View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4757-Insertion-2 (Length: 675)

Name: NF4757-Insertion-2
Description: NF4757
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4757-Insertion-2
NF4757-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-675)||(41266889-41267554)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 645; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 675
Target Start/End: Original strand, 41266889 - 41267554
Alignment:
Q  8 ttttatgaatctattcaggcttaaatttaatccatctccacactatgctgcttaattcacatatcacttgatttaattcacttatcaattgattttgcat 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41266889 ttttatgaatctattcaggattaaatttaatccatctccacactatgctgcttaattcacatatcacttgatttaattcacttatcacttgattttgcat 41266988  T
Q  108 cacattattggttttgcaagtggatcaacaatcacttatcacttgttttgtttactacacacatatcccacatgcatttgccgacagtatatgtgttcct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41266989 cacattattggttttgcaagtggatcaacaatcacttatcacttgttttgtttactacacacatatcccacatgcatttgccgacagtatatgtgttcct 41267088  T
Q  208 tgatttgaatcaatgatcaaagttcaaataatatagccaacaaactacacatcatttgcttgatcttgactctcctatccaaacgattaaattatttgaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41267089 tgatttgaatcaatgatcaaagttcaaataatatagccaacaaactacacatcatttgcttgatcttgactctcctatccaaacgattaaattatttgaa 41267188  T
Q  308 tctaaccctttagggaacaaattttggtttagctttagttttcaattttataatttaacatgtggaaagggatttgcagttttttacccatcactcatgt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41267189 tctaaccctttagggaacaaattttggtttagctttagttttcaattt--taatttaacatgtggaaagggatttgcagttttttacccatcactcatgt 41267286  T
Q  408 tgattttgtatggtgaagagtaacattgagttggtacttgttacaccacttttcactttcaaatcttacctagcttaaaaatagatagcaaagttatcat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41267287 tgattttgtatggtgaagagtaacattgagttggtacttgttacaccacttttcactttcaaatcttacctagcttaaaaatagatagcaaagttatcat 41267386  T
Q  508 aataattcttttaattaacaaacaaatattagaataatcattttgttacgaaatctttgtccaatagtgaataattcagtgacaaaatcatcaacctcac 607  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41267387 aataattcttttaatcaacaaacaaatattagaataatcattttgttacgaaatctttgtccaatagtgaataattcagtgacaaaatcatcaacctcac 41267486  T
Q  608 actcacaactttaaaaagtctaaaagttcaatttgcaaccaattttcttctctctccgtcccatctcg 675  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41267487 actcacaactttaaaaagtctaaaagttcaatttgcaaccaattttcttctctctccgtcccatctcg 41267554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University