View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4760_low_1 (Length: 926)

Name: NF4760_low_1
Description: NF4760
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4760_low_1
NF4760_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-913)||(34094864-34095758)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 828; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 828; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 913
Target Start/End: Complemental strand, 34095758 - 34094864
Alignment:
Q  19 ggtagttctattgtgctaaatgctaatagtcaaacaaattcttattagcatgattatctatcaaattaattaattaatactagcaccttctatgtcttaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34095758 ggtagttctattgtgctaaatgctaatagtcaaacaaattcttattagcatgattatctatcaaattaattaattaatactagcaccttctatgtcttaa 34095659  T
Q  119 cactttctaactaagtgtctaactcactagctatgtttggaatgtggtcccattactaaggcatggattcctatacataggccttcacactcaattttga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34095658 cactttctaactaagtgtctaactcactagctatgtttggaatgtggtcccattactaaggcatggattcctatacataggccttcacactcaattttga 34095559  T
Q  219 aacaacaatcgatgctttcaagtgtgtatcttaagggatactccaatagttttaaattcttctgagaatatcaataccctcaaaaggcaataatcaatga 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34095558 aacaacaatcgatgctttcaagtgtgtatcttaagggatactccaatagttttaaattcttctgagaatatcaataccctcaaaaggcaataatcaatga 34095459  T
Q  319 gaagaaatgttgaccatcccacctcttgaggaatatatttgtcctctcccacgtaacactgaatattttatatgctatccaaagctgaaacagttttaag 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34095458 gaagaaatgttgaccatcccacctcttgaggaatatatttgtcctctcccacgtaacactgaatattttatatgctatccaaagctgaaacagttttaag 34095359  T
Q  419 tttagatttattcaaaaatttccaactatatacacttgaaagtgtaaaggagacacatgtatacatcatggggtgactcatttctgcttgctgatagata 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34095358 tttagatttattcaaaaatttccaactatatacacttgaaagtgtaaaggagacacatgtatacatcatggggtgactcatttctgcttgctgatagata 34095259  T
Q  519 cagactggtaatccaatgcaatgtcgccacacgtgtattatcacagtnnnnnnnnnnnnnnnnnttagagcttaataggattgctttttaatcaatattt 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |                 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34095258 cagactggtaatccaatgcaatgtcgccacacgtgtattatcacaatagagagagaaagagagattagagcttaataggattgctttttaatcaatattt 34095159  T
Q  619 aattaattcaattaaaagacaagatgtaggtccattttcactaaccaggataatacataaatgattagtatgtgattaattaggaaacatgtcttactat 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34095158 aattaattcaattaaaagacaagatgtaggtccattttcactaaccaggataatacataaatgattagtatgtgattaattaggaaacatgtcttactat 34095059  T
Q  719 tgaaacgaaacccctaatgggattttcccttttgatatgttggaatccattttgtcacccaaaacatggtcaagagaaaagatctgaattgctgctggca 818  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34095058 tgaaacaaaactcctaatgggattttcccttttgatatgttggaatccattttgtcacccaaaacatggtcaagagaaaagatctgaattgctgctggca 34094959  T
Q  819 tgctttttggttgtgcccctggctgccagtacatataccttttgaaatatggcaaacaaaaagtggtcaacatgtttcattcttgtgttcatctc 913  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34094958 tgctttttggttgtgcccctggctgccagtacatataccttttgaaatatggcaaacaaaaagtggtcagcatgtttcattcttgtgttcatctc 34094864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University