View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4750-Insertion-13 (Length: 434)

Name: NF4750-Insertion-13
Description: NF4750
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4750-Insertion-13
NF4750-Insertion-13
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (8-433)||(11106181-11106606)
chr8 (8-433)||(11119331-11119757)
chr8 (8-433)||(11592403-11592829)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 11106606 - 11106181
Alignment:
Q  8 aatgtttggtgttttgcatttgaatgtattgctaagatatattaactctctaattattgagaaaaatggtgtgattccacttcctccactcaccatcaca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11106606 aatgtttggtgttttgcatttgaatgtattgctaagatatattaactctctaattattgagaaaaatggtgtgattccacttcctccactcaccatcaca 11106507  T
Q  108 agtgtgtcatgcctgatacaagacaagcagaaaatactatgtgaaaaatcaatgaaattatttctaacaaagcaaaagacattgttatatctatacttca 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11106506 agtgtgtcatgcctgatacaagacaaacagaaaatactgtgtgaaaaatcaatgaaattatttctaacaaagcaaaagacattgttatatctatacttca 11106407  T
Q  208 aattggttttaatttattaagatgtagagaccttagataattggttgaagcaggtccataaggaccttcaacagatattccaaggcgacctataggcgaa 307  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11106406 aattggttttaattttttaagatgtagagaccttagataattggtagaagcaggtccataaggaccttcaacagatattccaaggcgaccgataggcgaa 11106307  T
Q  308 ggatttgaaagcaactggcagagcttcggtgtccaagctcctccgcatttaatgagaacacttagcttttccggctccaatttactattagaagtaacgg 407  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11106306 ggatttgaaagcaactggtagagcttctgtgtccaagctcctccacatttaatgacaacacttagcttttccggctccaatttactattagaagtaacgg 11106207  T
Q  408 tacatggatgccattgtaactttgat 433  Q
    || ||||||||||||| |||||||||    
T  11106206 taaatggatgccattgcaactttgat 11106181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 8 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 11119757 - 11119331
Alignment:
Q  8 aatgtttggtgttttgcatttgaatgtattgctaagatatattaactctctaattattgagaaaaatggtgtgattccacttcctccactcaccatcaca 107  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11119757 aatgtttggtgtcttgcatttgaatgtagtgctaagatatattagctctctaatgatagagataaatggtgtgatgccacttcctccactcaccatcaca 11119658  T
Q  108 agtgtgtcatgcctgatacaaga-caagcagaaaatactatgtgaaaaatcaatgaaattatttctaacaaagcaaaagacattgttatatctatacttc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  11119657 agtgtgtcatgcctgatacaagaacaaacataagttactatgtgaaaaatcaataaaattatttctaacaaagcaaaagacaatcttatatctatacttc 11119558  T
Q  207 aaattggttttaatttattaagatgtagagaccttagataattggttgaagcaggtccataaggaccttcaacagatattccaaggcgacctataggcga 306  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  11119557 aaaatggttttaattttttaagatgtagagaccttagataattggttgaagcaggtccataaggaccttcaacagatattccaaggcgatcgataggcga 11119458  T
Q  307 aggatttgaaagcaactggcagagcttcggtgtccaagctcctccgcatttaatgagaacacttagcttttccggctccaatttactattagaagtaacg 406  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||   |||||||| |||| | | |||||||| ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| |    
T  11119457 aggatttgaaagcaactggtagagcttttttgtccaagttccttcacttttaatgacaacacttagcttttcagattccaatttactattagaagtaatg 11119358  T
Q  407 gtacatggatgccattgtaactttgat 433  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  11119357 gtaaatggatgccattgcaactttgat 11119331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 8 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 11592829 - 11592403
Alignment:
Q  8 aatgtttggtgttttgcatttgaatgtattgctaagatatattaactctctaattattgagaaaaatggtgtgattccacttcctccactcaccatcaca 107  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11592829 aatgtttggtgtcttgcatttgaatgtagtgctaagatatattagctctctaatgatagagataaatggtgtgatgccacttcctccactcaccatcaca 11592730  T
Q  108 agtgtgtcatgcctgatacaaga-caagcagaaaatactatgtgaaaaatcaatgaaattatttctaacaaagcaaaagacattgttatatctatacttc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||  |  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||    
T  11592729 agtgtgtcatgcctgatacaagaacaaacaacagttactatgtgaaacatcaatgaaattatttctaacaaagcataagacaatcttatatatatacttc 11592630  T
Q  207 aaattggttttaatttattaagatgtagagaccttagataattggttgaagcaggtccataaggaccttcaacagatattccaaggcgacctataggcga 306  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  11592629 aaattggttttaattttttaagatgtagagaccttagataattggttgaagcaggtccataaggaccttcaacagatattccaaggcgaccgataggcaa 11592530  T
Q  307 aggatttgaaagcaactggcagagcttcggtgtccaagctcctccgcatttaatgagaacacttagcttttccggctccaatttactattagaagtaacg 406  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||| |||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||||     
T  11592529 aggatttgaaagcaactggtagagcttctgtgtccaatttcctccacatttaatgacaacacttggcttttctggttccaatttactgttagaagtaaca 11592430  T
Q  407 gtacatggatgccattgtaactttgat 433  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  11592429 gtaaatggatgccattgcaactttgat 11592403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University