View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4739-Insertion-1 (Length: 1084)

Name: NF4739-Insertion-1
Description: NF4739
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4739-Insertion-1
NF4739-Insertion-1
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (8-1083)||(3561694-3562771)
chr1 (19-298)||(3551307-3551586)
chr1 (19-298)||(3589017-3589296)
chr1 (87-420)||(3573618-3573936)
chr1 (331-376)||(3551208-3551253)
chr1 (233-287)||(40396183-40396237)
chr1 (541-582)||(31496428-31496469)
chr1 (550-583)||(39100325-39100358)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (87-262)||(10025200-10025375)
chr7 (920-984)||(44202055-44202119)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (109-296)||(48645655-48645842)
chr3 (109-296)||(48654068-48654255)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 769; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 769; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1083
Target Start/End: Complemental strand, 3562771 - 3561694
Alignment:
Q  8 caattggtaattcattggcaaattttgcagcaatctcttgaatctcttgaggggaaagagagttgtgactaacactatgatgaaaaactaaattgatgga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3562771 caattggtaattcattggcaaattttgcagcaatctcttgaatctcttgaggggaaagagagttgtgactaacactatgatgaaaaactaaattgatggt 3562672  T
Q  108 aagaggtgtgttagggaaattgaaacttgcatgaggaccacgtagacaataaagggctgcatcaaatgctcttgctgctttctcttgggtgtcatatgat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  3562671 aagaggtgtgttagggaaattgaaactagcatgaggaccacgtagacaatatagggctgcatcaaatgccctagctgctttttcttgtgtgtcatatgat 3562572  T
Q  208 cctaaccatattctctccctactatttggaagcctaatttcagatacccattttccccattttctcttcctcacccctttgtacatcttatctagaggtt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3562571 cctaaccatattctctccctactatttggaagcctaatttcagatacccattttccccattttctcttcctcacccctttgtacatcttatctagaggtt 3562472  T
Q  308 tattgttggaacaaggtgtgttgtgatcattggtggtgacattgatactactagtaggattggaacaagtcatgtgtgtgttcatggttgttagtatatg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3562471 tattgttggaacaaggtgtgttgtgatcattggtggtgacattgatactactagtaggattggaacaagtcatgtgtgtgttcatggttgttggtatatg 3562372  T
Q  408 aattgatgagtggttgggtttaagtggcttttatatatataataagttgtgatcatgattcccatgaaaatgacagcttcaatttgaaagggttgacaaa 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3562371 aattgatgagtggttgggtttaagtggcttttatatatataataagttgtg---atgatttccatgaaaatgacagcttcaatttgaaagggttgacaaa 3562275  T
Q  508 agatgagataatagtgagatacatttttcaaagattgtcaagagtctcgcatcggatataagatgacatgacaatgaatttataaatggaaataatcctc 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  3562274 agatgagataatagtgagatacatttttcaaagactctcaatagtctcacatcggatatgagatgatatgacaatgaatttataagtggaagtaatcctc 3562175  T
Q  608 actttacaagcca-annnnnnnatagttgtgttaggcttaaccacgatttccaacacttttatttatgtctattttatgttaggtccgaccatgatttcc 706  Q
    |||||||||| ||           | || | ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  3562174 actttacaagtcagttttttttggaattatattaggctcaaccacaatttccaacacttttatttatgtctattttgtgttaggttcgaccatgatttcc 3562075  T
Q  707 aaccctctcatttatgtctatatcacaattcaaatttttaattgtataactcctcaaaaaattaattgtattagttannnnnnnatttgcatacacattt 806  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||       |||||||| |||||||    
T  3562074 aacactctcatttatgtctatatcacaattcaaatttttaattgtataactccttagaaaattaattgtattagtta-ttttttatttgcatgcacattt 3561976  T
Q  807 tgcaactttttaaattataataaatactatg---nnnnnnntaaactaaatttctctcgtacatgaaaattttaaattaatcaattaccattggttaaaa 903  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3561975 tgcaactttttaaattataataaatactatgaaaaaaaatataaactaaatttctctcgtacatgaaaattttaaattaatcaattaccattggttaaaa 3561876  T
Q  904 tttctagaaacaaattaaattcctactttcttcttagttatttaaatggaacacctagatatttaatcaagaactactaaattaaggacatttgttatcg 1003  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||    
T  3561875 tttctagaaacaaattaaattcctaccttcttcttagttatttaaatggaacacctagatatttaatcaagaactactaaaattaagacatttgttatcg 3561776  T
Q  1004 attactagtac-ataaaagnnnnnnnnnttatggagcccacgggctagcttacccgggcca--ccagacccgcttttttattg 1083  Q
    ||||||||||| ||||||          |||| |||||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||    
T  3561775 attactagtacaataaaaaataaaaaaattat-gagcccacgggctagcttaccccggccaaccaagacccgcttttttattg 3561694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 3551586 - 3551307
Alignment:
Q  19 tcattggcaaattttgcagcaatctcttgaatctcttgaggggaaagagagttgtgactaacactatgatgaaaaactaaattgatggaaagaggtgtgt 118  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||  || |||||||| | ||||| ||||| |||||  | | ||| |||||||| |||||||||||    
T  3551586 tcattggcaaatttcgcagcaatctcttggatttcttctggtgaaagagattggtgaccaacaccatgattcacagctacattgatggtaagaggtgtgt 3551487  T
Q  119 tagggaaattgaaacttgcatgaggaccacgtagacaataaagggctgcatcaaatgctcttgctgctttctcttgggtgtcatatgatcctaaccatat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3551486 tagggaaattgaaacttgcatgaggaccacgtagacaataaagggctgcatcaaatgctcttgctgctttctcttgtgtgtcatatgatcctaaccatat 3551387  T
Q  219 tctctccctactatttggaagcctaatttcagatacccattttccccattttctcttcctcacccctttgtacatcttat 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||||    
T  3551386 tctctccctactatttggaagcctaatctcagatacccattttccccaatttctcttcctcacccccctgtatatcttat 3551307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 19 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 3589296 - 3589017
Alignment:
Q  19 tcattggcaaattttgcagcaatctcttgaatctcttgaggggaaagagagttgtgactaacactatgatgaaaaactaaattgatggaaagaggtgtgt 118  Q
    ||||| ||||| || |||||||  |||||||||||||  || |||||||| |  |||| ||||| |||||  | | ||| |||||||| |||||||||||    
T  3589296 tcatttgcaaacttagcagcaacgtcttgaatctcttctggtgaaagagattgatgaccaacaccatgattcacagctacattgatggtaagaggtgtgt 3589197  T
Q  119 tagggaaattgaaacttgcatgaggaccacgtagacaataaagggctgcatcaaatgctcttgctgctttctcttgggtgtcatatgatcctaaccatat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3589196 tagggaaattgaaacttgcatgaggaccacgtagacaatatagggctgcatcaaatgccctagctgctttttcttgtgtgtcatatgatcctaaccatat 3589097  T
Q  219 tctctccctactatttggaagcctaatttcagatacccattttccccattttctcttcctcacccctttgtacatcttat 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  3589096 tctctccctactatttggaagcctaatttcagatacccattttccccattttctcttcctcacccctctatacatcttat 3589017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 87 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 3573936 - 3573618
Alignment:
Q  87 atgaaaaactaaattgatggaaagaggtgtgttagggaaattgaaacttgcatgaggaccacgtagacaataaagggctgcatcaaatgctcttgctgct 186  Q
    ||||||| ||| |||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||    
T  3573936 atgaaaagctacattgatggtaaaaggtgtattagggaaattgaaacttgcatgaggaccacgtagacaatatagggctgcatcaaatgccctagctgct 3573837  T
Q  187 ttctcttgggtgtcatatgatcctaaccatattctctccctactatttggaagcctaatttcagatacccattttccccattttctcttcctcacccctt 286  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3573836 ttttcttgtgtgtcatatgatcctaaccatattctctcacgactatttggaagcctaatttcagatacccattttccccattttctcttcctcacccctc 3573737  T
Q  287 tgtacatcttatctagaggtttattgttggaacaaggtgtgttgtgatcattggtggtgacattgatactactagtaggattggaacaagtcatgtgtgt 386  Q
    | |||||||||||       ||| |      || |   | |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||    
T  3573736 tatacatcttatc------attact------actattagggttgtgatcagttgttgtgacattgatactactagtaggattggaactagtcatatttgt 3573649  T
Q  387 gttcatggttgttagtatatgaattgatgagtgg 420  Q
    ||||||| |||   ||||||| ||||||||||||    
T  3573648 gttcatgattg---gtatatggattgatgagtgg 3573618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 331 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 3551253 - 3551208
Alignment:
Q  331 tgatcattggtggtgacattgatactactagtaggattggaacaag 376  Q
    |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3551253 tgatcagttgtggtgacattgatgctactagtaggattggaacaag 3551208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 233 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 40396237 - 40396183
Alignment:
Q  233 ttggaagcctaatttcagatacccattttccccattttctcttcctcaccccttt 287  Q
    |||| |||||||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  40396237 ttggtagcctaatttcagcaacccattttccccaatgtctctgcctcaccccttt 40396183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 541 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 31496469 - 31496428
Alignment:
Q  541 attgtcaagagtctcgcatcggatataagatgacatgacaat 582  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  31496469 attgttaagagtctcacatcggatatgagatgacatgacaat 31496428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 550 - 583
Target Start/End: Original strand, 39100325 - 39100358
Alignment:
Q  550 agtctcgcatcggatataagatgacatgacaatg 583  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39100325 agtctcgaatcggatataagatgacatgacaatg 39100358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 128; Significance: 1e-65; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 87 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 10025375 - 10025200
Alignment:
Q  87 atgaaaaactaaattgatggaaagaggtgtgttagggaaattgaaacttgcatgaggaccacgtagacaataaagggctgcatcaaatgctcttgctgct 186  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  10025375 atgaaaagctacattgatggtaagaggtgtattagggaaattgaaactagcatgaggaccacgtagacaatatagggctgcatcaaatgctctagctgct 10025276  T
Q  187 ttctcttgggtgtcatatgatcctaaccatattctctccctactatttggaagcctaatttcagatacccattttc 262  Q
    || ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10025275 ttttcttgtgtgtcatgtgatcctaaccatattctctcacgactatttggaagcctaatttcagatacccattttc 10025200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 920 - 984
Target Start/End: Original strand, 44202055 - 44202119
Alignment:
Q  920 aaattcctactttcttcttagttatttaaatggaacacctagatatttaatcaagaactactaaa 984  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  44202055 aaatccctaccttcttcttagttatttaaatgaaacacctagatatttaactatgaactactaaa 44202119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 80; Significance: 6e-37; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 109 - 296
Target Start/End: Original strand, 48645655 - 48645842
Alignment:
Q  109 agaggtgtgttagggaaattgaaacttgcatgaggaccacgtagacaataaagggctgcatcaaatgctcttgctgctttctcttgggtgtcatatgatc 208  Q
    |||||||| | | ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||| | |||||||||||    |  ||||||||||    
T  48645655 agaggtgtatcaaggaaattgaaatttgcatgacgaccacgaagacaataaagtgcagcatcaaatgctttagctgctttctcagctgaatcatatgatc 48645754  T
Q  209 ctaaccatattctctccctactatttggaagcctaatttcagatacccattttccccattttctcttcctcacccctttgtacatctt 296  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||| ||||||||| ||||    
T  48645755 ctaaccatattctttcacgactatttggtagccttatttcagatacccattttccccactttctcaatctcacacctttgtacttctt 48645842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 109 - 296
Target Start/End: Original strand, 48654068 - 48654255
Alignment:
Q  109 agaggtgtgttagggaaattgaaacttgcatgaggaccacgtagacaataaagggctgcatcaaatgctcttgctgctttctcttgggtgtcatatgatc 208  Q
    |||||||| | | ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||| | |||||||||||    |  ||||||||||    
T  48654068 agaggtgtatcaaggaaattgaaatttgcatgacgaccacgaagacaataaagtgcagcatcaaatgctttagctgctttctcagctgaatcatatgatc 48654167  T
Q  209 ctaaccatattctctccctactatttggaagcctaatttcagatacccattttccccattttctcttcctcacccctttgtacatctt 296  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||| ||||||||| ||||    
T  48654168 ctaaccatattctttcacgactatttggtagccttatttcagatacccattttccccactttctcaatctcacacctttgtacttctt 48654255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University