View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4748-Insertion-4 (Length: 948)

Name: NF4748-Insertion-4
Description: NF4748
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4748-Insertion-4
NF4748-Insertion-4
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (8-948)||(41128688-41129624)
chr5 (450-553)||(42971836-42971939)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 840; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 840; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 948
Target Start/End: Original strand, 41128688 - 41129624
Alignment:
Q  8 gttctaacaaaaacattatctcatggatgtggtgaaagttttgcaaaatgaactcaatataactcatcaccggcagcaacaccatcaaattcaagttgtg 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  41128688 gttctaacaaaaacattatatcatggatgtggtgaaagttttgcaaaatgaactcaatataactcatcaccgacagcaacgccatcaaattcaagttgtg 41128787  T
Q  108 aagagactgttgtatcagaagtggtatcgtcaacactcaagttggataaatcaccattaagggatgaataactttcatcttcaccgcaaacagaaggggc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41128788 aagagactgttgtatcagaagtggtatcgtcaacactcaagttggataaatcaccattaagggatgaataactttcatcttcaccgcaaacggaaggggc 41128887  T
Q  208 aggggaagcttcgggtgtgttggtagtgagagtgctagcaggtgaaggaaatgaatcttcgtcttcggtctgttgttggagactccaatacattatactg 307  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41128888 aggggaagcttcaggtgtgttggtagtgagagtgctagcaggtgaaggaaatgaatcttcgtcttcggtctgttgttggagactccaatacattatactg 41128987  T
Q  308 gctgcaagagtcagaatcatcttctgattaacctgtcataaagttcaacaaaaaattaacacagcagcgataatgttatgctagattatgtgtataaagt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41128988 gctgcaagagtcagaatcatcttctgattaacctgtcataa-gttcaacaaaaaattaacacagcagcgataatgttatgctagattatgtgtataaagt 41129086  T
Q  408 tgtgtgcgaaatatgaatgaatctcactgatggtggaaactatacctccataatatcctcaggtaacaaatatatggaacaaccaagctttcgtgcgaca 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41129087 tgtgtgcgaaatatgaatgaatctcactgatggtggaaactatacctccataatatcctcaggtaacagatatatggaacaaccaagctttcgtgcgaca 41129186  T
Q  508 ctgattatgtaagtggcattcaacttcttctcatcatctataatttcaacaactttattaatccgtcgatttagtgcatgaactaaagaaatatatctaa 607  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41129187 ctgattatgtaagtggcgttcaacttcttctcatcatctataatttcaacaactttattaatccgtcgatttagtgcatgaactaaagaaatatatctaa 41129286  T
Q  608 aaattagccaaactcaatggtaactattggatttgcaaggaatcataccactttgaccctttgtcactaggttccagttgacaaccctttggctctactg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41129287 aaattagccaaactcaatggtaactattggatttgcaaggaatcataccactttgaccctttgtcactaggttccagttgacaaccc-ttggctctactg 41129385  T
Q  708 cactgagaagctccaggaagaagagtccacttgacaagctcttatcctgtgcacaaaattgcatccaaaatagtgtaactaataaatcattgttttagtc 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41129386 cactgagaagctccaggaagaagagtccacttgacaagctcttatcctgtacacaaaattgcatccaaaatagtgtaactaataaatcattgttttagtc 41129485  T
Q  808 tactgttatcggtgcctttaacgggaaataaaccatannnnnnncaaaaaaccttgaaactctgaatgcgaggcgttcttccaatgctattcacttttct 907  Q
    |||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||       | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41129486 tactgttatc-gtgcatttaacaggaaataaaccatatttttttc-aaaaaccttgaaactctgaatgcgagacgttcttccaatgctattcacttttct 41129583  T
Q  908 gtttgcccattaaagaatatcagcatcacttatctcctttc 948  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41129584 gtttgcccatttaagaatatcagcatcacttatctcctttc 41129624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 450 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 42971939 - 42971836
Alignment:
Q  450 tacctccataatatcctcaggtaacaaatatatggaacaaccaagctttcgtgcgacactgattatgtaagtggcattcaacttcttctcatcatctata 549  Q
    |||||| || || |||||||||||||   | |||||||| ||||| ||||  || ||||||||||| || || | |||||||||||| ||||||||| ||    
T  42971939 tacctcgattatgtcctcaggtaacaggaaaatggaacatccaagttttctggcaacactgattatatatgttgaattcaacttcttgtcatcatctgta 42971840  T
Q  550 attt 553  Q
    ||||    
T  42971839 attt 42971836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University