View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4752-Insertion-7 (Length: 565)

Name: NF4752-Insertion-7
Description: NF4752
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4752-Insertion-7
NF4752-Insertion-7
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (8-557)||(32148337-32148886)
chr1 (21-457)||(32138960-32139387)
chr1 (36-336)||(32127189-32127490)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 506; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 506; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 557
Target Start/End: Original strand, 32148337 - 32148886
Alignment:
Q  8 attccccggggcaacaccgcaggtgttattgttgcagccaggttttggtgatgagaaacaaacaccacagtcgtcggatttggcaagggagcattgggca 107  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32148337 attccctggggcaacactgcaggtgttgttgttgcagccaggttttggtgatgagaaacaaacaccacagtcgtcgaatttggcaagggagcattgggca 32148436  T
Q  108 gagcgacaccgtgcagggcggtatgtggaggaaatgtactggttttcgcaatcaacccagagaaacaggccaccgagatcgacaatgacgttcagtggaa 207  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |    
T  32148437 gagcgacaccgtgcaggacggtatgtggaggaaatgtactggttttcgcaatcaacccagagaaacaggccaccgagatcgacgatgatgttcagtggga 32148536  T
Q  208 ctagtggtgttctttggttgatttgagctttgtattggtttgtggtagcgacatcttttgtgaccgggagaactagggcttttggcctgaaagattgttt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32148537 ctagtggtgttctttggttgatttgagctttgtattggtttgtggtagcgacatcttttgtgactgggagaactagggcttttggcctgaaagattgttt 32148636  T
Q  308 agagaaagtgggtgaaatgaagaaaaataggagaaggattgtaatgaagtgttggaaattgtatttagccatggcttgagagtaaaaatagtgtattagt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32148637 agagaaagtgggtgaaatgaagaaaaataggaggagggttgtaatgaagtgttggaaattgtatttagccatggcttgagagtaaaaatagtgtattagt 32148736  T
Q  408 gtatggtattgagtttgagaagatggtgttgaggcatctctatttatattgcatgggatattgatagagttgccatttgagatgttaaataaaaaacgtc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32148737 gtatggtattgagtttgagaagatggtgttgaggcatctctatttatattgcatgggatattgatagagttgccatttgagatgttaaataaaaaacgtc 32148836  T
Q  508 aaatatgattgtcacgtttctttgtatttaacacgatgttgccattatta 557  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32148837 aaatatgattgtcacgtttctttgtatttaacacgatgttgccattatta 32148886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 21 - 457
Target Start/End: Original strand, 32138960 - 32139387
Alignment:
Q  21 acaccgcaggtgttattgttgcagccaggttttggtgatgagaaacaaacaccacagtcgtcggatttggcaagggagcattgggcagagcgacaccgtg 120  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| || || || ||||    
T  32138960 acaccacaagtgttgttgttgcagccaggttttggtgatgagaaacaatcaccacagccgtcggaatttgcaagggagcattgggctgaacggcagcgtg 32139059  T
Q  121 cagggcggtatgtggaggaaatgtactggttttcgcaatcaacccagagaaacaggccaccgagatcgacaatgacgttcagtggaactagtggtgttct 220  Q
    |||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||    
T  32139060 cagggcggtatgtggaagaaatgtatttgttttcgcagtcaacccaaagaaactggccaccgagatcgacgatgacgttcagtgggactaatggggttct 32139159  T
Q  221 ttggttgatttgagctttgtattggtttgtggtagcgacatcttttgtgaccgggagaactagggcttttggcctgaaagattgtttagagaaagtgggt 320  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32139160 ctggttgatttgagctttgtattggtttgttgtggccccatcttttgtgattgggagaacaagggcttttggcctgaaagattgttgagagaaagtgggt 32139259  T
Q  321 gaaatgaagaaaaataggagaaggattgtaatgaagtgttggaaattgtatttagccatggcttgagagtaaaaatagtgtattagtgtatggtattgag 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||| ||| ||||| ||         ||  ||| |||||||    
T  32139260 gaaatgaagaaaaataggagaaggattgtaatgaagtgttgaaaattggaattagccatggctagagtgtaaagat---------gtaaatgatattgag 32139350  T
Q  421 tttgagaagatggtgttgaggcatctctatttatatt 457  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  32139351 tttgtgaagatggtgttgaggcaggtctatttatatt 32139387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 36 - 336
Target Start/End: Original strand, 32127189 - 32127490
Alignment:
Q  36 ttgttgcagccaggttttggtgatgagaaacaaacaccacagtcgtcggatttggcaagggagcattgggcagagcgacaccgtgcagggcggtatgtgg 135  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||   || |||||||| |||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||||||    
T  32127189 ttgttgcagccgggttttggtgatgagaaacaatcaccacagctatcagatttggcgagggagcattgggcggaggggcaccgtacagggcggtatgtgg 32127288  T
Q  136 aggaaatgtactggttttcgcaatcaacccagagaaacaggccaccgagatcgacaatgacgttcagtggaactagtggtgttctttggttgatttgagc 235  Q
    ||||| |||| |||||||| || || |||||||||||   ||| || ||||| || |  | ||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  32127289 aggaagtgtagtggttttcacagtcgacccagagaaatttgccgccaagatcaacgacaaggtttagtgggactagtggggttctttggttaatttgagc 32127388  T
Q  236 tttgtattggtttgtggtagcgacatcttttgtgac-cgggagaactagggcttttggcctgaaagattgtttagagaaagtgggtgaaatgaagaaaaa 334  Q
    | ||||||||  ||| || |||  ||||||||||||  |||||||| || ||||| || ||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  32127389 tatgtattggagtgttgttgcgctatcttttgtgactggggagaacaagtgctttgggtctgaatgattgttgagagaaagttggtgtaatgaagaacaa 32127488  T
Q  335 ta 336  Q
    ||    
T  32127489 ta 32127490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University