View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4725-Insertion-7 (Length: 585)

Name: NF4725-Insertion-7
Description: NF4725
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4725-Insertion-7
NF4725-Insertion-7
[»] chr4 (33 HSPs)
chr4 (321-578)||(55505068-55505325)
chr4 (10-259)||(21834027-21834276)
chr4 (274-538)||(53761685-53761949)
chr4 (342-455)||(532194-532307)
chr4 (157-548)||(546822-547219)
chr4 (388-577)||(640795-640987)
chr4 (203-542)||(55908567-55908912)
chr4 (490-577)||(1545653-1545740)
chr4 (388-578)||(1524513-1524703)
chr4 (488-573)||(566073-566158)
chr4 (361-554)||(1513407-1513600)
chr4 (487-575)||(553361-553449)
chr4 (157-248)||(371135-371226)
chr4 (488-554)||(1489491-1489557)
chr4 (157-257)||(570737-570840)
chr4 (211-424)||(1600455-1600671)
chr4 (131-257)||(570551-570677)
chr4 (157-259)||(1548219-1548321)
chr4 (10-164)||(53761428-53761582)
chr4 (489-546)||(12121588-12121645)
chr4 (489-554)||(1537898-1537963)
chr4 (362-431)||(12121458-12121527)
chr4 (490-554)||(1508135-1508199)
chr4 (490-554)||(7226015-7226079)
chr4 (202-261)||(3438404-3438463)
chr4 (10-100)||(641280-641370)
chr4 (388-474)||(1548451-1548537)
chr4 (158-260)||(12121251-12121353)
chr4 (163-260)||(641115-641212)
chr4 (489-546)||(644742-644799)
chr4 (362-419)||(1519143-1519200)
chr4 (360-413)||(1537766-1537819)
chr4 (361-413)||(1489361-1489413)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (34-465)||(19468172-19468603)
chr1 (332-509)||(43634858-43635033)
chr1 (157-468)||(9586631-9586942)
chr1 (157-465)||(9581064-9581374)
chr1 (504-569)||(43634067-43634132)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (10-534)||(51764089-51764616)
chr3 (160-577)||(51113580-51114000)
chr3 (146-543)||(13470517-13470917)
chr3 (157-260)||(514521-514624)
chr3 (488-553)||(51121023-51121088)
chr3 (491-573)||(514861-514943)
chr3 (388-472)||(51120920-51121004)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (11-371)||(10169780-10170140)
chr7 (11-371)||(10177305-10177665)
chr7 (124-467)||(10614586-10614929)
chr7 (76-221)||(10167389-10167534)
chr7 (145-467)||(15091935-15092257)
chr7 (487-536)||(10170210-10170259)
chr7 (487-536)||(10177735-10177784)
chr7 (501-545)||(15092294-15092338)
[»] chr6 (29 HSPs)
chr6 (11-453)||(6588976-6589415)
chr6 (147-467)||(6394857-6395177)
chr6 (145-453)||(6410013-6410321)
chr6 (146-536)||(19632360-19632750)
chr6 (147-545)||(14820605-14821003)
chr6 (145-543)||(6415880-6416281)
chr6 (147-548)||(6426420-6426824)
chr6 (157-453)||(6432168-6432464)
chr6 (157-453)||(7119164-7119460)
chr6 (157-453)||(7131642-7131938)
chr6 (187-545)||(6402772-6403133)
chr6 (157-453)||(10579532-10579828)
chr6 (157-259)||(6423418-6423520)
chr6 (307-467)||(7994128-7994288)
chr6 (159-257)||(8913783-8913881)
chr6 (340-453)||(6585216-6585329)
chr6 (386-542)||(14818297-14818456)
chr6 (157-259)||(6603001-6603103)
chr6 (219-260)||(9411555-9411596)
chr6 (383-467)||(9411348-9411432)
chr6 (202-453)||(6594447-6594698)
chr6 (490-545)||(10579869-10579924)
chr6 (391-453)||(14802343-14802405)
chr6 (488-545)||(6603332-6603389)
chr6 (502-573)||(28934933-28935004)
chr6 (379-453)||(6596946-6597020)
chr6 (488-545)||(6394776-6394833)
chr6 (488-536)||(6585367-6585415)
chr6 (488-532)||(6589453-6589497)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (157-477)||(18315066-18315389)
chr8 (115-257)||(17636148-17636290)
chr8 (388-577)||(27922388-27922580)
chr8 (157-257)||(17627852-17627952)
chr8 (186-278)||(32151483-32151575)
chr8 (488-549)||(44736443-44736504)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (203-542)||(1037503-1037848)
chr2 (388-553)||(45245112-45245280)
chr2 (117-260)||(32785528-32785671)
chr2 (362-445)||(32785773-32785856)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (177-509)||(41889367-41889705)
chr5 (104-258)||(28525213-28525367)
chr5 (379-543)||(20478100-20478267)
chr5 (388-577)||(41901562-41901754)
chr5 (157-260)||(41901331-41901434)
chr5 (157-260)||(32267675-32267778)
chr5 (145-245)||(20477866-20477966)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (292-453)||(1395-1559)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (388-467)||(39177-39256)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (323-536)||(586-802)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 33)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 321 - 578
Target Start/End: Original strand, 55505068 - 55505325
Alignment:
Q  321 gaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgac 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55505068 gaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgac 55505167  T
Q  421 gatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgttattgaaaaatagcgatgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttag 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55505168 gatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgtggacttttgcatttgttattgaaaaatagcgatgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttag 55505267  T
Q  521 aaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaacggttgtgataaagtgcatgctag 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  55505268 aaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaacggttgtgataaagtgcatactag 55505325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 10 - 259
Target Start/End: Original strand, 21834027 - 21834276
Alignment:
Q  10 ataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacctgctaggaagtgtcactcacttagtgagatcaaaatggaatctattgggg 109  Q
    ||||||||||||  ||||  ||||||||| ||   ||| |||||| ||| || || ||| ||||| || |||||||||||||||||||||  |||||||     
T  21834027 ataaaccttagtggttgtgataagctcactgaacgtgctttgtttacacttgttaagaactgtcattcgcttagtgagatcaaaatggaacatattggga 21834126  T
Q  110 gtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaag 209  Q
    |||||| |  |   |||||||| |||| | |||| ||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||||    
T  21834127 gtaagagtcgagggaattctgaatctttggtggattttggtgtgtaccctcaattaaagtctctctttttgggccgcaattcatggttaaatgatgaaag 21834226  T
Q  210 catcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttga 259  Q
     ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  21834227 aatcataatgtttgcttcaattttccccaatttacagctgcttgatttga 21834276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 274 - 538
Target Start/End: Original strand, 53761685 - 53761949
Alignment:
Q  274 atatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaacttta 373  Q
    ||||| |||||| || | ||||||||||  || |||||||| |||||| |||||||| ||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||     
T  53761685 atatctaaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaactttg 53761784  T
Q  374 gagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgtt 473  Q
     ||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||| || ||| |||||  |||||  | ||||| ||| ||||||||||| || ||||||||  | ||    
T  53761785 tagttcccaagctagaggcgttgaacttgtcatttacgaaagttaacgataaaacac--tctgtgatctcgaagaattgtcgtgggcttttgca-atatt 53761881  T
Q  474 attgaaaaatagcg---atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaa 538  Q
    | ||||| || | |   ||||||| || |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||    
T  53761882 actgaaacattgtgataatgtcacggacaagggagtgaaacatgtggaagaaaactgcacacaactaa 53761949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 342 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 532307 - 532194
Alignment:
Q  342 ttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacc 441  Q
    ||||| |||||| ||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||  ||||||||||||    
T  532307 ttcaagagtgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaacattgatgatgaaaagctttatgtgacc 532208  T
Q  442 tcaaagaattgtcg 455  Q
    ||||||||||||||    
T  532207 tcaaagaattgtcg 532194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 157 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 547219 - 546822
Alignment:
Q  157 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 256  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||  |||  |||||||||||||  |||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||    
T  547219 cctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatt 547120  T
Q  257 tgagaagttgccaaaacatatcgaaag---gtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaa 353  Q
    | ||   ||| |  ||||||||  |||   || || |  | |||||||  || ||||||||||| ||| |||||||| || || | |||| |  ||||||    
T  547119 taagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaa 547020  T
Q  354 cctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgt 453  Q
    |||| ||||||||||||||  ||| ||  |  | |||||| |||||||||||  |||||  ||  | |||| |||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  547019 cctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacgtacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgt 546920  T
Q  454 cgaggacttttgcatttgttattgaaaaatagcg---atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaa 548  Q
     | || |||||| | |||||| || || |  |     ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  546919 tgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaagggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaaactaagagagatcaa 546822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 388 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 640987 - 640795
Alignment:
Q  388 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgttattgaaaaatag-- 485  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||| ||||| || || || |      
T  640987 gaggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattgccgtggtcttttgcatctgttactggaagattgtc 640888  T
Q  486 -cgatgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaacggttgtgataaagtgcatgcta 577  Q
       |||| ||| ||||||||||||| || ||| |||||||||||| | || |||||||| |||| || || |||||| |||||||| ||||||    
T  640887 attatgtaacaaagaagggagtgaatcatgtggtagaaaactgcaaagaattaagagaggtcaatttaaagggttgtaataaagtgaatgcta 640795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 203 - 542
Target Start/End: Original strand, 55908567 - 55908912
Alignment:
Q  203 atgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatc-gaa--aggtgttggccaagtttt 299  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||    ||||| |||||||| |||  |||| || |  ||||| |    
T  55908567 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttct 55908666  T
Q  300 aaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaac 399  Q
    ||  || ||||||||| ||||  |||||||  ||||||||||||||| |||||| ||| || |||| ||||||| ||| ||  |  |||||||||| |||    
T  55908667 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaac 55908766  T
Q  400 ttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgttattgaaaaatagcgat---gtcacag 496  Q
    |||||| |||||   ||||| |||| |||||| ||| ||| ||||||||||||| | || ||||| ||  ||||  || ||||| | |||   |||||||    
T  55908767 ttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacag 55908866  T
Q  497 agaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagaga 542  Q
    |||| || |||||||| ||  | ||||||||||||||||| |||||    
T  55908867 agaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 55908912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 490 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 1545740 - 1545653
Alignment:
Q  490 gtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaacggttgtgataaagtgcatgcta 577  Q
    |||||| |||||||||||||| | | | || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||    
T  1545740 gtcacatagaagggagtgaaagatgcggtaaaaaactgcacacaactaagagtgatcaatttgaggggttgtgataaagtgcatgcta 1545653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 388 - 578
Target Start/End: Original strand, 1524513 - 1524703
Alignment:
Q  388 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgttattgaaaaatagcg 487  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||  ||||| |||| |||||| ||| ||| |||| ||| |||||| || ||||||||  ||||||||   | | |      
T  1524513 gaggtgttgaatttgtcacgtacaagtgttgatgatgaaacactctatatgatctcacagagttgtcgtgggcttttgcaactgttattgcgtagttgtt 1524612  T
Q  488 atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaacggttgtgataaagtgcatgctag 578  Q
    |||||||||||| |||||||||  | ||| ||||||||||||||||||| |||||||| || ||||  ||||||  |||||| ||||||||    
T  1524613 atgtcacagagaggggagtgaattatgtgatagaaaactgcacacaactgagagagattaatttgaggggttgttgtaaagttcatgctag 1524703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 488 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 566158 - 566073
Alignment:
Q  488 atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaacggttgtgataaagtgcat 573  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| | |||||| |||||||||||    
T  566158 atgttacagagaagggagtgaaacacctggtggaaaactgcacacaactgagagaaatcaagttggagggttgttataaagtgcat 566073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 361 - 554
Target Start/End: Original strand, 1513407 - 1513600
Alignment:
Q  361 ggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggac 460  Q
    ||||||||||||  ||| ||| | ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||||| || || | |||||||  |||||| || |    
T  1513407 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacactctacgtaatctcaaagtgttgtcgtgggc 1513506  T
Q  461 ttttgcatttgttattgaaaaatagcgatgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaa 554  Q
    |||||||  |  || |||||  | |   ||||||||||| ||||||||| |  ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  1513507 ttttgcaactcatactgaaaggttgtattgtcacagagatgggagtgaagcttgtgctagaaaaatgcacacaactgagagagatcaatttgaa 1513600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 487 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 553449 - 553361
Alignment:
Q  487 gatgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaacggttgtgataaagtgcatgc 575  Q
    ||||||||||| || |||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | |||   ||||||||||||||||||||    
T  553449 gatgtcacagataaaggagtgaatcatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagatcgatttggggggttgtgataaagtgcatgc 553361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 157 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 371226 - 371135
Alignment:
Q  157 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagct 248  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||  | | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  371226 cctcaattaaaatctctctatttggctcacaattcatggttaagagatgaataccttataatgtttgcttcaattttcctgaatttgcagct 371135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 488 - 554
Target Start/End: Original strand, 1489491 - 1489557
Alignment:
Q  488 atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaa 554  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  1489491 atgtcacagagaagggagtgaagcatgtgctagaaaaatgcgcacaactaagagagatcaatttgaa 1489557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 157 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 570840 - 570737
Alignment:
Q  157 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattat---gtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttg 253  Q
    |||||||| |||||||| |  |||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||   |||||||||||||||||| |||||||| || ||||    
T  570840 cctcaattgaagtctctatccttggctcacaatacatggttaagtgatgaaaacattattataatgtttgcttccattttccccaatttgcaactacttg 570741  T
Q  254 attt 257  Q
    ||||    
T  570740 attt 570737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 211 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 1600671 - 1600455
Alignment:
Q  211 atcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatc-gaa--aggtgttggccaagttttaaaaagtt 307  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||   |||||||| |||  |||| || | ||||||||||  || |    
T  1600671 atcataatgtttgcttccaattttcccaatttgcaactgcttgatttgagcagttgcattaacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttaaggagat 1600572  T
Q  308 gttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcata 407  Q
     || ||| |||||  |||||||| ||||| | ||||||| | |||| ||    ||||||||||||  ||| |   | || ||||||||||||||||||||    
T  1600571 tttctaaaattagacatttgaacttagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttcttaaactggaggtgttgaacttgtcata 1600472  T
Q  408 tacaaaggttgacgatg 424  Q
    ||||| |||||||||||    
T  1600471 tacaagggttgacgatg 1600455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 131 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 570677 - 570551
Alignment:
Q  131 attcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccat 230  Q
    ||||||| |||||||||| |||| | | |||||| |||||||| |  ||| ||  |||| ||||||||| |||||||| |||  | ||||||||||| ||    
T  570677 attcttcaatggaatttgttgtaaaccatcaattgaagtctctattcttgactcgcaatacatggttaagtgatgaaaacattttaatgtttgcttctat 570578  T
Q  231 tttccctaatttgcagctgcttgattt 257  Q
    |||||| ||||||||| | ||||||||    
T  570577 tttccccaatttgcagatacttgattt 570551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 157 - 259
Target Start/End: Original strand, 1548219 - 1548321
Alignment:
Q  157 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 256  Q
    |||||||||||||| |||| |||| || |||||||| | ||||  ||||||| |||||  || ||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  1548219 cctcaattaaagtcactctgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatt 1548318  T
Q  257 tga 259  Q
    |||    
T  1548319 tga 1548321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 10 - 164
Target Start/End: Original strand, 53761428 - 53761582
Alignment:
Q  10 ataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacctgctaggaagtgtcactcacttagtgagatcaaaatggaatctattgggg 109  Q
    ||||||||||||| ||||  |||| ||||| | |  ||||||||||||| |||||  || ||||  ||||||||||||||||||||||||   || |||     
T  53761428 ataaaccttagtcgttgttataagatcacaaaattggccttgtttgcacttgctaaaaactgtccttcacttagtgagatcaaaatggaaagaataggga 53761527  T
Q  110 gtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaatt 164  Q
     | ||| |||| | |||||||| |||||||||||  |||||||| | ||||||||    
T  53761528 atgagattgtagagaattctgaatcttcgatggagcttggtgtataccctcaatt 53761582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 489 - 546
Target Start/End: Original strand, 12121588 - 12121645
Alignment:
Q  489 tgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatc 546  Q
    ||||||||||| ||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12121588 tgtcacagagatgggagtgaagcatgtggtagaaaaatgcacacaactaagagagatc 12121645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 489 - 554
Target Start/End: Original strand, 1537898 - 1537963
Alignment:
Q  489 tgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaa 554  Q
    ||||||| |||||||||||||  | ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  1537898 tgtcacacagaagggagtgaagtatgtgctagaaaaatgcactcaactaagagagatcaatttgaa 1537963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 362 - 431
Target Start/End: Original strand, 12121458 - 12121527
Alignment:
Q  362 gaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacact 431  Q
    |||||||||||  ||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  12121458 gaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaaacact 12121527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 490 - 554
Target Start/End: Original strand, 1508135 - 1508199
Alignment:
Q  490 gtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaa 554  Q
    ||||| |||| ||||||||| || | | ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1508135 gtcaccgagatgggagtgaagcatgcgctagaaaaatgcacacaactaagagagatcaatttgaa 1508199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 490 - 554
Target Start/End: Original strand, 7226015 - 7226079
Alignment:
Q  490 gtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaa 554  Q
    ||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||    
T  7226015 gtcaccgagaagggattgaagcacgtggtagaaaactgcaagcaactgagagagatcaatttgaa 7226079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 202 - 261
Target Start/End: Original strand, 3438404 - 3438463
Alignment:
Q  202 gatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgaga 261  Q
    ||||||||| || | |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  3438404 gatgaaagcctcttgatgttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgaga 3438463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 10 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 641370 - 641280
Alignment:
Q  10 ataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacctgctaggaagtgtcactcacttagtgagatcaaaatggaat 100  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||| | ||  |||||||||||| |||| | || ||||  ||||||| ||| || ||||||||||    
T  641370 ataaaccttagtcattgtggtaagctcacaaaatcaaccttgtttgcacttgctggaaattgtccttcacttaatgatattaaaatggaat 641280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 388 - 474
Target Start/End: Original strand, 1548451 - 1548537
Alignment:
Q  388 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgtta 474  Q
    |||||||||||||||||| ||||||   |||| |||| ||||||  |||||| |||||||| |||| | || |||||||| ||||||    
T  1548451 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttgcacttgtta 1548537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 158 - 260
Target Start/End: Original strand, 12121251 - 12121353
Alignment:
Q  158 ctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgattt 257  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |   | | |||||||| | |||||||||||||  | | |||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  12121251 ctcaattaaagtctctccatttgatttcgagtacatggttacaagatgaaagcatcaaaaggattgcttccgttttccccaatttgcaattgcttgattt 12121350  T
Q  258 gag 260  Q
    |||    
T  12121351 gag 12121353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 163 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 641212 - 641115
Alignment:
Q  163 ttaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgag 260  Q
    ||||||| |||| |||||||| | ||||  ||| |||  ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||| ||||| | | |||||||||||||    
T  641212 ttaaagtgtctccatttggctcataatttttggctaagagatgaaaacataataatgtttgcttccatgttcccaaatttacggttgcttgatttgag 641115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 489 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 644799 - 644742
Alignment:
Q  489 tgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatc 546  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  644799 tgtcacggagaaaggagtgaaacatgtggttgaaaaatgcacacaactgagagagatc 644742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 362 - 419
Target Start/End: Original strand, 1519143 - 1519200
Alignment:
Q  362 gaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttga 419  Q
    |||||||||||  ||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  1519143 gaatgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttga 1519200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 360 - 413
Target Start/End: Original strand, 1537766 - 1537819
Alignment:
Q  360 tggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaa 413  Q
    |||||||||||||  ||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1537766 tggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaa 1537819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 361 - 413
Target Start/End: Original strand, 1489361 - 1489413
Alignment:
Q  361 ggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaa 413  Q
    ||||||||||||  ||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1489361 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaa 1489413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 148; Significance: 8e-78; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 34 - 465
Target Start/End: Original strand, 19468172 - 19468603
Alignment:
Q  34 ctcacagattctgccttgtttgcacctgctaggaagtgtcactcacttagtgagatcaaaatggaatctattgggggtaagaatgtacataattctgatt 133  Q
    |||||| ||||  |||||||| |||  | |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||| | ||||||||||    
T  19468172 ctcacatattcaaccttgtttacactcgttaggaattgtccttcacttagtgagatcaaaatggaaaatattgggagtaagagtgtagagaattctgatt 19468271  T
Q  134 cttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccatttt 233  Q
    ||| |  ||| |||||||||   ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  19468272 ctttgccggattttggtgtattccctcaattaaagtatctctacttggctgagaattcatggttaagcgatgaaaacatcataatgtttgcttccatttt 19468371  T
Q  234 ccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaaccta 333  Q
     || ||||||||||||||||||||||     ||| |  |||||||| ||||  || | ||||||||||  || |||| ||| |||||| |||| ||| ||    
T  19468372 tcccaatttgcagctgcttgatttgaactcatgcaaccacatatcggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgttctaatattaggcatttaaactta 19468471  T
Q  334 gcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacacttt 433  Q
    ||| ||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||  ||| ||| |||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||    
T  19468472 gcccactgttcaagagtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacacttt 19468571  T
Q  434 atgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttg 465  Q
    |||||| ||||||||| ||| | |||||||||    
T  19468572 atgtgatctcaaagaactgttgtggacttttg 19468603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 332 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 43635033 - 43634858
Alignment:
Q  332 tagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacact 431  Q
    ||||||||||||||| |||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43635033 tagcctactgttcaatagtgaac--acttggaatgacctttagagtcccccagctagaggcgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacact 43634936  T
Q  432 ttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgttattgaaaaatagcgatgtcacagagaagggagtgaa 509  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43634935 ttatgtgacctcaaagaattgtcgtggacttttgaatttgttactgaataatagtgatgtcacagagaagggagtgaa 43634858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 157 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 9586942 - 9586631
Alignment:
Q  157 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 256  Q
    |||||||| ||||||||  |||||| |  ||||  ||||||||  ||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||     
T  9586942 cctcaattgaagtctcttgatttgggtcgcaatcaatggttaagagataaaaacatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgatc 9586843  T
Q  257 tgagaagttgccaaaacatatcgaaa---ggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaa 353  Q
    || |   ||||   |||||||| |||   ||| || | ||||||||| |||| |||||| |||||||  |||||||| || | |   ||||  | || ||    
T  9586842 tgtgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtcaagttttacaaagatgttgtcagattagacatttgaacatatctt---gttctcctgtaaa 9586746  T
Q  354 cctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgt 453  Q
    |||| ||| ||| || |||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  9586745 cctacttgaaattaattttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacagatgttaatgatgaaacactttatgtgacctcaatgaattgt 9586646  T
Q  454 cgaggacttttgcat 468  Q
    || ||||||||||||    
T  9586645 cgtggacttttgcat 9586631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 157 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 9581374 - 9581064
Alignment:
Q  157 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 256  Q
    |||||||||||||||||  |||||| | |||||  ||| ||||  ||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||     
T  9581374 cctcaattaaagtctcttgatttgggtcacaatcaatgtttaagagataaaaacatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgatc 9581275  T
Q  257 tgagaagttgccaaaacatatcgaaa---ggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaa 353  Q
    || |   ||||   |||||||| |||   ||| || | |||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||| || | |   ||||  | || ||    
T  9581274 tgcgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtcaagttttaaaaagatgttgtcagattagacatttgaacatatctt---gttctcctgtaaa 9581178  T
Q  354 cctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaag--gttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaatt 451  Q
     ||| ||| ||| || |||  | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||   ||| | |||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  9581177 actacttgaaattaattttgaactccccaagctagaggtgttgaacttgtcatgtacaaaaaagttaatgatgaaacgctttatgtgatctcaaagaatt 9581078  T
Q  452 gtcgaggacttttg 465  Q
    |||| |||||||||    
T  9581077 gtcgtggacttttg 9581064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 504 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 43634132 - 43634067
Alignment:
Q  504 agtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaacggttgtgataaagt 569  Q
    |||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43634132 agtgaagcacgtgttagaaaattgcagacaactaagagagatcaacttgaacggttgtgataaagt 43634067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 10 - 534
Target Start/End: Original strand, 51764089 - 51764616
Alignment:
Q  10 ataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacctgctaggaagtgtcactcacttagtgagatcaaaatggaatctattgggg 109  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||||||  | || |||||| || | | ||||||| | ||||  |||||| |||||||||||||||||   ||||||     
T  51764089 ataaaccttagtggttgtcctaagctcaccaaatcagccttgcttactcttgctaggtattgtccttcacttggtgagatcaaaatggaaaacattggga 51764188  T
Q  110 gtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaag 209  Q
       |   |||| | ||||||||||||| | |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  51764189 cggattgtgtagagaattctgattctttggtggactttggtgtataccctcaattaaagtctctctatctgggtgaaaatacatggttaagtgatgaaag 51764288  T
Q  210 catcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgt 309  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    |||| |   |||||| ||||||||  |  |||||||||  || |||    
T  51764289 catcataatgtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgattttaattcttgcaatcgcatatctaaaggtgtctgtgaagttttaaggagatgt 51764388  T
Q  310 tgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatata 409  Q
    | |||||||||| ||||||||||| || | ||||||| |||||| ||| ||||||||||||||  ||| ||  |||| ||||||||  ||||||||| ||    
T  51764389 tctaagattaggcatttgaacctatccgaatgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttagacttgtcattta 51764488  T
Q  410 caaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgttattgaaaaatagcg---atgtcacagagaagggagt 506  Q
    |||| ||||| |||  |||||| |||| || ||||||||||||| | || ||||||||  | ||| || || || | |   ||||||  |||||||||||    
T  51764489 caaaagttgatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgcgggcttttgcaactattactggaacattgtgataatgtcaaggagaagggagt 51764588  T
Q  507 gaaacacgtgttagaaaactgcacacaa 534  Q
    |||||| ||| | |||||||||||||||    
T  51764589 gaaacatgtggttgaaaactgcacacaa 51764616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 160 - 577
Target Start/End: Original strand, 51113580 - 51114000
Alignment:
Q  160 caattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttga 259  Q
    ||||||||||||||| | |||| | ||||| |||||||||  ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |    
T  51113580 caattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagatgagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 51113679  T
Q  260 gaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaat 359  Q
        |||| |  | |||||  ||||| || | ||||||||||| || |||||||| |||||| |||||||  |||| |||||||||| | |||| ||| |    
T  51113680 ctcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctact 51113779  T
Q  360 tggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgagga 459  Q
    |||||||||||||  ||  ||| | || ||||||||  |||||||| |||||| |||||| |||| |||||| ||||||| ||| |||| |||| | ||     
T  51113780 tggaatgaactttgaagctcccaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtggg 51113879  T
Q  460 cttttgcatttgttattgaaaaatag---cgatgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaacg 556  Q
    ||||||||  ||||| |||||||| |   | |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||| ||||||||||||| || || || |    
T  51113880 cttttgcaactgttactgaaaaattgttaccatgtcacagagaagggagtgaagcatgtggtagaaaaatgcacaaaactaagagagattaatttaaagg 51113979  T
Q  557 gttgtgataaagtgcatgcta 577  Q
    |||||  ||||||||||||||    
T  51113980 gttgttttaaagtgcatgcta 51114000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 146 - 543
Target Start/End: Original strand, 13470517 - 13470917
Alignment:
Q  146 ttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgca 245  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||   | |||  |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  13470517 ttggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggaaaaaatcaatggttaagtgatgaaggcatcataatgtttgcttccaatttccccaatttgca 13470616  T
Q  246 gctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttca 345  Q
    ||||||||||||||   ||||| |   | |||| |||||| || | ||||||||||  |  ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||  |    
T  13470617 gctgcttgatttgaattgttgcaatctcttatcaaaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaa 13470716  T
Q  346 acagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaa 445  Q
    | |||||| ||| ||||||||||||||   || ||| | || |||||||||||||||||| ||||||||||| | |||  |||||| ||| ||| |||||    
T  13470717 aaagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaa 13470816  T
Q  446 agaattgtcgaggacttttgcatttgtta-ttgaaaaatagcg--atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagaga 542  Q
    |||||||| | || ||||||||  | ||| |||||   |  |   ||||||||||  ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  13470817 agaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaactttgtcataatgtcacagaagagggagtgaaacatgtggtagagaactgcacacagctaagaga 13470916  T
Q  543 g 543  Q
    |    
T  13470917 g 13470917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 157 - 260
Target Start/End: Original strand, 514521 - 514624
Alignment:
Q  157 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 256  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||||| | | || ||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||    
T  514521 cctcaattaaaatctctctatttggctcacaattcatgcttaagagatgaaaaccttataatgtttgcttcaattttcccgaatttgcagctaattgatt 514620  T
Q  257 tgag 260  Q
    ||||    
T  514621 tgag 514624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 488 - 553
Target Start/End: Original strand, 51121023 - 51121088
Alignment:
Q  488 atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttga 553  Q
    |||||||| | || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||| |||||||||||    
T  51121023 atgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagtgatcaacttga 51121088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 491 - 573
Target Start/End: Original strand, 514861 - 514943
Alignment:
Q  491 tcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaacggttgtgataaagtgcat 573  Q
    ||||||||| ||||||||| || ||| |  |||||||||||| ||| ||||||||||| || |  |||||| |||||||||||    
T  514861 tcacagagacgggagtgaagcatgtggtgaaaaactgcacacgactgagagagatcaatttaagaggttgtaataaagtgcat 514943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 388 - 472
Target Start/End: Original strand, 51120920 - 51121004
Alignment:
Q  388 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgt 472  Q
    |||||||||||||||||  ||||||  ||||| |||| || ||| ||||| | |||||||| |||||| || |||||||| ||||    
T  51120920 gaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgt 51121004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 11 - 371
Target Start/End: Original strand, 10169780 - 10170140
Alignment:
Q  11 taaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacctgctaggaagtgtcactcacttagtgagatcaaaatggaatctattggggg 110  Q
    ||||||||||||| ||| |  || ||||| ||||  ||||||||||||  | |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |    
T  10169780 taaaccttagtcaatgtttggagatcacatattcatccttgtttgcactcgttaggaattgtccttcacttagtgagatcaaaatggaaaatatagggag 10169879  T
Q  111 taagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagc 210  Q
    ||||| | || | ||||||||||||| |  ||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||  ||||||  |    
T  10169880 taagagtttagacaattctgattctttgccggattttggtgtataccctcaattgaagtctctctatttggcttacaatacatgggtaagggatgaacac 10169979  T
Q  211 atcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgtt 310  Q
    ||||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||    |||| |  |||||||| ||||  || | ||||||||||  || ||||    
T  10169980 atcataatgttttcttccatttttcctaatttgaagctgtttgatttgaactcttgcaatcacatatcggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgtt 10170079  T
Q  311 gtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactt 371  Q
     ||| |||||| |||| ||  ||||| ||||||||| |||||| ||| ||| | |||||||    
T  10170080 ctaatattaggcatttaaatttagcccactgttcaagagtgaatctacttgaagtgaactt 10170140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 11 - 371
Target Start/End: Original strand, 10177305 - 10177665
Alignment:
Q  11 taaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacctgctaggaagtgtcactcacttagtgagatcaaaatggaatctattggggg 110  Q
    ||||||||||||| ||| |  || ||||| ||||  ||||||||||||  | |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |    
T  10177305 taaaccttagtcaatgtttggagatcacatattcatccttgtttgcactcgttaggaattgtccttcacttagtgagatcaaaatggaaaatatagggag 10177404  T
Q  111 taagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagc 210  Q
    ||||| | || | ||||||||||||| |  ||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||  ||||||  |    
T  10177405 taagagtttagacaattctgattctttgccggattttggtgtataccctcaattgaagtctctctatttggcttacaatacatgggtaagggatgaacac 10177504  T
Q  211 atcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgtt 310  Q
    ||||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||    |||| |  |||||||| ||||  || | ||||||||||  || ||||    
T  10177505 atcataatgttttcttccatttttcctaatttgaagctgtttgatttgaactcttgcaatcacatatcggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgtt 10177604  T
Q  311 gtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactt 371  Q
     ||| |||||| |||| ||  ||||| ||||||||| |||||| ||| ||| | |||||||    
T  10177605 ctaatattaggcatttaaatttagcccactgttcaagagtgaatctacttgaagtgaactt 10177665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 124 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 10614929 - 10614586
Alignment:
Q  124 aattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttg 223  Q
    ||||||||||| | |  ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||   | |||   |||||||  |||||| |||| || | |||||    
T  10614929 aattctgattcattggcggagtttggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggaaaaaatcagtggttaagcgatgaaggcattataaagtttg 10614830  T
Q  224 cttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaa 323  Q
    |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||   ||||| |   | |||   ||||| || | ||||||||||  |  ||||||||||||||| |    
T  10614829 cttccaatttccccaatttgcaactgcttgatttgaatcgttgcaatctcttatatgaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggca 10614730  T
Q  324 tttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgat 423  Q
    ||||||| ||||||| |||  || |||||| ||| ||||||||||| ||   || ||| | || |||||||||||||||||| |||| |||||| | |||    
T  10614729 tttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggttaatgat 10614630  T
Q  424 ggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgca 467  Q
      |||||| ||||||| ||| ||||| ||| | || ||||||||    
T  10614629 aaaacactctatgtgatctcgaagaactgtagtgggcttttgca 10614586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 76 - 221
Target Start/End: Original strand, 10167389 - 10167534
Alignment:
Q  76 tcacttagtgagatcaaaatggaatctattgggggtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctct 175  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||| | || | ||||||||||||| |  ||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||    
T  10167389 tcacttagtgagatcaaaatggaaaatatagggagtaagagtttagacaattctgattctttgccggattttggtgtataccctcaattgaagtctctct 10167488  T
Q  176 atttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtt 221  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||  ||||||  |||||| |||||    
T  10167489 atttggcttacaatacatgggtaagggatgaacacatcataatgtt 10167534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 145 - 467
Target Start/End: Original strand, 15091935 - 15092257
Alignment:
Q  145 tttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgc 244  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||| |||||||| |||||  ||  |||||||||||||||| || ||      
T  15091935 tttggtgtataccctcaattaaagtctctctatttggctcacaattaccggttaagtgatgaaatcatcagaatacttgcttccattttccccaacttag 15092034  T
Q  245 agctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttc 344  Q
    |||| ||||||||| |   |||| | ||||||||  ||||| ||   ||||||||||  |  |||| |||| |||   |||||||| || |    ||||     
T  15092035 agctacttgatttgggtcattgctataacatatctcaaggtatttctcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgttt 15092134  T
Q  345 aacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctca 444  Q
    ||  ||||| |||  |||||||||||||  ||| ||| |||| ||||||||||| |||||| | ||||||||| | |||  |||||| |||| || ||||    
T  15092135 aagtgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctca 15092234  T
Q  445 aagaattgtcgaggacttttgca 467  Q
    ||||||||| | || ||||||||    
T  15092235 aagaattgttgtgggcttttgca 15092257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 487 - 536
Target Start/End: Original strand, 10170210 - 10170259
Alignment:
Q  487 gatgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaact 536  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||| |||||||    
T  10170210 gatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgaaagaaaactgctcacaact 10170259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 487 - 536
Target Start/End: Original strand, 10177735 - 10177784
Alignment:
Q  487 gatgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaact 536  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||| |||||||    
T  10177735 gatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgaaagaaaactgctcacaact 10177784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 501 - 545
Target Start/End: Original strand, 15092294 - 15092338
Alignment:
Q  501 gggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagat 545  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  15092294 gggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacacaattgagagagat 15092338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 29)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 11 - 453
Target Start/End: Original strand, 6588976 - 6589415
Alignment:
Q  11 taaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacctgctaggaagtgtcactcacttagtgagatcaaaatggaatctattggggg 110  Q
    ||||||||||| ||||   |||| ||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||  | |||| ||||||||| |||||||  |||| ||||    
T  6588976 taaaccttagtaattgcagtaagatcacagaatcagctttgtttgcacttgctaggaagtgtcctttacttggtgagatcacaatggaaaatattagggg 6589075  T
Q  111 taagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagc 210  Q
    ||    ||||   |||| ||| ||| ||    |  ||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||| ||||| ||      
T  6589076 tag---tgtagcaaattatgaatctccggcatatattggtgttcatcctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaat 6589172  T
Q  211 atcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgtt 310  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||  || |||||||||| |    |||  | |||||||| |||||| || | ||||| || | ||| ||||    
T  6589173 atcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgtt 6589272  T
Q  311 gtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatac 410  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||| ||||   | |||||| ||| ||||||||||||||  ||| |||  ||| |||||||||||||||||| ||||    
T  6589273 gtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgctggaggtgttgaacttgtcaaatac 6589372  T
Q  411 aaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgt 453  Q
    ||| ||| | |||  |||||| ||| ||| |||||| ||||||    
T  6589373 aaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgt 6589415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 147 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 6395177 - 6394857
Alignment:
Q  147 tggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcag 246  Q
    ||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||| |   ||||  |||||||  |||||||  ||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||    
T  6395177 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtacaaattactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttccccaatttacag 6395078  T
Q  247 ctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaa 346  Q
    || |||||||||| | |||||  | | |||||  ||||| || | ||||||||||| |  ||||||||| |||   |||||||| |||| | ||||||||    
T  6395077 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 6394978  T
Q  347 cagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaa 446  Q
     |||||| |||  |||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||| ||| |||| ||||| ||||||    
T  6394977 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaa 6394878  T
Q  447 gaattgtcgaggacttttgca 467  Q
    ||||||| | || ||||||||    
T  6394877 gaattgttgtgggcttttgca 6394857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 145 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 6410321 - 6410013
Alignment:
Q  145 tttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgc 244  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||||| || ||||| |    
T  6410321 tttggtgtataccctcaattaaagtctctctatttggattacaatacatcgttaagtgatgaaataatcattttgtttgcttccatttttcccaatttac 6410222  T
Q  245 agctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttc 344  Q
    | || ||||||||||   |||||||  | |||||  ||||| || | ||||||||| | |  ||||||||| ||| | ||||| || ||||||| ||       
T  6410221 aactacttgatttgacgggttgccagcaaatatctgaaggtatttgtcaagttttacagaaatgttgtaagcttaagcatttggacttagcctattgcaa 6410122  T
Q  345 aacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctca 444  Q
    || |||||| |||  |||||||||||||  ||| ||| ||||  |||||||||||| |||| ||||||  ||||| |||| ||| |||||||||| ||||    
T  6410121 aaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctca 6410022  T
Q  445 aagaattgt 453  Q
    |||||||||    
T  6410021 aagaattgt 6410013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 146 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 19632750 - 19632360
Alignment:
Q  146 ttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgca 245  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |   |||| | |||||| ||||||||  || |  ||||| |||||  |||| || |||||| |    
T  19632750 ttggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggtcgaaatttacggttaagtgatgaaaagattacaatgttcgcttcgttttttcccaatttgta 19632651  T
Q  246 gctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttca 345  Q
    || |||||||||||   ||||| |  ||||||| || | | || | |||||||||| |   ||||||||||| | | |||||||| || |    ||||||    
T  19632650 gcggcttgatttgaatcgttgctattacatatctaatgctatttgtcaagttttaaga---tgttgtaagataacgcatttgaacttaactcgatgttca 19632554  T
Q  346 acagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaa 445  Q
    | ||| |||||| ||||||| ||||||  ||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||    ||||| ||||| |||||    
T  19632553 atagttaacctacttggaataaactttctagttcccaagctagaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatgatgagcaactttttgtgatctcaa 19632454  T
Q  446 agaattgtcgaggacttttgcatttgttattgaaaaatagcg---atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaact 536  Q
    |||||||| | || ||||||||  | ||| |||||||| | |   || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  19632453 agaattgttgtgggcttttgcaactcttactgaaaaattgtgctaatatcacagagaagggagtgaaacacgtggtagaaaactgcaaacaact 19632360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 147 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 14821003 - 14820605
Alignment:
Q  147 tggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcag 246  Q
    ||||||| | |||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||| |||||  ||    
T  14821003 tggtgtataccctcaattgaagtctctctatttgggtcacaattcatggttaaatgatgaaataatcattttgtatgcttccattttcccaaatttaaag 14820904  T
Q  247 ctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaa 346  Q
    || |||||||| | ||| | |      |||||  ||||| || | |||| |||||  |  ||||||||| |||   |||||||| |||  |  ||||||     
T  14820903 ctacttgattt-acaagattc--tcctatatctgaaggtatttgtcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttcag 14820807  T
Q  347 cagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaa 446  Q
     |||||| |||  |||||| ||||||  ||| ||| || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||  ||| |||||||||| ||| ||| ||    
T  14820806 gagtgaaactacatggaattaactttgcagttcccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaa 14820707  T
Q  447 gaattgtcgaggacttttgcatttgtta-ttgaaaaa--tagcgatgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagag 543  Q
    ||||||| | || |||||||  || ||| ||||||||  ||  ||||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||||| || ||||||    
T  14820706 gaattgttgtgggcttttgcgattattacttgaaaaatgtaatgatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtggtaaaaaactgcacacagctgagagag 14820607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 145 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 6416281 - 6415880
Alignment:
Q  145 tttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgc 244  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||   | |||  ||||||||  |||||| | ||||| |||||| ||||||  ||||| |||||||    
T  6416281 tttggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggaaaaaataaatggttaagcgatgaaggtatcataatgttttcttccaacttccccaatttgc 6416182  T
Q  245 agctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttc 344  Q
    |||||||||||||||   ||||  |   | ||||  ||||| || | ||||||||||| |  |||||||||||| || |||||||| ||||||  |||      
T  6416181 agctgcttgatttgaatcgttgtaatctcttatctgaaggtatttgtcaagttttaaagatatgttgtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaa 6416082  T
Q  345 aacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctca 444  Q
    || |||||| |||  ||||||| |||||  ||| ||| | || |||||||||||||||||| ||||||||||| | |||  ||| || ||||||| ||||    
T  6416081 aaaagtgaagctacatggaatggactttgtagttcccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaactctctatgtgatctca 6415982  T
Q  445 aagaattgtcgaggacttttgcatttgttattgaaaaatagcg---atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagag 541  Q
    ||||||||| | || ||||||||  | ||| |  ||  | | |   ||||||||||   |||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||    
T  6415981 aagaattgtagcgggcttttgcaactattacttgaattttgtgataatgtcacagaagtgggagtgaaacatgtggtagagaactgcacacaactaagag 6415882  T
Q  542 ag 543  Q
    ||    
T  6415881 ag 6415880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 147 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 6426824 - 6426420
Alignment:
Q  147 tggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcag 246  Q
    ||||||| | |||||||| |||||||||||| ||| |   ||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||    
T  6426824 tggtgtataccctcaattgaagtctctctatctgggtagaaattcatggttaagtgatgaaatcatcataatgtatgcttccattttccccaatttacag 6426725  T
Q  247 ctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaa 346  Q
    || ||||||||||    |||||   | |||||  ||||| || |  |||||||||  |  ||||||||| |||   |||||||| |||| | ||||||||    
T  6426724 ctacttgatttgaaggtttgccgtgaaatatctgaaggtatttgtgaagttttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 6426625  T
Q  347 cagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaa 446  Q
      ||||| |||  |||||||||||||  ||| ||| |||| ||||||||||| |||||| | ||||   |||| |||| |||  |||||| || ||||||    
T  6426624 acgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcaaacacaagcattgatgatgaaactttttatgcgatctcaaa 6426525  T
Q  447 gaattgtcgaggacttttgcatttgtta-ttgaaaa--atagcgatgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagag 543  Q
    ||||||| |  |  ||||||| || ||| |||||||   ||  | |||||||  |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  6426524 gaattgttgtcggattttgcaattattacttgaaaattgtaaaggtgtcacaatgaagggtgtgaaacaagtggtagaaaactgcacacaactaagaaag 6426425  T
Q  544 atcaa 548  Q
    |||||    
T  6426424 atcaa 6426420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 157 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 6432464 - 6432168
Alignment:
Q  157 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 256  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||   ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||    
T  6432464 cctcagttaaagtctctctatttgggtcacaattcatggttaaggaatgaaaggatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcaacatcttgatt 6432365  T
Q  257 tgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacct 356  Q
    || |  | || ||    |||    ||||| || | ||||||||||  || ||||||||  |||   |||||||| ||||||| |||  || |||||| ||    
T  6432364 tgcgttggtgtcatcgtataaatgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagct 6432265  T
Q  357 aattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgt 453  Q
    |  |||||||||||||  ||| ||| ||||  ||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  6432264 acatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgt 6432168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 157 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 7119460 - 7119164
Alignment:
Q  157 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 256  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | |   |||| | |||||| ||||||||  ||  | || || |||||| ||||||| ||||| || || |||||||    
T  7119460 cctcagttaaagtctctctatttaggtagaaatttacggttaactgatgaaaaaattgtaatattagcttcctttttccccaatttacaacttcttgatt 7119361  T
Q  257 tgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacct 356  Q
    |||  | |||| | ||||||||  ||||| || | ||||||||||  || |||| ||||||||   |||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||    
T  7119360 tgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagct 7119261  T
Q  357 aattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgt 453  Q
    | ||||||||||||||   || | |||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||  |||||| ||| |||||||||    
T  7119260 acttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactccatgtgatctcgaagaattgt 7119164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 157 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 7131938 - 7131642
Alignment:
Q  157 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 256  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | |   |||| | |||||| ||||||||  ||  | || || |||||| ||||||| ||||| || || |||||||    
T  7131938 cctcagttaaagtctctctatttaggtagaaatttacggttaactgatgaaaaaattgtaatattagcttcctttttccccaatttacaacttcttgatt 7131839  T
Q  257 tgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacct 356  Q
    |||  | |||| | ||||||||  ||||| || | ||||||||||  || |||| ||||||||   |||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||    
T  7131838 tgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagct 7131739  T
Q  357 aattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgt 453  Q
    | ||||||||||||||   || | |||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||  |||||| ||| |||||||||    
T  7131738 acttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactccatgtgatctcgaagaattgt 7131642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 187 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 6403133 - 6402772
Alignment:
Q  187 aattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtg 286  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||| |  |||||||||||||| || | |||||| |  ||||| ||| |  | ||| |    |||||  |||||     
T  6403133 aattcatggttgagtgatgaaagcatcataagttttgcttccatttttcccagtttgcaacatcttgaattgcgttggtgcgatcgtatatctgaaggta 6403034  T
Q  287 ttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagct 386  Q
    || | ||||||||||  || |||||||| |||||| |||||||| || |    ||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||  ||| ||||| ||    
T  6403033 tttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttgcagttccccaact 6402934  T
Q  387 agaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgttattgaaaaatag- 485  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||| | || |||||| |  | ||||||| | || |     
T  6402933 agaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtagtgggcttttgaaactattattgagagattgt 6402834  T
Q  486 --cgatgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagat 545  Q
        |||||||||| ||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||    
T  6402833 tataatgtcacagaaaagggagcgaaacatgtgatagaaaactgtacacaactgagagagat 6402772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 157 - 453
Target Start/End: Original strand, 10579532 - 10579828
Alignment:
Q  157 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 256  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |   ||||||| ||||  ||||||||  || || ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  10579532 cctcaattaaaatctctctatttgggtagaaattcattgttacgtgatgaaatgattataatgttagcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatt 10579631  T
Q  257 tgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacct 356  Q
    |||  | |||| || |||||||  ||||| ||   ||||||| |  ||| ||| ||||||||| | |||||||| ||||| | ||| ||| |||||| |     
T  10579632 tgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaacttagccaaatgtccaagagtgaagcg 10579731  T
Q  357 aattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgt 453  Q
    | || |||| ||  ||  | | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  |||||| |||  || |||||||||||||    
T  10579732 acttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgataaaacactctattcgatctcaaagaattgt 10579828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 157 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 6423520 - 6423418
Alignment:
Q  157 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  | || |||||||    
T  6423520 cctcaattaaagtctctctatttgggttacacttcgtggttaagtgatgaaatcatcataatgtttgcttccattttccctaatttaaaactacttgatt 6423421  T
Q  257 tga 259  Q
    |||    
T  6423420 tga 6423418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 307 - 467
Target Start/End: Original strand, 7994128 - 7994288
Alignment:
Q  307 tgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcat 406  Q
    ||||||||||| ||| |||||||| ||||| | ||| ||| |||||| ||| | ||||||||||||  ||| ||  ||||||||||||||||| |||||     
T  7994128 tgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaa 7994227  T
Q  407 atacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgca 467  Q
    |||||| |||| | || | |||||| ||||||| |||||||||||||   |||||||||||    
T  7994228 atacaagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgca 7994288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 159 - 257
Target Start/End: Original strand, 8913783 - 8913881
Alignment:
Q  159 tcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgattt 257  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||  | ||||||||  ||||||||||    
T  8913783 tcaattaaagtctctttatttgggtgacaatttgtggttaacggatgaaatcatcataatgtttgcttccattttttccaatttgcatatgcttgattt 8913881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 340 - 453
Target Start/End: Original strand, 6585216 - 6585329
Alignment:
Q  340 tgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtga 439  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||  |||  ||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| |||||||    
T  6585216 tgttcaagagtgaagctacttggaataaactttttagttacccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtga 6585315  T
Q  440 cctcaaagaattgt 453  Q
     |||||||| ||||    
T  6585316 tctcaaagagttgt 6585329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 386 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 14818456 - 14818297
Alignment:
Q  386 tagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgtta-ttgaaaa--a 482  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||  ||| |||||||||| ||| ||| |||||||||   || |||||||  || ||| |||||||       
T  14818456 tagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttctgggcttttgcgattattacttgaaaattg 14818357  T
Q  483 tagcgatgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagaga 542  Q
    ||   |||||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||||||||| || |||||    
T  14818356 taataatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcacacagctgagaga 14818297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 157 - 259
Target Start/End: Original strand, 6603001 - 6603103
Alignment:
Q  157 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 256  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| || | |||  ||||| |||||||||||   | |||| | ||||||||| |||||||    
T  6603001 cctcaattaaagtctctctatttaggtgacaatttatggttaagtgttcaaaaaatcataatgtttgcttcttctatccccagtttgcagctacttgatt 6603100  T
Q  257 tga 259  Q
    |||    
T  6603101 tga 6603103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 219 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 9411596 - 9411555
Alignment:
Q  219 gtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgag 260  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9411596 gtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgatttgag 9411555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 383 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 9411432 - 9411348
Alignment:
Q  383 agctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgca 467  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||   |||  ||||| || ||| |||| || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  9411432 agctggaggtgttgaacttgtcatatacaggtgttttcgatgaaatactctatgagatctcaaagaattgtcgtggacttttgca 9411348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 202 - 453
Target Start/End: Original strand, 6594447 - 6594698
Alignment:
Q  202 gatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaa 301  Q
    ||||||| ||||||  |||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||||||||   || | |  | |||||  ||||| || | ||||||||||    
T  6594447 gatgaaaacatcatattgtttgcttctattttccccactttggagctgcttgatttgaggttttccgatcaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaa 6594546  T
Q  302 aaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaactt 401  Q
      || |||| ||||||||   ||||| || || ||   ||||||| |||||| |||  |||||| ||||||  ||| ||| | || ||||||||| ||||    
T  6594547 ggagatgttataagattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaactttttagttcccaaactggaggtgttgtactt 6594646  T
Q  402 gtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgt 453  Q
    |||| ||||| ||||||| ||||  |||||   ||||| |||||||||||||    
T  6594647 gtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtgtgatctcaaagaattgt 6594698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 490 - 545
Target Start/End: Original strand, 10579869 - 10579924
Alignment:
Q  490 gtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagat 545  Q
    |||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10579869 gtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagat 10579924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 391 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 14802405 - 14802343
Alignment:
Q  391 gtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgt 453  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||| |||||||  ||||||||||||    
T  14802405 gtgttgaatttgtcaaatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatttcaaagaattgt 14802343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 488 - 545
Target Start/End: Original strand, 6603332 - 6603389
Alignment:
Q  488 atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagat 545  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  6603332 atgtcacagagaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcaaacaactgagaaagat 6603389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 502 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 28935004 - 28934933
Alignment:
Q  502 ggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaacggttgtgataaagtgcat 573  Q
    |||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||| | | ||||| ||||||||||    
T  28935004 ggagtgaagcatgtggtagaaaattgcacacaactaagagagatctatttggatgattgtgttaaagtgcat 28934933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 379 - 453
Target Start/End: Original strand, 6596946 - 6597020
Alignment:
Q  379 ccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgt 453  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||| |||||| || |  | |||||||||||||    
T  6596946 ccccagctggaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaacactctacgctatctcaaagaattgt 6597020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 488 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 6394833 - 6394776
Alignment:
Q  488 atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagat 545  Q
    |||||||||| ||||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  6394833 atgtcacagaaaagggtgtggaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagagat 6394776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 488 - 536
Target Start/End: Original strand, 6585367 - 6585415
Alignment:
Q  488 atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaact 536  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||  |||||||||||    
T  6585367 atgtcacagagaagggactgaaacatgtggtagaaatttgcacacaact 6585415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 488 - 532
Target Start/End: Original strand, 6589453 - 6589497
Alignment:
Q  488 atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacac 532  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  6589453 atgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 6589497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 157 - 477
Target Start/End: Original strand, 18315066 - 18315389
Alignment:
Q  157 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 256  Q
    ||||||||||||||||||  |||  ||  ||||||||||||||  || ||||||||||  || ||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  18315066 cctcaattaaagtctctccgttttacttgcaattcatggttaagagaggaaagcatcaaaatattttcttccattttccccaatttgcagttgcttgatt 18315165  T
Q  257 tgagaagttgccaaaacatatc-gaa--aggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactg-ttcaacagtga 352  Q
    ||||    ||| | |||||| | |||  |||| || | |||||||||  |||||||| | |||||||  | |||||| |||| |  || ||||| | |||    
T  18315166 tgagctactgcgataacatacctgaagaaggtatttgtcaagttttacgaagttgttctgagattagacagttgaacttagc-tcgtgattcaagaatga 18315264  T
Q  353 acctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattg 452  Q
    | |||  |||||||||||||| ||| ||| | || |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| | |||| ||||||| |||||||| |||    
T  18315265 agctacgtggaatgaactttaaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttgatgatgaagcactctatgtgatctcaaagagttg 18315364  T
Q  453 tcgaggacttttgcatttgttattg 477  Q
    |||  | ||||||||  ||||||||    
T  18315365 tcgtaggcttttgcaactgttattg 18315389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 115 - 257
Target Start/End: Original strand, 17636148 - 17636290
Alignment:
Q  115 aatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatca 214  Q
    |||||| | |||||| ||||||||||| | |||| |||| | |||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||  ||||||||| |||    
T  17636148 aatgtagagaattctaattcttcgatgaattttgttgtaaaccctcaatttaagtctctccatttgccttacaattcatggttaagagatgaaagcctca 17636247  T
Q  215 ttatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgattt 257  Q
    | | | | | | |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17636248 taaagctcgataccattttccccaatttgcagctgcttgattt 17636290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 388 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 27922580 - 27922388
Alignment:
Q  388 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgtta-ttgaaaa--ata 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||| ||| |||||||| |||| | || |||||| | |||| | |||||||   ||    
T  27922580 gaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttgaaattgtcacttgaaaattgta 27922481  T
Q  485 gcgatgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaacggttgtgataaagtgcatgcta 577  Q
      ||| ||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||| ||| |||| |  ||| | |||||| ||||||| |||||||    
T  27922480 atgatttcacaaagaagggagtgaaccatgtggtagaaaactgcactcaactgagaaagattagtttggatggttgtcataaagtacatgcta 27922388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 157 - 257
Target Start/End: Original strand, 17627852 - 17627952
Alignment:
Q  157 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 256  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| | ||   ||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  17627852 cctcaattaaaatctctctatttggctttcaattcattgctatgcgatgaaaacatcaaaatgtttgcttccattttccccaatttgcaactgcttgatt 17627951  T
Q  257 t 257  Q
    |    
T  17627952 t 17627952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 186 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 32151575 - 32151483
Alignment:
Q  186 caattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatc 278  Q
    ||||||||||||||   |||| | |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  32151575 caattcatggttaacatatgataacatcaaaatgtttgcttccattttccctaatttgcaactgcttgatttgaggtgttgccataacatatc 32151483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 488 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 44736504 - 44736443
Alignment:
Q  488 atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaac 549  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| ||  ||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  44736504 atgtcacaacgaagggagtgaaacatgttgtagaaaattgtacacaactaagagagatcaac 44736443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 203 - 542
Target Start/End: Original strand, 1037503 - 1037848
Alignment:
Q  203 atgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatc-gaa--aggtgttggccaagtttt 299  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||    ||||| |||||||| |||  |||| || |  |||||||    
T  1037503 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagtttt 1037602  T
Q  300 aaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaac 399  Q
    ||  || ||||||||| ||||  |||||||  ||||||||| ||||| |||||| ||| || |||| ||||||| ||| ||  |  |||||||||| |||    
T  1037603 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactattcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaac 1037702  T
Q  400 ttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgttattgaaaaatagcgat---gtcacag 496  Q
    |||||| |||||   ||||| |||| |||||| ||| ||| ||||||||||||| | || ||||| ||  ||||  || ||||| | |||   |||||||    
T  1037703 ttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacag 1037802  T
Q  497 agaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagaga 542  Q
    |||| || |||||||| ||  | ||||||||||||||||| |||||    
T  1037803 agaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 1037848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 388 - 553
Target Start/End: Original strand, 45245112 - 45245280
Alignment:
Q  388 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgttattgaaaaa----t 483  Q
    ||||||||||| |||||| | |||| |||||| |||| ||||||  |||||| |||||||| |||||| || ||||||||  | |||||||||||    |    
T  45245112 gaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaactattattgaaaaaatgtt 45245211  T
Q  484 agcgatgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttga 553  Q
    | | |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  45245212 atc-atgtcacagataagggagtgaaacatgtggtagaaaattgcacacaacttacagagatcaatttga 45245280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 117 - 260
Target Start/End: Original strand, 32785528 - 32785671
Alignment:
Q  117 tgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcatt 216  Q
    |||||| |||||| |||||| |||||| |||| ||||   ||||||||||||| |||| ||||||||  |||||  |||||||  |||||||||||||      
T  32785528 tgtacaaaattctaattctttgatggattttgttgtaatccctcaattaaagtttctccatttggctcgcaattattggttaagagatgaaagcatcagg 32785627  T
Q  217 atgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgag 260  Q
    |||||| |||| |||||  | |||||||| || |||||||||||    
T  32785628 atgttttcttctattttttccaatttgcaactacttgatttgag 32785671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 362 - 445
Target Start/End: Original strand, 32785773 - 32785856
Alignment:
Q  362 gaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaa 445  Q
    |||||||||||| ||  ||| | ||||||||||||||||||||| ||||||   |||| |||| | |||||||||||| |||||    
T  32785773 gaatgaactttaaagctcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagaattgatgatgaagcactttatgtgatctcaa 32785856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 177 - 509
Target Start/End: Original strand, 41889367 - 41889705
Alignment:
Q  177 tttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacata 276  Q
    ||||||| | ||| ||||||||   ||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||      ||||    
T  41889367 tttggctcaaaatccatggttatcagatgaagacatcataatgtttgcttccattttccctaatttgcagctacttgatttgagcaattgttgtcgcata 41889466  T
Q  277 -tcga--aaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaacttta 373  Q
     | ||  ||||| ||   ||||||||||  |  |||||||| |||||  |||||||| || ||   ||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||    
T  41889467 tttgatgaaggtattactcaagttttaaggatatgttgtaacattagatatttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaacttta 41889566  T
Q  374 gagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgtt 473  Q
     ||| ||| |  | |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||  || |||||||| |||| | || |||| | | |||||    
T  41889567 aagttcccaaattggaggtgttgaacttatcatatacaaaagttgatgatgaaacactttataagatctcaaagagttgttgcgggctttcgaaattgtt 41889666  T
Q  474 attgaaaaatag---cgatgtcacagagaagggagtgaa 509  Q
    | | |||||| |    ||||||||| |||||||||||||    
T  41889667 acttaaaaattgttatgatgtcacaaagaagggagtgaa 41889705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 104 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 28525367 - 28525213
Alignment:
Q  104 ttgggggtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatga 203  Q
    |||||||||||| || | | || | |||||||| || | | |||||| |||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||  ||    
T  28525367 ttgggggtaagagtgaagaaaactatgattctttgacgaagtttggtctacatcctcaattaaagtctctcaatttgtgtgacaattcatggttaaggga 28525268  T
Q  204 tgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttg 258  Q
     ||||  ||||| | |||||||||||||||||  |||||| || ||||| |||||    
T  28525267 cgaaaatatcataaggtttgcttccattttccacaatttggaggtgcttaatttg 28525213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 379 - 543
Target Start/End: Original strand, 20478100 - 20478267
Alignment:
Q  379 ccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgttattga 478  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || | |||| | | ||||| ||||| ||||||| | || ||||||||  |  || |||    
T  20478100 ccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatctcaaggaattgttgtgggcttttgcaaatactactga 20478199  T
Q  479 aaaatagcg---atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagag 543  Q
    ||||| |||   ||||||||  ||| |||| |||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  20478200 aaaattgcgataatgtcacaatgaaaggagcgaaacatgtcgtagaaaactgcacacaactgagagag 20478267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 388 - 577
Target Start/End: Original strand, 41901562 - 41901754
Alignment:
Q  388 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgttattgaaaaa---ta 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||| ||| |||||||| |||| | ||||||||| | |||| | |  || |   ||    
T  41901562 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtggacttttgaaattgtcacttcaagattgta 41901661  T
Q  485 gcgatgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagagatcaacttgaacggttgtgataaagtgcatgcta 577  Q
      ||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||||||| || ||| | ||| |||| |  ||||| ||||||  |||||| |||||||    
T  41901662 atgatgtcacaaagaagggagtgaagcatgtggtagaaaactgtacgcaattgagaaagattagtttgaatggttgttttaaagtacatgcta 41901754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 260
Target Start/End: Original strand, 41901331 - 41901434
Alignment:
Q  157 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 256  Q
    ||||||||||||| |||    |||||| ||||| | ||||||  |||||||  |||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41901331 cctcaattaaagtatcttcgattggctcacaatccgtggttatttgatgaagacatcacaatgttcgcttccattttccccaatttgcagctgcttgatt 41901430  T
Q  257 tgag 260  Q
    ||||    
T  41901431 tgag 41901434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 157 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 32267778 - 32267675
Alignment:
Q  157 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 256  Q
    ||||||||||||| |||   ||||||| ||||| ||||| ||  |||||||   ||||  ||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||    
T  32267778 cctcaattaaagtatcttcgtttggctcacaatccatggctatttgatgaatatatcaccatgcttgcttccatcttctccaatttgcagctgcttgatt 32267679  T
Q  257 tgag 260  Q
    ||||    
T  32267678 tgag 32267675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 145 - 245
Target Start/End: Original strand, 20477866 - 20477966
Alignment:
Q  145 tttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgc 244  Q
    ||||||||| | |||| ||| ||||||||||| |||| | | ||| ||||||||| ||||||||  || || || |||||||| || ||||| |||||||    
T  20477866 tttggtgtatatcctcgattgaagtctctctacttgggtcataatccatggttaagtgatgaaataataataatatttgcttctatgttccccaatttgc 20477965  T
Q  245 a 245  Q
    |    
T  20477966 a 20477966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 292 - 453
Target Start/End: Original strand, 1395 - 1559
Alignment:
Q  292 caagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagagg 391  Q
    ||||||||||  || |||| |||||||||  |||||||| ||||||  |||||| | ||| ||||| ||| ||||||||||  ||| ||  |||||||||    
T  1395 caagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaagctagagg 1494  T
Q  392 tgttgaacttgtcatatacaaaggt---tgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgt 453  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||   ||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  1495 tgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgt 1559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 388 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 39256 - 39177
Alignment:
Q  388 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgca 467  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||| | |||| |||||||||||||| |||||||| |||| | || ||||||||    
T  39256 gaggtgttgaacttgacatttacaaaggttaatgatgaaacactttatgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 39177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 323 - 536
Target Start/End: Original strand, 586 - 802
Alignment:
Q  323 atttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacga 422  Q
    |||||||  ||||||||||||||| |||||| ||| || |||| ||||||| ||| ||  |  |||||||||| ||||||||| ||||||  || || ||    
T  586 atttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatga 685  T
Q  423 tggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgaggacttttgcatttgttattgaaaaatagcgat---gtcacagagaagggagtgaaacacgtgtta 519  Q
    || |||||| ||| ||| ||| ||||||||| | || || || ||  ||||| || ||||| | |||   |||| |||||| || |||||||| ||  ||    
T  686 tgaaacactctatatgatctcgaagaattgttgtgggctattacaactgttactggaaaattgtgatgaagtcatagagaatggtgtgaaacatgtagta 785  T
Q  520 gaaaactgcacacaact 536  Q
    |||||||||||||||||    
T  786 gaaaactgcacacaact 802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University