View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4765-Insertion-1 (Length: 1051)

Name: NF4765-Insertion-1
Description: NF4765
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4765-Insertion-1
NF4765-Insertion-1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-1051)||(10432585-10433635)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 911; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 911; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1051
Target Start/End: Complemental strand, 10433635 - 10432585
Alignment:
Q  8 catttctgaaaaaaggcaatccctattcattttgggccttctttcccacaggacttacaggtatgagcattttgtgcttgctattaagaaagtaattcct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10433635 catttctgaaaaaaggcaatccctattcattttgggccttctttcccacaggacttacaggtatgagcattttgtgcttgctattaagaaagtaatttct 10433536  T
Q  108 cactaacattgagttaaatgcacttattaacaaatgtcaccatcattacgtgcttgaataggtccaaaggggttttctctgtcatcatataactcaggag 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10433535 cactaacattgagttaaatgcacttattaacaaatgtcaccatcattacgtgcttgaataggtccaaaggggttttctctgtcatcatataactcaggag 10433436  T
Q  208 caagcactgttgaaccgtttctagttgatgagaagaaagttaattcaaaactcattgtcttttgggttgaaaaacgtttggcagcacaagggattattcc 307  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10433435 ctagcactgttgaaccgtttctagttgatgagaagaaagttaattcaaaactcattgtcttttgggttgaaaaacgtttggcagcacaagggattattcc 10433336  T
Q  308 tgtatggaaagattgattctcataaacaaattttcattttggttgcaaatgatgtagcatacatttcaccattctcttgtaccttggctcattgactatg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10433335 tgtatggaaagattgattctcataaacaaattttcattttggttgcaaatgatgtagcatacatttcaccattctcttgtaccttggctcattgactatg 10433236  T
Q  408 tggtgtatggtatataaagtgttgttttgatcaatgtgcaactaattgtatatgattttacgaacacgtttcttgatcattgcctgggtttgtgatcatt 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10433235 tggtgtatggtatataaagtgttgttttgatcaatgtgcaactaattgtatatgattttatgaacacgtttgttgatcattgcctgggtttgtgatcatt 10433136  T
Q  508 atttggttaaaaaacacttttttaagctcatttcagattgtcacatggcctaatgagaaatgttgaggagaacagatttcctaattgaataagttttctt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10433135 atttggttaaaaaacacttttttaagctcatttcagattgtcacatggcctaatgagaaatgttgaggagaacagatttcctaattgaataagttttctt 10433036  T
Q  608 agtatcatatataaacaaaacattgacaaaatttataaggaagctttgcttagacatataaactcgtaaaacagcctaagatagagaaaaatcaatacac 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10433035 agtatcatatataaacaaaacattgacaaaatttataaggaagctttgctcagacatataaactcgtaaaacaacctaaaatagagaaaaatcaatacac 10432936  T
Q  708 agaatacttcgccagtttgaaattttaacagcactttcaaatttagtttcttcatgtcactcatttctgcaatgttgaaattgttaaacagaaataaata 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10432935 agaatacttcgccagtttgaaattttaacagcactttcaaatttagtttcttcatgtcactcatttctgcaatgttgaaattgctaaacagaaataaata 10432836  T
Q  808 tggcaatagagaaaagctcaagctcttgtactg-agcaaatatccaagcacttgtgggtcaaagtcactaaacatgaat-aaaaattaatatttggt-aa 904  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  10432835 tggcaatagagaaaagctcaagctcttgtactgaagcaaacatccaagcacttgt-ggtcaaagtcactaaacatgaataaaaaattaatatttggtaaa 10432737  T
Q  905 caccgaatagtaagttttgctgaacttcattttctttcttccctcagtatgggggaatctc-tggggagac-cat-aaaaagca-ggtaag-attctaag 999  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || |||||||| |||||| ||||||||    
T  10432736 caccgaatagtaagttttgctgaac-tca-tttctttcttccctcagtatgggggaatctcttggggagacagataaaaaagcagggtaagaattctaag 10432639  T
Q  1000 --tgcctcaacaatctggtttattatggacatttcctctacaaacattttgaac 1051  Q
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10432638 gttgcctcaacaatctgttttattatggacatttcctctacaaacattttgaac 10432585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University