View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4758-Insertion-1 (Length: 1058)

Name: NF4758-Insertion-1
Description: NF4758
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4758-Insertion-1
NF4758-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-1017)||(55287656-55288649)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 797; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 797; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1017
Target Start/End: Original strand, 55287656 - 55288649
Alignment:
Q  8 gtttttgggggtgatatgaactgggatgacaaaaaggatggtcaatatcctttgcaagacgggtggcttgatgcctggtctgtactaagaccaaatgaag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55287656 gtttttgggggtgatatgaactgggatgacaaaaaggatggtcaatatcctttgcaagacgggtggcttgatgcctggtctgtactaagaccaaatgaag 55287755  T
Q  108 ctggttggacatatgataccaagtcaaaccaaatgttgacaggcaatcgtactctccaaaagcgattagatcgttttgtttgtcgtttatgtgattttaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  55287756 ctggttggacatatgataccaagtcaaaccaaatgttgacaggcaatcgtactctccaaaagcgattggatcgttttgtttgtcgtttacgtgattttaa 55287855  T
Q  208 gataagcaatattgacatgattgggatggatgaaatacctggtgtttcatataacaaagagaagaaagtaagaggcgagatcaaacaactggtatgccct 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55287856 gataagcaatattgacatgattgggatggatgaaatacctggtgtttcatataacaaagagaagaaagtaagaggcgagatcaaacaactggtatgccct 55287955  T
Q  308 gttttgcccagtgatcactatggtctccttttgacactttctagcaagtagttgtccctttggaaaatcctaatggtgaaccccttattcacactgtgct 407  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55287956 gttttgcccagcgatcactatggtctccttttgacactttctagcaagtagttgtccctttggaaaatcctaatggtgaaccccttattcacactgtgct 55288055  T
Q  408 attgttgggtctaaggcatgcagttgcactgcatgcagttttgtactatagatcacatgaaatatgtgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagatgtaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||                   ||||||||||    
T  55288056 attgttgggtctaaggcatgcagt----------gcagttttgtactatagaccacatgaaatatgtgaagtttttttgtttttttt---gaagatgtaa 55288142  T
Q  508 aggggttattgaaattgacaggttgtacatgggtacaggatgcaaactttttatctactgttttgcgtattaatatttgtcnnnnnnncaattttcaaat 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||    
T  55288143 aggggttattgaaattgacaggttgttcatgggtacaggatgcaaactttttatctactgttttgcgtattaatatttgtctttttttcaattttcaaat 55288242  T
Q  608 tattggattagctttgtctttatgttcataggctttgtgctgttctctaagcctcttgcctctaatcttattgtatttttgggtgttgttatctgaatat 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55288243 tattggattagctttgtctttatgttcataggctttgtgctgttctctaagtctcttgcctctaatcttattgtatttttgggtgttgttatctgaatat 55288342  T
Q  708 tttaacataaaatcgggtttaaggcgacgctagtgttaacagttggtacttggtaaggccaatgttcagggctgatatatcccctaattcgtcactggaa 807  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55288343 tttaacataaaatcgg-tttaaggcgacgctagtgttaacagttggtacttggtaaggccaatgttcagggctgatatatcccctaattcgtcactggaa 55288441  T
Q  808 atgtcaggtgtgttttccaagcattttttcccacctgaatctggtcatatattaaagcagcgttgaaaatttaactaacaagggaaggatctgtgccaat 907  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  55288442 atgtcaggtgtgttttccaagcattttttcccacctgaatcttgtcatatattaaagcagcattgagaatttagctaacaa-ggaaggatctgtgccaat 55288540  T
Q  908 ggttcattgtgtgacttggttaatgttttaatttaatgatgaacctcgagcttgaaaactcattttttctcattagttttccccctttgtaa-tgatttt 1006  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  55288541 ggttcattgtgtgactt-gttaatgttttaatttaatgatgaa-ctcgtgcttggaaactcatttttcttcattagttttccccctttgtaattgatttt 55288638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University