View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4721_low_11 (Length: 251)

Name: NF4721_low_11
Description: NF4721
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4721_low_11
NF4721_low_11
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (1-244)||(9838534-9838777)
chr5 (18-230)||(11050095-11050307)
chr5 (58-230)||(10749278-10749450)
chr5 (58-202)||(19608128-19608272)
chr5 (14-226)||(10598867-10599079)
chr5 (34-232)||(10609482-10609680)
chr5 (69-230)||(10719172-10719333)
chr5 (80-228)||(10742987-10743135)
chr5 (80-230)||(10562801-10562951)
chr5 (14-232)||(10602525-10602743)
chr5 (69-228)||(10765389-10765548)
chr5 (111-237)||(10592714-10592840)
chr5 (101-229)||(10548578-10548706)
chr5 (12-232)||(10590644-10590864)
chr5 (46-152)||(10556772-10556878)
chr5 (12-225)||(10578786-10578999)
chr5 (3-109)||(10593654-10593760)
chr5 (81-200)||(7190806-7190925)
chr5 (78-193)||(10654485-10654600)
chr5 (96-131)||(10664920-10664955)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (78-226)||(12897343-12897491)
chr6 (78-226)||(12946419-12946567)
chr6 (78-226)||(12904964-12905112)
chr6 (78-226)||(12930054-12930202)
chr6 (78-226)||(12955856-12956004)
chr6 (165-226)||(12955578-12955639)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (78-226)||(17925689-17925837)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (15-203)||(31469379-31469561)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (102-227)||(39886309-39886434)
chr1 (102-204)||(39893288-39893390)
chr1 (102-204)||(39878205-39878307)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Original strand, 9838534 - 9838777
Alignment:
Q  1 atgtttcttatacgagagagattgccaatgtaaggtgacatggacccatgcaacttgtatccttgtaagttcaattttgtaactctttgatgcatggggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9838534 atgtttcttatacgagagagattgccaatgtaaggtgacatggatccatgcaacttgtatccttgtaagttcaattttgtaactctttgatgcatggggt 9838633  T
Q  101 tgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9838634 tgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaa 9838733  T
Q  201 tgcaagatgatcagtttggtttcctaatgccaaggcctatgcta 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9838734 tgcaagatgatcagtttggtttcctaatgccaaggcctctgcta 9838777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 230
Target Start/End: Original strand, 11050095 - 11050307
Alignment:
Q  18 gagattgccaatgtaaggtgacatggacccatgcaacttgtatccttgtaagttcaattttgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgc 117  Q
    |||||||||||  || ||||| || || ||||||||||  ||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  11050095 gagattgccaacatagggtgatattgatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgaggctgcatgtgattccatgc 11050194  T
Q  118 cagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaaga-ctccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaatgcaagatgatcagtt 216  Q
    || |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||  | |||||||| |||||| |||    
T  11050195 cacttgcagaaatggatggaagaattccaagattc-aagagctccatttgggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaatgcaaaatgatctgtt 11050293  T
Q  217 tggtttcctaatgc 230  Q
    ||||||||||||||    
T  11050294 tggtttcctaatgc 11050307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 58 - 230
Target Start/End: Original strand, 10749278 - 10749450
Alignment:
Q  58 tatccttgtaagttcaattttgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaaga 157  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  10749278 tatccttctaagttcaactttgtaactctttcatgcatgggtttgcatgtgattccatgccacttgcagaagtggatggaagaattccaagattc-aaga 10749376  T
Q  158 -ctccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaatgcaagatgatcagtttggtttcctaatgc 230  Q
     ||  |||||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  10749377 gctttatttgggtcactcgatattgattctttaaatttgtgcaatgccaaatgatctgtttggtttcctaatgc 10749450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 58 - 202
Target Start/End: Original strand, 19608128 - 19608272
Alignment:
Q  58 tatccttgtaagttcaattttgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaaga 157  Q
    |||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||  | |||  |||||||||||||||||    
T  19608128 tatccttgtaggttcaattctataactctttgatgcatggggctgcatgtgattccatgccaattgcaaaagtgtgttgaactattccaagaatctaaga 19608227  T
Q  158 ctccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaatg 202  Q
    |||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  19608228 ctccatttgggtcaattgatattgaatctttgaattggagcaatg 19608272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 14 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 10599079 - 10598867
Alignment:
Q  14 gagagagattgccaatgtaaggtgacatggacccatgcaacttgtatccttgtaagttcaattttgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattcc 113  Q
    |||||||||||||||| || || || ||||| |||||||||||||| | | | ||  |||| |||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||    
T  10599079 gagagagattgccaatatatggagatatggatccatgcaacttgtaacttggcaacctcaactttgtaactctttgatgcttgggattgcatatgattcc 10598980  T
Q  114 atgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaatgcaagatgatca 213  Q
    |||||| ||||| |||||  | |||  |||||||||||||||||  |||| ||||||||| |||| | |||  |||||||||||||| || | |||||||    
T  10598979 atgccaattgcaaaagtgagttgaactattccaagaatctaagataccatatgggtcactagatactaattggttgaattggagcaaagccaaatgatca 10598880  T
Q  214 gtttggtttccta 226  Q
    |||||||||||||    
T  10598879 gtttggtttccta 10598867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 34 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 10609680 - 10609482
Alignment:
Q  34 ggtgacatggacccatgcaacttgtatccttgtaagttcaattttgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtgga 133  Q
    ||||| ||||| ||||||||||  |||||||  | |||||| | | |||||||||| ||||| | | ||||||||| |||| |||| || || || ||||    
T  10609680 ggtgatatggatccatgcaactgatatccttcaaggttcaactctataactctttgttgcatagagctgcatgtgactccacgccacttacataaatgga 10609581  T
Q  134 tagaagaattccaagaatctaagactccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaatgcaagatgatcagtttggtttcctaatgcca 232  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||  | || |||||||||||||||||||||||    
T  10609580 tggaaaaattccaagaatctaagactccatttggatcattggatattgattctttgaatttaagcaatgacaaataatcagtttggtttcctaatgcca 10609482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 69 - 230
Target Start/End: Original strand, 10719172 - 10719333
Alignment:
Q  69 gttcaattttgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaaga-ctccatttgg 167  Q
    |||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||| || ||| |||    
T  10719172 gttcaactctgtaactctttcatgcatggggctgcatgtgattccatgccacttgcagaagtggatggaagaattccaagattc-aagagcttcatatgg 10719270  T
Q  168 gtcactggatattgattctttgaattggagcaatgcaagatgatcagtttggtttcctaatgc 230  Q
     ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||    
T  10719271 atcactggttattcattctttgaatttgagcaatgctaaatgatctgtttggttacctaatgc 10719333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 228
Target Start/End: Original strand, 10742987 - 10743135
Alignment:
Q  80 taactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaaga-ctccatttgggtcactggata 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||  || ||| ||||| ||||    
T  10742987 taactctttgatgcatggggttgcatgtgattccataccacttgcagaagtggatggaagaattccaagactc-aagagctttatatggatcacttgata 10743085  T
Q  179 ttgattctttgaattggagcaatgcaagatgatcagtttggtttcctaat 228  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | |||||| | |||||||||||||    
T  10743086 ttgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatctgattggtttcctaat 10743135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 10562951 - 10562801
Alignment:
Q  80 taactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatt---tgggtcactgga 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||   ||||   ||| ||||||||    
T  10562951 taactctttgatgcatggggttgcaagtgattccctgccacttgcagaagtggatggaagaattccaagattc-aaga--gcattgtatggatcactgga 10562855  T
Q  177 tattgattctttgaattggagcaatgcaagatgatcagtttggtttcctaatgc 230  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  10562854 tattgattctttgaatttgagcaatgctaaatgatctgtttggtttcctaatgc 10562801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 14 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 10602743 - 10602525
Alignment:
Q  14 gagagagattgccaatgtaaggtgacatggacccatgcaacttgtatccttgtaagttcaattttgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattcc 113  Q
    |||||||||||||||| || || || || || |||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||   |||| |||||||    
T  10602743 gagagagattgccaatatacggagatattgatccatgcaatttgtacccttgcaacttcaagtttgtaactctttgatgcttgggaccgcatatgattcc 10602644  T
Q  114 atgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaatgcaagatgatca 213  Q
    || ||| ||||| |||||| | |||  |||||||||||||| ||  |||| ||| ||||| ||||||  ||  |||||||||||||| || | |||||||    
T  10602643 attccatttgcaaaagtgggttgaactattccaagaatctaggataccatatggatcactagatattagttgcttgaattggagcaaagccaaatgatca 10602544  T
Q  214 gtttggtttcctaatgcca 232  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  10602543 gtttggtttcctagtgcca 10602525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 69 - 228
Target Start/End: Original strand, 10765389 - 10765548
Alignment:
Q  69 gttcaattttgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaaga-ctccatttgg 167  Q
    |||||| | |||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||| || |||| ||  || |||    
T  10765389 gttcaactctgtaaccctttgatgcatgaggctgcatgtgattccatgccactttcaaaagtggatggaagaattccaagattc-aagagctttatatgg 10765487  T
Q  168 gtcactggatattgattctttgaattggagcaatgcaagatgatcagtttggtttcctaat 228  Q
     ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||| | |||||||||||||    
T  10765488 atcacttgatattgattctttgaatttgagcaatgccaattgatctgattggtttcctaat 10765548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 111 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 10592840 - 10592714
Alignment:
Q  111 tccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaatgcaagatga 210  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||| | || || || |||||| |||||||| || || ||||||| ||||||||| ||||||    
T  10592840 tccatgccagttgcagaattgtgtagaagcattccaagaatcgaggattctatatgggtcgctggatatagactccttgaatttgagcaatgccagatga 10592741  T
Q  211 tcagtttggtttcctaatgccaaggcc 237  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||    
T  10592740 tcagtttggttttcaaatgccaaggcc 10592714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 101 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 10548706 - 10548578
Alignment:
Q  101 tgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaa 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||  |||||||||||| |  | || || ||||||||||| ||| ||||| |||||||  |||||    
T  10548706 tgcacgtgattccatgccagttgcaaaaatggatagaaccattccaagaatcaagcattctatgtgggtcactggttatagattccttgaatttaagcaa 10548607  T
Q  201 tgcaagatgatcagtttggtttcctaatg 229  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  10548606 tgatagatgatcagtttggtttcctaatg 10548578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 12 - 232
Target Start/End: Original strand, 10590644 - 10590864
Alignment:
Q  12 acgagagagattgccaatgtaaggtgacatggacccatgcaacttgtatccttgtaagttcaattttgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgatt 111  Q
    |||||| ||||| ||||| || || || ||||| ||||||||||||||||||   |  ||||| || ||||||||||||||| ||||  ||||| |||||    
T  10590644 acgagaaagattaccaatatatggagatatggatccatgcaacttgtatcctgacagcttcaacttggtaactctttgatgcttgggactgcatatgatt 10590743  T
Q  112 ccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaatgcaagatgat 211  Q
    |||| ||||||||| |||||  | |||  ||||||   || || ||  |||| ||||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||| | |||||    
T  10590744 ccattccagttgcaaaagtgagttgaactattccatttatttaggataccatatgggtcactagatattaattgcttgaattggagcaatgccaaatgat 10590843  T
Q  212 cagtttggtttcctaatgcca 232  Q
    | ||||||||||||| |||||    
T  10590844 cggtttggtttcctagtgcca 10590864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 46 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 10556878 - 10556772
Alignment:
Q  46 ccatgcaacttgtatccttgtaagttcaattttgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattcc 145  Q
    ||||||||||| |||||  |||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||  |||||    
T  10556878 ccatgcaacttatatccaggtaacttcaactcagtaactctttgatgcatggtgttgcatgtgattccataccagttgcaaaaatggatagaaccattcc 10556779  T
Q  146 aagaatc 152  Q
    |||||||    
T  10556778 aagaatc 10556772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 12 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 10578999 - 10578786
Alignment:
Q  12 acgagagagattgccaatgtaaggtgacatggacccatgcaacttgtatccttgtaagttcaattttgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgatt 111  Q
    |||||| ||||||||||  || || || ||||| ||||||||||| |||||| | |  || || || |||| |||||||||| ||||  |||||  ||||    
T  10578999 acgagaaagattgccaacatatggagatatggatccatgcaacttttatcctggcagctttaacttggtaaatctttgatgcttgggactgcatacgatt 10578900  T
Q  112 ccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaatgcaagatgat 211  Q
    ||| |||| ||||| |||||| | |||| ||||||||||||||  |  |||| ||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||| || | |||||    
T  10578899 ccaggccatttgcaaaagtgggttgaagcattccaagaatctagaataccatatggatcactagatattgattgcttgaattggagcaaagcgaaatgat 10578800  T
Q  212 cagtttggtttcct 225  Q
    | ||||||||||||    
T  10578799 cggtttggtttcct 10578786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 3 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 10593760 - 10593654
Alignment:
Q  3 gtttcttatacgagagagattgccaatgtaaggtgacatggacccatgcaacttgtatccttgtaagttcaattttgtaactctttgatgcatggggttg 102  Q
    ||||||||||| || |||||||||||| ||||| || ||  | |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||  |||    
T  10593760 gtttcttatacaagtgagattgccaatataaggagatatatatccatgcaacttgtatccttgtaacattaattttgtaactctttgatgcttggaattg 10593661  T
Q  103 catgtga 109  Q
    |||||||    
T  10593660 catgtga 10593654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 81 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 7190925 - 7190806
Alignment:
Q  81 aactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatttgggtcactggatatt 180  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||||||||  | |||  |||||||||  | |||| ||||| ||| ||| | ||||||    
T  7190925 aactctttgatgcatgggactgcatgtgattccataccacttgcagaagtgagttgaactattccaagaggccaagattccatatggatcattagatatt 7190826  T
Q  181 gattctttgaattggagcaa 200  Q
    ||||||||||| | ||||||    
T  7190825 gattctttgaacttgagcaa 7190806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 78 - 193
Target Start/End: Original strand, 10654485 - 10654600
Alignment:
Q  78 tgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatttgggtcactggat 177  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||| ||||  | |||| |||||||||  | |||| ||||| ||||||| | ||     
T  10654485 tgtaactctttgatgcatgggattacatgtaattccatgccaattacagtagtgatttgaagtattccaagaggccaagattccatatgggtcattagaa 10654584  T
Q  178 attgattctttgaatt 193  Q
    ||||||||||||||||    
T  10654585 attgattctttgaatt 10654600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 96 - 131
Target Start/End: Original strand, 10664920 - 10664955
Alignment:
Q  96 ggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtg 131  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10664920 ggggttgcatgtgattccatgccaattgcagaagtg 10664955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 78 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 12897491 - 12897343
Alignment:
Q  78 tgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatt---tgggtcactg 174  Q
    |||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||   ||||   ||||||||||    
T  12897491 tgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaattccaagattc-aaga--gcattgtatgggtcactg 12897395  T
Q  175 gatattgattctttgaattggagcaatgcaagatgatcagtttggtttccta 226  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  12897394 gaaattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggtttccta 12897343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 78 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 12946567 - 12946419
Alignment:
Q  78 tgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaaga-ctccatttgggtcactgga 176  Q
    |||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| || |||| ||   | ||||||||||||    
T  12946567 tgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgattccatgccacttgcagaagtgaatggatgaattccaagattc-aagagctttgtatgggtcactgga 12946469  T
Q  177 tattgattctttgaattggagcaatgcaagatgatcagtttggtttccta 226  Q
     |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  12946468 aattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggtttccta 12946419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 78 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 12905112 - 12904964
Alignment:
Q  78 tgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatt---tgggtcactg 174  Q
    |||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||   ||||   |||||||||     
T  12905112 tgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaattccaagattc-aaga--gcattgtatgggtcacta 12905016  T
Q  175 gatattgattctttgaattggagcaatgcaagatgatcagtttggtttccta 226  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  12905015 gttattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggtttccta 12904964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 78 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 12930202 - 12930054
Alignment:
Q  78 tgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatt---tgggtcactg 174  Q
    |||||||| || |||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||| |  |||   |||||||||     
T  12930202 tgtaactcgttcatgcatggggctacatgtgattccatgccacttgcagaagtggatggaagaattccaagattc-aagagt--attgtatgggtcacta 12930106  T
Q  175 gatattgattctttgaattggagcaatgcaagatgatcagtttggtttccta 226  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  12930105 gttattgattctttgaatttgagcaatgccagatgatcagtttgctttccta 12930054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 78 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 12956004 - 12955856
Alignment:
Q  78 tgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatt---tgggtcactg 174  Q
    |||||||| || |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||   ||||   |||||||||     
T  12956004 tgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgattccttgccacttgcagaaatggatggaagaattccaagattc-aaga--gcattgtatgggtcactt 12955908  T
Q  175 gatattgattctttgaattggagcaatgcaagatgatcagtttggtttccta 226  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  12955907 gaaattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggtttccta 12955856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 165 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 12955639 - 12955578
Alignment:
Q  165 tgggtcactggatattgattctttgaattggagcaatgcaagatgatcagtttggtttccta 226  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  12955639 tgggtcactagaaattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggtttccta 12955578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 78 - 226
Target Start/End: Original strand, 17925689 - 17925837
Alignment:
Q  78 tgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaaga-ctccatttgggtcactgga 176  Q
    |||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||| ||   | ||||||||| ||    
T  17925689 tgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaattccaagattc-aagagctttgtatgggtcactaga 17925787  T
Q  177 tattgattctttgaattggagcaatgcaagatgatcagtttggtttccta 226  Q
     |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  17925788 aattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggtttccta 17925837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 54; Significance: 4e-22; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 15 - 203
Target Start/End: Original strand, 31469379 - 31469561
Alignment:
Q  15 agagagattgccaatgtaaggtgacatggacccatgcaacttgtatccttgtaagttcaattttgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattcca 114  Q
    ||||||||| ||||  |||||||| || || ||||||||||| ||||||| ||  ||||||| |||||||||||||| ||||      ||||||||||||    
T  31469379 agagagattaccaacataaggtgatatagatccatgcaacttatatccttctagtttcaattctgtaactctttgattcatg------catgtgattcca 31469472  T
Q  115 tgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaatgc 203  Q
    ||||| ||||| || ||  ||||   ||||||||| ||||||| || ||||| |||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  31469473 tgccacttgcaaaattgtgtagagctattccaagagtctaagattctatttgagtctttggatattgattccttgaatttgagcaatgc 31469561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 102 - 227
Target Start/End: Original strand, 39886309 - 39886434
Alignment:
Q  102 gcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaat 201  Q
    |||||| | |||||||||  |||| |||||| |||||  ||||||||| | ||| ||||||   ||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||    
T  39886309 gcatgttactccatgccacatgcaaaagtgggtagaactattccaagagtttaatactccaaaagggtcactggacattgattctttgaatttgagtaat 39886408  T
Q  202 gcaagatgatcagtttggtttcctaa 227  Q
    |||  ||| ||||| | |||||||||    
T  39886409 gcagaatggtcagtgttgtttcctaa 39886434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 102 - 204
Target Start/End: Original strand, 39893288 - 39893390
Alignment:
Q  102 gcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaat 201  Q
    |||||| | |||||||||  |||| |||||| |||||  ||||||||| | ||| ||||||   ||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||    
T  39893288 gcatgttactccatgccacatgcaaaagtgggtagaactattccaagagtttaatactccaaaagggtcactggacattgattctttgaatttgagtaat 39893387  T
Q  202 gca 204  Q
    |||    
T  39893388 gca 39893390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 102 - 204
Target Start/End: Original strand, 39878205 - 39878307
Alignment:
Q  102 gcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaattccaagaatctaagactccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaat 201  Q
    |||||| | |||||||||  |||| |||||| |||||  |||||||||   ||| ||||||   |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||    
T  39878205 gcatgttactccatgccacatgcaaaagtgggtagaactattccaagaggttaatactccaaaagggtcactggatattgattccttgaatttgagtaat 39878304  T
Q  202 gca 204  Q
    |||    
T  39878305 gca 39878307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University