View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4764-Insertion-5 (Length: 806)

Name: NF4764-Insertion-5
Description: NF4764
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4764-Insertion-5
NF4764-Insertion-5
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-806)||(47001482-47002276)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 724; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 724; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 806
Target Start/End: Original strand, 47001482 - 47002276
Alignment:
Q  8 attagttccttatactttttcaatatgtaacatcaatgattgataggacacatgtgacaaaacgtacgataccatttattattttaagtttagatactaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47001482 attagttccttatactttttcaatatgtaacatcaatgattgataggacacatgtgacaaaacgtacgataccatttattattttaagtttagatactaa 47001581  T
Q  108 actgatggttaatcgaaccaaacattactatcaatgtatgtgttctcagtttctcactagattaaatttaacttggagggtatggtggtgatttcagggt 207  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47001582 attgatggttaatcgaaccaaacattactatcaatgtatgtgttcttagtttctcactagattaaatttaacttggagggtatggtggtgatttcagggt 47001681  T
Q  208 actgcagcattagcaatctcaacaaaactgccatccctaaggccaccaccttgccatgccggtgaaagttgcaagccagcaaatggaatccaaatgggag 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  47001682 actgcagcattagcaatctcaacaaaactgccatccctaaggccaccaccttgccatgccggtgaaagttgcaagccagcgaatggaatccaaatgggag 47001781  T
Q  308 tcttatacttggctctataccttattgcactaggaaccggtggccttagatctagtatttcaggatttggttctgatcaatttgacgagaaagatgagaa 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47001782 tcttatacttggctctataccttattgcactaggaaccggtggccttaaatctagtatttcaggatttggttctgatcaatttgacgagaaagatgagaa 47001881  T
Q  408 ggagaaatcacaaatgacttttttcttcaatagattcttcttcttcatcagtttgggaactcttgcagctgtcacaatacttgtttacatacaagatgaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47001882 ggagaaatcacaaatgacttttttcttcaatagattcttcttcttcatcagtttgggaactcttgcagctgtcacaatacttgtttacatacaagatgaa 47001981  T
Q  508 attagtagaagttgggcttatggaatatgttctatttctatggtcatagccattttgatattcctatcaggaactaaaagatacagatacaaagaagagt 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  47001982 attagtagaagttgggcttatggaatatgttctatttctatggtcatagccattttgatattcctatcaggaactacaagatacagatac-aagaagagt 47002080  T
Q  608 ttggggaagccctattgtccacattttccaagttatcggttgcatcgataaagaaaaggaagatggaaacttccatacaatgttggatctctgtacgagg 707  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  47002081 tt-gggaagccctattgtccacattttccaagttatc-gttgcatcgataaagaaaaggaagatgg-aacttccatacaatgttggatctttgtacgagg 47002177  T
Q  708 acactccaga-gattcaagaattgaacaatccggaacagttccggtaagctcataactatttacactatcactgcatatcccttactctcttcgattaga 806  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  47002178 acactccagaggattcaagaattgaacaatcc-gaacagttccggtaagctcataactatttacactatcactgcatatccattactctcttcgattaga 47002276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University