View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4763-Insertion-4 (Length: 698)

Name: NF4763-Insertion-4
Description: NF4763
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4763-Insertion-4
NF4763-Insertion-4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-698)||(50386249-50386940)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 668; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 668; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 50386940 - 50386249
Alignment:
Q  9 cacatatcatcaatacacgacatagaatcaattttaggaacatagtttacaagtggatcaccaaaccctaactcagttataacaaccctacactccttta 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50386940 cacatatcatcaatacacgacatagaatcaattttaggaacatggtttacaagtggatcaccaaaccctaactcagttataacaaccctacactccttta 50386841  T
Q  109 atttttctcctaatcttgatgtaaacctccatattgattccattagcccaccaagattctctccctctccatgaagtccataaagaaaaagaaacccaaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50386840 atttttctcctaatcttgatgtaaacctccatattgattccattagcccaccaagattctctccctctccatgaagtccataaagaaaaagaaacccaaa 50386741  T
Q  209 -tgtactgttgttacacattgagtcaaacattctcaaacaagg-acatattttgtcctttgcatgatttaatgtcgcatgaagaaacctaagtggttgaa 306  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50386740 atgtactgttgttacacattgagtcaaacattctcaaacaagggacatattttgtcctttgcatgatttaatgtcgcatgaagaaacctaagtggttgaa 50386641  T
Q  307 ataattttgttttaacttgaaggttattgtcacaagcttcacaagtattccataaactgaaaatgatccatgatgagcttgttgtacttttatgggtaat 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50386640 ataattttgttttaacttgaaggttattgtcacaagcttcacaagtattccataaactgaaaatgatccatgatgagcttgttgtacttttatgggtaat 50386541  T
Q  407 aatgtcttcaatgttgagtttgaagccttcatctttgtaataactaacccaagttcctaggctgagtttttctttgagaataatgtccatatctaatgga 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50386540 aatgtcttcaatgttgagtttgaagccttcatctttgtaataactaacccaagttcctaggctgagtttttctttgagaataatgtccatatctaatgga 50386441  T
Q  507 tacaactctttggttttcaagattcttgtgtagaaggaaattgcttggtctatacttatcttgtcaattttgacatccttcttagaaatgtggtttgttg 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50386440 tacaactctttggttttcaagattcttgtgtagaaggaaattgcttggtctatacttatcttgtcaattttgacatccttcttagaaatgtggtttgttg 50386341  T
Q  607 ggaaactagttggtggatggagaaatatgatgagtgaggtgagattgaaatagttgcatttgttggtgaataggtttttagaggcattgtta 698  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50386340 ggaaactagttggtggatggagaaatatgatgagtgaggtgaaattgaaatagttgcatttgttggtgaataggtttttagaggcattgtta 50386249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University