View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4725-Insertion-5 (Length: 815)

Name: NF4725-Insertion-5
Description: NF4725
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4725-Insertion-5
NF4725-Insertion-5
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-801)||(43764095-43764896)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 744; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 744; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 801
Target Start/End: Original strand, 43764095 - 43764896
Alignment:
Q  8 gtccgcacccgccgtcaacctcatctccttcgaaaaagccacacgaaacggtttccacagactcttccagttcatccaaggcgctaatctcaatttctct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43764095 gtccgcacccgccgtcaacctcatctccttcgaaaaagccacacgaaacggtttccacagactcttccagttcatccaaggcgctaatctcaatttctct 43764194  T
Q  108 cgaattccaatgactacaccagtattaacaaccacagtccctggaaccggtcctcttgaatcacaaggatattacgttagtttctatttaccgacgaagt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43764195 cgaattccaatgactacaccagtattaacaaccacagtccctggaaccggtcctcttgaatcacaaggatattacgttagtttctatttaccgacgaagt 43764294  T
Q  208 ttcaggagaatccaccgcttccgttaccggaattgaatattaagagctatggatttgagagtcattgtgttgcggtgagagggttttcggggtttgcaaa 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  43764295 ttcaggagaatccaccgcttccgttaccggaattgaatattaagagctatggttttgagagtcattgtgttgcggtgagaggattttcggggtttgcaaa 43764394  T
Q  308 ggatgagaaagttgttaaggaagcggagaagctggatttgagtttgagtaggtggggtggtgagagtgaggtgaagagaaaaggtgggtattcgattgca 407  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43764395 ggatgagaaggttgttaaggaagcggagaagctggatttgagtttgagtaggtggggtggtgagagtgaggtgaagagaaaaggtgggtattcgattgca 43764494  T
Q  408 cagtataatggtccttttaggattgctaagaggaggaatgaggtttgggttgatgttcatgctcctcaattaggatgtccagatgctggtgttgctgcat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43764495 cagtataatggtccttttaggattgctaagaggaggaatgaggtttgggttgatgttcatgctcctcaattaggatgtccagatgctggtgttgctgcat 43764594  T
Q  508 attgatcataaatgattgtatcattatgtttatatttact----tttatatcattatgta----tatattgtgaaaatatacatgatccattgacttgtg 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43764595 attgatcataaatgattgtatcattatgtttatatttacttttatttatatcattatgtatgtgtatattgtgaaaatatacatgatccattgacttgtg 43764694  T
Q  600 tgtatttatgtatgtatgtcaaaaaagatatgaacctcatcttgaaaagttatcaaattcattatcttgaaatctacccaaaatattctctctctgttta 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43764695 tgtatttatgtatgtatgtcaaaaaagatatgaacctcatcttgaaaagttatcaaattcattatcttgaaatctacccaaaatattctctctctgttta 43764794  T
Q  700 gctgattaactcaagtctagttgaataaacatttgtcaaacggcagattatgtattaactatttgtgcaattgaaaacaacgaataacgaatgaaaataa 799  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  43764795 gctgattaactcaagtccagttgaataaacatttgtcaaacggcacattatgtattaactatttgtgcaattgaaaacaacgaataacaaatgaaaataa 43764894  T
Q  800 gt 801  Q
    ||    
T  43764895 gt 43764896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University