View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4760_high_9 (Length: 251)

Name: NF4760_high_9
Description: NF4760
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4760_high_9
NF4760_high_9
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (61-240)||(30015464-30015643)
chr2 (61-240)||(30074561-30074740)
chr2 (1-239)||(30045035-30045261)
chr2 (1-239)||(30050198-30050424)
chr2 (1-239)||(30141242-30141468)
chr2 (1-155)||(30242901-30243056)
chr2 (49-239)||(12742633-12742823)
chr2 (49-239)||(23347920-23348110)
chr2 (49-239)||(18354247-18354437)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (17-239)||(24262415-24262637)
chr4 (150-239)||(29861407-29861496)
chr4 (17-200)||(38465804-38465987)
chr4 (126-188)||(55820217-55820279)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (17-239)||(26906707-26906929)
chr7 (17-239)||(14231837-14232060)
chr7 (16-239)||(48847155-48847378)
chr7 (17-239)||(1264561-1264783)
chr7 (49-239)||(43070322-43070512)
chr7 (121-182)||(1262931-1262992)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (17-239)||(37984710-37984932)
chr3 (17-239)||(53024834-53025055)
chr3 (17-239)||(24758928-24759150)
chr3 (17-239)||(24826864-24827086)
chr3 (16-239)||(33648287-33648510)
chr3 (17-239)||(31687495-31687718)
chr3 (17-239)||(17689294-17689516)
chr3 (121-239)||(24767925-24768043)
chr3 (121-239)||(24813095-24813213)
chr3 (151-239)||(47761416-47761504)
chr3 (153-239)||(19769654-19769740)
chr3 (150-228)||(24129220-24129298)
chr3 (173-239)||(32790973-32791039)
chr3 (96-176)||(49718183-49718263)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (17-239)||(21999304-21999526)
chr6 (17-239)||(31891422-31891644)
chr6 (17-202)||(25169491-25169676)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (17-239)||(30442836-30443058)
chr5 (55-239)||(22002992-22003176)
chr5 (49-239)||(7472448-7472638)
chr5 (49-239)||(9044794-9044984)
chr5 (119-239)||(32871919-32872039)
chr5 (103-239)||(30441536-30441671)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-239)||(25226607-25226830)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (17-239)||(8163762-8163980)
chr8 (16-237)||(33686215-33686431)
chr8 (150-239)||(14672513-14672602)
chr8 (17-109)||(35351159-35351251)
[»] scaffold0045 (1 HSPs)
scaffold0045 (68-235)||(10258-10425)
[»] scaffold0035 (1 HSPs)
scaffold0035 (150-239)||(37043-37132)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (45-167)||(79321-79443)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 61 - 240
Target Start/End: Original strand, 30015464 - 30015643
Alignment:
Q  61 gttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatctactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgc 160  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30015464 gttttgcaatgtctataaacaaaagtcaagggcaatcgcttgagtaagttggcatctattttccacaatcggtgttctcgcatggttagctatatgttgc 30015563  T
Q  161 aatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttcat 240  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  30015564 aatatcacgtgttacatcaagagatggtttgaagatattattaatggatgacaatggggattgtatcaacaccacttcat 30015643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 61 - 240
Target Start/End: Original strand, 30074561 - 30074740
Alignment:
Q  61 gttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatctactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgc 160  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30074561 gttttgcaatgtctataaacaaaagtcaagggcaattacttgagtaagttggcatctattttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgc 30074660  T
Q  161 aatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttcat 240  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  30074661 aatatcacgtgttacatcaagagatggtttgaagatattattaatggatgacaatggagattgtatcaacaccacttcat 30074740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 30045261 - 30045035
Alignment:
Q  1 atcaaatacgagaattaattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  30045261 atcaaatacgagaattaattcctttcaaatttcagcgcagacaatttcctatagttatgtgttttgcaatgtctataaacaaaagttaagggcaatcact 30045162  T
Q  101 tgagcaagttgaaatctactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatatta 200  Q
    ||||||| |||  ||||| |||||||||||||| ||||||||        |||||| ||||||||||||||    ||||||| ||||||| || ||||||    
T  30045161 tgagcaaattggcatctattttccacaatcggtgttctcgca--------tatatgctgcaatatcacgtg----atcaagatatggtttgaatatatta 30045074  T
Q  201 ttaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  30045073 ttaatggatgacaatggggattgtatcaacaccacttca 30045035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 30050424 - 30050198
Alignment:
Q  1 atcaaatacgagaattaattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  30050424 atcaaatacgagaattaattcctttcaaatttcagcgcagacaatttcctatagttatgtgttttgcaatgtctataaacaaaagttaagggcaatcact 30050325  T
Q  101 tgagcaagttgaaatctactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatatta 200  Q
    ||||||| |||  ||||| |||||||||||||| ||||||||        |||||| ||||||||||||||    ||||||| ||||||| || ||||||    
T  30050324 tgagcaaattggcatctattttccacaatcggtgttctcgca--------tatatgctgcaatatcacgtg----atcaagatatggtttgaatatatta 30050237  T
Q  201 ttaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  30050236 ttaatggatgacaatggggattgtatcaacaccacttca 30050198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 30141468 - 30141242
Alignment:
Q  1 atcaaatacgagaattaattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  30141468 atcaaatacgagaattaattcctttcaaatttcagcgcagacaatttcctatagttatgtgttttgcaatgtctataaacaaaagttaagggcaatcact 30141369  T
Q  101 tgagcaagttgaaatctactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatatta 200  Q
    ||||||| |||  ||||| |||||||||||||| ||||||||        |||||| ||||||||||||||    ||||||| ||||||| || ||||||    
T  30141368 tgagcaaattggcatctattttccacaatcggtgttctcgca--------tatatgctgcaatatcacgtg----atcaagatatggtttgaatatatta 30141281  T
Q  201 ttaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  30141280 ttaatggatgacaatggggattgtatcaacaccacttca 30141242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 30243056 - 30242901
Alignment:
Q  1 atcaaatacgagaattaattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttgg-aatgtctataaacaagagtcaagggcaatcac 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30243056 atcaaatacgagaattaattcctttcaaatttcagcgcagacaatttcctatagttgtgtgtttttgcaatgtctataaacaaaagtcaagggcaatcac 30242957  T
Q  100 ttgagcaagttgaaatctactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatat 155  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  30242956 ttgagcaagttggcatctattttccacaatcggtgttctcacatggttagctatat 30242901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 49 - 239
Target Start/End: Original strand, 12742633 - 12742823
Alignment:
Q  49 ctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatctactttccacaatcggtattctcgcatggtta 148  Q
    |||||| | ||||||||| |||| |||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||  |||||  ||||||| |||||  |||| |||||  |    
T  12742633 ctatagctttgtgttttgcaatgactataaacaaaagtcagggacaatcacttaagcaagttggcatctatcttccacagtcggtcatctcacatgggca 12742732  T
Q  149 gctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  12742733 tctatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtctgaagaaattattaacggatgacaatgggaattatatcagcaccacttca 12742823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 49 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 23348110 - 23347920
Alignment:
Q  49 ctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatctactttccacaatcggtattctcgcatggtta 148  Q
    |||||| | ||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||  |||||||| |||||||||  |||||  ||||||| |||||  |||| |||||  |    
T  23348110 ctatagctttgtgttttgcaatgactataaacaaaagtcagggataatcacttaagcaagttggcatctatcttccacagtcggtcgtctcacatgggca 23348011  T
Q  149 gctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  23348010 gctatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtctgaagaaattattaacggatgacaatggggattgtatcagcaccacttca 23347920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 49 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 18354437 - 18354247
Alignment:
Q  49 ctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatctactttccacaatcggtattctcgcatggtta 148  Q
    |||||| | |||||||||  ||| |||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||  |||||  ||||||| |||||  |||| |||||  |    
T  18354437 ctatagctttgtgttttgcgatgactataaacaaaagtcagggacaatcacttaagcaagttggcatctatcttccacagtcggtcgtctcacatgggca 18354338  T
Q  149 gctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||| |||||||| |||||||||||   ||||||||| ||||||||||    
T  18354337 gctatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtctgaagaaattattaacggatgacaatggagattgtatcagcaccacttca 18354247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Original strand, 24262415 - 24262637
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatc 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  || |||||||||||||| |||||||||| ||     
T  24262415 aattcctttcaaatttcagcgcagacaatttcctatagttgtgtgttttgcaatgactataaacaaatgtaaagggcaatcacttaagcaagttgacata 24262514  T
Q  117 tactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatg 216  Q
    ||  ||||| |||| || |  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| | | |||||||||||||  ||||||||||    
T  24262515 tatcttccaaaatctgtgtaatcgcatggtgagctatatgttgcaatctcacgtgttgcatcaagagatgatctaaagatattattaacagatgacaatg 24262614  T
Q  217 agaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    |  ||||||||||||||||||||    
T  24262615 atgattgtatcaacaccacttca 24262637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 150 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 29861496 - 29861407
Alignment:
Q  150 ctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | || ||||||||||  |||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  29861496 ctatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagagatggtctgaaaatattattaacagatgacaatggggattgtatcagcaccacttca 29861407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 38465987 - 38465804
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatc 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||  || ||||||||| |||| ||||||| |||| | ||| |||| || ||||||||||| ||| ||||| | |  |||    
T  38465987 aattcttttcaaatttcagcgtaagcagtttcctatatttgtatgttttgcaatgaccatacacaaaagccaagggcaatcccttaagcaattcggtatc 38465888  T
Q  117 tactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatatta 200  Q
    ||  ||||| || | || ||  | |||||  || ||||||||||| ||||||  | ||||||||| |||||| | |||||||||    
T  38465887 tatcttccagaacctgtctttacacatgggcagttatatgttgcagtatcacacgttacatcaagggatggtctaaagatatta 38465804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 55820279 - 55820217
Alignment:
Q  126 caatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggt 188  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| | | ||| || |||||||||    
T  55820279 caatcggtattctcccatggtcagctatatgttgcaatctcaagagttacgtcgagagatggt 55820217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 103; Significance: 2e-51; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 26906929 - 26906707
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatc 116  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| | ||||||||| |||| ||||||| || ||||| || ||||||||| ||||||||   |||    
T  26906929 aattcctttcaaatttcaacgcagacagtttcctatagctttgtgttttgcaatgactataaataaaagtcagggacaatcacttaagcaagttagcatc 26906830  T
Q  117 tactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatg 216  Q
    ||  ||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  26906829 tatcttccacaatcggtcttctcacatgggcagctatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtctgaagatattattaacggatgacaatg 26906730  T
Q  217 agaattgtatcaacaccacttca 239  Q
       ||||||||||||||| ||||    
T  26906729 gagattgtatcaacaccatttca 26906707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Original strand, 14231837 - 14232060
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatc 116  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| | ||||||||| |||| |||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||  |||    
T  14231837 aattcctttcaaatttcaacgcagacagtttcctatagctttgtgttttgcaatgactataaacaaaagtcagggacaatcacttaagcaagttggcatc 14231936  T
Q  117 tactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaa-gagatggtttcaagatattattaatggatgacaat 215  Q
    ||  |||||||| |||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| | ||||||||||||| ||||||||||    
T  14231937 tatcttccacaaccggtcttctcacatgggcagctatatgttgcaatatcacgtgttacatcaaggggatggtctgaagatattattaacggatgacaat 14232036  T
Q  216 gagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    | | ||||||| |  |||||||||    
T  14232037 ggggattgtataaggaccacttca 14232060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 48847378 - 48847155
Alignment:
Q  16 taattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaat 115  Q
    ||||||||||||||||||| || | | | |||||||||| | |||| |||| |||| |||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||   |    
T  48847378 taattcctttcaaatttcaacgcaaatagtttcctatagctttgtgctttgcaatgactataaacaaaagtcagggacaatcacttaagcaagttggctt 48847279  T
Q  116 ctactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaat 215  Q
    |||  ||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| | |||||||||||||   ||||||||    
T  48847278 ctatcttccacaatcggtcttctcacatggacagctatatgttgcaatatcatgtgttacatcaagggatggtctgaagatattattaacatatgacaat 48847179  T
Q  216 gagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    ||| ||||||| | ||||||||||    
T  48847178 gaggattgtattagcaccacttca 48847155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Original strand, 1264561 - 1264783
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatc 116  Q
    |||||||||||||||||| || | | | |||||||||| | |||| |||| |||| |||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||   ||    
T  1264561 aattcctttcaaatttcaacgcaaatagtttcctatagctttgtgctttgcaatgactataaacaaaagtcagggacaatcacttaagcaagttggcttc 1264660  T
Q  117 tactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatg 216  Q
    ||  ||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| | |||||||||||||   |||||||||    
T  1264661 tatcttccacaatcggtcttctcacatggacagctatatgttgcaatatcatgtgttacatcaagggatggtctgaagatattattaacatatgacaatg 1264760  T
Q  217 agaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    || ||||||| | ||||||||||    
T  1264761 aggattgtattagcaccacttca 1264783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 49 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 43070512 - 43070322
Alignment:
Q  49 ctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatctactttccacaatcggtattctcgcatggtta 148  Q
    |||||| | ||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||  |||||||| |||||||||  |||||  ||||||| |||||  |||| |||||  |    
T  43070512 ctatagctttgtgttttgcaatgactataaacaaaagtcagggataatcacttaagcaagttggcatctatcttccacagtcggtcgtctcacatgggca 43070413  T
Q  149 gctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  43070412 gctatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtctgaagaaattattaacggatgacaatggggattgtatcagcaccacttca 43070322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 121 - 182
Target Start/End: Original strand, 1262931 - 1262992
Alignment:
Q  121 ttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaaga 182  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||| | | ||||||||||    
T  1262931 ttccacagtcggtattctcccatggtcaactatatgttgcaatctcaagagttacatcaaga 1262992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 103; Significance: 2e-51; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Original strand, 37984710 - 37984932
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatc 116  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| | ||||||||| |||| |||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||  |||    
T  37984710 aattcctttcaaatttcaacgcagacagtttcctatagctttgtgttttgcaatgactataaacaaaagtcagggacaatcacttaagcaagttggcatc 37984809  T
Q  117 tactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatg 216  Q
    ||  |||||||||||||  |||| |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | | ||||||||||||| |||||||| ||    
T  37984810 tatcttccacaatcggtcgtctcacatgggcagctatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatgatctgaagatattattaacggatgacattg 37984909  T
Q  217 agaattgtatcaacaccacttca 239  Q
     | ||||||||| ||||||||||    
T  37984910 gggattgtatcagcaccacttca 37984932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 53025055 - 53024834
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatc 116  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||  | ||||||||  |||| |||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||| |||    
T  53025055 aattcctttcaaatttcaacgcagacaatttcctatatctttgtgttttacaatgactataaacaaaagtcagggacaatcacttaagcaagttgacatc 53024956  T
Q  117 tactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatg 216  Q
    ||  ||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||||||    
T  53024955 tatcttccacaatcggtcttctcacatggacagctatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtctgaagatatta-taacgaatgacaatg 53024857  T
Q  217 agaattgtatcaacaccacttca 239  Q
       ||||||| ||||||||||||    
T  53024856 gagattgtattaacaccacttca 53024834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 24759150 - 24758928
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatc 116  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||  | ||||||||| |||| |||||||||| |||||  | ||||||||| |||||||||| |||    
T  24759150 aattcctttcaaatttcaacgtaggcagtttcttatatctttgtgttttgcaatgactataaacaaaagtcagtgacaatcacttaagcaagttgacatc 24759051  T
Q  117 tactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatg 216  Q
    ||  ||||||||||||| ||||| |||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||| || ||||||||    
T  24759050 tatcttccacaatcggtcttctcacatggacaactatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtctgaagatattattaacggttgacaatg 24758951  T
Q  217 agaattgtatcaacaccacttca 239  Q
       ||||||| ||||||||||||    
T  24758950 gagattgtattaacaccacttca 24758928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Original strand, 24826864 - 24827086
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatc 116  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||  | ||||||||| |||| |||||||||| |||||  | ||||||||| |||||||||| |||    
T  24826864 aattcctttcaaatttcaacgtaggcagtttcttatatctttgtgttttgcaatgactataaacaaaagtcagtgacaatcacttaagcaagttgacatc 24826963  T
Q  117 tactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatg 216  Q
    ||  ||||||||||||| ||||| |||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||| || ||||||||    
T  24826964 tatcttccacaatcggtcttctcacatggacaactatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtctgaagatattattaacggttgacaatg 24827063  T
Q  217 agaattgtatcaacaccacttca 239  Q
       ||||||| ||||||||||||    
T  24827064 gagattgtattaacaccacttca 24827086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 33648510 - 33648287
Alignment:
Q  16 taattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaat 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  | ||||||||| |||| |||||||||| |||||  | ||||||||| |||||||||| ||    
T  33648510 taattcctttcaaatttcaacgtagtcagtttcctatatctttgtgttttgcaatgactataaacaaaagtcagtgacaatcacttaagcaagttgacat 33648411  T
Q  116 ctactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaat 215  Q
    |||  ||||||||||||| ||||| |||||  | ||||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||||    
T  33648410 ctatcttccacaatcggtcttctcacatggacaactatatgttgcaatatcacatgttacgtcaagggatggtctgaagatattattaacggatgacaat 33648311  T
Q  216 gagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    | | ||  ||| ||||||||||||    
T  33648310 ggggataatattaacaccacttca 33648287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Original strand, 31687495 - 31687718
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatc 116  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||| | ||||||||| |||  |||||||||| ||||| || | ||||||| |||||||||| |||    
T  31687495 aattcctttcaaatttcaacgcagacagttttctatagctttgtgttttgcaatcactataaacaaaagtcagggacgatcacttaagcaagttgacatc 31687594  T
Q  117 tactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaaga-tattattaatggatgacaat 215  Q
    ||  |||||||||| || ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||| |||||||||   ||||||||    
T  31687595 tatcttccacaatcagtcttctcacatgggcagctatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtctgaagattattattaacatatgacaat 31687694  T
Q  216 gagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    | | ||||||||| ||||||||||    
T  31687695 ggggattgtatcagcaccacttca 31687718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Original strand, 17689294 - 17689516
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatc 116  Q
    ||||| |||||||||||| || ||||| ||| |||||| | ||||||||| |||| | |||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||  |||    
T  17689294 aattcgtttcaaatttcaacgcagacagtttactatagctttgtgttttgcaatgaccataaacaaaagtcagggacaatcacttaagcaagttgggatc 17689393  T
Q  117 tactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatg 216  Q
    ||  ||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||| | |||||||||||||  ||||||||||    
T  17689394 tatcttccacaatcggtcttctcacatgggcagctatatgttgcaatatcacatgttacatcaagggatggtctgaagatattattaacagatgacaatg 17689493  T
Q  217 agaattgtatcaacaccacttca 239  Q
     | ||| ||||| ||||| ||||    
T  17689494 gggattatatcagcaccatttca 17689516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 121 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 24768043 - 24767925
Alignment:
Q  121 ttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaa 220  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||| || ||||||||   |    
T  24768043 ttccacaatcggtcttctcacatggacaactatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtctgaagatattattaacggttgacaatggaga 24767944  T
Q  221 ttgtatcaacaccacttca 239  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  24767943 ttgtattaacaccacttca 24767925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 121 - 239
Target Start/End: Original strand, 24813095 - 24813213
Alignment:
Q  121 ttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaa 220  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||| || ||||||||   |    
T  24813095 ttccacaatcggtcttctcacatggacaactatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtctgaagatattattaacggttgacaatggaga 24813194  T
Q  221 ttgtatcaacaccacttca 239  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  24813195 ttgtattaacaccacttca 24813213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 151 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 47761504 - 47761416
Alignment:
Q  151 tatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || | || ||||||| || ||||||||||  | ||||||||||||||||||||    
T  47761504 tatatgttgcaatctcacgtgttacatcaagagatcgtctgaacatattatcaacggatgacaatagggattgtatcaacaccacttca 47761416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 153 - 239
Target Start/End: Original strand, 19769654 - 19769740
Alignment:
Q  153 tatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||| |||  | | ||||||||||||| |||||||||||   ||||||||| ||||||||||    
T  19769654 tatgttgcaatatcacgtgttacaacaagggataatctaaagatattattaacggatgacaatggagattgtatcagcaccacttca 19769740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 150 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 24129298 - 24129220
Alignment:
Q  150 ctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaattgtatca 228  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| | || ||||||| ||  |||||||||| | |||||||||    
T  24129298 ctatatgttgcaatattacgtgttacatcaagggatggtctgaatatattatcaacagatgacaatggggattgtatca 24129220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 173 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 32791039 - 32790973
Alignment:
Q  173 tacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| | ||||   |||||||||||    
T  32791039 tacattaagagatggtttgaagatattattaacgcatgacaatgaggagtgtaattacaccacttca 32790973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 96 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 49718263 - 49718183
Alignment:
Q  96 tcacttgagcaagttgaaatctactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctaca 176  Q
    |||||| |||||||||| || ||  |||||| ||| || |||||||||||| | | |||||||||||| ||||||| ||||    
T  49718263 tcacttaagcaagttgacatatatcttccaccatcagtgttctcgcatggtcaacaatatgttgcaatctcacgtgttaca 49718183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 99; Significance: 6e-49; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 21999526 - 21999304
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatc 116  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| | ||||||||  |||| |||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||   |||    
T  21999526 aattcctttcaaatttcaacgcagacaatttcctatagctttgtgttttacaatgactataaacaaaagtcagggacaatcacttaagcaagttagcatc 21999427  T
Q  117 tactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatg 216  Q
    ||  ||||||||| ||| ||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||||||||||||  ||||||||||    
T  21999426 tatcttccacaattggtcttctcacatgggcagctatatattgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtatgaagatattattaacagatgacaatg 21999327  T
Q  217 agaattgtatcaacaccacttca 239  Q
     | ||||||||| ||||||||||    
T  21999326 gggattgtatcagcaccacttca 21999304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 31891644 - 31891422
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatc 116  Q
    |||||||||||||||||| || | ||| |||||||||| | ||||||||| |||| |||||||||| ||||| || ||||||||| |||||| ||  |||    
T  31891644 aattcctttcaaatttcaccgcatacagtttcctatagctttgtgttttgcaatgactataaacaaaagtcagggacaatcacttaagcaaggtggcatc 31891545  T
Q  117 tactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatg 216  Q
    ||  ||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||||||||||||   |||||||||    
T  31891544 tatcttccacaatcggtcttctcacatgggcagctatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtctgaagatattattaacatatgacaatg 31891445  T
Q  217 agaattgtatcaacaccacttca 239  Q
     | |||||||||  |||||||||    
T  31891444 gggattgtatcagtaccacttca 31891422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 17 - 202
Target Start/End: Original strand, 25169491 - 25169676
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatc 116  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||| |||| || |||| |||| | |||||||| || ||||||||||||||| ||||| | |  |||    
T  25169491 aattcctttcaaattttagcgtaaacagttttctatatttgtctgctttgcaatgacaataaacaaaagccaagggcaatcacttaagcaaatcggtatc 25169590  T
Q  117 tactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattatt 202  Q
    ||  | |||||||| ||||| ||||||||  || ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  25169591 tatctcccacaatctgtattttcgcatgggcagttatatgttgcagtatcacgtgttacatcaagggatggtttgaaaatattatt 25169676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 95; Significance: 1e-46; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 30443058 - 30442836
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatc 116  Q
    |||||||||||||||||| || | ||| |||||||||| | ||||||||| |||| |||||||||| ||||| || ||||||||| || ||||||  |||    
T  30443058 aattcctttcaaatttcaacgcatacagtttcctatagctttgtgttttgcaatgactataaacaaaagtcagggacaatcacttaagtaagttggcatc 30442959  T
Q  117 tactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatg 216  Q
    ||  |||||||| |||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  30442958 tatcttccacaaccggtcttctcacatgggcagctatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtctgaagatattattaacggatgacaatg 30442859  T
Q  217 agaattgtatcaacaccacttca 239  Q
     | ||||||| |  |||||||||    
T  30442858 gggattgtataaggaccacttca 30442836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 55 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 22003176 - 22002992
Alignment:
Q  55 ttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatctactttccacaatcggtattctcgcatggttagctata 154  Q
    |||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  |||||  ||||||||||||| ||||| |||||  |||||||    
T  22003176 ttgtatgttttgcaatgactataaacaaaagtcaaggacaatcacttaagcaagttggcatctatcttccacaatcggtcttctcacatggacagctata 22003077  T
Q  155 tgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| ||| || | ||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  22003076 tgttgcaatatcacgcgttacatcaagggatagtctgaagatattattaacggataacaatggggattgtatcagcaccacttca 22002992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 49 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 7472638 - 7472448
Alignment:
Q  49 ctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatctactttccacaatcggtattctcgcatggtta 148  Q
    |||||| | ||||||||| |||| |||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||  |||||  ||||||| ||| |  |||| |||||  |    
T  7472638 ctatagctttgtgttttgcaatgactataaacaaaagtcagggacaatcacttaagcaagttggcatctatcttccacagtcgatcgtctcacatgggca 7472539  T
Q  149 gctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||| |||||||| |||||||||||   ||||||||| ||||||||||    
T  7472538 gctatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtctgaagaaattattaacggatgacaatggagattgtatcagcaccacttca 7472448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 49 - 239
Target Start/End: Original strand, 9044794 - 9044984
Alignment:
Q  49 ctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatctactttccacaatcggtattctcgcatggtta 148  Q
    |||||| | ||||||||| |||| |||||||||| ||||  || ||||||||| |||||||||  |||||   |||||| |||||  |||| |||||  |    
T  9044794 ctatagctttgtgttttgcaatgactataaacaaaagtctgggacaatcacttaagcaagttggcatctatcctccacagtcggtcgtctcacatgggca 9044893  T
Q  149 gctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  9044894 gctatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtctgaagaaattattaacggatgacaatggggattgtatcagcaccacttca 9044984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 119 - 239
Target Start/End: Original strand, 32871919 - 32872039
Alignment:
Q  119 ctttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgag 218  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||||||||||||   ||||||||| |    
T  32871919 ctttccacaatcggtcttctcacatgggcagctatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtatgaagatattattaacaaatgacaatggg 32872018  T
Q  219 aattgtatcaacaccacttca 239  Q
     ||||||||| | ||||||||    
T  32872019 gattgtatcagcgccacttca 32872039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 103 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 30441671 - 30441536
Alignment:
Q  103 agcaagttgaaatctactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattatt 202  Q
    |||||||||  |||||  ||||||| |||||  |||| |||||  |||||||||||||| |||||||||  |||||||| |||||| | |||| ||||||    
T  30441671 agcaagttggcatctatcttccacagtcggtcgtctcacatgggcagctatatgttgcagtatcacgtgtgacatcaagggatggtctgaagaaattatt 30441572  T
Q  203 aatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    || ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  30441571 aacggatgacaatg-ggattgtatcagcaccacttca 30441536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 92; Significance: 9e-45; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Original strand, 25226607 - 25226830
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaaga-gtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaat 115  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| | ||||||||| |||| ||||||| || | |||| || ||||||||| |||||||||  ||    
T  25226607 aattcctttcaaatttcaacgtagacagtttcctatagctttgtgttttgcaatgactataaaaaaaaagtcagggacaatcacttaagcaagttggcat 25226706  T
Q  116 ctactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaat 215  Q
    |||  |||||||| |||| ||||| |||||  || ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||||    
T  25226707 ctatcttccacaaccggtcttctcacatgggcagttatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtctgaagatattattaacggatgacaat 25226806  T
Q  216 gagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    | | ||||||| |  |||||||||    
T  25226807 ggggattgtataaggaccacttca 25226830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 90; Significance: 1e-43; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Original strand, 8163762 - 8163980
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatc 116  Q
    |||||||||||||||||| || | | | |||| ||||| | ||||||||| |||| |||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||| |||    
T  8163762 aattcctttcaaatttcaacgcatatagtttcttatagctttgtgttttgcaatgactataaacaaaagtcaaagacaatcacttaagcaagttgacatc 8163861  T
Q  117 tactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatg 216  Q
    ||  ||||||||||||| ||||| |||||  ||    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  8163862 tatcttccacaatcggtcttctcacatgggcag----atgttgcaatatcacgtgttacatcaagggatggtttgaagatattattaacggatgacaatg 8163957  T
Q  217 agaattgtatcaacaccacttca 239  Q
     | ||| ||||| ||||||||||    
T  8163958 gggattatatcagcaccacttca 8163980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 33686431 - 33686215
Alignment:
Q  16 taattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttga-gcaagttgaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||      | | ||| |||| |||||||||| |||||  | ||||||||| | ||||||||  |    
T  33686431 taattcctttcaaatttcaacgcagacagtttcctata------tctattgcaatgactataaacaaaagtcattgacaatcactttaagcaagttggca 33686338  T
Q  115 tctactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaa 214  Q
    ||||  |||||||||| || || ||||||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |    
T  33686337 tctatcttccacaatcagtcttttcgcatgggcaactatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagagatggtttgaagatattattaacggatgacga 33686238  T
Q  215 tgagaattgtatcaacaccactt 237  Q
    || | ||||||||||||| ||||    
T  33686237 tggggattgtatcaacactactt 33686215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 150 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 14672602 - 14672513
Alignment:
Q  150 ctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | || ||||||||||  |||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  14672602 ctatatgttgcaatatcacgtgttacatcaagagatggtctgaaaatattattaacagatgacaatggggattgtatcagcaccacttca 14672513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 109
Target Start/End: Original strand, 35351159 - 35351251
Alignment:
Q  17 aattcctttcaaatttcagcgtagacaatttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||  || ||||||||| |||| || |||| |||| | ||| |||| || ||||||||||| ||| |||||||    
T  35351159 aattcctttcaaatttcagcgtaagcagtttcctatatttgtatgctttgcaatgaccatacacaaaagccaagggcaatcccttaagcaagt 35351251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 68 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 10425 - 10258
Alignment:
Q  68 aatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatctactttccacaatcggtattctcgcatggttagctatatgttgcaatatca 167  Q
    |||| |||||||||| ||| | || ||||||||| |||||||||  |||||  || || ||||||| |||| ||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  10425 aatgactataaacaaaagtgagggacaatcacttaagcaagttggcatctatctttcataatcggtcttcttgcatgggcagctatatgttgcgatatca 10326  T
Q  168 cgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccac 235  Q
    |||| |||||||||  ||||| | ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||    
T  10325 cgtgttacatcaaggaatggtctgaagatattattaacggataacaatgaggattgtatcagcaccac 10258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 150 - 239
Target Start/End: Original strand, 37043 - 37132
Alignment:
Q  150 ctatatgttgcaatatcacgtgctacatcaagagatggtttcaagatattattaatggatgacaatgagaattgtatcaacaccacttca 239  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| | |||||||||||||  |||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  37043 ctatatgttgcaatatcacgtgttatatcaagggatggtctgaagatattattaacagatgacaatggggattgtatcagcaccacttca 37132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 35; Significance: 0.00000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 45 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 79443 - 79321
Alignment:
Q  45 tttcctatagttgtgtgttttggaatgtctataaacaagagtcaagggcaatcacttgagcaagttgaaatctactttccacaatcggtattctcgcatg 144  Q
    |||| ||||||||| ||||||| |||| |||| ||||| ||||||||||| |||||  | |||||||| || ||  |||||||| | || |||| |||||    
T  79443 tttcttatagttgtatgttttgcaatgactatgaacaaaagtcaagggcagtcactcaaacaagttgacatatatcttccacaaccagtgttcttgcatg 79344  T
Q  145 gttagctatatgttgcaatatca 167  Q
    || | || ||||| |||||||||    
T  79343 gtcaactttatgtagcaatatca 79321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University