View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4774-Insertion-5 (Length: 951)

Name: NF4774-Insertion-5
Description: NF4774
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4774-Insertion-5
NF4774-Insertion-5
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (8-951)||(25146025-25146962)
chr6 (478-563)||(32139998-32140083)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 806; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 806; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 951
Target Start/End: Original strand, 25146025 - 25146962
Alignment:
Q  8 ttaccatggtttgttgcagtaggc-acttgaaattgacataaaataattgtaagatatgatacaaatttcagaatttatgtgcttttaatatcttaaaat 106  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25146025 ttaccatggtttgttgcagtaggccacttgaaattgacataaaataattgtaagatatgatacaaatttcagaatttatgtgcttttaatatcttaaaat 25146124  T
Q  107 caaatgctggatatgaacatgaactgcataaatatcgtttgagtggccagaagcacttgcgtcatttgcaagctaaattttttctaatgcagacagaata 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25146125 caaatgctggatatgaacatgaactgcataaatatcgtttgagtggccagaagcacttgcatcatttgcaagctaaattttttctaatgcagacagaata 25146224  T
Q  207 tttgttttatgcgtggctataaccaacaaaagcttaatcttgtatacacggactagttggagaatttcccggtgaatactaggcaagaatcataagatgt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25146225 tttgttttatgcgtggctataaccaacaaaagcttaatcttgtatacacggactagttggagaatttcccggtgaatactaggcaagaatcataagatgt 25146324  T
Q  307 ttatctctcaccgttagactggaaactaaatagttcaattgatttcagatggaatattt-ctnnnnnnnctattacgtattactattttgatttcataga 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25146325 ttatctctcaccgttagactggaaactaaatagttcaattgatttcagatggaatattttctaaaaaaactattacgtattactattttgatttcataga 25146424  T
Q  406 acaaatcttatagaaaacttgtctctcctaaaatcaatccttctctagacaacatattacgattcctattacgtttagcagattggaagttactgcacga 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25146425 acaaatcttatagaaaacttgtctctcctaaaatcaatccttctctagacaacatattaagattcctattacgtttagcagattggaagttactgcacga 25146524  T
Q  506 aagaaaagatcactaggttttgaacttttttcgggtgaacatctgtattggaaacaatccgcctttccatattttaggtttctttgagcccagactttca 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25146525 aagaaaagatcactaggttttgaacttttttcgggtgaacatctgtatcggaaacaatctgcttttccatattttaagtttctttgagcccagactttca 25146624  T
Q  606 ttatgttacctgactttgcagctaattactaaacatcatctagagaaagacaagccttagattaaatgttaccattataattgggtagtcatcatagcca 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25146625 ttatgttacctgactttgcagctaattactaaacatcatctagagaaagacaagccttagattaaatgttaccattataattgggtagtcatcatagcca 25146724  T
Q  706 aaaaatgaatgggaatattgcttccgtcatcacctccactaatgcatgtcttttttctcacttgcaggggtagcagctttagttgtccttatatctcaca 805  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25146725 aaaaatgaat-ggaatattgcttccgtcatcacctccactaatgcatatc-tttttctcacttgcaggggtagcagctttagttgtccttatatctcaca 25146822  T
Q  806 cggatcagattaaatgatctgatttttgggaatgagggtgctttgaaaggtctgcatggaacttttggacatttatttattttttaagggatctagggtt 905  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  | ||||||| ||||    
T  25146823 cggatcagatt-aatgatctgatttttgggaatgagggtgctttgaaaggtctgcatggaactttttgaca-ttatttattttt--aaggatcta-ggtt 25146917  T
Q  906 catgtaaaaataaatctttggttttgaatatgcaggtttaacacca 951  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25146918 catgtaaaaaataatcttt-gttttgaatatgcaggtttaacacca 25146962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 478 - 563
Target Start/End: Original strand, 32139998 - 32140083
Alignment:
Q  478 gtttagcagattggaagttactgcacgaaagaaaagatcactaggttttgaacttttttcgggtgaacatctgtattggaaacaat 563  Q
    |||| ||||| ||||||||||||   |||||||||||| ||||  |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32139998 gtttggcagagtggaagttactgtttgaaagaaaagataactatcttttgacctttgttcggttgaacatctgtattggaaacaat 32140083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University