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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4748-Insertion-1 (Length: 1077)
Name: NF4748-Insertion-1
Description: NF4748
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4748-Insertion-1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 873; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 873; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 972
Target Start/End: Original strand, 40442644 - 40443613
Alignment:
| Q |
8 |
aatattcacttgtacttttatccttgtggtatttatatgatttctatgcaaaatagttattgagatattttaatatcaaagtgtggttatgtgcaaaatg |
107 |
Q |
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| T |
40442644 |
aatattcacttgtacttttatccttgtggtatttatatgatttctatgcaaaatagttattgagatattttaatatcaaagtgtggttatgtgcataatg |
40442743 |
T |
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| Q |
108 |
atgcaagctttggcggagaaactccattgccacttcaacagatgctgcaagattatgatgaatgggatcttggcaggagggagaatcttgtgatgtttag |
207 |
Q |
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| T |
40442744 |
atgcaagctttggcggagaaactccattgccacttcaacagatgctgcaagattatgatgaatgggatcttggcaggagggagaatcttgtgatgtttag |
40442843 |
T |
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| Q |
208 |
gaaagagagggaaaatgaatagtgagaagtttgtttatagaaagtttgtgttaagactcttcatgtaaaatcactgtatgcatgtaaaatctctgaatac |
307 |
Q |
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| T |
40442844 |
gaaagagagggaaaatgaatagtgagaagtttgtttatagaaagtttgtgttaagactctccatgtaaaatcactgtatgcatgtaaaatctctgaatac |
40442943 |
T |
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| Q |
308 |
attttattaagtcttggttggattgataaatcatgagtaggaatgcaaaatcatattcaatgatacaagagcaaacaatccattttct---actgtgatt |
404 |
Q |
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| T |
40442944 |
attttattaagtcttggttggactgataaatcatgagtaggaatgcaaaatcatattcaatgatacaagagcaaacaatccattttcttctactgtgata |
40443043 |
T |
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| Q |
405 |
tttaatgttttaacggttgattggg----tgggaccaaagtgttttaactttgatataaattaatttgttagatacgaaagtcttaatatcaggttataa |
500 |
Q |
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| T |
40443044 |
tttaatgttttaacggttgattgggtgggtgggaccaaagtgttttaactttgatataaattaatttgttggatacgaaagtcttaatatcaggttataa |
40443143 |
T |
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| Q |
501 |
caaatggattataaatggttgtagtacagtacatcgaaaaacaatgttacatgcacacttcttacaattatctagcatgatgttttgagaactcacatat |
600 |
Q |
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| T |
40443144 |
caaatggattataaatggttgtagtacagtacatcgaaaaacaatgttacatgcacacttcttacaattatctagcatgatgttttgagaactcacatat |
40443243 |
T |
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| Q |
601 |
tcatggagtctattgaattgttcttccaatcccatgatttcccactcccagttcgactgttcccatttgcgacggtgagggggaaatatggaatggaatg |
700 |
Q |
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| T |
40443244 |
tcatggagtctattgaattgttcttccaatcccatgatttcccactcccagttcgactgttcccatttgcgacggtgagggggaaatatggaatggaatg |
40443343 |
T |
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| Q |
701 |
gaatgtgagtggtctacatcaagtttgttgtgccttagtagggaaaagttgtgcatggtatattgtcacattagagattaccatttatttgaatcaaaaa |
800 |
Q |
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| T |
40443344 |
gaatgtgagtggtctacatcaaatttgttgtgccttagtagggaaaagttgtgcatggtatattgtcacattagaaattaccatttatttgaatcaaaaa |
40443443 |
T |
|
| Q |
801 |
tgcaaaatttgcaacacacaattatctagcacgtcaccattttaattatctagcgtaaacactataaaacacgttaaaaatttcggattttataatccta |
900 |
Q |
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| T |
40443444 |
tgcaaaatttgcaacacacaattatctagcatgtcacca-tttaattatctagcgtaaacactataaaacacgttcaaaattttggattttataatccta |
40443542 |
T |
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| Q |
901 |
ataggatgccacgagaaagaatagggtggaaaataacaatgttttattatatatactttggagttggttagc |
972 |
Q |
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| T |
40443543 |
ataggat-acatgagaaagaatagggtggaaaataacaatgttttattatatatactttggaattggttagc |
40443613 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000002; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 331 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 29444730 - 29444681
Alignment:
| Q |
331 |
tgataaatcatgagtaggaatgcaaaatcatattcaatgatacaagagca |
380 |
Q |
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| T |
29444730 |
tgataaatcatgattaggaatgcaaaaacatatgtaatgatacaagagca |
29444681 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 20 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 29445062 - 29444964
Alignment:
| Q |
20 |
tacttttatccttgtggtatttatatgatttctatgcaaaatagttattgagatattttaatatcaaagtgtggttatgtgcaaaatgatgcaagctttg |
119 |
Q |
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| T |
29445062 |
tacttttatccttgtggta-ttatatga-ttcaatgcaaaatatcttttgagatactataatatagaagtgttgctatgtgcagaatgctacaagctttg |
29444965 |
T |
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