View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4763-Insertion-3 (Length: 820)

Name: NF4763-Insertion-3
Description: NF4763
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4763-Insertion-3
NF4763-Insertion-3
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (8-820)||(46768332-46769151)
chr3 (8-213)||(46773112-46773305)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 633; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 820
Target Start/End: Original strand, 46768332 - 46769151
Alignment:
Q  8 ccatgaacggcatacctgaaatttgagaaattttaaatttcctctcagtcagtcacttactatagtttatgttatgttttgttcatgatttgctttcatg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46768332 ccatgaacggcatacctgaaatttgagaaatttgaaatttcctctcagtcagtcacttactatagtttatgttatgttttgttcatgatttgctttcatg 46768431  T
Q  108 attggatgctgtatttatattgccacatttgctttatttcttgttttgtttaagcctcagtgctagggctgttcattttgttacaaccacattcttttta 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46768432 attggatgctgtatttatattgccacatttgctttatttcttgttttgtttaagcatcagtgctagggctgttcattttgttacaaccacattcttttta 46768531  T
Q  208 cttcgtataaataatacactgaatatattctatatatatttatttccatcctttgtggaaaaattcgtaaagtgttgaccaatggattgtacacatctca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  46768532 cttcgtataaataatacactgaatatattctatatatatttatttccatcctttgtggaaaaattagtaaagtgttgaccaaaggattgtacacatttca 46768631  T
Q  308 taaaattatggaaaatgatattgatatgatctgatatgaagagatatagattgatagacaccaaaagcccatctcttgagagagagatagagtgagtgat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46768632 taaaattatggaaaatgatattgatatgatctgatatgaagagatatagattgatagacaccaaaagcccatctcttgagagagagatagagtgagtgat 46768731  T
Q  408 ctaaaagatgtgatatgttgttggtgtaatagga----------aaatatatagagaaaataaggtgttaaataaatgtaggaagtttaagagtgtttaa 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||          | ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  46768732 ctaaaagatgtgatatgttgttggtgtaataggaagatatatatatatatatatataaaataaggtgttaaataaatgtaggaaatttaagagtgtttaa 46768831  T
Q  498 atataaaagttgtaaaattacc-tccnnnnnnnggaaatgactcagtttactgaagtcaaataatttactaccatgtgcgggtcacagttccacgacttc 596  Q
    |||||||||||||||||||||| |||       ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  46768832 atataaaagttgtaaaattaccttcccttttttggaaatgactcagtttactgaagccaaataatttactaccatgtgcgagtcacagttccacgacttc 46768931  T
Q  597 actcacccaacccatattatgtccgtttgattggccatctaaaactcaaactagattttaatttctttttaaatttaaaatacgattt-aaatttgggtc 695  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46768932 actcacccaa-ccatattatgtccgtttgattggccatctgaaactcaatctagattttaatttctttttaaatttaaaatacgatttaaaatttgggtc 46769030  T
Q  696 ggtgtttggtcttgattgagcaaccaatataatcttatccgtgttcggaaattgacgcctaatccaaaatttacaccctcaaatactttttctcccttat 795  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  46769031 -gtgtttggtcttgattgagcaaccaatataatcttat-cgtgttcaataattgaaccttaatccaaaatttacaccctcaaatactttatctcccttat 46769128  T
Q  796 ttttaaccatttaaaactatttttt 820  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||    
T  46769129 ttttaa-cattt-aaactatttttt 46769151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 8 - 213
Target Start/End: Original strand, 46773112 - 46773305
Alignment:
Q  8 ccatgaacggcatacctgaaatttgagaaattttaaatttcctctcagtcagtcacttactatagtttatgttatgttttgttcatgatttgctttcatg 107  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | | ||   ||||||||| ||||  |||     |||||||||||| ||||| | ||||| |    
T  46773112 ccatgaacgccatacctgaaatttgagaaatttgaaatattcccta--tcagtcactaactagtgtta----tatgttttgttcgtgattagttttcaag 46773205  T
Q  108 attggatgctgtatttatattgccacatttgctttatttcttgttttgtttaagcctcagtgctagggctgttcattttgttacaaccacattcttttta 207  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||       |||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  46773206 cttggatgttgtatttatattgccacatttgcttagtttcttgctttgtttaagc------actagtgctgttcattaggttacaaacacattcttttta 46773299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University