View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4734-Insertion-3 (Length: 674)

Name: NF4734-Insertion-3
Description: NF4734
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4734-Insertion-3
NF4734-Insertion-3
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (7-674)||(1030132-1030794)
chr7 (14-354)||(40832732-40833072)
chr7 (449-668)||(40833124-40833351)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-534)||(46553722-46554249)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 615; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 674
Target Start/End: Original strand, 1030132 - 1030794
Alignment:
Q  7 agacggtgactttttatacaaagacttgtggttgaatcattcacagaacaatggtgtcctttcagaagcaaatggtggaggtttctatgttgctttctct 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1030132 agacggtgactttttatacaaagacttgtggttgaatcattcacagaacaatggtgtactttcagaagcaaatggtggaggtttctatgttgctttctct 1030231  T
Q  107 cgagaccagcctgagaaagtttatgttcagcataagatgaaggaacacagtggaagggtttggaacctattagccgatggagctgctgtttatatagcag 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1030232 cgagaccagcctgagaaagtttatgttcagcataagatgaaggaacacagtggaagggtttggaacctattagccgatggagctgctgtttatatagcag 1030331  T
Q  207 gttcatcaaccaaaatgcctacggatgtaacatcagcttttgaggaaattgtatctaaagaaaatgaggtttcaaaggaagatgcagttaggtggatcag 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1030332 gttcatcaaccaaaatgcctacggatgtaacatcagcttttgaggaaattgtatctaaagaaaatgaggtttcaaaggaagatgcagttaggtggattag 1030431  T
Q  307 ggcattagaaaggtgcggtaaatatcacattgaagcatggtcttgagagttttattttgggtcagatagcaagtttgggtcctctatagctgttttacgg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  1030432 ggcattagaaaggtgcggtaaatatcacattgaagcatggtcttgagagttttattttgggtcagatagcaagtttgggtcctctatagccattttacgg 1030531  T
Q  407 tgcaactgtctgcagacggttgtagagggtccgggttcgtcaaggaggtccaatcatacagttttttctaaagtctaatacggttgcatggatcaaattg 506  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1030532 ggcaactgtctgcagacggttgtagagggtccgggttcgtcaaggaggtccaatcatacagttttttctaaagtctaatacggttgcatggatcaaattg 1030631  T
Q  507 gtgcaaattttgtggttctaataaaattggacatttgatagcgaaatgttaggcaatatttattggaaattatttagattattaatacatgtagttgcct 606  Q
    |||||||  |||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1030632 gtgcaaa--ttgtggttc---taaaattggacatatgatagcgaaatgttaggcaatatttattggaaattatttagattattaatacatgtagttgcct 1030726  T
Q  607 tattattctatttatacattgtaaatacttggttccttggtttatgaagaatgttagaatctgtgtga 674  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1030727 tattattctatttatacattgtaaatacttggttccttggtttatgaagaatgttggaatctgtgtga 1030794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 14 - 354
Target Start/End: Original strand, 40832732 - 40833072
Alignment:
Q  14 gactttttatacaaagacttgtggttgaatcattcacagaacaatggtgtcctttcagaagcaaatggtggaggtttctatgttgctttctctcgagacc 113  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  40832732 gactttttatacaaagacttctggttgaatcattcacagaacaatggtgtgctttcagaatcaacaggtggaggtttctatgttgctttctctagagacc 40832831  T
Q  114 agcctgagaaagtttatgttcagcataagatgaaggaacacagtggaagggtttggaacctattagccgatggagctgctgtttatatagcaggttcatc 213  Q
    |||| || || |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||     
T  40832832 agccagaaaaggtttatgttcagcataagttgagggaacacagtggaagggtttggaacttattagctgagggagcttctgtttatatagcaggttcatt 40832931  T
Q  214 aaccaaaatgcctacggatgtaacatcagcttttgaggaaattgtatctaaagaaaatgaggtttcaaaggaagatgcagttaggtggatcagggcatta 313  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  40832932 aaccaaaatgcctacagatgtaacatcagcttttgaggaaattgtatctaaagaaaatgatgtttcaaaagaagatgcagttagatggattagggcatta 40833031  T
Q  314 gaaaggtgcggtaaatatcacattgaagcatggtcttgaga 354  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40833032 gaaaagtgtggtaaatatcacattgaagcatggtcttgaga 40833072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 449 - 668
Target Start/End: Original strand, 40833124 - 40833351
Alignment:
Q  449 aggaggtccaatcatacagttttttctaaagtctaatacggttgcatggatcaaattggtgcaaattttgtggttctaataaaattggacatttgatagc 548  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||| || | | | ||| |||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||     
T  40833124 aggaggtccaataatacagttttttttaaagtctagtatgatggaatgtatcaaattggtgcaaattttgtggttc---caaaattggacatttgatagg 40833220  T
Q  549 gaaatgttaggcaatatttattggaaattatttagattattaatacatgtagtt-----------gccttattattctatttatacattgtaaatacttg 637  Q
    |  ||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||           || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40833221 ggtatgttagccggtatttattggaaattatttagattgttatttcatgtggtttaagaaagtgagctttattattctatttatacattgtaaatacttg 40833320  T
Q  638 gttccttggtttatgaagaatgttagaatct 668  Q
     ||||||||| || |||||||||| ||||||    
T  40833321 cttccttggtctacgaagaatgttggaatct 40833351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 508; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 534
Target Start/End: Original strand, 46553722 - 46554249
Alignment:
Q  7 agacggtgactttttatacaaagacttgtggttgaatcattcacagaacaatggtgtcctttcagaagcaaatggtggaggtttctatgttgctttctct 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46553722 agacggtgactttttatacaaagacttgtggttgaatcattcacagaacaatggtgtactttcagaagcaaatggtggaggtttctatgttgctttctct 46553821  T
Q  107 cgagaccagcctgagaaagtttatgttcagcataagatgaaggaacacagtggaagggtttggaacctattagccgatggagctgctgtttatatagcag 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46553822 cgagaccagcctgagaaagtttatgttcagcataagatgaaggaacacagtggaagggtttggaacctattagccgatggagctgctgtttatatagcag 46553921  T
Q  207 gttcatcaaccaaaatgcctacggatgtaacatcagcttttgaggaaattgtatctaaagaaaatgaggtttcaaaggaagatgcagttaggtggatcag 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  46553922 gttcatcaaccaaaatgcctacggatgtaacatcagcttttgaggaaattgtatctaaagaaaatgaggtttcaaaggaagatgcagttaggtggattag 46554021  T
Q  307 ggcattagaaaggtgcggtaaatatcacattgaagcatggtcttgagagttttattttgggtcagatagcaagtttgggtcctctatagctgttttacgg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  46554022 ggcattagaaaggtgcggtaaatatcacattgaagcatggtcttgagagttttattttgggtcagatagcaagtttgggtcctctatagccattttacgg 46554121  T
Q  407 tgcaactgtctgcagacggttgtagagggtccgggttcgtcaaggaggtccaatcatacagttttttctaaagtctaatacggttgcatggatcaaattg 506  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46554122 agcaactgtctgcagacggttgtagagggtccgggttcgtcaaggaggtccaatcatacagttttttctaaagtctaatacggttgcatggatcaaattg 46554221  T
Q  507 gtgcaaattttgtggttctaataaaatt 534  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  46554222 gtgcaaattttgtggttctaataaaatt 46554249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University