View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4727-Insertion-4 (Length: 887)

Name: NF4727-Insertion-4
Description: NF4727
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4727-Insertion-4
NF4727-Insertion-4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (7-883)||(55067310-55068170)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 710; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 710; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 883
Target Start/End: Complemental strand, 55068170 - 55067310
Alignment:
Q  7 agggatatctt-gaatttcaaaattattattaaatcaattatattagagcaatgagcacgacgcaattgcttaacaccgtggctgcactgataccatcgg 105  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  55068170 agggatatcttagaatttcaaaattattattaaatcaattatattagagcaatgagcacgacgcaattgcttaacaccgtggctggactgataccatcgg 55068071  T
Q  106 tcacaccttgttggcgatgtaataaccaccgcacaacagcaacagcaactgcaactatatttcagactcagagactcacaggaaatgcttcaagaataac 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55068070 tcacaccttgttggcgatgtaataatcaccgcacagcagcaactgcaactgtaactatatttcagactcagagactcacaggaaatgcttcaagaataac 55067971  T
Q  206 gataaagtgtatggctaatccaaggagagtcaaaatggttgccaaacaaattaggagagaactttctgatatgctcatcaccgataacgtcttgcaattt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55067970 gataaagtgtatggctaatccaaggagagtcaaaatggttgccaaacaaattaggagagaactttctgatatgctcatcaccgataacgtcttgcaattt 55067871  T
Q  306 gccgttcttccagaagcttccttaggtgctgatttatatctctcttccgtaaccactatcaccgacgttgaaatcaccgctgatttacaggttcgttcat 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55067870 gccgttcttccagaagcttccttaggtgctgatttatatctctcttccgtaaccactattaccgacgttgaaatcaccgctgatttacaggttcgttcat 55067771  T
Q  406 acacactctcttcttttttcctatttagtgaaatctagaatacattcaagttattattattatcatattaaattcatagacctgaatttaattgccacat 505  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||  |    ||            | |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55067770 acatactctcttcttttttcctatttaccg----ct-----------gatttattatta---tcatattaaattcatagacctgaatttaattgccacat 55067689  T
Q  506 tgccttttcatttttctcatctaaccttattaattttgtttcataacataaatg---tgatgtatgtaatactgcgtctaggtggctagggtgtatgtat 602  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  55067688 tgccttttcatttttctcatctaatcttattaattttgtttcataacataactgtgatgatgtatgtaatactgcgtctaggtggctagggtttatgtat 55067589  T
Q  603 ctgtttttggagatgaaagagggaaggaagtggccatagctgggttgaaatcaaaagccaaatatgttcgcggtgagttggggaggcgtatgaagttgcg 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  55067588 ctgtttttggagatgaaagagggaaggaagtggccatggctgggttgaaatcaaaagccaaatatgttcgcggtgagttagggaggcgtatgaagttgcg 55067489  T
Q  703 gttaactcctgagatacgctttttggaggatgaatcttttgagagaggaagcagggtaagaatttactatatttaccgttcttctatgttttgcaattgt 802  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55067488 gttaactcctgagatacgctttttggaggatgaatcttttgagagaggaagcagggtaagaa-ttactatatttaccgttcttctatgttttgcaattgt 55067390  T
Q  803 aagtttgtgctgttctgtttccactttggccctttcctgaccaaccatctctgcagccttctactactaaattactaattg 883  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  55067389 aagtttgtgctgttctgtttccactttggccctttcctgaccaaccatctct-cagccttctactactaaattactaattg 55067310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University