View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4736_low_2 (Length: 730)

Name: NF4736_low_2
Description: NF4736
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4736_low_2
NF4736_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-718)||(40514080-40514774)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 635; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 635; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 718
Target Start/End: Original strand, 40514080 - 40514774
Alignment:
Q  20 caggattcccttcaacaacagctgcggatagtcaaattcattttccaaacataacatacctccaccctcattttcctacaccagtgactaactccagccc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40514080 caggattcccttcaacaacagctgcggatagtcaaattcattttccaaacataacatacctccaccctcattttcctacaccagtgactaactccagccc 40514179  T
Q  120 cataccctctttctactgcaggagctaatgaagcatggctcctagggtataaagctacaattataaatctttaaagacgtctagtctttgtatccaaggt 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40514180 cataccctctttctactgcaggagctgatgaagcatggctcctagggtataaagctacaattataaatcttgaaagacgtctagtctttgtatccaaggt 40514279  T
Q  220 ttaggaatatgatcatcaaacttgtagggtataaaagtaggaatttaattgcttggttcaaatactagctttcaccatttgtcctttaaatattcctatt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40514280 ttaggaatatgatcatcaaacttgtagggtataaaagtaggaatttaattgcttggttcaaatactagctttcaccatttgtcctttaaatattcctatt 40514379  T
Q  320 ttcttccttgtnnnnnnnnnnnntccctgccgcaaggcatggtaaactctagatgcttttgcttttatgagatgattctaatgaggaaaccatttccttc 419  Q
    |||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40514380 ttcttccttgtaaaaaaaaaa--tccctgccgcaaggcatggtaaactctagatgcttttgcttttatgagatgattctaatgaggaaaccatttccttc 40514477  T
Q  420 ctttgttatcattttcactctccatgcatttcttactgaaaatatttgagatgatggtgtaagtaaatgtgatcatttgaaaaatggatatcgtacagtg 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40514478 ctttgttatcattttcactctccatgcatttcttactgaaaatatttgagatgatggt--aagtaaatgtgatcatttgaaaaatggatttcgtacagtg 40514575  T
Q  520 atacgcatgctaattaaatcaaattccaatattatttgtgggttatatgatcattttaagtgctgtttggttagaatccactctatgtaagttattgccg 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40514576 atacgcatgctaattaaatcaaattccaatattatttgtgggttatatgatcattttaagtgctgtttggttagaatccactctatgtaagttattgccg 40514675  T
Q  620 acatatcacttcacaatatttggcattgacactcacggcacatggttattgttatatttaaggcaaacaccaaagctgtcttaggtctttcgtgatgat 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40514676 acatatcacttcacaatatttggcattgacactcacggcacatggttattgttatatttaaggcaaacaccaaagctgtcttaggtctttcgtgatgat 40514774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University