View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4745-Insertion-2 (Length: 1026)

Name: NF4745-Insertion-2
Description: NF4745
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4745-Insertion-2
NF4745-Insertion-2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-987)||(36892362-36893330)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 800; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 800; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 987
Target Start/End: Complemental strand, 36893330 - 36892362
Alignment:
Q  8 actgccaccacattgattaacgctttatgttttcttttgttgtttactctgacaaaatagctgtggactatacttctaaccactcaattcttactttttc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36893330 actgccaccacattgattaacgctttatgttttcttttgttgtttactctgacaaaatagctgtggactatgcttctaaccactcaattcttactttttc 36893231  T
Q  108 atttcacttgagaatttgaaggccatgctgatgcaattctgtccagtatattttaatttgcattgtatttattgtcatgctatagttataacatgcacaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36893230 atttcacttgagaatttgaaggccatgctgatgcaattccgtccagtatattttaatttgcattgtatttattgtcatgctatagttataacatgcacaa 36893131  T
Q  208 ttatttgttctgtttctccagcttaagtgatcgaaagcttgtaggcagtggtgatgagatggtggttatgattgttcctgatcatcagatgttagaatat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36893130 ttatttgttctgtttctccagcttaagtgatcgaaagcttgtagacagtggtgatgagatggtggttatgattgttcctgatcatcagatgttagaatat 36893031  T
Q  308 gtcgagaaaattgcatccactctctctgatgatccagtaaatctctgagcactgttctatctttatcggaatcattttctgttagagattcttgcaatat 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  36893030 gtcgagaaaattgcatccactctctccgatgatccagtaaatctctgacctcggttctatctttaacggaatcattttctgttagagattcttgtgatat 36892931  T
Q  408 ctgaaatttaaacagccatgtgacaacttgatggaatttcctcatcatgatagaaatgtgaaaactttt--tatgtgtgattgattctattcactagatt 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36892930 ctgaaatttaaacagccatgtgacaacttgatggaatttcctcatcatgatagaaatgtgaaaactttttatatgtgtgattgattccattcactagatt 36892831  T
Q  506 ctaattcagtgacccacataagaatagagctnnnnnnncataaatgacaagggtttcagaactaatgatatttctcatatttgtcattcttgagagcaag 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36892830 ctaattcagtgacccacataagaatagagctaaaaaaacataaatgacaagggtttcagaactaatgatatttctcatatttgtcattcttgagagcaag 36892731  T
Q  606 atagactgcaagatattcactttgcatcaattttagaaatttccatgcattcttgtgttttaatatttataattttcatacaaactattcatatatttgc 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36892730 atagactgcaagatattcactttgcatcaattttagaaatttccatgcattcttgtgttttaatatttataattttcatacaaactattcatatatttgc 36892631  T
Q  706 agccaaggccccttatcatgtggaatccacgcctgtatagcaaagatgtcggggttgggatataatgtacggcagttaaggcaatactttttaagggtat 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36892630 agccaaggccccttatcatgtggaatccacgcctgtatagcaaagatgtcggggtt-ggatataatgtacggcagttaaggcaatactttttaa-ggtat 36892533  T
Q  806 gctttccaagctatttctttccaaaagaatttagatatgtttgggtttcaagttgcaaattcacgtttgggtaggtttaatagtttttcaactgttaacc 905  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36892532 gctttccaagctaattctttccaaaagaatttagatatgttt-ggtttcaagttgcaaattcacgtttgggtaggttt-atagtttttcaactgttaacc 36892435  T
Q  906 aaggtaacataatggtattcgtttaactttcctagaatttcagaacaatcatacattttgttttacgtctttttaagttata 987  Q
     |||| ||||||||||| |||||||   |||||| |||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  36892434 -aggt-acataatggta-tcgttta--cttccta-aatttcag-acaatcatacattt--gtttacgtctttttaagttata 36892362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University