View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4752-Insertion-1 (Length: 1054)

Name: NF4752-Insertion-1
Description: NF4752
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4752-Insertion-1
NF4752-Insertion-1
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (10-866)||(26408540-26409396)
chr3 (18-721)||(27697696-27698399)
chr3 (23-721)||(27713719-27714417)
chr3 (111-715)||(27746635-27747248)
chr3 (508-718)||(27727441-27727649)
chr3 (313-372)||(27727255-27727314)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 609; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 609; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 866
Target Start/End: Complemental strand, 26409396 - 26408540
Alignment:
Q  10 tccacagcttgaatctctcttcaatgatcgaatcgtgatacttgttcattattttcattgcattttttattttgcccttgtgaccatctaagtcaagcag 109  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26409396 tccactgcttgattctctcttcaatgatagaatcgtgatacttgttcattattttcattgcgttttttattttgcccttgtgaccatctaagtcaagcag 26409297  T
Q  110 cctcaagcatggcatataatcagatgcagagaaagcatgaagatacttaagcaatgtgaacgtagcatcaacatgctcaatttcctcaataccaggccct 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26409296 cctcaagcatggcatataatcagatgcagagaaagcataaatatacttgagcaatgtaaaagcagcatcaacatgctcaatttcctcaagaccaggccct 26409197  T
Q  210 ccatccttcataccctttccaaagtaccttgtattaaaaaacagtttcctatatacattactacaataatgttgtgaaacaattctaacattcactggat 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||  |||    
T  26409196 ccatccttcataccctttccaaagtaccttgtattaaaatacattttcctatacacattaccgcaataatgttgtgaagcaagtctaacactcacaagat 26409097  T
Q  310 caccattgttgaatttgttgtatacataaaacataagattatcggcttcttcgttccttttgtcatgaagccattgatgtctttgtggagacatcaaatc 409  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||    
T  26409096 caccattgttgcatttgttgtatacataaaagataagattatcggcttcttcgttccttttgtcttgaagccatcgatatctttgtggagacaacaaatc 26408997  T
Q  410 attaacaatgatattcttcatctttttccattgttcgccaaagggtgcaatagcggaggtcaagtagccattggagattatatcactggccatggttctt 509  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  26408996 gttaacaatgattttcttcatctttttccattgttcgccaaagggtgcaatagcagaggtcaagtagccactggagattataccactggccatggttgtt 26408897  T
Q  510 ggtcttgatgcaaaatcagcatcatgtttcctcaagaattctcgagcaatggtaggacatgtaataggaataatacggacatttcctaggcggatacatg 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  26408896 ggtcttgatgcaaaatcagcatcatgttttctcaagatttcacgagcaatggtaggacatgttaccggaataatatggacatttcctagacggatacatg 26408797  T
Q  610 ctatttcggtgttcaaatcttccatcattttgaaaatccacataggtgcaggtttgtttgcaatcatttcaggaagaataccgactataggccatggttt 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  26408796 ctatttcggtgttcaaatcttccatcactttgaatatccacataggtgcaggattatttgcaatcatttcaggaagattaccaactataggccatggttt 26408697  T
Q  710 gggacctgggggtaattttgacattttggacttcacactcatcaagtgatgtcttagggttttgataagcataaagccccaagttgcaataatgaatgaa 809  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  | |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  26408696 gggacctgggggtaattttgctattttggacttcacactcatcaagtgatatcttagggttttaataataaaaaagccacaagttgcaataaggaatgaa 26408597  T
Q  810 atccaaagggacttaaaatatgaccagaaaaaggaaaaggtactgtaatccatagct 866  Q
    ||||||||||  | ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  26408596 atccaaaggggatgaaaatatgaccggaaaaaggcaaaggcactgtaatccatagct 26408540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 18 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 27698399 - 27697696
Alignment:
Q  18 ttgaatctctcttcaatgatcgaatcgtgatacttgttcattattttcattgcattttttattttgcccttgtgaccatctaagtcaagcagcctcaagc 117  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||| ||||| ||||| |||||  || ||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| | ||||||||    
T  27698399 ttgattctctcttcaatgagggaatcatgataattgttgattatcctctttgcattttttaccttgcccttatggccatctaagtcaagtaacctcaagc 27698300  T
Q  118 atggcatataatcagatgcagagaaagcatgaagatacttaagcaatgtgaacgtagcatcaacatgctcaatttcctcaataccaggccctccatcctt 217  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||  || | | ||||||| |  ||| | |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  27698299 atgggatataatcagatgcagagaaagcaaaaacacagttaagcattacgaaagcagcatcaacatgttcaacttcctcaagaccaggccctccatcctt 27698200  T
Q  218 cataccctttccaaagtaccttgtattaaaaaacagtttcctatatacattactacaataatgttgtgaaacaattctaacattcactggatcaccattg 317  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| | | |||| || ||||||||  |  ||||||||    
T  27698199 cataccttttccaaagtaccttgtgttaaaaaacaatttcctatacacattaccacaataatgttgagtagcaatccttacattcaccaggccaccattg 27698100  T
Q  318 ttgaatttgttgtatacataaaacataagattatcggcttcttcgttccttttgtcatgaagccattgatgtctttgtggagacatcaaatcattaacaa 417  Q
    ||| |||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||| ||| | |||||| |||||||    
T  27698099 ttgcatttgttgtacacgtaaaacataagattgtcggcttcttcgttccttttatcttgaagccattgatgccttcgtgaagagaacaaatctttaacaa 27698000  T
Q  418 tgatattcttcatctttttccattgttcgccaaagggtgcaatagcggaggtcaagtagccattggagattatatcactggccatggttcttggtcttga 517  Q
      |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |   ||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  27697999 gaactttcttcatctttttccattgttcgccatagggtacaagaattgaggtcacgtagccattggaaatgatatcactagccatggttattggtcttga 27697900  T
Q  518 tgcaaaatcagcatcatgtttcctcaagaattctcgagcaatggtaggacatgtaataggaataatacggacatttcctaggcggatacatgctatttcg 617  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||| |||| ||| |||| |  |||||||||||| || ||||||||||||||     
T  27697899 tgcaaaatcagcatcatgttttctcaagaattcgcgggcaatggaaggacaagtaacagggataacattgacatttcctagacgaatacatgctatttca 27697800  T
Q  618 gtgttcaaatcttccatcattttgaaaatccacataggtgcaggtttgtttgcaatcatttcaggaagaataccgactataggccatggtttgggacctg 717  Q
    |||||||| ||||||||  | |||   |||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27697799 gtgttcaattcttccattttcttgtgtatccaactagttgcaggtttgtttgcaagcatttcaggaagattaccaactataggccatggtttgggacctg 27697700  T
Q  718 gggg 721  Q
    ||||    
T  27697699 gggg 27697696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 23 - 721
Target Start/End: Original strand, 27713719 - 27714417
Alignment:
Q  23 tctctcttcaatgatcgaatcgtgatacttgttcattattttcattgcattttttattttgcccttgtgaccatctaagtcaagcagcctcaagcatggc 122  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||| |||||| |||||  ||||||||||||| |  ||||| || || |||||||||||||| |||||||| |||||     
T  27713719 tctctcttcaatgagggaatcatgatgcttgttgattataatcattgcatttttcaccttgcctttatggccatctaagtcaagtagcctcaaccatggt 27713818  T
Q  123 atataatcagatgcagagaaagcatgaagatacttaagcaatgtgaacgtagcatcaacatgctcaatttcctcaataccaggccctccatccttcatac 222  Q
    | ||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||    
T  27713819 agataatcagatgcagagaaagcataaacatggttaagcaatgtgaaaacagcatcaacatgttcaatttcctcaagacctggccctccatcctccatac 27713918  T
Q  223 cctttccaaagtaccttgtattaaaaaacagtttcctatatacattactacaataatgttgtgaaacaattctaacattcactggatcaccattgttgaa 322  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||||   |||| |||||||||||  |  ||||||||||| |    
T  27713919 cttttccaaagtaccttgtattaaaaaacagtttcctaaacacattaccacaaaaatgttgtgttgcaatcctaacattcacaaggccaccattgttgca 27714018  T
Q  323 tttgttgtatacataaaacataagattatcggcttcttcgttccttttgtcatgaagccattgatgtctttgtggagacatcaaatcattaacaatgata 422  Q
    |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||  ||||||| | |||||  ||| ||| ||      
T  27714019 tttgttatacacataaaatataagattatcggcttcttcgttccttttgtgttgaagccattgatgcctgcgtggagagagcaaattgttagcaacgacg 27714118  T
Q  423 ttcttcatctttttccattgttcgccaaagggtgcaatagcggaggtcaagtagccattggagattatatcactggccatggttcttggtcttgatgcaa 522  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  27714119 ttcttcatctttttccactgttcgccaaagggtacaaaaactgaggtcaagtatccattggagatgatatcactggccatgcttactggtcttgatgcaa 27714218  T
Q  523 aatcagcatcatgtttcctcaagaattctcgagcaatggtaggacatgtaataggaataatacggacatttcctaggcggatacatgctatttcggtgtt 622  Q
    |||||   |||||||| |||||||||||  | ||||| || ||| | ||||  || |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27714219 aatcaatgtcatgttttctcaagaattcatgggcaattgtgggataagtaacggggataacatggacatttcctaggcggatacatgctatttctgtgtt 27714318  T
Q  623 caaatcttccatcattttgaaaatccacataggtgcaggtttgtttgcaatcatttcaggaagaataccgactataggccatggtttgggacctggggg 721  Q
        |||||||| ||||||   |||||| ||| || ||| |||||||||| ||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27714319 tttttcttccattattttgtgtatccacctagttgtaggcttgtttgcaagcatttcaggaagattgccaactataggccatggtttgggacctggggg 27714417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 111 - 715
Target Start/End: Original strand, 27746635 - 27747248
Alignment:
Q  111 ctcaagcatggcatataatcagatgcagagaaagcatgaagatacttaagcaatgtgaacgtagcatcaacatgctcaatttcctcaataccaggccctc 210  Q
    |||||| ||||||||||||||||  || | || |||  || |||  |||||||||||||  ||||||| ||||| |||| |||||| | |||||| ||||    
T  27746635 ctcaagaatggcatataatcagaaacacaaaatgcaaaaacatatctaagcaatgtgaaaatagcatctacatgttcaacttcctccaaaccaggacctc 27746734  T
Q  211 catccttcataccctttccaaagtaccttgtattaaaaaacagtttcctatatacattactacaataatgttgtgaaacaattctaacattcactggatc 310  Q
    |||| ||  | || | ||||||||||||||||||||||| || ||||||    | ||||| |||||||||   || |||||| |||||||||||  || |    
T  27746735 catcattacttccttctccaaagtaccttgtattaaaaaccaatttcctcatcaaattacaacaataatgccttgtaacaatcctaacattcacaagacc 27746834  T
Q  311 ac---------cattgttgaatttgttgtatacataaaacataagattatcggcttcttcgttccttttgtcatgaagccattgatgtctttgtggagac 401  Q
    |          |||| ||| |||||||||| ||||||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||| |   ||||||||||| || || || ||     
T  27746835 attatcattcgcatttttgcatttgttgtagacataaaacattatgttatcagcttcttcattccttttgttagtgagccattgatgcctgtgaggggag 27746934  T
Q  402 atcaaatcattaacaatgatattcttcatctttttccattgttcgccaaagggtgcaatagcggaggtcaagtagccattggagattatatcactggcca 501  Q
    | ||| ||||| ||||  || |||||||| || ||||||||||| ||||| |||| ||  ||||  |||||| | || |||  ||| |||||| ||| ||    
T  27746935 aacaattcattgacaaatattttcttcattttcttccattgttctccaaaaggtgtaacggcggttgtcaagaaacctttgctgatgatatcagtggaca 27747034  T
Q  502 tggttcttggtcttgatgcaaaatcagcatcatgtttcctcaagaattctcgagcaatggtaggacatgtaataggaataatacggacatttcctaggcg 601  Q
    ||| | |||||||||||||||||  ||||||||  || |||||||||||  | |||||||| ||||| |||| |||||||| | ||||||||||||||||    
T  27747035 tggatattggtcttgatgcaaaagtagcatcattctttctcaagaattcaagggcaatggtgggacaggtaacaggaataacatggacatttcctaggcg 27747134  T
Q  602 gatacatgctatttcggtgttcaaatcttccatcattttgaaaatccacataggtgcaggtttgtttgcaatcatttcaggaagaataccgactataggc 701  Q
    |||||| |||| ||| |||||||| |||||||| || |||   |||||| |||  |||||||| ||||||| ||||||||||| | |||| || ||||||    
T  27747135 gatacacgctacttcagtgttcaattcttccattatcttgtgtatccacctagtagcaggtttatttgcaagcatttcaggaatattaccaacgataggc 27747234  T
Q  702 catggtttgggacc 715  Q
    ||||||||||||||    
T  27747235 catggtttgggacc 27747248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 508 - 718
Target Start/End: Original strand, 27727441 - 27727649
Alignment:
Q  508 ttggtcttgatgcaaaatcagcatcatgtttcctcaagaattctcgagcaatggtaggacatgtaataggaataatacggacatttcctaggcggataca 607  Q
    ||||| |||||||||||  ||||||||  || |||||||||||  | |||||||| ||||| |||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  27727441 ttggttttgatgcaaaagtagcatcattctttctcaagaattcaagggcaatggtgggacaggtaacaggaataacatggacatttcctaggcggataca 27727540  T
Q  608 tgctatttcggtgttcaaatcttccatcattttgaaaatccacataggtgcaggtttgtttgcaatcatttcaggaagaataccgactataggccatggt 707  Q
     ||||||||||||||||  |||||||||||||||   |||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||   |||| | |||||||||||||    
T  27727541 cgctatttcggtgttcatttcttccatcattttg--tatccacctagttgcaggtttgtttgcaagcatttcaggaatgttaccaagtataggccatggt 27727638  T
Q  708 ttgggacctgg 718  Q
    |||||||||||    
T  27727639 ttgggacctgg 27727649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 313 - 372
Target Start/End: Original strand, 27727255 - 27727314
Alignment:
Q  313 cattgttgaatttgttgtatacataaaacataagattatcggcttcttcgttccttttgt 372  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||    
T  27727255 catttttgcatttgttgtagacataaaacattatattatcagcttcttcattccttttgt 27727314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University