View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4751-Insertion-1 (Length: 772)

Name: NF4751-Insertion-1
Description: NF4751
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4751-Insertion-1
NF4751-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-772)||(45066850-45067613)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 724; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 724; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 45067613 - 45066850
Alignment:
Q  8 ctgcagtgcaggcctacttgttgggagcagaggtaccattttgttaaattgtaagaaacatataaatttgatgatgagaaaaagaatgattttgaagttg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45067613 ctgcagtgcaggcctacttgttgggagcagaggtaccattttgttaaattgtaagaaacatataaatttgatgatgagaaaaagaatgattttgaagttg 45067514  T
Q  108 atttgcctataagtctattcattttttcacacannnnnnnacttgtttcttaagcactacccttgttggcataggttggatttgactcattattctttgc 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45067513 atttgcctataagtctattcattttttcacacatttttttacttgtttcttaagcactacccttgttggcataggttggatttgactcattattctttgc 45067414  T
Q  208 acggattgattaccaagatagagctaagagaaaagatgaaaaaagtcttgaagttgtgtggcagggctctaagagctttggttcatctgcacaggtgatt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45067413 acggattgattaccaagatagagctaagagaaaagatgaaaaaagtcttgaagttgtgtggcagggctctaagagctttggttcatctgcacaggtgatt 45067314  T
Q  308 gattcaaagtggtttgtgtttatgatgatgatgcatataaaataattgcattttcttttatcgtggcttctgtttgtttcatttcctcatcctagtatcc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45067313 gattcaaagtggtttgtgtttatgatgatgatgcatataaaataattgcattttcttttatcgtggcttctgtttgtttcatttcctcatcctagtatcc 45067214  T
Q  408 taacaagtccttaaaattgtccattgattgatatagatattttctggtgcgttccctgagaattatgaacctcccggtaatttctactacgaagtaaatg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45067213 taacaagtccttaaaattgtccattgattgatatagatattttctggtgcgttccctgagaattatgaacctcccggtaatttctactacgaagtaaatg 45067114  T
Q  508 acgattctgaggattctccaattgttcaggtaaaatctgagtcaaatatttccgtaagggcatatttgctaagctattgattgacaatatttgttaatta 607  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  45067113 acgattctgaggattctccaactgttcaggtaaaatctgagtcaaatatttccgtaa-ggcatatttgctaagctattgattgacaatatttgttaagta 45067015  T
Q  608 aacttgagcattttttaacttgtaggatgatatcaatttgttcgactacaatgtccctcaacgagtaaatgagtttgtcgcagctgcaatgtcccaggta 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45067014 aacttgagcattttttaacttgtaggatgatatcaatttgtttgactacaatgtccctcaacgagtaaatgagtttgtcgcagctgcaatgtcccaggta 45066915  T
Q  708 tgcaatatcataagtaaatgcggggttggttcttcaatataatgtaattctctatgtttaaaaca 772  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45066914 tgcaatatcataagtaaatgcggggttggttcttcaatataatgtaattctctatgtttaaaaca 45066850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University