View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4746-Insertion-8 (Length: 750)

Name: NF4746-Insertion-8
Description: NF4746
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4746-Insertion-8
NF4746-Insertion-8
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (8-746)||(14652062-14652798)
chr7 (8-388)||(14660853-14661233)
chr7 (13-381)||(14627008-14627376)
chr7 (8-377)||(14750266-14750635)
chr7 (22-377)||(14765362-14765716)
chr7 (8-377)||(14758188-14758557)
chr7 (406-728)||(14660244-14660570)
chr7 (397-482)||(14751270-14751354)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (8-746)||(17690954-17691691)
chr5 (8-385)||(17684028-17684405)
chr5 (392-746)||(17684668-17685021)
chr5 (15-381)||(17702119-17702485)
chr5 (22-377)||(17562883-17563237)
chr5 (8-377)||(17569978-17570347)
chr5 (342-381)||(15883415-15883454)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (23-381)||(15196460-15196818)
chr1 (23-381)||(15216878-15217236)
chr1 (9-96)||(15195795-15195882)
chr1 (9-96)||(15216213-15216300)
[»] scaffold1961 (1 HSPs)
scaffold1961 (23-315)||(158-447)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (44-353)||(24395804-24396113)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 651; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 651; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 14652798 - 14652062
Alignment:
Q  8 ccttgaatacaaactccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaac 107  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14652798 ccttaaatacaaactccaaaagcgtattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaac 14652699  T
Q  108 aggtgtctttttggtgctggggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtcgctaagaaatggtaacgacttataataatcattccgctttgtgttc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14652698 aggtgtctttttggtgctggggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtcgctaagaaatggtaacgacttataataatcattccactttgtgttc 14652599  T
Q  208 aattcttccataaaggaacttccttgagtggcttcaagagatctagctatctcttggagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttgt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14652598 aattcttccataaaggaacttccttgagtggcttcaagagatctagctatctcttggagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttgt 14652499  T
Q  308 caccaaaattgtgaagaaccatataataagcatgtctgaatccacaaaataaagacaataaaatattagaaacaataatattttaactcaagcttcatag 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14652498 caccaaaattgtgaagaaccatataataagcatgtctgaatccacaaaataaagacaataaaatattagaaacaataatattttaactcaagcttcatag 14652399  T
Q  408 attgatgcaaatctgttgaataaatatctatcttcgtacttgataaagcagccagattaaagtgtacaccagtcaatgaacatgaatatgtaattcaaac 507  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14652398 attgatgcaactctgttgaataaatatctatcttcctacttgataaagcagccagataaacatgtacaccagtcaatgaacatgaatatgtaattcaaac 14652299  T
Q  508 aatccttaaaagcaaaagagagaaggtagcttttagataaactatctgaatgaaacacatattcagcaagtgattatcatataagaccttatatttaatt 607  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14652298 aatccttaaaagcaaaagagaaaaggtagcttttagataaactatcttaatgaaacaattattcagcaagtgtttatcatataagaccttatatttaatt 14652199  T
Q  608 tacttctttaatcaaagagaaaaattagggtaaactctgcataatatgcaagcagcttatgagttatgacaaatttggaagaacttaccaaatgagctga 707  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14652198 tacttctttaatcaaagag-aaaattagggtaaactctgcataatatgaaagcaccttatgagttatgaaaaatttggaagaacttaccaaatgagctga 14652100  T
Q  708 agactattgacatatatatcattctatgaagcacaaaca 746  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14652099 aaactattgacatatatatca-tctatgaagcacaaaca 14652062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 8 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 14661233 - 14660853
Alignment:
Q  8 ccttgaatacaaactccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14661233 ccttgaatacaaactccaaaagcgtattcgacagtcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcagaccaagttcataaac 14661134  T
Q  108 aggtgtctttttggtgctggggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtcgctaagaaatggtaacgacttataataatcattccgctttgtgttc 207  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||  || |||||     
T  14661133 aggagtcttttttgtgcttgggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtccctaagaaatgctaacgacttattataatcattccatttcgtgtta 14661034  T
Q  208 aattcttccataaaggaacttccttgagtggcttcaagagatctagctatctcttggagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttgt 307  Q
    ||||||||||  || ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  14661033 aattcttccaggaacgaaattccttgagtgtcttcaagagatctagctatctctctgagatgagaagtcatggtggtaactagcccagagtatagcttct 14660934  T
Q  308 caccaaaattgtgaagaaccatataataagcatgtctgaatccacaaaataaagacaataaaatattagaaacaataatat 388  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  14660933 caccaaaattgtaaagaaccatataataagcatgtctgaatacacaaattaaagacaacaaaatattagaaataataatat 14660853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 13 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 14627376 - 14627008
Alignment:
Q  13 aatacaaactccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaacaggtg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14627376 aatacaaactccaaaagcgtattcgacaatcgattccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaacaggtt 14627277  T
Q  113 tctttttggtgctggggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtcgctaagaaatggtaacgacttataataatcattccgctttgtgttcaattc 212  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| || |  ||| | |||||||||||||||||  || ||||| |||||    
T  14627276 tgtttttggtgcttgggatataagtcctgtccatgtacatcagaatgtctctaataatttctaatgccttataataatcattccatttcgtgtttaattc 14627177  T
Q  213 ttccataaaggaacttccttgagtggcttcaagagatctagctatctcttggagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttgtcacca 312  Q
    ||| | |||||||||||||| || |||||||| |||| | |||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||  |||||||||||| ||||||    
T  14627176 ttcaagaaaggaacttccttcagaggcttcaacagatttggctatctctttgacatgagaagtcatggtagcaaccagcttagagtatagcttctcacca 14627077  T
Q  313 aaattgtgaagaaccatataataagcatgtctgaatccacaaaataaagacaataaaatattagaaaca 381  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14627076 aaattgtgaagaaccatataataagcatgtctgtatcaacaaaataaagacaataaaatattagaaaca 14627008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 8 - 377
Target Start/End: Original strand, 14750266 - 14750635
Alignment:
Q  8 ccttgaatacaaactccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  14750266 ccttgaatacaaactccaaaagcgtattcgacagtcgagtccttatctggtttgaataaataacattctctctccacaggttcagaccaagtttataaac 14750365  T
Q  108 aggtgtctttttggtgctg-gggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtcgctaagaaatggtaacgacttataataatcattccgctttgtgtt 206  Q
    | ||||||| ||| | ||| |||| ||||||| | |||   | | ||| |||||| ||||  | | |||| | || || || ||||||||  ||||||||    
T  14750366 atgtgtcttcttgat-ctgtgggaaataagtcatatccgcatgcatcaaaatgtctctaatcattcgtaatgcctcattatgatcattccattttgtgtt 14750464  T
Q  207 caattcttccataaaggaacttccttgagtggcttcaagagatctagctatctcttggagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttg 306  Q
     |||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||| |||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  14750465 taattcttcaagaaaggaacttccttcagtggctgcaacagatcttgccatctctttcagatgagaagtcatggtggcaaccagcccagagtatagctta 14750564  T
Q  307 tcaccaaaattgtgaagaaccatataataagcatgtctgaatccacaaaataaagacaataaaatattaga 377  Q
    |||||||| | |||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14750565 tcaccaaattggtgaagaatcatattgtaagcatttctgaatccacaaaataaagacaataaaatattaga 14750635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 22 - 377
Target Start/End: Original strand, 14765362 - 14765716
Alignment:
Q  22 tccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaacaggtgtctttttgg 121  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||     
T  14765362 tccaaaagcatattcaacagtcgagtccttatctggtttgaatgaagaacattttctctccacaggttcagaccaagttcataaacagttgtcttcttga 14765461  T
Q  122 tgctggggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtcgctaagaaatggtaacgacttataataatcattccgctttgtgttcaattcttccataaa 221  Q
    || |  ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||  | | |||| | |||||  | ||| | || | || |||| |||||| ||| |||    
T  14765462 tggtttggatataagtcctgtccatgtacatcagaatgtctctaatcatttgtaatgccttattgtgatcttcccacattctgtttaattctaccagaaa 14765561  T
Q  222 ggaacttccttgagtggcttcaagagatctagctatctcttggagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttgtcaccaaaattgtga 321  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| | |||||||| ||||||    
T  14765562 ggaacttccttgagtggcttcaacagatctagccatctcttggagatgagaagtcacggtggcaaccagcccagagtctagcctctcaccaaatttgtga 14765661  T
Q  322 agaaccatataataagcatgtctgaatccacaaaataaagacaataaaatattaga 377  Q
    ||||||||||  |||||||  || |||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  14765662 agaaccatattgtaagcattcctaaatcaacaaaataaagacaa-aaaatattaga 14765716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 8 - 377
Target Start/End: Original strand, 14758188 - 14758557
Alignment:
Q  8 ccttgaatacaaactccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaac 107  Q
    ||||| |||| || ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||     
T  14758188 ccttgcatactaattccaaaagcatattcgacagtcgagtcctgatctgttttgagtaaataacattctctgtccacaggttcaagccaagttcataaat 14758287  T
Q  108 aggtgtctttttggtgctg-gggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtcgctaagaaatggtaacgacttataataatcattccgctttgtgtt 206  Q
    | ||||||| ||||| ||| ||||||||| || | |||| |||| ||||||||||  |||  | | |||| | ||||| || ||||||||  ||| ||||    
T  14758288 atgtgtcttcttggt-ctgtgggatataattcttatccacgtacatcagaatgtcattaatcattcgtaatgccttattatgatcattccattttctgtt 14758386  T
Q  207 caattcttccataaaggaacttccttgagtggcttcaagagatctagctatctcttggagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttg 306  Q
     |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||     
T  14758387 taattcttccagaaaggaacttccttcagtggcttcaagagatctagctatctctttgagatgagaagttgtggttgcaaccagcccagagtatagcttc 14758486  T
Q  307 tcaccaaaattgtgaagaaccatataataagcatgtctgaatccacaaaataaagacaataaaatattaga 377  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||  |||||||  || ||| |||||| |||||||||||| ||||||||    
T  14758487 tcaccaaatttgtgaacaaccatattgtaagcattcctaaatgcacaaattaaagacaataatatattaga 14758557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 406 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 14660570 - 14660244
Alignment:
Q  406 agattgatgcaaatctgttgaataaatatctatcttcgtacttgataaagcagccagattaaagtgtacaccagtcaatgaacatgaatatgtaattcaa 505  Q
    |||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  14660570 agattgatccaattatgttgaataaatctctatcttcctacttgataaagcagccagataaacatgtacaccaatcaattaacatgaatatgtaattcaa 14660471  T
Q  506 acaatccttaaaagcaaaagagagaaggtagcttttagataaactatctgaatgaaacacatattcagcaagtgattatcatataaga--ccttatattt 603  Q
     ||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| |||||| || ||||||  |||||| | |||| |||||||||||||  |||||||| |    
T  14660470 ccaatccttaaaaggaaaagagaaaagggagcttttagataatctatcttaaggaaacaattattcaaccagtgtttatcatataagaccccttatatat 14660371  T
Q  604 aatttacttctttaatcaaagagaaaaattagggtaaactctgcataatatgcaagcagcttatgagttatgacaa------atttggaagaacttacca 697  Q
    |||   || ||||||| ||||||  |||| | ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||    
T  14660370 aat---ctactttaattaaagag-gaaatgaaggtaaactctgcataatctgaaagcagcttatgagttatgacaataagctatttggaagaacttacca 14660275  T
Q  698 aatgagctgaagactattgacatatatatca 728  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  14660274 aatgagctgaaaactgttgacatatatatca 14660244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 397 - 482
Target Start/End: Original strand, 14751270 - 14751354
Alignment:
Q  397 aagcttcatagattgatgcaaatctgttgaataaatatctatcttcgtacttgataaagcagccagattaaagtgtacaccagtca 482  Q
    ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||  | ||||||||  ||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  14751270 aagcttcatagattgatccaattatgttgaataaatctctatccgcctacttgat-tagcagccagatgaaaatatacaccagtca 14751354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 608; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 608; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 746
Target Start/End: Original strand, 17690954 - 17691691
Alignment:
Q  8 ccttgaatacaaactccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17690954 ccttgaatacaaactccaaaagcatattcgacaatcgattccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaac 17691053  T
Q  108 aggtgtctttttggtgctggggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtcgctaagaaatggtaacgacttataataatcattccgctttgtgttc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17691054 aggtgtctttttggtgctggggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtcgctaagaaatggtaacgacttataataatcattccactttgtgttc 17691153  T
Q  208 aattcttccataaaggaacttccttgagtggcttcaagagatctagctatctcttggagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttgt 307  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  17691154 aattcttccataaaggaacttacttgagtggcttcaagagatctagctatctcttggagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttct 17691253  T
Q  308 caccaaaattgtgaagaaccatataataagcatgtctgaatccacaaaataaagacaataaaatattagaaacaataatattttaactcaagcttcat-a 406  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  17691254 caccaaaattgtaaagaaccatataataagcatgtctgaatccacaaaataaagacaatgaaatattagaaacaataatattttaactcaagcttcataa 17691353  T
Q  407 gattgatgcaaatctgttgaataaatatctatcttcgtacttgataaagcagccagattaaagtgtacaccagtcaatgaacatgaatatgtaattcaaa 506  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17691354 gattgatgcaactctgttgaataaatatctatcttcctacttgataaagcagcaagataaacatgtacaccagtcaatgaacatgaatatgtaattcaaa 17691453  T
Q  507 caatccttaaaagcaaaagagagaaggtagcttttagataaactatctgaatgaaacacatattcagcaagtgattatcatataagaccttatatttaat 606  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17691454 caatccttaaaagcaaaagagaaaaggttgcttttagataaactatcttaatgaaacaattattcaaccagtgtttatcatataagaccttatatttaat 17691553  T
Q  607 ttacttctttaatcaaagagaaaaattagggtaaactctgcataatatgcaagcagcttatgagttatgacaaatttggaagaacttaccaaatgagctg 706  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17691554 ttacttctttaatcaaagag-aaaattagggtaaactctgcataatatgaaagcaccttatgagttatgaaaaatttggaagaacttaccaaatgagctg 17691652  T
Q  707 aagactattgacatatatatcattctatgaagcacaaaca 746  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17691653 aaaactattgacatatatatca-tctatgaagcacaaaca 17691691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 8 - 385
Target Start/End: Original strand, 17684028 - 17684405
Alignment:
Q  8 ccttgaatacaaactccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaac 107  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17684028 ccttaaatacaaactccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacaatttctctccacaggttcagaccaagttcataaac 17684127  T
Q  108 aggtgtctttttggtgctggggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtcgctaagaaatggtaacgacttataataatcattccgctttgtgttc 207  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||  || |||||     
T  17684128 aggagtcttttttgtgcttgggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtccctaagaaatgctaacgacttattataatcattccatttcgtgtta 17684227  T
Q  208 aattcttccataaaggaacttccttgagtggcttcaagagatctagctatctcttggagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttgt 307  Q
    ||||||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  17684228 aattcttccaggaacgaaattccttgagtggcttcaagagatctagctatctctctgagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttct 17684327  T
Q  308 caccaaaattgtgaagaaccatataataagcatgtctgaatccacaaaataaagacaataaaatattagaaacaataa 385  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17684328 caccaaaattgtaaagaaccatataataagcatgtctgaatccacaaagtaaagacaataaaacattagaaacaataa 17684405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 392 - 746
Target Start/End: Original strand, 17684668 - 17685021
Alignment:
Q  392 aactcaagcttcatagattgatgcaaatctgttgaataaatatctatcttcgtacttgataaagcagccagattaaagtgtaca-ccagtcaatgaacat 490  Q
    |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||||| |||||||||||||||    
T  17684668 aactgaagcttcatagattgatggaattctgttgaataaatctctatcttcctacttgataaagcagcaagataaacatgtacaaccagtcaatgaacat 17684767  T
Q  491 gaatatgtaattcaaacaatccttaaaagcaaaagagagaaggtagcttttagataaactatctgaatgaaacacatattcagcaagtgattatcatata 590  Q
    ||  ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |  |||||| | |||| ||||||||||    
T  17684768 gataatgtaattcaaccaatccttaaaaggaaaagagaaaagggagcttttagataaactatcttaatgaaataattattcaaccagtgtttatcatata 17684867  T
Q  591 agaccttatatttaatttacttctttaatcaaagagaaaaattagggtaaactctgcataatatgcaagcagcttatgagttatgacaaatttggaagaa 690  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17684868 agaccttatatttaatttacttctttaatcaaagag-aaaattagggtaaactctgcatgatatgaaagcagcttatgagttatgacaaatttggaagaa 17684966  T
Q  691 cttaccaaatgagctgaagactattgacatatatatcattctatgaagcacaaaca 746  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17684967 cttaccaaatgagctgaaaactattgacatatatatca-tctatgaagcacaaaca 17685021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 15 - 381
Target Start/End: Original strand, 17702119 - 17702485
Alignment:
Q  15 tacaaactccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaacaggtgtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  17702119 tacaaactccaaaagcgtattcgacagtcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaacaggtttg 17702218  T
Q  115 tttttggtgctggggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtcgctaagaaatggtaacgacttataataatcattccgctttgtgttcaattctt 214  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||  | |  ||| | |||||||||||||||||  || ||||| |||||||    
T  17702219 tttttggtgcttgggatataagtcctgtccatgtacatcagaatgtctctaatcatttctaatgccttataataatcattccatttcgtgtttaattctt 17702318  T
Q  215 ccataaaggaacttccttgagtggcttcaagagatctagctatctcttggagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttgtcaccaaa 314  Q
    | | |||||||||||||| || |||||||| |||| | |||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||  |||||||||||| ||||||||    
T  17702319 caagaaaggaacttccttcagaggcttcaacagatttggctatctctttgacatgagaagtcatggtagcaaccagcttagagtatagcttctcaccaaa 17702418  T
Q  315 attgtgaagaaccatataataagcatgtctgaatccacaaaataaagacaataaaatattagaaaca 381  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17702419 attgtgaagaaccatataataagcatgtctgtatccacaaaataaagacaatgaaatattagaaaca 17702485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 22 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 17563237 - 17562883
Alignment:
Q  22 tccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaacaggtgtctttttgg 121  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||     
T  17563237 tccaaaagcatattcaacagtcgagtccttatctggtttgaatgaagaacattttctctccacaggttcagaccaagttcataaacagttgtcttcttga 17563138  T
Q  122 tgctggggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtcgctaagaaatggtaacgacttataataatcattccgctttgtgttcaattcttccataaa 221  Q
    || |  ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||  | | |||| | |||||  | ||| | || | || |||| |||||| ||| |||    
T  17563137 tggtttggatataagtcctgtccatgtacatcagaatgtctctaatcatttgtaatgccttattgtgatcttcccacattctgtttaattctaccagaaa 17563038  T
Q  222 ggaacttccttgagtggcttcaagagatctagctatctcttggagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttgtcaccaaaattgtga 321  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||| ||||||    
T  17563037 ggaacttccttgagtggcttcaacagatctagccatctcttggagatgagaagtcatggtggcaaccagcccagagtatagcctctcgccaaatttgtga 17562938  T
Q  322 agaaccatataataagcatgtctgaatccacaaaataaagacaataaaatattaga 377  Q
    ||||||||||  |||||||  || |||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  17562937 agaaccatattgtaagcattcctaaatcaacaaaataaagacaa-aaaatattaga 17562883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 8 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 17570347 - 17569978
Alignment:
Q  8 ccttgaatacaaactccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaac 107  Q
    ||||| |||| || ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||     
T  17570347 ccttgcatactaattccaaaagcatattcgacagtcgagtcctgatctgttttgagtaaataacattctctgtccacaggttcaagccaagttcataaat 17570248  T
Q  108 aggtgtctttttggtgctg-gggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtcgctaagaaatggtaacgacttataataatcattccgctttgtgtt 206  Q
    | ||||||| ||||| ||| |||||||||||| | |||| |||| ||||||||||  |||  | | |||| | ||||| || ||||||||  ||| ||||    
T  17570247 atgtgtcttcttggt-ctgtgggatataagtcttatccacgtacatcagaatgtcattaatcattcgtaatgccttattatgatcattccattttctgtt 17570149  T
Q  207 caattcttccataaaggaacttccttgagtggcttcaagagatctagctatctcttggagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttg 306  Q
     |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||     
T  17570148 taattcttccagaaaggaacttccttcagtggcttcaagagatctagctatctctttgagatgagaagttgtggttgcaaccagcccagagtatagcttc 17570049  T
Q  307 tcaccaaaattgtgaagaaccatataataagcatgtctgaatccacaaaataaagacaataaaatattaga 377  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||  |||||||  || ||| |||||| |||||||||||| ||||||||    
T  17570048 tcaccaaatttgtgaacaaccatattgtaagcattcctaaatgcacaaattaaagacaataatatattaga 17569978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 342 - 381
Target Start/End: Original strand, 15883415 - 15883454
Alignment:
Q  342 tctgaatccacaaaataaagacaataaaatattagaaaca 381  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15883415 tctgaatccacaaaatagagacaataaaatattagaaaca 15883454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 131; Significance: 1e-67; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 23 - 381
Target Start/End: Original strand, 15196460 - 15196818
Alignment:
Q  23 ccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaacaggtgtctttttggt 122  Q
    |||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15196460 ccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggctcagaccaagttcataaacaggtgtcttgttggt 15196559  T
Q  123 gctggggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtcgctaagaaatggtaacgacttataataatcattccgctttgtgttcaattcttccataaag 222  Q
      | |||||||||||| | ||||||||| | | |||||| ||||    | |||| | |||    | ||||||||  ||| |||| ||||||| || ||||    
T  15196560 ctttgggatataagtcgtatccatgtacattaaaatgtctctaatctttcgtaatgccttgctgtgatcattccattttctgtttaattctttcagaaag 15196659  T
Q  223 gaacttccttgagtggcttcaagagatctagctatctcttggagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttgtcaccaaaattgtgaa 322  Q
    ||||||  | |||||||| ||| |||| |||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| || ||||||  |||||    
T  15196660 gaacttgttcgagtggctgcaacagatgtagccatctctttgagctgagaagtcatgatggcaaccagtccagagtatagcttctccccaaaaccgtgaa 15196759  T
Q  323 gaaccatataataagcatgtctgaatccacaaaataaagacaataaaatattagaaaca 381  Q
     || |||||   |||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  15196760 aaatcatattgcaagcatttctgaatccacaaaatatagacgataaaatattagaaaca 15196818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 23 - 381
Target Start/End: Original strand, 15216878 - 15217236
Alignment:
Q  23 ccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaacaggtgtctttttggt 122  Q
    |||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15216878 ccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggctcagaccaagttcataaacaggtgtcttgttggt 15216977  T
Q  123 gctggggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtcgctaagaaatggtaacgacttataataatcattccgctttgtgttcaattcttccataaag 222  Q
      | |||||||||||| | ||||||||| | | |||||| ||||    | |||| | |||    | ||||||||  ||| |||| ||||||| || ||||    
T  15216978 ctttgggatataagtcgtatccatgtacattaaaatgtctctaatctttcgtaatgccttgctgtgatcattccattttctgtttaattctttcagaaag 15217077  T
Q  223 gaacttccttgagtggcttcaagagatctagctatctcttggagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttgtcaccaaaattgtgaa 322  Q
    ||||||  | |||||||| ||| |||| |||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| || ||||||  |||||    
T  15217078 gaacttgttcgagtggctgcaacagatgtagccatctctttgagctgagaagtcatgatggcaaccagtccagagtatagcttctccccaaaaccgtgaa 15217177  T
Q  323 gaaccatataataagcatgtctgaatccacaaaataaagacaataaaatattagaaaca 381  Q
     || |||||   |||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  15217178 aaatcatattgcaagcatttctgaatccacaaaatatagacgataaaatattagaaaca 15217236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 9 - 96
Target Start/End: Original strand, 15195795 - 15195882
Alignment:
Q  9 cttgaatacaaactccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaacca 96  Q
    |||| |||| || ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  15195795 cttgcatactaattcccaaagcgtattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttcgctccacaggttcagacca 15195882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 9 - 96
Target Start/End: Original strand, 15216213 - 15216300
Alignment:
Q  9 cttgaatacaaactccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaacca 96  Q
    |||| |||| || ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  15216213 cttgcatactaattcccaaagcgtattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttcgctccacaggttcagacca 15216300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1961 (Bit Score: 87; Significance: 3e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold1961
Description:

Target: scaffold1961; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 23 - 315
Target Start/End: Original strand, 158 - 447
Alignment:
Q  23 ccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaacaggtgtctttttggt 122  Q
    |||||||| ||||| | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||    
T  158 ccaaaagcatattcaaaaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcagaccaagttcataaacaggtgtc---ttggt 254  T
Q  123 gctggggatataagtcctttccatgtacctcagaatgtcgctaagaaatggtaacgacttataataatcattccgctttgtgttcaattcttccataaag 222  Q
      | | | |||||||||| |||  || | | | |||||| ||||  | | |||| | |||    | ||||||||  ||| |||| ||||||| || ||||    
T  255 cattgagttataagtcctatccgcgtgcattataatgtctctaatcattcgtaatgcctttctgtgatcattccattttctgtttaattctttcagaaag 354  T
Q  223 gaacttccttgagtggcttcaagagatctagctatctcttggagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttgtcaccaaaa 315  Q
    ||||||| |||||||||| ||| |||| |||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||    
T  355 gaacttctttgagtggctgcaacagatgtagccatctctttgagctgagaagttatggtggcaaccagtccagagtatagcttctccccaaaa 447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 353
Target Start/End: Original strand, 24395804 - 24396113
Alignment:
Q  44 gagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaacaggtgtctttttggtgctggggatataagtcctttc 143  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||  || ||||||| |||||| |||||||||| ||| || ||  | || || ||    
T  24395804 gagtcctgatctggttggaataaatgacactttctctccacagattcagcccgagttcatgaacaggagtctttttggcgcttggaatgaatgttctgtc 24395903  T
Q  144 catgtacctcagaatgtcgctaagaaatggtaacgacttataataatcattccgctttgtgttcaattcttccataaaggaacttccttgagtggcttca 243  Q
    ||||||| |||| || || ||||  | | | || |  || | || ||||||||  ||  |||||| |||||||| ||| || | ||||||||  ||||||    
T  24395904 catgtacatcagtatatctctaatcatttgcaatgctttgttatgatcattccatttcctgttcagttcttccagaaaagaccctccttgagctgcttca 24396003  T
Q  244 agagatctagctatctcttggagatgagaagtcatggtggcaactagcccagagtatagcttgtcaccaaaattgtgaagaaccatataataagcatgtc 343  Q
    | |||| ||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||||| |  || ||||| | | | |||||||| |||||||| |||||||  || |||| ||    
T  24396004 atagatttagctatttctttgagatgtgcagtcatggtcgcaaccaatcctgagtacaacctatcaccaaatttgtgaagcaccatattgtatgcatttc 24396103  T
Q  344 tgaatccaca 353  Q
    ||||||||||    
T  24396104 tgaatccaca 24396113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University