View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4727-Insertion-3 (Length: 936)

Name: NF4727-Insertion-3
Description: NF4727
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4727-Insertion-3
NF4727-Insertion-3
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (8-936)||(39484219-39485161)
chr5 (462-936)||(39476468-39476940)
chr5 (490-920)||(39487437-39487865)
chr5 (492-936)||(39455584-39456026)
chr5 (503-922)||(39473000-39473417)
chr5 (494-936)||(39451956-39452396)
chr5 (490-922)||(39457068-39457498)
chr5 (514-922)||(39463354-39463760)
chr5 (508-920)||(39461225-39461635)
chr5 (139-479)||(39476957-39477327)
chr5 (496-917)||(43311309-43311728)
chr5 (8-112)||(39477415-39477519)
chr5 (600-726)||(39452861-39452986)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (816-849)||(33005103-33005136)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 787; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 787; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 936
Target Start/End: Complemental strand, 39485161 - 39484219
Alignment:
Q  8 gtaacagcaccaaaaaagaagcagaatcaattttgtcagtactgcttttcttaatgatccaaaaaacttcataaagaccagcagaacttgagtacagaac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39485161 gtaacagcaccaaaaaagaagcagaatcaattttgtcagtactgcttttcttaatgatccaaaaaacttcataaagaccagcagaacttgagtacagaac 39485062  T
Q  108 atgcttaaggtgtagacagtagtaccagataaaacagcaaaccgaaacagaactacaaacttgtctcctacataaataccaggtcaaattcttactattg 207  Q
    |||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39485061 atgcttaaggtgtgt---gtagtaccagataaaacagcaaaccgaaacagaactacaaacttgtctcctacataaataccaggtcaaattcttactattg 39484965  T
Q  208 aatcgatattaacaatatactaaacataactacaaaaatcatagtttcagtttttataatatacttaaatgtgttgttg-----------------gttc 290  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||    
T  39484964 aatcgacattaacaatatactaaacataactacaaaaatgatagtttcagtttttataatatacttaaatgtgttgttgagtgacagataaagttggttc 39484865  T
Q  291 actttaaaattacccttatatgaaattcaatcgggcatggcttaaggcattacaaattacaggattnnnnnnntggaacgttatcactagtaggaacaac 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| |    
T  39484864 actttaaaattacccttatatgaaattcaatcgggcatggcttaaggcattacaaattacaggattaaaaaaatggaacgttatcactagtaggaacagc 39484765  T
Q  391 tgaaatgaacagactttcagccaagtgaaattggctaatccttattatattgattagtgttgaaaattaaaccaataccctcaaaccttatttactcgaa 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39484764 tgaaatgaacagactttcagccaagtgaaattggctaatccttattatattgattagtgttgaaaattaaaccaataccctcaaaccttatttactcgaa 39484665  T
Q  491 taatttaatttgatacctgattcataatataatcaatcagatgacctaaataagtgtaggaagatccaccctctaacaaagtcttcctactcttctcact 590  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39484664 taatttaatttgatacctgattcataatataatcaatcagatgacctaaataagtgtaggaagatccaccctctaacaaagtcttcctactcttctcact 39484565  T
Q  591 cannnnnnncactttcttcttaacctctccatccttatacaacacactccttattactctctcaatcttgtcgggcacttacaagatagttagactcacc 690  Q
    ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39484564 catttttttcactttcttcttaacctctccatccttatacaacacactccttattactctctcaatcttgtc-ggcacttacaagatagttagactcacc 39484466  T
Q  691 actaaactccatcctataatccaatgcaatctccacacacctatctgcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttg-tcagcaaagagtggcc 789  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  39484465 actaaactccatcctataatccaatgcaatctccacacacctatctgcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttgttcaacaaagagtggcc 39484366  T
Q  790 atgcggcaataggcacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtatttgggc 889  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39484365 atgcggcaataggcacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccataatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtatttgggc 39484266  T
Q  890 ttgttgggcccatccaattatccttccaatctcggcagttcgatcta 936  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39484265 ttgttgggcccatctaattatccttccaatctcggcagttcgatcta 39484219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 462 - 936
Target Start/End: Complemental strand, 39476940 - 39476468
Alignment:
Q  462 ccaataccctcaaaccttatttactcgaataatttaatttgatacctgattcataatataatcaatcagatgacctaaataagtgtaggaagatccaccc 561  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| | |||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| |||||||||||     
T  39476940 ccaataccctccaaccttatatactaggataatttaatttcatacctcatacataatataatcaatcaaacgacctaaataattgtaagaagatccacct 39476841  T
Q  562 tctaacaaagtcttcctactcttctcactcannnnnnncactttcttcttaacctctccatccttatacaacacactccttattactctctcaatcttgt 661  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||       |||||||||| | || ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| || |    
T  39476840 tctaacaaagtcttcttactcttttcactcatctctttcactttcttccttacatctgcatccttatccaacacactccttattcctcgctcaattttat 39476741  T
Q  662 cgggcacttacaagatagttagactcaccactaaactccatcctataatccaatgcaatctccacacacctatctgcagctcacacaccaattcaaaagc 761  Q
    ||| || ||||||||||||||| |  |||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39476740 cgg-cagttacaagatagttaggcctaccacttaactccaccctataatccaatgcgatatccacac--ctatcttcagctcacacaccaattcaaaagc 39476644  T
Q  762 attagcctgttgt-cagcaaagagtggccatgcggcaataggcacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcct 860  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39476643 attagcctgttgttcagcaaagagtggccatgcggcaattggtacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcct 39476544  T
Q  861 cctatggctgggtgggctagtatttgggcttgttgggcccatccaattatccttccaatctcggcagttcgatcta 936  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  39476543 cctatggctgggtgggctagtatttgggcctgttgggcccatccaactatccttccaatctcagcagttctatcta 39476468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 490 - 920
Target Start/End: Complemental strand, 39487865 - 39487437
Alignment:
Q  490 ataatttaatttgatacctgattcataatataatcaatcagatgacctaaataagtgtaggaagatccaccctctaacaaagtcttcctactcttctcac 589  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  39487865 ataatttaatttgatacctgattcataatataatcaatcaaatgacctaaataagtgtaggaagatccaccctctaacaaagtcttcttactcttttcac 39487766  T
Q  590 tcannnnnnncactttcttcttaacctctccatccttatacaacacactccttattactctctcaatcttgtcgggcacttacaagatagttagactcac 689  Q
    |||       |||||| ||| | |  ||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||||||| || | || ||||||||||||||| | |      
T  39487765 tcatctctatcacttttttcctgaattctccatccttatccaacaaattccttattcctctctcaatcttatccg-cagttacaagatagttaggccctt 39487667  T
Q  690 cactaaactccatcctataatccaatgcaatctccacacacctatctgcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttg-tcagcaaagagtggc 788  Q
    || ||||| ||| | |||||||||| ||||| |||||||  |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  39487666 cattaaaccccaccttataatccaaagcaatttccacac--ctattttcagttcacacaccaattcaaaagcattagcctgttgctcagcatagagtggc 39487569  T
Q  789 catgcggcaataggcacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtatttggg 888  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| || |||||||||||||    
T  39487568 cacgcggcaataggcacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgcgaaacaaatcctccagtggctggatgagctagtatttggg 39487469  T
Q  889 cttgttgggcccatccaattatccttccaatc 920  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39487468 cctgttgggcccatccaattacccttccaatc 39487437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 492 - 936
Target Start/End: Complemental strand, 39456026 - 39455584
Alignment:
Q  492 aatttaatttgatacctgattcataatataatcaatcagatgacctaaataagtgtaggaagatccaccctctaacaaagtcttcctactcttctcactc 591  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | | |||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  39456026 aatttaatttgatacctggttcataatataatcaattaaacgacctaaataagtggaagaagatcctccctctaacaaagtcttcttgctcttttcactc 39455927  T
Q  592 annnnnnncactttcttcttaacctctccatccttatacaacacactccttattactctctcaatcttgtcgggcacttacaagatagttagactcacca 691  Q
    |       |||| | ||| ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||| |  | ||| ||||||||||| | ||| |    
T  39455926 atctctttcactgttttcctaaactctccatccttatccaatacactccttattcctctctcaatcttgtccga-agttaaaagatagttaggcccacta 39455828  T
Q  692 ctaaactccatcctataatccaatgcaatctccacacacctatctgcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttgt-cagcaaagagtggcca 790  Q
    ||| |||||| ||||||||| |  ||||||||||||   | |||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| |||||    
T  39455827 ctatactccaccctataatctagcgcaatctccacag--caatcttcagctcacacaccaattcaaaagcagtaacctgttgttcagcaaagagcggcca 39455730  T
Q  791 tgcggcaataggcacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtatttgggct 890  Q
    ||  ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |    
T  39455729 tgttgcaatgggcacaccaaagtatatgccctcgagtgtggaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctgtggctggatgggctagtatttgggtt 39455630  T
Q  891 tgttgggcccatccaattatccttccaatctcggcagttcgatcta 936  Q
    ||| | ||||| ||||| | |||||||||||| || || |||||||    
T  39455629 tgtggagcccaaccaatcacccttccaatctctgccgtacgatcta 39455584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 503 - 922
Target Start/End: Complemental strand, 39473417 - 39473000
Alignment:
Q  503 atacctgattcataatataatcaatcagatgacctaaataagtgtaggaagatccaccctctaacaaagtcttcctactcttctcactcannnnnnncac 602  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||       |||    
T  39473417 atacctgattcataatataatcaaccaatcgacctaaatatgcgtaagaagatccaccttctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctctttcac 39473318  T
Q  603 tttcttcttaacctctccatccttatacaacacactccttattactctctcaatcttgtcgggcacttacaagatagttagactcaccactaaactccat 702  Q
    ||||||| | || ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| | ||||| ||||||||      
T  39473317 tttcttccttacatctccatccttatccaacacactccttattcctctctcaatcttatcgg-cagttacaagatagttaggcgcaccattaaactccgc 39473219  T
Q  703 cctataatccaatgcaatctccacacacctatctgcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttgt-cagcaaagagtggccatgcggcaatag 801  Q
    |||||||||||| | ||| || || |  |||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| | |||||||||||||| ||||    
T  39473218 cctataatccaacgaaatttcaactc--ctattttcaactcacacaccaattcaaaagcattagtctgttgttctgcataaagtggccatgcggctatag 39473121  T
Q  802 gcacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtatttgggcttgttgggccca 901  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  39473120 gcacaccaaaataaatgctctcgagtactgaattccaaccacaatgcgaagcaaatcctccaatggctgggtgggctagtatttggacttgtggggccca 39473021  T
Q  902 tccaattatccttccaatctc 922  Q
    |||||  | ||||||||||||    
T  39473020 tccaacaacccttccaatctc 39473000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 176; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 494 - 936
Target Start/End: Complemental strand, 39452396 - 39451956
Alignment:
Q  494 tttaatttgatacctgattcataatataatcaatcagatgacctaaataagtgtaggaagatccaccctctaacaaagtcttcctactcttctcactcan 593  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | | ||| ||||||| || |||||||||| || ||||||| ||||||| ||||||| |||||||     
T  39452396 tttaatttcatacctggttcataatataatcaattaaacgacttaaataaatggaggaagatcctccttctaacagagtcttcttactcttttcactcat 39452297  T
Q  594 nnnnnncactttcttcttaacctctccatccttatacaacacactccttattactctctcaatcttgtcgggcacttacaagatagttagactcaccact 693  Q
          || ||| ||| | | |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||| | || | | |||||||||||   |||   |    
T  39452296 ctctttcatttttttcctgaactctccatccttatccaacacactccttattcctttctcaatcttgtcag-cagtcaaaagatagttaggaccactgtt 39452198  T
Q  694 aaactccatcctataatccaatgcaatctccacacacctatctgcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttg-tcagcaaagagtggccatg 792  Q
    |||||||| ||||||||| || |||||||||||  |   |||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||    
T  39452197 aaactccaccctataatctaacgcaatctccacggaa--atcttcaactcacacaccaattcaaaagcattaacctgttgctcagcaaagagcggccatg 39452100  T
Q  793 cggcaataggcacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtatttgggcttg 892  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  39452099 ttgcaatgggcacaccaaaatatatgctctcgagtgtggaattccagccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctggatgtgctagtatttgggcttg 39452000  T
Q  893 ttgggcccatccaattatccttccaatctcggcagttcgatcta 936  Q
    | ||||||| ||||| | ||||||||||||  | ||||||||||    
T  39451999 tggggcccaaccaatcacccttccaatctcttccgttcgatcta 39451956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 175; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 490 - 922
Target Start/End: Original strand, 39457068 - 39457498
Alignment:
Q  490 ataatttaatttgatacctgattcataatataatcaatcagatgacctaaataagtgtaggaagatccaccctctaacaaagtcttcctactcttct-ca 588  Q
    |||||||| ||||||||||||| | |||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| |||| | || ||    
T  39457068 ataatttattttgatacctgatacctaatataatcgatcaaacgacctaaataagtgtaggaagatcctccatctaacagagtcttcttact-tgctgca 39457166  T
Q  589 ctcannnnnnncactttcttcttaacctctccatccttatacaacacactccttattactctctcaatcttgtcgggcacttacaagatagttagactca 688  Q
    ||||       |||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||     
T  39457167 ctcatctctttcactttcttccttacctctccatccttatccaacacactctttattcctctctcaatcttgtcgg-cagttaaaagatagttagactcg 39457265  T
Q  689 ccactaaactccatcctataatccaatgcaatctccacacacctatctgcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttg-tcagcaaagagtgg 787  Q
    ||| ||||||| | ||||||||| |||||||||||||||  |  |||| ||||||||| ||||||| ||| ||||| | ||| || ||||||||||| ||    
T  39457266 ccattaaactctaacctataatctaatgcaatctccacagcc--atcttcagctcacataccaattgaaatgcatttgtctgctgatcagcaaagagcgg 39457363  T
Q  788 ccatgcggcaataggcacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtatttgg 887  Q
    ||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||     
T  39457364 ccacgtggcaacaggcacaccaaaatatatgttctcgagtgtggaattccagccacaatgagaaacaaatcctcccgtggctgggtgggctagtatgtgc 39457463  T
Q  888 gcttgttgggcccatccaattatccttccaatctc 922  Q
    |  ||| ||||||||||||| | ||||||||||||    
T  39457464 gtctgtggggcccatccaataacccttccaatctc 39457498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 514 - 922
Target Start/End: Original strand, 39463354 - 39463760
Alignment:
Q  514 ataatataatcaatcagatgacctaaataagtgtaggaagatccaccctctaacaaagtcttcctactcttctcactcannnnnnncactttcttcttaa 613  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||||||       |||||||||| | |    
T  39463354 ataatataatcaatcaaacgacctaaataagtgtaggaagatcctccctctaacaaagtcttcttacttttttcactcatctctttcactttcttcctta 39463453  T
Q  614 cctctccatccttatacaacacactccttattactctctcaatcttgtcgggcacttacaagatagttagactcaccactaaactccatcctataatcca 713  Q
    | |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||| ||| |||  ||||||||  || |||||||    
T  39463454 cttctccatccttatctaacacactccttattcctctctcaatcttatc-agcagttacaagatagttaggctcgccaagaaactccactctgtaatcca 39463552  T
Q  714 atgcaatctccacacacctatctgcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttg-tcagcaaagagtggccatgcggcaataggcacaccaaaa 812  Q
    ||| ||||||||| | || ||||  | ||||||||||| |||||||||||| | |||||| ||||||||||  ||||| | |||||  || |||||||||    
T  39463553 atgaaatctccac-cgcc-atctttaactcacacaccagttcaaaagcatttgtctgttgttcagcaaagatcggccaagtggcaagtggaacaccaaaa 39463650  T
Q  813 tatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtatttgggcttgttgggcccatccaattatcc 912  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| | ||    
T  39463651 tatatgctctccagtgtcgaattccagccacaatgtgagacaaatcctcccgtggccgggtgggctagtatttgggcctgtggagcccaaccaatcaccc 39463750  T
Q  913 ttccaatctc 922  Q
    ||||||||||    
T  39463751 ttccaatctc 39463760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 508 - 920
Target Start/End: Complemental strand, 39461635 - 39461225
Alignment:
Q  508 tgattcataatataatcaatcagatgacctaaataagtgtaggaagatccaccctctaacaaagtcttcctactcttctcactcannnnnnncactttct 607  Q
    ||||||| |||| |||| || | | ||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||       ||||||||    
T  39461635 tgattcacaataaaatctattaaacgacctaaatgactgtaagaagatccaccctctaacaaagttttcctactcttttcactcatctctttcactttct 39461536  T
Q  608 tcttaacctctccatccttatacaacacactccttattactctctcaatcttgtcgggcacttacaagatagttagactcaccactaaactccatcctat 707  Q
    |  | |||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||| | |||||||  ||||    
T  39461535 ttctgacctctccatccttttccaacacattccttattcctctctcaatcttgtcag-cagttacaagatagttaggctcaccattgaactccactctat 39461437  T
Q  708 aatccaatgcaatctccacacacctatctgcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttgt-cagcaaagagtggccatgcggcaataggcaca 806  Q
    |||| ||  |||||||||||  |  |||| |||||||  |||||| | ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| | |||||| ||||||    
T  39461436 aatctaacacaatctccacagcc--atcttcagctcatgcaccaactgaaaagcattagtctgttgttcagcaaagagcggccacgtggcaatgggcaca 39461339  T
Q  807 ccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtatttgggcttgttgggcccatccaa 906  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||| | |||||| |  ||  | ||||||||||    
T  39461338 ccaaaatacatgctctcgagtattgaattccagccacaatgggaaacgaatcctcccgtggctgggtgggccaatatttgagtctgcggagcccatccaa 39461239  T
Q  907 ttatccttccaatc 920  Q
    | | ||||||||||    
T  39461238 tgacccttccaatc 39461225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 139 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 39477327 - 39476957
Alignment:
Q  139 aaacagcaaaccgaaacagaactacaaacttgtctcctacataaataccaggtcaaattcttactattgaa---tcgatattaacaatatactaaacata 235  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||    ||| ||| |||||||||| | ||||    
T  39477327 aaacagcaatccaaaacagaactacaaacttgcctcctacataaatacaaggtcaaacttttactattgaacagacgacattcacaatatactcatcata 39477228  T
Q  236 actacaaaaatcatagtttcagtttttataatatacttaaatgtgtt------------------gttggttcactttaaaattacccttatatgaaatt 317  Q
    |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39477227 actataaaaatgatagtttcaatttttataatatacttaaatgtgtttttgagtgacagatcaaagttggttcactttaaaattacccttatatgaaatt 39477128  T
Q  318 caatcgggcatggcttaaggcattacaaattacaggatt---nnnnnnntggaacgttatcactagtaggaacaactgaaatgaac-agactttcagcca 413  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| || |          || || ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||    
T  39477127 caatcgggcatggtttaaggccttacatattacaagagtgacgacacaatgaaatgttatcactagtaggaacagctaaaatgaacaagactttcagcca 39477028  T
Q  414 agtgaaattggctaatcct-----tattatattgattagtgttgaaaattaaaccaataccctcaaacctt 479  Q
    |||||||||||||||||||     |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39477027 agtgaaattggctaatccttgttatattatatagattagtgttgaaaattaaaccaataccctccaacctt 39476957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 496 - 917
Target Start/End: Original strand, 43311309 - 43311728
Alignment:
Q  496 taatttgatacctgattcataatataatcaatcagatgacctaaataagtgtaggaagatccaccctctaacaaagtcttcctactcttctcactcannn 595  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |  |||||||       
T  43311309 taatttcatacatgattcataatataatcaatcaaactacctaagcaagtgtaggaagatccaccctctaacaatgtcttcctacaatgttcactcatct 43311408  T
Q  596 nnnncactttcttcttaacctctccatccttatacaacacactccttattactctctcaatcttgtcgggcacttacaagatagttagactcaccactaa 695  Q
        |||||||||| | |||||||||||  | | |||||||||||||||| || |||| |||||||| |   || | |||||| | |  | || ||        
T  43311409 ctttcactttcttccttacctctccatctgtttccaacacactccttattcctttctcgatcttgtctgaagctaa-aagataatcacgcccaacatcgt 43311507  T
Q  696 actccatcctataatccaatgcaatctccacacacctatctgcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttg-tcagcaaagagtggccatgcg 794  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||| ||||||| |||| | || ||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||| |    
T  43311508 actccatcctataatccactgcaatctccacaccc--atcttcagctcagacacaagttgaaaagcattggtttgttgatcagcaaagagtggccatgtg 43311605  T
Q  795 gcaataggcacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtatttgggcttgtt 894  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| || || |||| |||| | ||      
T  43311606 gcaataggcacaccataatatatgctctcgagagtcgaattccaaccacaatgtgaaacaaagcctcctgttgctggatgagcgagtacttggacctgag 43311705  T
Q  895 gggcccatccaattatccttcca 917  Q
    | ||||||||||| | |||||||    
T  43311706 gagcccatccaatgacccttcca 43311728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 8 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 39477519 - 39477415
Alignment:
Q  8 gtaacagcaccaaaaaagaagcagaatcaattttgtcagtactgcttttcttaatgatccaaaaaacttcataaagaccagcagaacttgagtacagaac 107  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39477519 gtaacagcaacaaaaatgaagcagaatcaattttgtcagtactgcttttcttaatgattcaaaaaacctcataaagaccaacagaacttgagtacagaac 39477420  T
Q  108 atgct 112  Q
    |||||    
T  39477419 atgct 39477415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 600 - 726
Target Start/End: Original strand, 39452861 - 39452986
Alignment:
Q  600 cactttcttcttaacctctccatccttatacaacacactccttattactctctcaatcttgtcgggcacttacaagatagttagactcaccactaaactc 699  Q
    |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||  ||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||    
T  39452861 cactttctttcttacctctccatccttatacaacacactctttattcctctctcaattttgtc-cgcagttaaaagagagttagactcaccaataaactc 39452959  T
Q  700 catcctataatccaatgcaatctccac 726  Q
    || ||| ||||| || | |||||||||    
T  39452960 caacctctaatctaacgtaatctccac 39452986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 816 - 849
Target Start/End: Original strand, 33005103 - 33005136
Alignment:
Q  816 atgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtg 849  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33005103 atgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtg 33005136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University