View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4753-Insertion-2 (Length: 933)

Name: NF4753-Insertion-2
Description: NF4753
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4753-Insertion-2
NF4753-Insertion-2
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (29-930)||(21817184-21818088)
chr6 (271-852)||(22272510-22273092)
chr6 (52-108)||(22273407-22273463)
[»] scaffold0006 (8 HSPs)
scaffold0006 (28-930)||(210835-211738)
scaffold0006 (201-930)||(3957-4687)
scaffold0006 (237-818)||(175568-176137)
scaffold0006 (237-818)||(190976-191545)
scaffold0006 (29-157)||(3814-3942)
scaffold0006 (28-113)||(175271-175356)
scaffold0006 (28-113)||(190679-190764)
scaffold0006 (29-102)||(114099-114172)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (28-930)||(120869-121773)
[»] chr1 (26 HSPs)
chr1 (201-930)||(13596672-13597402)
chr1 (237-852)||(15894908-15895524)
chr1 (237-818)||(13553089-13553658)
chr1 (237-818)||(13677986-13678555)
chr1 (296-907)||(20378471-20379083)
chr1 (329-907)||(20509470-20510049)
chr1 (308-907)||(13517791-13518391)
chr1 (298-781)||(16448658-16449141)
chr1 (271-781)||(16458234-16458744)
chr1 (295-582)||(19188428-19188715)
chr1 (271-685)||(16484378-16484776)
chr1 (581-907)||(19177953-19178280)
chr1 (29-157)||(13596529-13596657)
chr1 (28-113)||(13677689-13677774)
chr1 (29-113)||(13552794-13552878)
chr1 (29-124)||(15895733-15895828)
chr1 (29-123)||(20377982-20378076)
chr1 (29-108)||(19189190-19189269)
chr1 (34-107)||(16453771-16453844)
chr1 (34-107)||(16462928-16463001)
chr1 (52-113)||(20486522-20486583)
chr1 (141-204)||(15895599-15895664)
chr1 (719-781)||(16484275-16484336)
chr1 (29-102)||(20510532-20510605)
chr1 (29-113)||(16491872-16491956)
chr1 (29-108)||(13517318-13517397)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (317-907)||(20767808-20768399)
chr8 (295-916)||(20780229-20780851)
chr8 (317-916)||(20770435-20771035)
chr8 (320-589)||(20848759-20849028)
chr8 (548-929)||(20838357-20838739)
chr8 (317-524)||(20777986-20778193)
chr8 (320-552)||(20840702-20840934)
chr8 (29-113)||(20771851-20771935)
chr8 (29-113)||(20781645-20781729)
chr8 (29-102)||(20834702-20834775)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (330-929)||(38051394-38051991)
chr2 (295-852)||(38053687-38054245)
chr2 (317-850)||(30701548-30702081)
chr2 (52-108)||(30702565-30702621)
chr2 (29-124)||(38054695-38054790)
chr2 (858-916)||(30701053-30701111)
chr2 (29-106)||(38052515-38052592)
[»] scaffold0069 (4 HSPs)
scaffold0069 (296-907)||(48773-49385)
scaffold0069 (302-907)||(43184-43790)
scaffold0069 (29-123)||(48284-48378)
scaffold0069 (29-105)||(42608-42684)
[»] scaffold0068 (1 HSPs)
scaffold0068 (302-818)||(31363-31879)
[»] scaffold0460 (2 HSPs)
scaffold0460 (52-113)||(7511-7572)
scaffold0460 (52-113)||(12076-12137)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 650; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 650; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 930
Target Start/End: Original strand, 21817184 - 21818088
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtagtgtcaaatataatat 128  Q
    |||| |||| |||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21817184 ttgagacacaaagaaagttccagaaatgatgtgctcaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtagtgtcaaatatcatat 21817283  T
Q  129 ttttcaaaagcttgtctattacgttggttaagtgttattcattgataatttt--gtgataatattctacttagcacaacttgattgtttcaaaagctgat 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21817284 ttttcaaaagcttgtctattacgttgattgagtgttattcattgataattttatgtgctaatattctacttagcacaacttgattgtttcaaaagctgat 21817383  T
Q  227 aatattctacttgcaggaggtacttacaagtgttgagagtacacctcaatttagcccggggctcagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaa 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | || ||||||||| |||||||| | |||   ||||||  |    
T  21817384 aatattctacttgcaggaggtacttacaagtgttgagagtacaactcaaattagcccgcgacttagagagttgaaattatggtacctggctaagcttcga 21817483  T
Q  327 tatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatctt 426  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||| || ||||||||| || |    
T  21817484 tatatatgcaaagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaaagaattgatgtttaccaatgttccagtctgataaagttggttccgtcct 21817583  T
Q  427 ctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcac 526  Q
    | ||| |||||||||| |||||| ||||| ||||| || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21817584 cggttacctttagttacatgacctatttggaggtatcatactgcaatgggtcgaaaaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcag 21817683  T
Q  527 aacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaa 626  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21817684 aacaatgaagattcaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaa 21817783  T
Q  627 ctaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatgg 726  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21817784 ctaatttctttacaaaggctatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcaaaaaatgtcctcaaatgg 21817883  T
Q  727 aacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggacggtgacctcaaccgaaccgt-aagaa 825  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  21817884 aacatttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacgaagaaaatcattgggacggtgacctcaacctaaccgtaaagaa 21817983  T
Q  826 tctgtttgatgagaaggtatgttttacattgctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagactatctagctagatcatgatcatttcgaaggtcg 925  Q
    |||||||||||| |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21817984 tctgtttgatgataaggtatgttttatttttctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagactatctagctagatcatgatcattttgaaggtcg 21818083  T
Q  926 aaaaa 930  Q
    |||||    
T  21818084 aaaaa 21818088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 271 - 852
Target Start/End: Complemental strand, 22273092 - 22272510
Alignment:
Q  271 ctcaatttagcccggggctcagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtt 370  Q
    ||||| |||||||| | |||| | ||||| ||||| |||| |||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22273092 ctcaaattagcccgcgactcaaacagttgaaattacggcacctgagcaagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcaaatggatccagttctacagtt 22272993  T
Q  371 tcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgc 470  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  22272992 tcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgttaccttttgttatatgacctttttggaggtaacaaactgc 22272893  T
Q  471 aatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtga 570  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22272892 aatgggttgaataatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcataacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtga 22272793  T
Q  571 acggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatg 670  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| || | ||||||||||||||||| |||    
T  22272792 atggtaaagaagatgagacaaacgagattgagttttgtagtttacaaactctagaactaatttctttagaaaggctctctcgattttgctcatgctcatg 22272693  T
Q  671 ccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaact 770  Q
    | |||| | ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| || |||||| |||| ||| |||||||||||  |    
T  22272692 caccatcatgtttccgttgctggaagttgtagttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttttcgtttggagtgaccaaaacaacaaatcttcaacat 22272593  T
Q  771 gtagaaattgacaaagaaaatcattgggacggtgacctcaaccgaaccgt-aagaatctgtttgatgagaaggtatgttttac 852  Q
    ||| ||| |||  ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||    
T  22272592 gtacaaactgatgaaggaaatcattgggagggtgacctcaacagaaccgtaaagagactgtttgatgacaaggtatgttttac 22272510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 22273463 - 22273407
Alignment:
Q  52 aaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaag 108  Q
    ||||| ||||| |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22273463 aaatgatgagctcaatatttcaaaatatcaacctctttttgtgattgaagaggtaag 22273407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 632; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 632; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 930
Target Start/End: Original strand, 210835 - 211738
Alignment:
Q  28 attgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtagtgtcaaatataata 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  210835 attgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtagtgtcaaatataata 210934  T
Q  128 tttttcaaaagcttgtctattacgttggttaagtgttattcattgataattttgtgataatattctacttagcacaacttgattgtttcaaaagctgata 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  210935 tttttcaaaagcttgtctattacgttggttaagtgttattcattgataattttgtgataatattctacttagcacaacttgattgtttcaaaagctgata 211034  T
Q  228 atattctacttgcaggaggtacttacaagtgttgagagtacacctcaatttagcccggggctcagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaat 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | || ||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||    
T  211035 atattctacttgcaggaggtacttacaagtgttgagagtgcacctcaatttagtccgcgactaagagagttggacttatgggagctgcccaagcttaaat 211134  T
Q  328 atatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttc 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||| ||    
T  211135 atatatgtaaagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaacgcattgatgtttacgagtgttccagtctgataaagttggttccatcctc 211234  T
Q  428 tgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcaca 527  Q
    |||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  211235 tgttacctttagttacatgacctatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcaca 211334  T
Q  528 acaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaac 627  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| || |||    
T  211335 acaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatatcattttgcaatttacaaactttagaac 211434  T
Q  628 taatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatgga 727  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  211435 taatttctttaccaagactcagtcgattttgctcatgcccatgcccaattaagtttccattgctggaagttgtagttatcaaagaatgtcctcaaatgga 211534  T
Q  728 acttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggacggtgacctcaaccgaaccgt-aagaat 826  Q
    ||| ||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||| |||| ||| |||  ||| |||||||||||| ||||| |||||| |||| || |||||     
T  211535 actattttcattgggagttaccaacacaacaattcttcaaaatgtacaaactgatgaaggaaatcattgggaaggtgaactcaacggaactgtaaagaaa 211634  T
Q  827 ctgtttgatgagaaggtatgttttacattgctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagactatctagctagatcatgatcatttcgaaggtcga 926  Q
     ||||||| || |||||||||||||| ||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  211635 atgtttgacgataaggtatgttttactttcgtccatcactttatttgctttcggttagtttaagactatctagctagctcatgatcattttgaaggtcga 211734  T
Q  927 aaaa 930  Q
    ||||    
T  211735 aaaa 211738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 535; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 201 - 930
Target Start/End: Original strand, 3957 - 4687
Alignment:
Q  201 acaacttgattgtttcaaaagctgataatattctacttgcaggaggtacttacaagtgttgagagtacacctcaatttagcccggggctcagagagttgg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3957 acaacttgattgtttcaaaagctgataatattctacttgcaggaggtacttacaagtgtaaagagtacaactcaatttaccccggggctcagagagttgg 4056  T
Q  301 aattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttc 400  Q
    | |||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||||||| ||||||| || |||||    
T  4057 acttatgggacctgcccaagcttaaatatatatgcaaagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaaagcattgatgtttaccaatgttc 4156  T
Q  401 cagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactca 500  Q
    |||||||| || ||||||||| || |||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4157 cagtctgataaagttggttccgtcctctgttacctttagttacatgacctatttggaggtaacaagctgcaatgggttgataaatttgataacacactca 4256  T
Q  501 acagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagattt 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4257 acagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattcaaaggtgttattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagattt 4356  T
Q  601 cattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgt 700  Q
    ||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4357 cattttgcagtttacgatatctagaactaatttctttacaaaggctatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgt 4456  T
Q  701 agttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggac 800  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  4457 agttgtcaaaaaatgtcctcaaatgaaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgatgaagaaaatcattgggac 4556  T
Q  801 ggtgacctcaaccgaaccgt-aagaatctgtttgatgagaaggtatgttttacattgctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagactatctag 899  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4557 ggtgacctcaaccaaaccgtaaagaatctgtttgatgacaaggtatgttttatttttctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagactatctag 4656  T
Q  900 ctagatcatgatcatttcgaaggtcgaaaaa 930  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  4657 ctagatcatgatcattttgatggtcgaaaaa 4687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #3
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 237 - 818
Target Start/End: Original strand, 175568 - 176137
Alignment:
Q  237 ttgcaggaggtacttacaagtgttgagagtacacctcaatttagcccggggctcagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgta 336  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||            ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  175568 ttgcaggagctacttacaagtgtggagagtacacctcaatt------------cagagagttggaattattgcagctgcacaagcttaaatatatatgta 175655  T
Q  337 aagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctt 436  Q
    ||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||||||| ||||||  || ||||||||||||| || ||||||||| || |||||| ||||    
T  175656 aagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaaagcattgatgtttgccaatgttccagtctgataaagttggttccgtcctctgttacctt 175755  T
Q  437 tagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacg 536  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  175756 tagttacatgacctatttggaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaag 175855  T
Q  537 attaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctt 636  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  175856 attgaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaatggtaaagaagatgagacaaacgagattgtattttgcagtttacaaactctagaactaatttctt 175955  T
Q  637 tacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttc 736  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||  ||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||||||||    
T  175956 tacaaagactcattcgattttgctcatgcccatgccccattatgttcccgttgctggaagttgttgttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttttc 176055  T
Q  737 attgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggacggtgacctcaaccgaacc 818  Q
    |||||||||  | |||||| |||||||||||| |||| |||  ||  |||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  176056 attgggagttacaaacacaacaaatcttcaaaatgtacaaaccgatgaagaaaatcattgggagggtgacctcaacagaacc 176137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #4
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 237 - 818
Target Start/End: Original strand, 190976 - 191545
Alignment:
Q  237 ttgcaggaggtacttacaagtgttgagagtacacctcaatttagcccggggctcagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgta 336  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||            ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  190976 ttgcaggagctacttacaagtgtggagagtacacctcaatt------------cagagagttggaattattgcagctgcacaagcttaaatatatatgta 191063  T
Q  337 aagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctt 436  Q
    ||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||||||| ||||||  || ||||||||||||| || ||||||||| || |||||| ||||    
T  191064 aagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaaagcattgatgtttgccaatgttccagtctgataaagttggttccgtcctctgttacctt 191163  T
Q  437 tagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacg 536  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  191164 tagttacatgacctatttggaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaag 191263  T
Q  537 attaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctt 636  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  191264 attgaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaatggtaaagaagatgagacaaacgagattgtattttgcagtttacaaactctagaactaatttctt 191363  T
Q  637 tacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttc 736  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||  ||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||||||||    
T  191364 tacaaagactcattcgattttgctcatgcccatgccccattatgttcccgttgctggaagttgttgttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttttc 191463  T
Q  737 attgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggacggtgacctcaaccgaacc 818  Q
    |||||||||  | |||||| |||||||||||| |||| |||  ||  ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||    
T  191464 attgggagttacaaacacaacaaatcttcaaaatgtacaaaccgatgaagaaaatcatagggagggtgacctcaacagaacc 191545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 29 - 157
Target Start/End: Original strand, 3814 - 3942
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtagtgtcaaatataatat 128  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  3814 ttgagacaccaagaaagttccaaaaatgatgtgcttaatatctcaacgtatcaacctctttttgtgattgaagaggtaagagtagtgtcaaatgtcatat 3913  T
Q  129 ttttcaaaagcttgtctattacgttggtt 157  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3914 tttacaaaagcttgtctattacgttggtt 3942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 28 - 113
Target Start/End: Original strand, 175271 - 175356
Alignment:
Q  28 attgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtag 113  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  175271 attgaaactccaagaaagttccaaaaatgttgagcaaaatatctcaacttatcaacctctttttgtgtttgaagaggtaagagtag 175356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 28 - 113
Target Start/End: Original strand, 190679 - 190764
Alignment:
Q  28 attgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtag 113  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  190679 attgaaactccaagaaagttccaaaaatgttgagcaaaatatctcaacttatcaacctctttttgtgtttgaagaggtaagagtag 190764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 29 - 102
Target Start/End: Original strand, 114099 - 114172
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaaga 102  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  114099 ttgagacaccaagaaagttccagaaatgatgtgctcaatatctcaacatatcaacctctttttgtgaatgaaga 114172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 575; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 575; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 930
Target Start/End: Original strand, 120869 - 121773
Alignment:
Q  28 attgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtagtgtcaaatataata 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  120869 attgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctctacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtagtgtcaaatataata 120968  T
Q  128 tttttcaaaagcttgtctattacgttggttaagtgttattcattgataatttt--gtgataatattctacttagcacaacttgattgtttcaaaagctga 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  120969 tttttcaaaagcttgtctattacgttggttaagtgttcttcattgataattttatgtgataatattctacttagcacaacttgattgtttcaaaagctga 121068  T
Q  226 taatattctacttgcaggaggtacttacaagtgttgagagtacacctcaatttagcccggggctcagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaa 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||| | |||   ||||||      
T  121069 taatattctacttgcaggaggtacttacaagtgttgagagtacacctcaatttagcccgcga-tcagagagttgaaattatggtacctggctaagcttcg 121167  T
Q  326 atatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatct 425  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||| ||| ||||||| |  ||||||||||||| || ||||||||||||     
T  121168 atatatatgcaaagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaaagaattgatgtttaccgatgttccagtctgataaagttggttccatcc 121267  T
Q  426 tctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactca 525  Q
    |||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  121268 tctgttacctttagttacatgacctatttgaaggtatcatactgcaatgggttgataaatttgatgacacactcaacaacaaagagtcttgtcaaactca 121367  T
Q  526 caacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaa 625  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| || |    
T  121368 caacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatatcattttgcaatttacaaactttaga 121467  T
Q  626 actaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatg 725  Q
    |||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||    
T  121468 actaatttctttaccaagactcagtcgattttgctcatgcccatgcccaattaagtttccattgctggaagttgtagttatcaaagaatgtcctcaaatg 121567  T
Q  726 gaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggacggtgacctcaaccgaaccgt-aaga 824  Q
    ||||| ||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||| |||| ||| |||  ||| |||||||||||| ||||| |||||| |||| || ||||    
T  121568 gaactattttcattgggagttaccaacacaacaattcttcaaaatgtacaaactgatgaaggaaatcattgggaaggtgaactcaacggaactgtaaaga 121667  T
Q  825 atctgtttgatgagaaggtatgttttacattgctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagactatctagctagatcatgatcatttcgaaggtc 924  Q
    |  ||||||| || |||||||||||||| ||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  121668 aaatgtttgacgataaggtatgttttactttcgtccatcactttatttgctttcggttagtttaagactatctagctagctcatgatcattttgaaggtc 121767  T
Q  925 gaaaaa 930  Q
    ||||||    
T  121768 gaaaaa 121773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 535; Significance: 0; HSPs: 26)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 535; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 201 - 930
Target Start/End: Original strand, 13596672 - 13597402
Alignment:
Q  201 acaacttgattgtttcaaaagctgataatattctacttgcaggaggtacttacaagtgttgagagtacacctcaatttagcccggggctcagagagttgg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13596672 acaacttgattgtttcaaaagctgataatattctacttgcaggaggtacttacaagtgtaaagagtacaactcaatttaccccggggctcagagagttgg 13596771  T
Q  301 aattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttc 400  Q
    | |||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||||||| ||||||| || |||||    
T  13596772 acttatgggacctgcccaagcttaaatatatatgcaaagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaaagcattgatgtttaccaatgttc 13596871  T
Q  401 cagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactca 500  Q
    |||||||| || ||||||||| || |||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13596872 cagtctgataaagttggttccgtcctctgttacctttagttacatgacctatttggaggtaacaagctgcaatgggttgataaatttgataacacactca 13596971  T
Q  501 acagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagattt 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13596972 acagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattcaaaggtgttattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagattt 13597071  T
Q  601 cattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgt 700  Q
    ||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13597072 cattttgcagtttacgatatctagaactaatttctttacaaaggctatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgt 13597171  T
Q  701 agttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggac 800  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  13597172 agttgtcaaaaaatgtcctcaaatgaaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgatgaagaaaatcattgggac 13597271  T
Q  801 ggtgacctcaaccgaaccgt-aagaatctgtttgatgagaaggtatgttttacattgctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagactatctag 899  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13597272 ggtgacctcaaccaaaccgtaaagaatctgtttgatgacaaggtatgttttatttttctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagactatctag 13597371  T
Q  900 ctagatcatgatcatttcgaaggtcgaaaaa 930  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  13597372 ctagatcatgatcattttgagggtcgaaaaa 13597402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 237 - 852
Target Start/End: Complemental strand, 15895524 - 15894908
Alignment:
Q  237 ttgcaggaggtacttacaagtgttgagagtacacctcaatttagcccggggctcagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgta 336  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| | |||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15895524 ttgcaggaggtacttacaagtgtggagagtacacctcgatttagcccgcgactcaaagaattgaaattatggcagttgcacaagcttaaatatatatgta 15895425  T
Q  337 aagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctt 436  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| || ||| ||||    
T  15895424 aagaaggatttcaaatggatccttttctacattttattgaaagcattgatgtttaccagtgttccagtctgataaagttggttccatcctcagttacctt 15895325  T
Q  437 tagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacg 536  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  15895324 tagttacatgacctatttggaggtaacaagctgcaatgggttgaaaaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcataacaatgaag 15895225  T
Q  537 attaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctt 636  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    || ||||| ||||||    
T  15895224 attacaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatatccttttgcagtttacaatagatagaactagtttctt 15895125  T
Q  637 tacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttc 736  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||    
T  15895124 tacaaaggctctgtcgattttgctcatgccgatgcccgattatgtttccattgctggaagttgtagttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttttc 15895025  T
Q  737 attgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggacggtgacctcaaccgaaccgt-aagaatctgtttgat 835  Q
    ||| |||||  |||||||| ||||||||||||  ||| ||| |||  ||| |||||||||||| |||||||||||  ||||| | |||||  ||||||||    
T  15895024 attaggagttaccaacacaacaaatcttcaaaacgtacaaactgaggaaggaaatcattgggagggtgacctcaatggaaccataaagaagatgtttgat 15894925  T
Q  836 gagaaggtatgttttac 852  Q
    |||||||||||||||||    
T  15894924 gagaaggtatgttttac 15894908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 237 - 818
Target Start/End: Original strand, 13553089 - 13553658
Alignment:
Q  237 ttgcaggaggtacttacaagtgttgagagtacacctcaatttagcccggggctcagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgta 336  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13553089 ttgcaggagctacttacaagtgtggagagtacacctcaatt------------cagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgta 13553176  T
Q  337 aagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctt 436  Q
    ||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| |||| | ||||    
T  13553177 aagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaaagcattaatgtttatgagtgttccagtctgataaagttggttccatcctctgctacctt 13553276  T
Q  437 tagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacg 536  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  13553277 tagttacatgacctatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaatagtcttgtcaaactcacaacaatgaag 13553376  T
Q  537 attaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctt 636  Q
    ||| |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13553377 attgaaatgtgtaattggcttttggatatagtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagattgtattttgcagtttacaaactctagaactaatttctt 13553476  T
Q  637 tacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttc 736  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||  ||||||||||||| |||||| || ||||||||| ||||||| |||||||    
T  13553477 tacaaagactctttcgattttgctcatgcccatgccccattatgttcccgttgctggaagttgttgttgtcaaagaatgtcctcgaatggaatttttttc 13553576  T
Q  737 attgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggacggtgacctcaaccgaacc 818  Q
    |||||||||  | |||||| |||||||||||| |||| |||  ||  |||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  13553577 attgggagttacaaacacaacaaatcttcaaaatgtacaaaccgatgaagaaaatcattgggagggtgacctcaacagaacc 13553658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 237 - 818
Target Start/End: Original strand, 13677986 - 13678555
Alignment:
Q  237 ttgcaggaggtacttacaagtgttgagagtacacctcaatttagcccggggctcagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgta 336  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||            ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13677986 ttgcaggagctacttacaagtgtggagagtacacctcaatt------------cagagagttggaattattgcagctgcacaagcttaaatatatatgta 13678073  T
Q  337 aagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctt 436  Q
    ||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||||||| ||||||  || ||||||||||||| || ||||||||| || |||||| ||||    
T  13678074 aagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaaagcattgatgtttgccaatgttccagtctgataaagttggttccgtcctctgttacctt 13678173  T
Q  437 tagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacg 536  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13678174 tagttacatgacctatttggaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaag 13678273  T
Q  537 attaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctt 636  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13678274 attgaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaatggtaaagaagatgagacaaacgagattgtattttgcagtttacaaactctagaactaatttctt 13678373  T
Q  637 tacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttc 736  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||  ||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||||||||    
T  13678374 tacaaagactcattcgattttgctcatgcccatgccccattatgttcccgttgctggaagttgttgttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttttc 13678473  T
Q  737 attgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggacggtgacctcaaccgaacc 818  Q
    |||||||||  | |||||| |||||||||||| |||| |||  ||  ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||    
T  13678474 attgggagttacaaacacaacaaatcttcaaaatgtacaaaccgatgaagaaaatcatagggagggtgacctcaacagaacc 13678555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 296 - 907
Target Start/End: Original strand, 20378471 - 20379083
Alignment:
Q  296 gttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcag 395  Q
    ||||||||| ||||| |||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  20378471 gttggaattgtggcaactgagcaagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcagatggaccccgttctacagtttcttgaaagcattgatgtttctcag 20378570  T
Q  396 tgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacac 495  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20378571 tgttccagtctgacaaagttggttccatcctctgttagctttagttatttgacctatttggaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacac 20378670  T
Q  496 actcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacga 595  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  20378671 actcaacagccacgagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagataaatga 20378770  T
Q  596 gatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaa 695  Q
     |||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  20378771 tattgtattttgcagtttacaaactctagaactaatttctttacaaaggctatgtcgattttgttcatgcccatgccccattaagtttccgttgctggaa 20378870  T
Q  696 gttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcatt 795  Q
    |||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||| |||| ||| | |  ||| ||||||||    
T  20378871 gttgtagttgtcaaagaatgtcctcgaatgaaacttttttcattgggagttaccaacacaacaattcttcaaaatgtacaaactaatgaaggaaatcatt 20378970  T
Q  796 gggacggtgacctcaaccgaaccgt-aagaatctgtttgatgagaaggtatgttttacattgctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagacta 894  Q
    |||| |||||||||||| ||||| | |||||  |||||  ||| ||||||| |||||   |  |||| |||||||||| |||| ||| |||||||||  |    
T  20378971 gggagggtgacctcaacagaaccataaagaaaatgttttgtgataaggtatattttattatcatccatcaatttatttactttgggtaagtttaagaaaa 20379070  T
Q  895 tctagctagatca 907  Q
    |||| ||||||||    
T  20379071 tctatctagatca 20379083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 329 - 907
Target Start/End: Complemental strand, 20510049 - 20509470
Alignment:
Q  329 tatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttct 428  Q
    |||||| ||||||||| |||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||    
T  20510049 tatatgcaaagaaggagttcagattgatccagttctacattttcttgaaagcatttgggtttatcagtgttccagtctgataatgttagttccatcatct 20509950  T
Q  429 gtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaa 528  Q
    ||| |||||| ||| |||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20509949 gttacctttaattacatgacctatttggaggttacaaactgtaatgggttgaaaaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaa 20509850  T
Q  529 caatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaact 628  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||  |||||||||||||||||||||| ||||    
T  20509849 caatgaagattaaaatgtgtaattgtcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagataaatgatattgtattttgcagtttacaaactctagaact 20509750  T
Q  629 aatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaa 728  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||    
T  20509749 aatttctttacaaaggctatgtcgattttgttcatgcccatgccccattaagtttccgttgctggaagttatagttgtcaaagaatgtcctcgaatggaa 20509650  T
Q  729 cttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggacggtgacctcaaccgaaccgt-aagaatc 827  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| ||| |||  ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||      
T  20509649 cttttttcattgggagttaccaacacaacaaatcttcaaaatgtacaaactgatgaaggaaatcattgggagggtgacctcaacagaaccataaagaaaa 20509550  T
Q  828 tgtttgatgagaaggtatgttttacattgctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagactatctagctagatca 907  Q
    |||||  ||| ||||||| |||||   |  |||| |||||||||| |||| ||| |||||||||  ||||| ||||||||    
T  20509549 tgttttgtgataaggtatattttattatcatccatcaatttatttactttgggtaagtttaagaaaatctatctagatca 20509470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 308 - 907
Target Start/End: Original strand, 13517791 - 13518391
Alignment:
Q  308 gcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctg 407  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||  |||| ||||||||| | |||||||| ||   ||| ||||||||||| ||||||    
T  13517791 gcagctgcataagcttaaatgtatatgcaaagaaggatttcagataaaccccgttctacagatgcttgaaagtataattgtgtatcagtgttctagtctg 13517890  T
Q  408 acaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaa 507  Q
    | |||||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13517891 ataatgttagttccatcctctgttacctttagttatttgacctatttggaggtaacaaactgcaatgggttgaaaaatttgataacacactcaacagcaa 13517990  T
Q  508 agagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  13517991 agagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacagtaaagaagatgagacaaacgagattgtattttg 13518090  T
Q  608 cagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtc 707  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||  ||    
T  13518091 cagtttacaaactctagaactaatttctttacaaagactcggtcgattctgctcatgcccatgccccattatgtttccgttgctggaagttgtagtcatc 13518190  T
Q  708 gaaaaatgtcctcaaatggaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggacggtgacc 807  Q
     || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| ||  |||  ||| |||||||||||| |||||||    
T  13518191 aaagaatgtcctcgaatggaacttttttcattgggagttaccaacacaacaaatcttcaaaatgtacaatctgatgaaggaaatcattgggagggtgacc 13518290  T
Q  808 tcaaccgaaccgt-aagaatctgtttgatgagaaggtatgttttacattgctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagactatctagctagatc 906  Q
    ||||| ||||| | |||||  |||||  ||| ||||||| |||||   |  |||| |||||||||| ||||  || |||||||||  ||||| |||||||    
T  13518291 tcaacagaaccataaagaaaatgttttgtgataaggtatattttattatcatccatcaatttatttactttgtgtaagtttaagaaaatctatctagatc 13518390  T
Q  907 a 907  Q
    |    
T  13518391 a 13518391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 252; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 298 - 781
Target Start/End: Complemental strand, 16449141 - 16448658
Alignment:
Q  298 tggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtg 397  Q
    |||| ||| ||||| |||||| |||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||| ||    
T  16449141 tggagttagggcagttgcacaggcttcaatatatatgcaaagaagggtttaaaatggaccccattctacattttattgaaagcattaatgttaatcactg 16449042  T
Q  398 ttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacac 497  Q
    ||||||||| | || |||||||||||| |||||| |||||| |||  ||||| ||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16449041 ttccagtctaataaagttggttccatcatctgttacctttacttacctgacctatttggaggtgacaagctgcaatgggttgataaatttgataacatac 16448942  T
Q  498 tcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgaga 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |    
T  16448941 tcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaatttgcttgaggatatagtgaatggtaaagaagatgagacaaaagaaa 16448842  T
Q  598 tttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagt 697  Q
    ||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||  | |||||||| |||||||||  |||||| |||| ||||||  |||| |||||    
T  16448841 ttgaattttgcagtttacaatctctagaactaatttctttaccaagggtttgtcgattctgctcatgcccatgcccaattacgtttccgttgctagaagt 16448742  T
Q  698 tgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattga 781  Q
    |||||| ||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  16448741 tgtagtcgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttctttcattgggagtgaccaacacaccaaatcttcaaattgtacaaattga 16448658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 271 - 781
Target Start/End: Complemental strand, 16458744 - 16458234
Alignment:
Q  271 ctcaatttagcccggggctcagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtt 370  Q
    ||||| |||||||| | |||| |  |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||  ||||||| ||    
T  16458744 ctcaaattagcccgcgactcaaactgttgaaattatggcagttgcacaagcttcaatatatatgcaaagaagggtttaaaatggaccccattctacattt 16458645  T
Q  371 tcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgc 470  Q
    | |||||| ||||  |||| |||||||||||||||| | || |||||||||||| |||||| |||||| |||  ||||| ||||| ||||  ||||||||    
T  16458644 tattgaaatcattattgttcatcagtgttccagtctaataaagttggttccatcatctgttacctttacttacctgacctatttggaggtggcaaactgc 16458545  T
Q  471 aatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtga 570  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  16458544 aatgggttgataaatttgataacatactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaatttgcttgaggatatagtga 16458445  T
Q  571 acggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatg 670  Q
    | |||||||||||||||||  |||| |||  ||||   |||||||||  |||| || ||| |||||||| | | ||   || | |||||||||||  |||    
T  16458444 atggtaaagaagatgagacggacgaaattgaatttcaaagtttacaatttctagaattaaattctttaccacggcttcatcaactttgctcatgcccatg 16458345  T
Q  671 ccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaact 770  Q
    ||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||| || ||||| | | |||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  16458344 ccctattaagtttccattgctagaagttgtagttgtcaaagaatgtgcacgaatggaacttttttcatctggagtgaccaacacaccaaatcttcaaatt 16458245  T
Q  771 gtagaaattga 781  Q
    ||| |||||||    
T  16458244 gtacaaattga 16458234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 176; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 295 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 19188715 - 19188428
Alignment:
Q  295 agttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatca 394  Q
    ||||| |||||||| | |||  ||||||| ||| |||||| ||||||||| || | || |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  19188715 agttgaaattatggaacctggccaagcttcaatgtatatgcaaagaaggagtttagattgacccagttctacattttcttgaaagcatttgggtttatca 19188616  T
Q  395 gtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataaca 494  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||| |||| | |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19188615 gtgttccagtctgataaagttggttccatcctctgctacctttagttacatgacctatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataaca 19188516  T
Q  495 cactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaag 582  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||||||    
T  19188515 cactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattgaaatgtgtaattggcttttggatatagtgagcggtaaagaag 19188428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 135; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 271 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 16484776 - 16484378
Alignment:
Q  271 ctcaatttagcccggggctcagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtt 370  Q
    ||||| ||||||||   ||||||||||||  ||||  ||| ||| |||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||  |||| || ||    
T  16484776 ctcaaattagcccgcaactcagagagttgacattagcgcatctggacaagcttcaatatatatgcaaagaagaattt-aaatggaccccattcttcattt 16484678  T
Q  371 tcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgc 470  Q
    | ||||||||||  ||||| | || ||||||| ||||| ||||||||||||||| || ||| |||          |||| ||||  |||| ||| |||||    
T  16484677 tattgaaagcataaatgttgagcattgttccaatctgataatgttggttccatcgtcagttacct----------gacctatttagaggtgacacactgc 16484588  T
Q  471 aatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtga 570  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  16484587 aatggattgatgaatttgataacatactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaatttgcttgaggatatagtga 16484488  T
Q  571 acggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatg 670  Q
    |||||   ||||||||||| |||||||||  ||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||| ||| || || |||  ||||||||||  |||    
T  16484487 acggt---gaagatgagacgaacgagattgaatttttcagtttacaatctctagaaccaatttctttaccaaggctttgccga--ttgctcatgcccatg 16484393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 132; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 581 - 907
Target Start/End: Complemental strand, 19178280 - 19177953
Alignment:
Q  581 agatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaag 680  Q
    |||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||||||    
T  19178280 agatgatacaaatgagattgtattttgcagtttacaaactctagaactaatttctttacaaaggctatgtcgattttgttcatgcccatgccccattaag 19178181  T
Q  681 tttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattg 780  Q
    |||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||| ||| |||||||||||| |||| ||| ||    
T  19178180 tttccattgctggaagttgtagttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttttcattgggatttaccaaaacaacaaatcttcaaaatgtacaaactg 19178081  T
Q  781 acaaagaaaatcattgggacggtgacctcaaccgaaccgt-aagaatctgtttgatgagaaggtatgttttacattgctccaccaatttatttgctttcg 879  Q
    |  ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| | || ||  |||||  ||| ||||||| |||||   |  |||| |||||||||| |||| |    
T  19178080 atgaaggaaatcattgggagggtgacctcaacagaaccataaataaaatgttttgtgataaggtatattttattatcatccatcaatttatttactttgg 19177981  T
Q  880 gttagtttaagactatctagctagatca 907  Q
    || |||||||||  ||||| ||||||||    
T  19177980 gtaagtttaagaaaatctatctagatca 19177953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 29 - 157
Target Start/End: Original strand, 13596529 - 13596657
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtagtgtcaaatataatat 128  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  13596529 ttgagacaccaagaaagttccaaaaatgatgtgcttaatatctcaacgtatcaacctctttttgtgattgaagaggtaagagtagtgtcaaatgtcatat 13596628  T
Q  129 ttttcaaaagcttgtctattacgttggtt 157  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13596629 tttacaaaagcttgtctattacgttggtt 13596657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 28 - 113
Target Start/End: Original strand, 13677689 - 13677774
Alignment:
Q  28 attgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtag 113  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13677689 attgaaactccaagaaagttccaaaaatgttgagcaaaatatctcaacttatcaacctctttttgtgtttgaagaggtaagagtag 13677774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 29 - 113
Target Start/End: Original strand, 13552794 - 13552878
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtag 113  Q
    |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13552794 ttgagacaccaagagagttccagaaatgttgagcacaatatctcaacttatcaacctctttttgtgtttgaagaggtaagagtag 13552878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 29 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 15895828 - 15895733
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtagtgtcaaatata 124  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  15895828 ttgagacaccaagaaagtttcagaaatgatgagcaaaatatctcaacatatcaacctctttttgtgatcgaagaagtaagggtagcgtcaaatata 15895733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 29 - 123
Target Start/End: Original strand, 20377982 - 20378076
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtagtgtcaaatat 123  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||    
T  20377982 ttgagacaccaagaaagttccagaaatgatgtgctcaatatctcaacatatcaacctctttttgagattgaagaggtaagtgtagcgttaaatat 20378076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 29 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 19189269 - 19189190
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaag 108  Q
    |||| |||||| |||||||||| ||||| || || |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19189269 ttgagacaccatgaaagttccagaaatgatgtgctcaatatctcaacgtatcaacctctttttgtgattgaagaggtaag 19189190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 34 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 16453844 - 16453771
Alignment:
Q  34 acaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaa 107  Q
    ||||||||||||||||| || || || || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16453844 acaccaagaaagttccagaagtgatgtgctcaatatctcaacgtatcaacctctttttgtgattgaagaggtaa 16453771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 34 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 16463001 - 16462928
Alignment:
Q  34 acaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaa 107  Q
    ||||||||||||||||| || || || || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16463001 acaccaagaaagttccagaagtgatgtgctcaatatctcaacgtatcaacctctttttgtgattgaagaggtaa 16462928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 113
Target Start/End: Original strand, 20486522 - 20486583
Alignment:
Q  52 aaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtag 113  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20486522 aaatgatgagctcaatatctcaacatctcaacctctttttgtgcttgaagaggtaagagtag 20486583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 141 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 15895664 - 15895599
Alignment:
Q  141 tgtctattacgttggttaagtgttattcattgataattt--tgtgataatattctacttagcacaa 204  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||| |||||    
T  15895664 tgtctattacgttggttgattgttattgattgatagttttatgtgataatattctacttaacacaa 15895599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 719 - 781
Target Start/End: Complemental strand, 16484336 - 16484275
Alignment:
Q  719 tcaaatggaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattga 781  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||    
T  16484336 tcaaatggaacttttttcattag-agtgaccaactcaccaaatcttcaaaatgtacaaattga 16484275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 20510605 - 20510532
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaaga 102  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||| |||||| || | |||||||||| ||||||    
T  20510605 ttgagacaccaagaaagttccagaaatgatgtgctcaatatctcgacatatgaaccgctttttgtgaatgaaga 20510532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 29 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 16491956 - 16491872
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtag 113  Q
    |||| ||| |||||||||| |  ||||  ||||| |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  16491956 ttgagacaacaagaaagtttccgaaataatgagctcaatatttcaacgtatcaacctctttttgtgattgacgaggtaagggtag 16491872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 108
Target Start/End: Original strand, 13517318 - 13517397
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaag 108  Q
    |||| |||||||||||| || | || || ||||| ||||||| |   ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13517318 ttgagacaccaagaaagctcaagaattgatgagctcaatatccctgaatatcaacctctttttgtgattgaagaggtaag 13517397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 317 - 907
Target Start/End: Complemental strand, 20768399 - 20767808
Alignment:
Q  317 caagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttg 416  Q
    ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20768399 caagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttg 20768300  T
Q  417 gttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttg 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20768299 gttccatcttctgtttcctttagttatatgacctttttggaggtaacaaactgcaatgggttgaaaaaattgataacacactcaacagcaaagagtcttg 20768200  T
Q  517 tcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttaca 616  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  20768199 tcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagacgaatgagattgtattttgcagtttaca 20768100  T
Q  617 aactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgt 716  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||  ||| || |||||||||||  ||||| |||||||||||||| || |||||    
T  20768099 aactctagaactaatttctttacaaaggctatgtcgatttagttcatgcccatgtcctattaagtttccgttgctgaaagttgtagttgtcaaagaatgt 20768000  T
Q  717 cctcaaatggaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggacggtgacctcaaccgaa 816  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| ||| |||  ||| |||||||||||| |||||||||||| |||    
T  20767999 cctcgaatggaacttttttcattgggagttaccaacacaacaaatcttcaaaatgtacaaactgatgaaggaaatcattgggagggtgacctcaacagaa 20767900  T
Q  817 ccgt-aagaatctgtttgatgagaaggtatgttttacattgctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagactatctagctagatca 907  Q
    || | |||||  |||||  ||| ||||||| |||||   |  |||| |||||||||| |||| ||| |||||||||  ||||| ||||||||    
T  20767899 ccataaagaaaatgttttgtgataaggtatattttattatcatccatcaatttatttactttgggtaagtttaagaaaatctatctagatca 20767808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 295 - 916
Target Start/End: Complemental strand, 20780851 - 20780229
Alignment:
Q  295 agttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatca 394  Q
    ||||| ||||| |||| |||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20780851 agttgaaattacggcacctgagcaagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatca 20780752  T
Q  395 gtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataaca 494  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20780751 gtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgacctttttggaggtaacaaactgcaatgggttgaaaaatttgataaca 20780652  T
Q  495 cactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacg 594  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |    
T  20780651 cactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcgcaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaatggtaaagaagatgagacaaatg 20780552  T
Q  595 agatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctgga 694  Q
    |||||   ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| || | ||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||  || ||||    
T  20780551 agattgagttttgtagtttacaaactctagaactaacttctttagaaaggctctctcgattttgctcatgctcatgcaccatcatgtttccgttgttgga 20780452  T
Q  695 agttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcat 794  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| || |||||| |||| ||| |||||||||||  |||| ||| |||  ||||||| |||    
T  20780451 agttgtagttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttttcgtttggagtgaccaaaacaacaaatcttcaacatgtacaaactgaagaagaaaagcat 20780352  T
Q  795 tgggacggtgacctcaaccgaaccgt-aagaatctgtttgatgagaaggtatgttttacattgctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagact 893  Q
    ||||  |||||||||||| ||||| | |||||  |||||| ||| |||||||||||||| ||  | |||||| ||||||||| |  ||||||||||||||    
T  20780351 tgggtgggtgacctcaacggaaccataaagaaaatgtttgttgataaggtatgttttactttcattcaccaagttatttgctct-agttagtttaagact 20780253  T
Q  894 atctagctagatca-tgatcattt 916  Q
     |||| ||| |||| |||||||||    
T  20780252 gtctatctaaatcattgatcattt 20780229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 317 - 916
Target Start/End: Complemental strand, 20771035 - 20770435
Alignment:
Q  317 caagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttg 416  Q
    ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20771035 caagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttg 20770936  T
Q  417 gttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttg 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20770935 gttccatcttctgtttcctttagttatatgacctttttggaggtaacaaactgcaatgggttgaaaaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttg 20770836  T
Q  517 tcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttaca 616  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||   ||||| ||||||||    
T  20770835 tcaaactcgcaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaatggtaaagaagatgagacaaatgagattgagttttgtagtttaca 20770736  T
Q  617 aactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgt 716  Q
    ||||||| |||||| ||||||| |||| || | ||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||  || ||||||||||||||||| || |||||    
T  20770735 aactctagaactaacttctttagaaaggctctctcgattttgctcatgctcatgcaccatcatgtttccgttgttggaagttgtagttgtcaaagaatgt 20770636  T
Q  717 cctcaaatggaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggacggtgacctcaaccgaa 816  Q
    |||| ||||||||||||||| || |||||| |||| ||| |||||||||||  |||| ||| |||  ||||||| |||||||  |||||||||||| |||    
T  20770635 cctcgaatggaacttttttcgtttggagtgaccaaaacaacaaatcttcaacatgtacaaactgaagaagaaaagcattgggtgggtgacctcaacggaa 20770536  T
Q  817 ccgt-aagaatctgtttgatgagaaggtatgttttacattgctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagactatctagctagatca-tgatcat 914  Q
    || | |||||  |||||| ||| |||||||||||||| ||  | |||||| ||||||||| |  |||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||    
T  20770535 ccataaagaaaatgtttgttgataaggtatgttttactttcattcaccaagttatttgctct-agttagtttaagactgtctatctaaatcattgatcat 20770437  T
Q  915 tt 916  Q
    ||    
T  20770436 tt 20770435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 320 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 20849028 - 20848759
Alignment:
Q  320 gcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggtt 419  Q
    |||| ||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| || ||||||||   ||| |||||||||||||||||| |||||| |||    
T  20849028 gcttcaatgtatatgcaaagaaggagttcaaattgacccagttctacattttgttaaaagcattcgggttcatcagtgttccagtctgataatgttagtt 20848929  T
Q  420 ccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtca 519  Q
    ||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20848928 ccatcctctgttacctttagttacatgaccaatttggaggtaacaaactgcaatgggttgaaaaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtca 20848829  T
Q  520 aactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagac 589  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20848828 aactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagac 20848759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 548 - 929
Target Start/End: Complemental strand, 20838739 - 20838357
Alignment:
Q  548 taattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagacta 647  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |     
T  20838739 taattgccttgaggatatagtgaatggtaaagaagatgagacaagagagattgcattttgcagtttacaaactctagaactaatttctttacaaagtatc 20838640  T
Q  648 tgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttcattgggagtgg 747  Q
    |||||||||| |||||||  |||||| ||| |||||||  |||||||| ||||| ||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||     
T  20838639 tgtcgatttttctcatgcccatgcccaattgagtttcctttgctggaaattgtaattgtcaaagaatgtcctagaatggaacttttttcattgggagtga 20838540  T
Q  748 ccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggacggtgacctcaaccgaaccgt-aagaatctgtttgatgagaaggtatg 846  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||  | ||| |||  |||||| |    
T  20838539 ccaacacaccaaatcttcaaaatgtacaaactgataaagaaaatcattgggagggtgacctaaaccgaaccgtaaagaagttattttatgtcaaggtaag 20838440  T
Q  847 ttttacattgctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagactatctagctagatcatgatcatttcgaaggtcgaaaa 929  Q
    |||||| || ||||||| |||||||| ||||  | |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| | ||||||||||    
T  20838439 ttttactttcctccaccgatttattttcttttagatagtttaagactatatagctagaccatgaccattttggaggtcgaaaa 20838357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 176; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 317 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 20778193 - 20777986
Alignment:
Q  317 caagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttg 416  Q
    ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20778193 caagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttg 20778094  T
Q  417 gttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttg 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20778093 gttccatcttctgtttcctttagttatatgacctttttggaggtaacaaactgcaatgggttgaaaaaattgataacacactcaacagcaaagagtcttg 20777994  T
Q  517 tcaaactc 524  Q
    ||||||||    
T  20777993 tcaaactc 20777986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 320 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 20840934 - 20840702
Alignment:
Q  320 gcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggtt 419  Q
    |||| ||| |||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||| || ||||||||   ||| |||||||||||||||||| |||||| |||    
T  20840934 gcttcaatgtatatgcaaagaaggagttcaaattaacccagttctacattttgttaaaagcattcgggttcatcagtgttccagtctgataatgttagtt 20840835  T
Q  420 ccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtca 519  Q
    ||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| || |||| |||||||||| ||| ||||    
T  20840834 ccatcctctgttacctttagttacatgacctatttggaggttacaaactacaatgggttgaaaaatttgatatcatactcgacagcaaagattctcgtca 20840735  T
Q  520 aactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaatt 552  Q
    || | |||||||||| |||||||||||||||||    
T  20840734 aattgacaacaatgaagattaaaatgtgtaatt 20840702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 29 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 20771935 - 20771851
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtag 113  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||| |||||  |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20771935 ttgagacaccaagaaagctccaaaaatgatgagctgaatatctcaaaatatcaacctctttttgtgattgaagaggtaagggtag 20771851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 29 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 20781729 - 20781645
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtag 113  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||| |||||  |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20781729 ttgagacaccaagaaagctccaaaaatgatgagctgaatatctcaaaatatcaacctctttttgtgattgaagaggtaagggtag 20781645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 29 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 20834775 - 20834702
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaaga 102  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  20834775 ttgagacaccaagaaagttccagaaatgatgtgctcaatatctcaacatatcaacctctttttgtgaatgaaga 20834702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 330 - 929
Target Start/End: Complemental strand, 38051991 - 38051394
Alignment:
Q  330 atatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctg 429  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | || |    
T  38051991 atatgcaaagaaggttttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaaatttggttccaccctcag 38051892  T
Q  430 tttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaac 529  Q
    || ||||||||||  ||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38051891 ttacctttagttacgtgacctatttggaggtaacaaattgccatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgccaaactcacaac 38051792  T
Q  530 aatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaacta 629  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||||    
T  38051791 aatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggta---aagatgagacaaacgggattgtattttgcagtttacaaactctagaacta 38051695  T
Q  630 atttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaac 729  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||||  || || ||||||||| ||||||||    
T  38051694 atttctttacaaagactcagtcgattttgctcatgcccatgccccattatgttcccgttgctggaagttgtagtcatcaaagaatgtcctcgaatggaac 38051595  T
Q  730 ttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggacggtgacctcaaccgaaccgt-aagaatct 828  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | |||| ||| |||  ||| |||||| ||||| |||||| |||||||||| || ||||| ||    
T  38051594 ttttttcattgggagtggccaacacagaaaatcttcataatgtacaaactgatgaaggaaatcactgggagggtgacgtcaaccgaactgtaaagaaact 38051495  T
Q  829 gtttgatgagaaggtatgttttacattgctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagactatctagctagatcatgatcatttcgaaggtcgaaa 928  Q
     |||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  38051494 atttgatgacaaggtatgttttactttcatccaccaatttatttgctttgggatagtttaagactatctatctagatcatgatcattttgaaggtggaaa 38051395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 295 - 852
Target Start/End: Complemental strand, 38054245 - 38053687
Alignment:
Q  295 agttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttat-gtttatc 393  Q
    ||||||| |||||||| |||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||| ||| || |||| |     
T  38054245 agttggacttatggcacctgagcaagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcagatggaccccgttttacattttcttgaaag-attaattgtttcta 38054147  T
Q  394 agtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataac 493  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38054146 agtgttccagtctgacaaagttggttccatcctctgttaccttcagttacatgacctatttagaggtaacaaactgcaatgggttgaaaaatttgataac 38054047  T
Q  494 acactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaac 593  Q
    ||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  38054046 acactcaacagcaaagagctttatcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgggacaaac 38053947  T
Q  594 gagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctgg 693  Q
    |||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||||||    
T  38053946 gagattgcattttgcagtttacaatatctagaactaatttctttacaaaggctttgtcgattttgctcatgcccatgccccattaagtttccgttgctgg 38053847  T
Q  694 aagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatca 793  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||| |||||||| |||| ||| |||  | | ||||||    
T  38053846 aagttgtagttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttttcattgggagttatcaacacaacaagtcttcaaaatgtacaaactgatgacggaaatca 38053747  T
Q  794 ttgggacggtgacctcaaccgaaccgtaa-gaatctgtttgatgagaaggtatgttttac 852  Q
    |||||| || ||||||||   |||||||| |||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  38053746 ttgggagggcgacctcaatgtaaccgtaacgaaattgtttgatgacaaggtatgttttac 38053687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 317 - 850
Target Start/End: Complemental strand, 30702081 - 30701548
Alignment:
Q  317 caagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttg 416  Q
    ||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||||||  ||   ||||| ||||||||||||||| | || ||||    
T  30702081 caagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcaaatagaccccattctagagtttcttgaaaaaataactgtttctcagtgttccagtctaataaagttg 30701982  T
Q  417 gttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttg 516  Q
    ||||| || | |||| ||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  30701981 gttccgtcctttgttgccttttgttacatgacctatttggaggtaacaaactgcaatgagttgaaaaaattgataacacacccaacggcaaagagtcttg 30701882  T
Q  517 tcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttaca 616  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| |    
T  30701881 tcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatgtagtgaacagtaaagaagacgagacaaacgagattgcattttggagtttaaa 30701782  T
Q  617 aactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgt 716  Q
    |  |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| | |||  ||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| || |||||    
T  30701781 atatctagaactaatttctttacaaaggctctgtcgattttgc-cttgccgatgccccattatgtttccctttctggaagttgtagttgtcaaagaatgt 30701683  T
Q  717 cctcaaatggaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggacggtgacctcaaccgaa 816  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| |||| |||   |  |||||||||||||||| ||||| |||||| |||    
T  30701682 cctcgaatggaacttttttcattgggagtggcaaacaaaacaaatcttcaaaatgtacaaaccaatgaagaaaatcattgggagggtgaactcaacagaa 30701583  T
Q  817 ccgt-aagaatctgtttgatgagaaggtatgtttt 850  Q
    || | |||||  ||||| |||| ||||||| ||||    
T  30701582 ccttaaagaaaatgttttatgataaggtatatttt 30701548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 52 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 30702621 - 30702565
Alignment:
Q  52 aaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaag 108  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30702621 aaatgatgagctcaatatctcaaaatatcaacctctttttgtgattgaagaggtaag 30702565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 29 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 38054790 - 38054695
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtagtgtcaaatata 124  Q
    |||| ||| |||||||| || | ||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| | |||| || |||||||    
T  38054790 ttgagacaacaagaaagctcaagaaatgatgagctcaatatctcaaaatatcaacctctctttgtgattgaagaggtatgggtagcgttaaatata 38054695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 858 - 916
Target Start/End: Complemental strand, 30701111 - 30701053
Alignment:
Q  858 tccaccaatttatttgctttcggttagtttaagactatctagctagatcatgatcattt 916  Q
    |||| |||||||||| |||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30701111 tccatcaatttatttactttggtttagtttaagactatctatctagatcatgatcattt 30701053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 38052592 - 38052515
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggta 106  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||  |||||| ||   ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  38052592 ttgaaacaccaagaaagctccacaaatgatgaggtcaatatatctcaatatcaacccctttttgtgattgaagaggta 38052515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 296 - 907
Target Start/End: Original strand, 48773 - 49385
Alignment:
Q  296 gttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcag 395  Q
    ||||||||| ||||| |||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  48773 gttggaattgtggcaactgagcaagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcagatggaccccgttctacagtttcttgaaagcattgatgtttctcag 48872  T
Q  396 tgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacac 495  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48873 tgttccagtctgacaaagttggttccatcctctgttagctttagttatttgacctatttggaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacac 48972  T
Q  496 actcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacga 595  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  48973 actcaacagccacgagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattgacttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagataaatga 49072  T
Q  596 gatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaa 695  Q
     |||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  49073 tattgtattttgcagtttacaaactctagaactaatttctttacaaaggctatgtcgattttgttcatgcccatgccccattaagtttccgttgctggaa 49172  T
Q  696 gttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcatt 795  Q
    |||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||| |||| ||| | |  ||| ||||||||    
T  49173 gttgtagttgtcaaagaatgtcctcgaatgaaacttttttcattgggagttaccaacacaacaattcttcaaaatgtacaaactaatgaaggaaatcatt 49272  T
Q  796 gggacggtgacctcaaccgaaccgt-aagaatctgtttgatgagaaggtatgttttacattgctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagacta 894  Q
    |||| |||||||||||| ||||| | |||||  |||||  ||| ||||||| |||||   |  |||| |||||||||| |||| ||| |||||||||  |    
T  49273 gggagggtgacctcaacagaaccataaagaaaatgttttgtgataaggtatattttattatcatccatcaatttatttactttgggtaagtttaagaaaa 49372  T
Q  895 tctagctagatca 907  Q
    |||| ||||||||    
T  49373 tctatctagatca 49385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #2
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 302 - 907
Target Start/End: Original strand, 43184 - 43790
Alignment:
Q  302 attatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttcc 401  Q
    ||||||||| |||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||| ||||| ||| | ||| ||||||    
T  43184 attatggcacctgaccaagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcagatcgacccagttctacaattacttgaaaccatttgtgtgtctcaatgttcc 43283  T
Q  402 agtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaa 501  Q
    ||| ||| || |||||||||||| || ||  |||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||    
T  43284 agtatgataaagttggttccatcctcagtcacctttagttacatgacctatttgaaggtaacatactgcaatgggttgatcaatttaatatcacattcaa 43383  T
Q  502 cagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttc 601  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||    
T  43384 cagcgaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagataagataaacgagatatc 43483  T
Q  602 attttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgta 701  Q
    ||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| || || || | |||||||||||||  ||||||||| | ||||||  ||||||||||||||    
T  43484 attttgcagtttacaatatctagaactaatttctttacagaggctctgccaattttgctcatgcccatgccccatcatgtttccgttgctggaagttgta 43583  T
Q  702 gttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggacg 801  Q
    |||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||| ||| |||||||||||| |||| ||| |||  ||| |||||||||||| |    
T  43584 gttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttttcattgggatttaccaaaacaacaaatcttcaaaatgtacaaactgatgaaggaaatcattgggagg 43683  T
Q  802 gtgacctcaaccgaaccgt-aagaatctgtttgatgagaaggtatgttttacattgctccaccaatttatttgctttcggttagtttaagactatctagc 900  Q
    ||||||||||| ||||| | || ||  |||||  ||| ||||||| |||||   |  |||| |||||||||| |||| ||| |||||||||  ||||| |    
T  43684 gtgacctcaacagaaccataaaaaaaatgttttgtgataaggtatattttattatcatccatcaatttatttactttgggtaagtttaagaaaatctatc 43783  T
Q  901 tagatca 907  Q
    |||||||    
T  43784 tagatca 43790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 29 - 123
Target Start/End: Original strand, 48284 - 48378
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtagtgtcaaatat 123  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||    
T  48284 ttgagacaccaagaaagttccagaaatgatgtgctcaatatctcaacatatcaacctctttttgagattgaagaggtaagtgtagcgttaaatat 48378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 29 - 105
Target Start/End: Original strand, 42608 - 42684
Alignment:
Q  29 ttgaaacaccaagaaagttccaaaaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggt 105  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42608 ttgagacaccaagaaagttccaaaaatgatgtgcttaatatctcaacatatcaacctctttttgtgattgaagaggt 42684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0068 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 1)
Name: scaffold0068
Description:

Target: scaffold0068; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 302 - 818
Target Start/End: Complemental strand, 31879 - 31363
Alignment:
Q  302 attatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttcc 401  Q
    ||||||||| |||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||| ||| ||||| ||||||    
T  31879 attatggcacctgaccaagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcagatggacccagttctacaattacttgaaaccatttgtgtgtatcaatgttcc 31780  T
Q  402 agtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaa 501  Q
    ||| ||| || |||||||||||| || ||  |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||    
T  31779 agtatgataaagttggttccatcctcagtcacctttagttacatgaccgatttggaggtaacaaactgcaatgggttgatcaatttaatatcacattcaa 31680  T
Q  502 cagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttc 601  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||      
T  31679 cagcgaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagacaaatgagattgt 31580  T
Q  602 attttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgta 701  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  31579 attttgcagtttacaaactctagaactaatttctttacaaaggctatgtcgattttgttcatgcccatgccccattaagtttccgttgctggaagttgta 31480  T
Q  702 gttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttttcattgggagtggccaacacaccaaatcttcaaactgtagaaattgacaaagaaaatcattgggacg 801  Q
    |||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| ||| |||  ||| |||||||||||| |    
T  31479 gttgttaaagaatgtcctcgaatggaacttttttcattgggagttaccaacacaacaaatcttcaaaatgtacaaactgatgaaggaaatcattgggagg 31380  T
Q  802 gtgacctcaaccgaacc 818  Q
    ||||||||||| |||||    
T  31379 gtgacctcaacagaacc 31363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0460 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0460
Description:

Target: scaffold0460; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 113
Target Start/End: Original strand, 7511 - 7572
Alignment:
Q  52 aaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtag 113  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7511 aaatgatgagctcaatatctcaacatctcaacctctttttgtgcttgaagaggtaagagtag 7572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0460; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 113
Target Start/End: Original strand, 12076 - 12137
Alignment:
Q  52 aaatgttgagcacaatatctcaacatatcaagctctttttgtgattgaagaggtaagagtag 113  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12076 aaatgatgagctcaatatctcaacatctcaacctctttttgtgcttgaagaggtaagagtag 12137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University