacttgtcttcaaattcgaagaaacaaaaggaagatattagcaacataacaaaaaatg 43366662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University