View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4764-Insertion-4 (Length: 874)

Name: NF4764-Insertion-4
Description: NF4764
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4764-Insertion-4
NF4764-Insertion-4
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (33-871)||(9125979-9126797)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 642; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 642; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 871
Target Start/End: Complemental strand, 9126797 - 9125979
Alignment:
Q  33 aagttccacgtaactatataaacttttctatctacactggctcacctgtgttacatgtttcatgataaaagaacataccaaccagcgaatgcaaaatgag 132  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9126797 aagttctaagtaactatataaacttttctatctacattggctcacctgtgttacatgtttcatgataaaagaacataccaactagcgaatgcaaaatgag 9126698  T
Q  133 cataagctgaaaacaaaacattgtgcatcaaaacaaaaagttccattatgttcaaattaaaatggatagccacaaggtcagctatctagttgattttgcg 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  9126697 cataagctgaaaacaaaacattgtgcatcaaaacaaaaagttccattatgttcaaattaaaatggataaccacaaggtcagctatctagttaattttacg 9126598  T
Q  233 agaaaaggaaataaaatcgtatgtggatccttctttgaagatctacatgaagagaaaacctcataatgataatacatcttcactaggggttggatgaggc 332  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9126597 agaaaaagaaataaaattgtatgtggatccttctttgaagatctacatgaagagaaaacctcataatgataatacatcttcactagggtttggatgaggc 9126498  T
Q  333 aaaggagcagtgagacaaataccgaggattagcctattttccctgaaagacttattgttggtcgagaaagtcaaagcgtgaaagaaagaatgaaagggat 432  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  9126497 aaaggagcagtgagacagataccgaggattagcctgttttccctgaaagacttattgttggtcgagaaagtcaaagtgtgaaagaaagaatgaaatggat 9126398  T
Q  433 gatgatttaactcgacatgaataggaatgtaaagtctcgcctcttatccacattgaagtgttatgattgaggaaatgatgtccaatagaaagaaatttta 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  9126397 gatgatttaactcgacatgaataggaatgtaaagtctcgcctcttatccacattgaagtgttatgattgagaaaatgatgtccaatagaaagaattttta 9126298  T
Q  533 agtaacttgaggcttgatgtatttactacgaagtctaaaatatt-aaatttgaaggaggagcgaggctcatgtttgatcagaggaagtaaggatgtcaaa 631  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9126297 agtaacttgaggcttgatgtatttactacgaagtctaaaatattaaaatttgaaggaggagcgaggctcatgtttgatcagaggaagtaaggatgtcaa- 9126199  T
Q  632 caccccatatataaagtatgttgatttataaataaagtgcttgaataccaagcatgaagttttctctgaggtagataaagaaaaatgaaagatttaaccg 731  Q
                     |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9126198 -----------------atgttgatttattaataaagtgcttgaatatcaagcatgaagttttctccgaggtagataaagaaaaatgaaagatttaaccg 9126116  T
Q  732 ggaaaaggaatcgtccatattgaaatacaaacaaggatgacaattgcctgttgaggcaaggttacttgacagctggtttataccttaacaatgtaataat 831  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||      
T  9126115 ggaaaagaaatcgtctatattgaaataaaaacaacgatgacaattgcatgttgtggcaaggttacttgacagttcgtttatacctt-acaatgtaata-- 9126019  T
Q  832 atgacaatgttcacgcgcaactttgatatttgcattgcat 871  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9126018 atgacaatgttcacgctcaactttgatatttgcattgcat 9125979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University