View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4752_low_4 (Length: 650)

Name: NF4752_low_4
Description: NF4752
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4752_low_4
NF4752_low_4
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (13-633)||(6504765-6505385)
chr6 (290-621)||(6516392-6516723)
chr6 (10-633)||(6473316-6473936)
chr6 (113-633)||(6527578-6528098)
chr6 (10-633)||(6464618-6465238)
chr6 (429-627)||(6457074-6457272)
chr6 (10-328)||(6462399-6462714)
chr6 (13-207)||(6516812-6517003)
chr6 (10-556)||(6525656-6526197)
chr6 (10-322)||(6495958-6496267)
chr6 (438-571)||(1828216-1828349)
chr6 (424-556)||(1839238-1839370)
chr6 (10-181)||(6456658-6456826)
chr6 (438-526)||(1827373-1827461)
chr6 (507-571)||(13054069-13054133)
chr6 (507-571)||(13062806-13062870)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (224-476)||(35244426-35244678)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (450-633)||(9665581-9665764)
chr7 (438-499)||(46383131-46383192)
chr7 (438-498)||(3754236-3754296)
chr7 (31-82)||(3754649-3754700)
chr7 (452-498)||(4045956-4046002)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (450-633)||(13536605-13536788)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 589; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 589; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 633
Target Start/End: Original strand, 6504765 - 6505385
Alignment:
Q  13 catcaaaaccattcaagcttcttatcttcttcaatgcactttcattatcataaattccttccaatgaatataagaatcccttccatccttctccaacacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6504765 catcaaaaccattcaagcttcttatcttcttcaatgcactttcattatcataaattccttccaatgaatataagaatcccttccatccttctccaacacc 6504864  T
Q  113 accttccctattcaaagcaggcaatgtccactcaacaagatctttaacataatcaacatcagaaaacaaatcttcagaaataggagccaatggtataagc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6504865 accttccctattcaaagcaggcaatgtccactcaacaagatctttaacataatcaacatcagaaaacaaatcttcagaaataggagccaatggtataagc 6504964  T
Q  213 tgaattcctgtcctagcttctctccattcagctggagcaaaccaaagtccactatctcttttgttattccacacaactcccactatcctattctcttttg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  6504965 tgaattcctgtcctagcttctctccattcaggtggagcaaaccaaagtccactatctcttttattattccacaaaactcccactattctattctcttttg 6505064  T
Q  313 taaactcttcttcatacaatttcccattcttcttaacatgccaccacattttggttccaagaatttccaatgatgttagggttgatccaatggacacaag 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6505065 taaactcttcttcatacaatttcccattcttcttaacatgccaccacattttggttccaagaatttccaatgatgttagtgttgatccaatggacacaag 6505164  T
Q  413 ttgagaatcaccatatgccattcccatcaatgctgcagcatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgattccttccatctgaaaactcggtt 512  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6505165 ttgagaatcaccatatgctattcccatcaatgctgcagcatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgattccttccatctgaaaactcggtt 6505264  T
Q  513 agccctccggcccacgaatgcaacttgtaaagatcgaaacacctcaaacgcgtataatttgagtttgattctatgcttaagttcataaaatcttccacaa 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6505265 agccctccggcccacgaatgcaacttgtaaagatcgaaacaccttaaacgcgtataatttgagttcgattctatgcttaagttcataaaatcttccacaa 6505364  T
Q  613 gtgaataggcttgagccttat 633  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  6505365 gtgaataggcttgagccttat 6505385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 290 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 6516723 - 6516392
Alignment:
Q  290 tcccactatcctattctcttttgtaaactcttcttcatacaatttcccattcttcttaacatgccaccacattttggttccaagaatttccaatgatgtt 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6516723 tcccactatcctattctcttttgtaaactcttcatcatacaatttcccattctttttaacatgccaccacattttggttccaagaatttccaatgatgtt 6516624  T
Q  390 agggttgatccaatggacacaagttgagaatcaccatatgccattcccatcaatgctgcagcatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgat 489  Q
    || |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6516623 agtgttgatgcaattgacacaagttgaggatcaccatatgccattcccattaaggctgcagcatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgat 6516524  T
Q  490 tccttccatctgaaaactcggttagccctccggcccacgaatgcaacttgtaaagatcgaaacacctcaaacgcgtataatttgagtttgattctatgct 589  Q
     |||||||| |  | | | |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| ||  ||    
T  6516523 accttccatgttcagagttggttagccctacggcccacgaatgtaacatgtaaagatcgaaaaaccttaaacgcgtataatttgagttcgattttaaact 6516424  T
Q  590 taagttcataaaatcttccacaagtgaatagg 621  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  6516423 taagttcataaagtcttccataagtgaatagg 6516392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 10 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 6473936 - 6473316
Alignment:
Q  10 catcatcaaaaccattcaagcttcttatcttcttcaatgcactttcattatcataaattccttccaatgaatataagaatcccttccatccttctccaac 109  Q
    |||||||||| | |||||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |  || || |||||||||||| ||||    
T  6473936 catcatcaaatctattcaaactttttatattcttcaatccactttcattatcataaattccttgcaatgcatagacaaaacctttccatccttcttcaac 6473837  T
Q  110 accaccttccctattcaaagcaggcaatgtccactcaacaagatctttaacataatcaacatcagaaaacaaatcttcagaaataggagccaatggtata 209  Q
    |||   ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||      
T  6473836 acc---ttccctatttaaagcaagcaatgtccactccacaagttccttcacataatcaacatctgaaaacaaaacttcagaaataggaatcaatggtagg 6473740  T
Q  210 agctgaattcctgtcctagcttctctccattcagctggagcaaaccaaagtccactatctcttttgttattccacacaactcccactatcctattctctt 309  Q
    |||||||||||   ||||  |||| ||||| |||| ||||||||||| | |||||| ||||| ||||||  ||| | ||||||||  |||||||||||||    
T  6473739 agctgaattccaagcctacattctttccatgcagccggagcaaaccataatccactgtctctcttgttagaccatagaactcccatcatcctattctctt 6473640  T
Q  310 ttgtaaactcttcttcatacaatttcccattcttc-ttaacatgccaccacattttggttccaagaatttccaatgatgttagggttgatccaatggaca 408  Q
    ||||||| ||||| ||||| |  ||| | | |||| || ||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||| || || ||| || | |       
T  6473639 ttgtaaaatcttcctcatagagattctc-tccttcttttacatgccaccacattttagcagcaagaatttccaatgatgtaagtgtcgatgcattcgctg 6473541  T
Q  409 caagttgagaatcaccatatgccattcccatcaatgctgcagcatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgattccttccatctgaaaactc 508  Q
      ||||  | |||   ||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| | ||||||    
T  6473540 tgagttctgcatcgttatatgccataccgatcaacgctgcagaatagtatgcattcacggcttcactagtactctcttggtttcttccatccgcaaactc 6473441  T
Q  509 ggttagccctccggcccacgaatgcaacttgtaaagatcgaaacacctcaaacgcgtataatttgagtttgattctatgcttaagttcataaaatcttcc 608  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||| || || | | |||| ||| ||||||||||||||    
T  6473440 ggttaaccctccggcccaagaatgcagtttgtaaagatcaaaacaccttaaaggagtataatttgaattcgagtttttgctcaaggtcataaaatcttcc 6473341  T
Q  609 acaagtgaataggcttgagccttat 633  Q
    |  |||| ||||||||||| |||||    
T  6473340 atgagtgcataggcttgaggcttat 6473316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 113 - 633
Target Start/End: Original strand, 6527578 - 6528098
Alignment:
Q  113 accttccctattcaaagcaggcaatgtccactcaacaagatctttaacataatcaacatcagaaaacaaatcttcagaaataggagccaatggtataagc 212  Q
    ||||||||| || || ||||| |||||||| ||||| || || || ||||| |   |||||||||||||| ||||||||||||| | ||| |||| ||      
T  6527578 accttccctttttaaggcaggtaatgtccattcaactagttccttcacatactttgcatcagaaaacaaaacttcagaaataggcgacaagggtaaaact 6527677  T
Q  213 tgaattcctgtcctagcttctctccattcagctggagcaaaccaaagtccactatctcttttgttattccacacaactcccactatcctattctcttttg 312  Q
    ||||  ||   ||| ||||||||||||||||| ||||||||| | | |||||| ||||| ||||||  ||| | ||||||||  ||||||||||| ||||    
T  6527678 tgaacaccaagccttgcttctctccattcagccggagcaaacgacaatccactgtctctcttgttagaccataaaactcccatgatcctattctcctttg 6527777  T
Q  313 taaactcttcttcatacaatttcccattcttcttaacatgccaccacattttggttccaagaatttccaatgatgttagggttgatccaatggacacaag 412  Q
    |||| |||| |||||| |  || || | ||| ||||||||||||||||||||   | ||  ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  6527778 taaaatctttttcatagagcttaccgtcctttttaacatgccaccacattttctctgcacaaatttccaatgatgcaagtgttgatccaatggacacaag 6527877  T
Q  413 ttgagaatcaccatatgccattcccatcaatgctgcagcatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgattccttccatctgaaaactcggtt 512  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |   |  |||||| |||||||||| ||||||||||    
T  6527878 ttgaggatcaccatatgccattcccatcaatgctgaagcatagtatgcatttacagcttcactacttgccatttgattacttccatctgcaaactcggtt 6527977  T
Q  513 agccctccggcccacgaatgcaacttgtaaagatcgaaacacctcaaacgcgtataatttgagtttgattctatgcttaagttcataaaatcttccacaa 612  Q
    | |||||||||||| || ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||  |     |||| || ||||||||||||||||  |    
T  6527978 acccctccggcccatgagtgcaacttgaaaagatcaaaacacctaaaacgcgcataatttgagttcaaactcgtgctcaaattcataaaatcttccaata 6528077  T
Q  613 gtgaataggcttgagccttat 633  Q
     |||||| |||||||||||||    
T  6528078 atgaatatgcttgagccttat 6528098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 10 - 633
Target Start/End: Original strand, 6464618 - 6465238
Alignment:
Q  10 catcatcaaaaccattcaagcttcttatcttcttcaatgcactttcattatcataaattccttccaatgaatataagaatcccttccatccttctccaac 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| | ||| |  || || ||||||||||||||||     
T  6464618 catcatcaaaaccattcaagcttcttatcttcttcaatccactttcattatcataaactccttccaaggcatagacaaaccctttccatccttctccaa- 6464716  T
Q  110 accaccttccctattcaaagcaggcaatgtccactcaacaagatctttaacataatcaacatcagaaaacaaatcttcagaaataggagccaatggtata 209  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||| |||||||||  ||||| ||   ||||||||| |||  ||||||||      
T  6464717 --caccttccctattcaaagcaggcaatgtccactccacaagttccttcacaaaatcaacatttgaaaataagaattcagaaattggaagcaatggtaag 6464814  T
Q  210 agctgaattcctgtcctagcttctctccattcagctggagcaaaccaaagtccactatctcttttgttattccacacaactcccactatcctattctctt 309  Q
    |||||||| ||   ||||  |||| |||||||||  ||||||||||| | |||||| ||||| ||||||  ||| | ||| || || | | |||||||||    
T  6464815 agctgaatcccaagcctacattctttccattcaggaggagcaaaccataatccactgtctctcttgttagcccaaagaacaccaaccaccttattctctt 6464914  T
Q  310 ttgtaaactcttcttc--atacaatttcccattcttcttaacatgccaccacattttggttccaagaatttccaatgatgttagggttgatccaatggac 407  Q
    | | |||  | || ||  | ||| | || |   ||  || ||||||||||||||||  | | || |||||||||||||||| || || |||||||  |      
T  6464915 tcgcaaaaacctcgtcgtaaacattatctccacct--tttacatgccaccacatttgagctgcatgaatttccaatgatgtaagtgtcgatccaactgca 6465012  T
Q  408 acaagttgagaatcaccatatgccattcccatcaatgctgcagcatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgattccttccatctgaaaact 507  Q
    || || ||||  || ||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||    
T  6465013 acgagatgagtgtcgccatatgccaaacccatcaaagctgctgaatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgatttcttccatctccgaact 6465112  T
Q  508 cggttagccctccggcccacgaatgcaacttgtaaagatcgaaacacctcaaacgcgtataatttgagtttgattctatgcttaagttcataaaatcttc 607  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| | ||| || ||||| ||||| |  | | |||| ||||||||||||||  |    
T  6465113 cagttaaccctccggcccacgaatgcaatttaaaaagatcgaaacaccttagacgggtgtaattcgagttcggatttctgctcaagttcataaaatcagc 6465212  T
Q  608 cacaagtgaataggcttgagccttat 633  Q
    ||  |||||||| ||||||| |||||    
T  6465213 catgagtgaataagcttgaggcttat 6465238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 429 - 627
Target Start/End: Original strand, 6457074 - 6457272
Alignment:
Q  429 gccattcccatcaatgctgcagcatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgattccttccatctgaaaactcggttagccctccggcccacg 528  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| |||| ||||| ||||| |    
T  6457074 gccattcccatcaatgctgcagcatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgatttcttccatctgcaaattcgattagtcctccagcccaag 6457173  T
Q  529 aatgcaacttgtaaagatcgaaacacctcaaacgcgtataatttgagtttgattctatgcttaagttcataaaatcttccacaagtgaataggcttgag 627  Q
    |||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | | | ||||||||  |||||| |||  |||||||| |||||||    
T  6457174 aatgaaatttataaagatcgaaacaccttaaacgtgtataatttgagtttgattttcttcctaagttcaggaaatctgccatgagtgaataagcttgag 6457272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 10 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 6462714 - 6462399
Alignment:
Q  10 catcatcaaaaccattcaagcttcttatcttcttcaatgcactttcattatcataaattccttccaatgaatataagaatcccttccatccttctccaac 109  Q
    |||||||||| || || ||  ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||  || | |||||  || || |||||||||||| ||||    
T  6462714 catcatcaaatccttttaaatttcttatattcttcaatgcagtttccttatcataaattccttgtaaagcatatacaaaccctttccatccttcttcaac 6462615  T
Q  110 accaccttccctattcaaagcaggcaatgtccactcaacaagatctttaacataatcaacatcagaaaacaaatcttcagaaataggagccaatggtata 209  Q
    |||| ||   || |||||||||||||||||||| |||||||| |  || ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||||      
T  6462614 accatct---cttttcaaagcaggcaatgtccattcaacaagttgcttcacatattcaacatcagagaacaatacttcagaaataggaaccaatggtaag 6462518  T
Q  210 agctgaattcctgtcctagcttctctccattcagctggagcaaaccaaagtccactatctcttttgttattccacacaactcccactatcctattctctt 309  Q
    |||||||||||    |||  ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||| | || |||||  ||||| |||||||    
T  6462517 agctgaattccaagtctacattctctatattcaggtggagcaaaccaaagtccactttctctcttgttagaccatagaaatcccatgatcctgttctctt 6462418  T
Q  310 ttgtaaactcttcttcata 328  Q
    |||||||||||||| ||||    
T  6462417 ttgtaaactcttctgcata 6462399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 13 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 6517003 - 6516812
Alignment:
Q  13 catcaaaaccattcaagcttcttatcttcttcaatgcactttcattatcataaattccttccaatgaatataagaatcccttccatccttctccaacacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    |||||| ||||||  | |    || |    
T  6517003 catcaaaaccattcaagcttcttatcttcttcaatgcactttcattatcataaattccttccaatgcataccgaaatcccgtccatctgttt---tcagc 6516907  T
Q  113 accttccctattcaaagcaggcaatgtccactcaacaagatctttaacataatcaacatcagaaaacaaatcttcagaaataggagccaatggta 207  Q
    ||||  | | || |||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||  ||||||||    
T  6516906 acctaacgttttgaaaggaggcaatgcccactcaacaagttctttcacataatcaacatcagaaaataaaacttcagaaattggacacaatggta 6516812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 10 - 556
Target Start/End: Original strand, 6525656 - 6526197
Alignment:
Q  10 catcatcaaaaccattcaagcttcttatcttcttcaatgcactttcattatcataaattccttccaatgaatataagaatcccttccatccttctccaac 109  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||| |  || |||||||| || ||| ||||    
T  6525656 catcatcaaaacccttcaactttcttatcttctgctgtgcactttcattatcataaatcccttgcaaggcataaacaaaccccttccaaccctcttcaac 6525755  T
Q  110 accaccttccctattcaaagcaggcaatgtccactcaacaagatctttaacataatcaacatcagaaaacaaatcttcagaaataggagccaatggtata 209  Q
    ||||   ||||| || |||||||| ||||||||||| |||||  | || |||||   ||||||||| |||||  |||||||||| |||  ||||||||      
T  6525756 acca---tccctttttaaagcaggtaatgtccactccacaagtcccttcacatacataacatcagagaacaagacttcagaaattggaagcaatggtaag 6525852  T
Q  210 agctgaattcctgtcctagcttctctccattcagctggagcaaaccaaagtccactatctcttttgttattccacacaactcccactatcctattctctt 309  Q
    |||||||| ||   ||||  |||| |||||||||||||| ||||||| |  ||||| |||||||||||   ||| |  || || | |||| |||| | ||    
T  6525853 agctgaatcccaagcctacattctttccattcagctggaccaaaccataaaccactgtctcttttgttcgaccaaagtacaccaattatcttattgtttt 6525952  T
Q  310 ttgtaaactcttcttcatacaatttcccattcttc-ttaacatgccaccacattttggttccaagaatttccaatgatgttagggttgatccaatggaca 408  Q
    |  ||||| |||  |||||||  ||||| | |||| || ||||||||||||||||| |   |||||||||| |||||||  || || ||| || | |       
T  6525953 tactaaacactttctcatacatattccc-tccttcttttacatgccaccacattttagcagcaagaatttcaaatgatgcaagtgtcgatgcagtcgctg 6526051  T
Q  409 caagttgagaatcaccatatgccattcccatcaatgctgcagcatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgattccttccatctgaaaactc 508  Q
    | ||||  | |||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |  || ||    
T  6526052 cgagttctgcatcgtcgtatgccattcccatcaaggctgc-gcataataagcattc-cagcttcactggtactctcttgatttcttccatcagtgaattc 6526149  T
Q  509 ggttagccctccggcccacgaatgcaacttgtaaagatcgaaacacct 556  Q
     ||||||||||| ||||| || || || || || ||||||||||||||    
T  6526150 tgttagccctccagcccaagagtgtaatttatacagatcgaaacacct 6526197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 10 - 322
Target Start/End: Original strand, 6495958 - 6496267
Alignment:
Q  10 catcatcaaaaccattcaagcttcttatcttcttcaatgcactttcattatcataaattccttccaatgaatataagaatcccttccatccttctccaac 109  Q
    |||||||||| || || ||  ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||  || | |||||  || || |||||||||||| ||||    
T  6495958 catcatcaaatccttttaaatttcttatattcttcaatgcattttccttatcataaattccttgtaaggcatatacaaaccctttccatccttcttcaac 6496057  T
Q  110 accaccttccctattcaaagcaggcaatgtccactcaacaagatctttaacataatcaacatcagaaaacaaatcttcagaaataggagccaatggtata 209  Q
    |||| ||   || |||||||||||||||| ||| |||||||| |  || ||||| || |||||||| |||||  ||||||||||||||  ||||||||      
T  6496058 accatct---cttttcaaagcaggcaatgcccattcaacaagttgcttcacatattcgacatcagagaacaatacttcagaaataggaagcaatggtaag 6496154  T
Q  210 agctgaattcctgtcctagcttctctccattcagctggagcaaaccaaagtccactatctcttttgttattccacacaactcccactatcctattctctt 309  Q
    ||||||| |||   ||||  |||| |  |||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||   ||| | || |||||  |||| |||| |||    
T  6496155 agctgaactccaaccctacattctttatattccggtggagcaaaccaaagtccactttctctcttgttggaccatagaaatcccatgatccgattcgctt 6496254  T
Q  310 ttgtaaactcttc 322  Q
    ||||||| |||||    
T  6496255 ttgtaaattcttc 6496267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 438 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 1828349 - 1828216
Alignment:
Q  438 atcaatgctgcagcatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgattccttccatctgaaaactcggttagccctccggcccacgaatgcaact 537  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||| |  || || ||||||||||||||||| || || || |    
T  1828349 atcaaggctgcggaatagtatgcattcactgcatcactagtgctctcttgatttctaccatcagcgaattctgttagccctccggcccaagagtgtaatt 1828250  T
Q  538 tgtaaagatcgaaacacctcaaacgcgtataatt 571  Q
    | ||||||||||||||||||| || ||| |||||    
T  1828249 tataaagatcgaaacacctcagacacgtgtaatt 1828216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 424 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 1839370 - 1839238
Alignment:
Q  424 catatgccattcccatcaatgctgcagcatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgattccttccatctgaaaactcggttagccctccggc 523  Q
    ||||| |||| || ||||| |||| || ||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||| || ||||| |  ||||| ||||||||||||||    
T  1839370 catattccataccaatcaaagctgaagaatagtatgcattcactgattcactagtgctatcttgatttctaccatcagcgaactctgttagccctccggc 1839271  T
Q  524 ccacgaatgcaacttgtaaagatcgaaacacct 556  Q
    ||| || || || || |||||||| ||||||||    
T  1839270 ccaagagtgtaatttataaagatctaaacacct 1839238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 10 - 181
Target Start/End: Original strand, 6456658 - 6456826
Alignment:
Q  10 catcatcaaaaccattcaagcttcttatcttcttcaatgcactttcattatcataaattccttccaatgaatataagaatcccttccatccttctccaac 109  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||| ||| | ||| |||||||  ||||||||| | |||||||  | |||||  || || ||||| ||||| ||||     
T  6456658 catcatcaaaacccttcaatcctcttaccttttgcaaagcactttgtttatcataagtaccttccatagcatatataaaacctttccacccttcaccaa- 6456756  T
Q  110 accaccttccctattcaaagcaggcaatgtccactcaacaagatctttaacataatcaacatcagaaaacaa 181  Q
      |||||| ||||||||||  ||| |||||||| || ||||| || || |||||| ||||||| ||||||||    
T  6456757 --cacctttcctattcaaattaggtaatgtccattccacaagctcctttacataaccaacatccgaaaacaa 6456826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 438 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 1827461 - 1827373
Alignment:
Q  438 atcaatgctgcagcatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgattccttccatctgaaaactcggttagccctccggccca 526  Q
    ||||| ||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||  ||||||||||| |||||||| |  || || ||||||||||| |||||    
T  1827461 atcaaggctgcagaataatatgcattcattgcttcactagcgctctcttgatttcttccatcagtgaattcagttagccctccagccca 1827373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 507 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 13054133 - 13054069
Alignment:
Q  507 tcggttagccctccggcccacgaatgcaacttgtaaagatcgaaacacctcaaacgcgtataatt 571  Q
    ||||||| |||||| | ||| |||||||| || ||||||||||||| ||||||||| || |||||    
T  13054133 tcggttaaccctcccgtccatgaatgcaatttataaagatcgaaacccctcaaacgtgtttaatt 13054069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 507 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 13062870 - 13062806
Alignment:
Q  507 tcggttagccctccggcccacgaatgcaacttgtaaagatcgaaacacctcaaacgcgtataatt 571  Q
    ||||||| ||||||  |||| |||||||| || ||||||||||||| ||||||||| || |||||    
T  13062870 tcggttaaccctcccacccatgaatgcaatttataaagatcgaaacccctcaaacgtgtttaatt 13062806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 101; Significance: 1e-49; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 224 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 35244678 - 35244426
Alignment:
Q  224 cctagcttctctccattcagctggagcaaaccaaagtccactatctcttttgttattccacacaactcccactatcctattctcttttgtaaactcttct 323  Q
    |||||||| | |||| |||| |||||||||| | || |||||||| || || |||  ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| |||| |    
T  35244678 cctagcttttttccactcagttggagcaaacaagagaccactatccctcttattagaccacaaaactcccatgatcctattctcttttgtaaaatctttt 35244579  T
Q  324 tcatacaatttcccattcttcttaacatgccaccacattttggttccaagaatttccaatgatgttagggttgatccaatggacacaagttgagaatcac 423  Q
    |||||||  || ||| |||| |||||||||||||||| ||| |   ||  ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  35244578 tcatacatatttccactctttttaacatgccaccacaatttagcagcacaaatttccaatgatgcaagtgttgatccaatggacacaatttgaccatcac 35244479  T
Q  424 catatgccattcccatcaatgctgcagcatagtatgcattcacagcttcacta 476  Q
    |||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35244478 cataagccattcccatcaatgatgcggcatagtatgcattcacagcttcacta 35244426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 56; Significance: 7e-23; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 450 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 9665764 - 9665581
Alignment:
Q  450 gcatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgattccttccatctgaaaactcggttagccctccggcccacgaatgcaacttgtaaagatcga 549  Q
    |||||||||||||| | ||||||||| || |  |  ||||  ||||| |||| ||||||  |||  ||||| ||||| ||||||| |||||||||||| |    
T  9665764 gcatagtatgcattaatagcttcactcgttcctttctgatatcttccttctggaaactcttttaatcctcctgcccatgaatgcagcttgtaaagatcaa 9665665  T
Q  550 aacacctcaaacgcgtataatttgagtttgattctatgcttaagttcataaaatcttccacaagtgaataggcttgagccttat 633  Q
    |||||| ||||||||| ||||| | ||||||   | ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  9665664 aacaccgcaaacgcgtgtaattagggtttgaacatgtgcttaagttcacgaaatcttccataagtgaataggcttgaggcttat 9665581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 438 - 499
Target Start/End: Original strand, 46383131 - 46383192
Alignment:
Q  438 atcaatgctgcagcatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgattccttccatc 499  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  46383131 atcaaagctgcagaatagtatgcattcaaagtttcactagtactcttttgatttcttccatc 46383192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 438 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 3754296 - 3754236
Alignment:
Q  438 atcaatgctgcagcatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgattccttccat 498  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  3754296 atcaatgctgctgaataatatgcattcactgcttcacttgaactttcttgattccttccat 3754236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 3754700 - 3754649
Alignment:
Q  31 ttcttatcttcttcaatgcactttcattatcataaattccttccaatgaata 82  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  3754700 ttctaatcttcttcaatgcattttctttatcataaattccttgcaaagaata 3754649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 452 - 498
Target Start/End: Original strand, 4045956 - 4046002
Alignment:
Q  452 atagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgattccttccat 498  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||    
T  4045956 atagtacgcattcacagcttcactagaactttcttgatttcttccat 4046002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 56; Significance: 7e-23; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 450 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 13536788 - 13536605
Alignment:
Q  450 gcatagtatgcattcacagcttcactagtactctcttgattccttccatctgaaaactcggttagccctccggcccacgaatgcaacttgtaaagatcga 549  Q
    |||||||||||||| | ||||||||| || |  |  ||||  ||||| |||| ||||||  |||  ||||| ||||| ||||||| |||||||||||| |    
T  13536788 gcatagtatgcattaatagcttcactcgttcctttctgatatcttccttctggaaactcttttaatcctcctgcccatgaatgcagcttgtaaagatcaa 13536689  T
Q  550 aacacctcaaacgcgtataatttgagtttgattctatgcttaagttcataaaatcttccacaagtgaataggcttgagccttat 633  Q
    |||||| ||||||||| ||||| | ||||||   | ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  13536688 aacaccgcaaacgcgtgtaattagggtttgaacatgtgcttaagttcacgaaatcttccataagtgaataggcttgaggcttat 13536605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University