View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4733_low_5 (Length: 349)

Name: NF4733_low_5
Description: NF4733
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4733_low_5
NF4733_low_5
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (7-337)||(30748857-30749187)
chr5 (13-337)||(30677733-30678057)
chr5 (7-337)||(29871400-29871730)
chr5 (7-337)||(30482618-30482948)
chr5 (7-337)||(30242931-30243261)
chr5 (7-337)||(30339084-30339414)
chr5 (7-337)||(30713981-30714323)
chr5 (13-337)||(30435036-30435360)
chr5 (7-337)||(30399279-30399621)
chr5 (7-337)||(30059571-30059913)
chr5 (108-280)||(29852570-29852742)
chr5 (103-337)||(17418824-17419058)
chr5 (206-337)||(4380872-4381003)
chr5 (108-282)||(30205782-30205956)
chr5 (7-79)||(29852783-29852855)
chr5 (105-181)||(30474742-30474818)
chr5 (116-149)||(30522299-30522332)
chr5 (116-149)||(30562639-30562672)
chr5 (13-68)||(30206008-30206063)
chr5 (13-74)||(17418722-17418783)
chr5 (113-146)||(30430351-30430384)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (103-337)||(20297258-20297492)
chr4 (14-79)||(20297157-20297222)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (122-337)||(26706546-26706761)
chr7 (7-79)||(26706816-26706888)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (101-225)||(7098738-7098862)
chr1 (112-162)||(7582395-7582445)
chr1 (13-78)||(7098897-7098962)
chr1 (13-78)||(7582284-7582349)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 7 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 30749187 - 30748857
Alignment:
Q  7 ggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaagaaggaatctacggtcagtg 106  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  30749187 ggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggtatacaaggaggaatctacggttagtg 30749088  T
Q  107 ctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattct 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749087 ctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattct 30748988  T
Q  207 tagtaatttaatttctcttcaactttcgaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatctgat 306  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       || | ||||| || |    
T  30748987 tagtaatttaatttctcttgaacttgagatttgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactaagattatatggt 30748888  T
Q  307 atggataatctgaaatacttggatgatgatg 337  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30748887 atgaataatctgaaatacttggatgatgatg 30748857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 13 - 337
Target Start/End: Original strand, 30677733 - 30678057
Alignment:
Q  13 ttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaagaaggaatctacggtcagtgctgagc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  30677733 ttatctgaagctgaagcggctaaattgatggataaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggggatacaaggaggaatctacggttagtgctgagc 30677832  T
Q  113 aagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaa 212  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30677833 aagtacttgaagtgcttaaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaagattatcgttaccaagttggataattattcttagtaa 30677932  T
Q  213 tttaatttctcttcaactttcgaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatctgatatggat 312  Q
    ||||||||||||| |||||  | | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||       |||| |||||||  |||| ||    
T  30677933 tttaatttctcttgaacttgaggaatgcaacaaaattgtgcggcttccgttacgtggtaaactaccatctctaaaaagactgagattatctcgtatgaat 30678032  T
Q  313 aatctgaaatacttggatgatgatg 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  30678033 aatctgaaatacttggatgatgatg 30678057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 7 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 29871730 - 29871400
Alignment:
Q  7 ggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaagaaggaatctacggtcagtg 106  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||   |  |||||||||   | ||||    
T  29871730 ggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggatatcgcaacaggaatctataattagtg 29871631  T
Q  107 ctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattct 206  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29871630 ctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattct 29871531  T
Q  207 tagtaatttaatttctcttcaactttcgaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatctgat 306  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| |||||||| ||    
T  29871530 tagtaatttaatttctcttaaacttgaggattgcaacaagattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactggaattatcttat 29871431  T
Q  307 atggataatctgaaatacttggatgatgatg 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29871430 atggataatctgaaatacttggatgatgatg 29871400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 7 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 30482948 - 30482618
Alignment:
Q  7 ggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaagaaggaatctacggtcagtg 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || | |  |||||||||   | ||||    
T  30482948 ggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggatatcccaacaggaatctataattagtg 30482849  T
Q  107 ctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattct 206  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||    
T  30482848 ctgagcaagtacttgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattacaatgaagggttatcgttaccaagttggataagccttct 30482749  T
Q  207 tagtaatttaatttctcttcaactttcgaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatctgat 306  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| |||||||| ||    
T  30482748 tagtaatttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactggaattatcttat 30482649  T
Q  307 atggataatctgaaatacttggatgatgatg 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30482648 atggataatctgaaatacttggatgatgatg 30482618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 7 - 337
Target Start/End: Original strand, 30242931 - 30243261
Alignment:
Q  7 ggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaagaaggaatctacggtcagtg 106  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || | |  | |||||||   | ||||    
T  30242931 ggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggatatcccaacatgaatctataattagtg 30243030  T
Q  107 ctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattct 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  30243031 ctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataagtttctatgagggattatccttaccaagttggataattcttct 30243130  T
Q  207 tagtaatttaatttctcttcaactttcgaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatctgat 306  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       ||| ||||||  ||     
T  30243131 tagtaatttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatatctaaaaaaactggaattattcgaa 30243230  T
Q  307 atggataatctgaaatacttggatgatgatg 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243231 atggataatctgaaatacttggatgatgatg 30243261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 7 - 337
Target Start/End: Original strand, 30339084 - 30339414
Alignment:
Q  7 ggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaagaaggaatctacggtcagtg 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||   |  |||||||||   | ||||    
T  30339084 ggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcgtggatatcgcaacaggaatctataattagtg 30339183  T
Q  107 ctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattct 206  Q
    |||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||    
T  30339184 ctgagcaagtgctcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaattccttgacagtaaatttctatgaaggattatcgttaccaagttggataagccttct 30339283  T
Q  207 tagtaatttaatttctcttcaactttcgaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatctgat 306  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||       || | | ||| |  |    
T  30339284 tagtaatttaatttctcttaatctttggaattgcaacaaaattgtgctgcttcagttacttggtaaactaccatctctaaaaaatcttagagtatatcgt 30339383  T
Q  307 atggataatctgaaatacttggatgatgatg 337  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30339384 atgaataatctgaaatacttggatgatgatg 30339414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 7 - 337
Target Start/End: Original strand, 30713981 - 30714323
Alignment:
Q  7 ggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaag-aaggaat----------- 94  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  | ||||  |||||||               
T  30713981 ggcagtttatttgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaagaccc 30714080  T
Q  95 ctacggtcagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttg 194  Q
    ||   || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30714081 ctgttgttagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcattaccaagttg 30714180  T
Q  195 gataattattcttagtaatttaatttctcttcaactttcgaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctg 294  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||    
T  30714181 gataattattcttagtaatttagtttctcttgtacttctccattgcaagaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactg 30714280  T
Q  295 aaattatctgatatggataatctgaaatacttggatgatgatg 337  Q
    | ||||| || |||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  30714281 agattatatggtatcaataatctgaaatacttggatgatgatg 30714323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 13 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 30435360 - 30435036
Alignment:
Q  13 ttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaagaaggaatctacggtcagtgctgagc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  ||   |  |||||||||   | ||  ||||||    
T  30435360 ttatctgaagctgaagcggctaatttgaagggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcgtggatatcgcaacaggaatctataattagatctgagc 30435261  T
Q  113 aagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaa 212  Q
    || |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30435260 aattactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaa 30435161  T
Q  213 tttaatttctcttcaactttcgaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatctgatatggat 312  Q
    ||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       || | | ||| || |||| ||    
T  30435160 tttaatttctcttaaacttggggattgcaacaaaattgtgcggcttccgttatttggtaaactaccatctctaaaaaaacttagagtatatggtatgaat 30435061  T
Q  313 aatctgaaatacttggatgatgatg 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  30435060 aatctgaaatacttggatgatgatg 30435036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 7 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 30399621 - 30399279
Alignment:
Q  7 ggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaagaaggaatctacgg------ 100  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||  | | || |||            
T  30399621 ggcagtttatctcaagctcaagcggctgatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggaaagcaactatggatttaccaatcccc 30399522  T
Q  101 ------tcagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttg 194  Q
          | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  30399521 caactattagtgctcagcaagtactcgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataaattactatgacggattatcattaccaagttg 30399422  T
Q  195 gataattattcttagtaatttaatttctcttcaactttcgaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctg 294  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||       |||    
T  30399421 gataattattcttagtaatttagtttctcttgaacttgggaattgcaagaaagttgtgcgacttcagttaattggtaaactaccgtctctaaaaaaactg 30399322  T
Q  295 aaattatctgatatggataatctgaaatacttggatgatgatg 337  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30399321 gaattatctgatatggataatctgaaatacttggatgatgatg 30399279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 7 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 30059913 - 30059571
Alignment:
Q  7 ggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggggatacaag-aaggaat----------- 94  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  | ||||  |||||||               
T  30059913 ggcaggttatttgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaagaacc 30059814  T
Q  95 ctacggtcagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttg 194  Q
    ||   || |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||| |||||||| || ||||||||    
T  30059813 ctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaactgcttgaaaataagtttctatgagggattatccttgccaagttg 30059714  T
Q  195 gataattattcttagtaatttaatttctcttcaactttcgaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctg 294  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  |  ||| || ||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |       |||    
T  30059713 gataattattcttagtaatttagtttctcttaaacttaagcgttgtaagaaagttgtgcggcttcagttacttggtatactaccatctttaaaaaacctg 30059614  T
Q  295 aaattatctgatatggataatctgaaatacttggatgatgatg 337  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30059613 gaattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatg 30059571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 108 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 29852742 - 29852570
Alignment:
Q  108 tgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattctt 207  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||    
T  29852742 tgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggacataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataagccttctt 29852643  T
Q  208 agtaatttaatttctcttcaactttcgaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccat 280  Q
    |||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29852642 agtagtttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttactttgtaaactaccat 29852570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 103 - 337
Target Start/End: Original strand, 17418824 - 17419058
Alignment:
Q  103 agtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataatta 202  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||    
T  17418824 agtgctgagcaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataagta 17418923  T
Q  203 ttcttagtaatttaatttctcttcaactttcgaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatc 302  Q
    |||||||||||||| ||  | ||  ||||   |||||  | ||   |||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||       ||| |||||||    
T  17418924 ttcttagtaatttagttaatgttgcacttagtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttggtaaactacaatctctaaaattactggaattatc 17419023  T
Q  303 tgatatggataatctgaaatacttggatgatgatg 337  Q
    | | ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  17419024 ttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatg 17419058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 206 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 4381003 - 4380872
Alignment:
Q  206 ttagtaatttaatttctcttcaactttcgaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatctga 305  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||        || |||||| |      
T  4381003 ttagtaatttaatttctcttaaactttgtgtttgcaacaaagttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaacatctctaaaaaaattggaattatttcg 4380904  T
Q  306 tatggataatctgaaatacttggatgatgatg 337  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4380903 tacggataatctgaaatacttggatgatgatg 4380872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 108 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 30205956 - 30205782
Alignment:
Q  108 tgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattctt 207  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| |||   | ||||| |  ||||||  |||||||||||||||| ||||||     
T  30205956 tgagcaactatttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagaggttgataatttgtcactataacagattattcttaccaagttggataagtattctc 30205857  T
Q  208 agtaatttaatttctcttcaactttcgaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatct 282  Q
    ||||||||| || |||||  ||||| ||||||  | |||  |||||||||||||| | |||||||||||| ||||    
T  30205856 agtaatttagttgctcttgtactttggaattgtgagaaatgtgtgcggcttccgtcatttggtaaactacaatct 30205782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 7 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 29852855 - 29852783
Alignment:
Q  7 ggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggg 79  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||    
T  29852855 ggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaacagacattcatgaattatgtttgtcatggg 29852783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 105 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 30474818 - 30474742
Alignment:
Q  105 tgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattat 181  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||  ||||||||| |||||||    
T  30474818 tgctgagcaagtacttgaaatgcttcaacctcactcaaatctcaagaggttgaaaatactttactatgacggattat 30474742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 116 - 149
Target Start/End: Original strand, 30522299 - 30522332
Alignment:
Q  116 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaa 149  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30522299 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaa 30522332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 116 - 149
Target Start/End: Original strand, 30562639 - 30562672
Alignment:
Q  116 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaa 149  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30562639 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaa 30562672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 13 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 30206063 - 30206008
Alignment:
Q  13 ttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatg 68  Q
    |||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||    
T  30206063 ttatctgaagctcaagcagccaatttgatgggtaaaaaagacctccaggaattatg 30206008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 74
Target Start/End: Original strand, 17418722 - 17418783
Alignment:
Q  13 ttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtc 74  Q
    |||||||||||| |||  ||||| ||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||||    
T  17418722 ttatctgaagctcaagaagctaagttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtc 17418783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 113 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 30430384 - 30430351
Alignment:
Q  113 aagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatct 146  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30430384 aagtacttgaagtgcttcaatctcactcaaatct 30430351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 126; Significance: 6e-65; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 103 - 337
Target Start/End: Original strand, 20297258 - 20297492
Alignment:
Q  103 agtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataatta 202  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||| |||||| ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  20297258 agtgctgagaaagtactcgaagtgcttcaacctcagtcaaatctcaagtgcttggaaataaattgctatgatggattgtggttaccaagttggataatta 20297357  T
Q  203 ttcttagtaatttaatttctcttcaactttcgaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatc 302  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||       |||| | ||||    
T  20297358 ttcttagtaatttagtttcttttgaacttgagaattgcaacgaaattgtgcagcttccgttaattggtaaactaccatctctaaaaaaactgacaatatc 20297457  T
Q  303 tgatatggataatctgaaatacttggatgatgatg 337  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20297458 tggtatgtataatctgaaatacttggatgatgatg 20297492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 14 - 79
Target Start/End: Original strand, 20297157 - 20297222
Alignment:
Q  14 tatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggg 79  Q
    ||||||||||| |||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  20297157 tatctgaagctcaagaagccaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcttggg 20297222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 122 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 26706761 - 26706546
Alignment:
Q  122 aagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttc 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||| || |||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||    
T  26706761 aagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggaaataaagtactacgacggattatcattaccaagttgggtaagtattcttagtaatttagtttc 26706662  T
Q  222 tcttcaactttcgaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatctgatatggataatctgaaa 321  Q
    |||| |||||  | ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| ||||||||  ||||| ||||||||||    
T  26706661 tcttgaacttggggattgcaagaaatttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctagaaaaactggaattatcttctatggttaatctgaaa 26706562  T
Q  322 tacttggatgatgatg 337  Q
    ||||||||||||||||    
T  26706561 tacttggatgatgatg 26706546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 26706888 - 26706816
Alignment:
Q  7 ggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggg 79  Q
    ||||| |||||||||||| |||  || ||||||||||| |||||| ||||  |  ||||||||||||||||||    
T  26706888 ggcagtttatctgaagctcaagaagccaatttgatggggaaaaaaaacctcgaaaaattatgcttgtcatggg 26706816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000008; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 101 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 7098862 - 7098738
Alignment:
Q  101 tcagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataat 200  Q
    |||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||| |||| |||  ||  |||||||||  || ||||||||||| |     
T  7098862 tcagtgatgatcaagtaattgaagtgcttcaacctcatacaaatctcaagagcttgaaaatacattcttaccaaggattatgctttccaagttggatcag 7098763  T
Q  201 tattcttagtaatttaatttctctt 225  Q
     | ||||||||||||| || |||||    
T  7098762 aactcttagtaatttagttactctt 7098738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 112 - 162
Target Start/End: Original strand, 7582395 - 7582445
Alignment:
Q  112 caagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaata 162  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||    
T  7582395 caagtacttgaagtgcttcaacctcacacaaatctcaagagcttgaaaata 7582445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 13 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 7098962 - 7098897
Alignment:
Q  13 ttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatgg 78  Q
    |||||||||||| |||  || ||||| |||||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  7098962 ttatctgaagctaaagaagccaatttaatgggtaaaaaagacctcgatgaattatgcttgtcatgg 7098897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 13 - 78
Target Start/End: Original strand, 7582284 - 7582349
Alignment:
Q  13 ttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatgg 78  Q
    |||||||||||| |||  || || ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  7582284 ttatctgaagctcaagaagccaacttgatgggtaaaaaagacctcgatgaattatgcttgtcatgg 7582349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University