View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4774-Insertion-8 (Length: 859)

Name: NF4774-Insertion-8
Description: NF4774
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4774-Insertion-8
NF4774-Insertion-8
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-859)||(50396922-50397772)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 780; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 780; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 859
Target Start/End: Original strand, 50396922 - 50397772
Alignment:
Q  8 cattgttgataccgataagaatggaatgaatatcaaatttccaacttttgaaaagtttaaggttttccaagaaaatcatgaaccatggaagaagagaatt 107  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50396922 cattgttgatactgataagaatggaatgaatatcaaatttccaacttttgaaaagtttaaggttttccaagaaaatcatgaaccatggaagaagagaatt 50397021  T
Q  108 cttaatccaggaagcgatatctttctggaatggaaaagggctttcctatgttcttgcatactatcactatttgttgatccattgtttttctatctaccat 207  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50397022 cttgatccaggaagcgatatctttctggaatggaaaagggctttcctatgttcttgcatactatcactatttgttgatccattgtttttctatctaccat 50397121  T
Q  208 ctgtagcaatatcaactaataagaattcatcatgcatggttactgatttgaatttaggaattgttgtcacatgttttcggacatttgccgatgttttcta 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50397122 ctgtagcaatatcaactaataagaattcatcatgcatggttactgatttgaatttaggaattgttgtcacatgttttcggacatttgccgatgttttcta 50397221  T
Q  308 tctgctgaacatggtcataaagtttaggacagcctttgtgtcaccaagttcaagggttttcggaaggggtgaacttgtcatggatcccaggttgattgcg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50397222 tctgctgaacatggtcataaagtttaggacagcctttgtgtcaccaagttcaagggttttcggaaggggtgaacttgtcatggatcccaggttgattgcg 50397321  T
Q  408 agacggtatttgagatcggagtttttcctagatctttttgctgcattgccacttccccaggtactatatcagcaactgaagatactgatattgatatgat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  50397322 agacggtatttgagatcggagtttttcctagatctttttgctgcattgccacttccccaggtactatatcagcaactgaagatactgattttgatatgat 50397421  T
Q  508 ttatgtataggaaatttaagactatcaatattttgtttatgcttagagacacttcatcgtggcgtgaattgtgaaacagttcaagttttaataccctatg 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  50397422 ttatgtataggaaatttaagactatcaatattttgtttatgcttagagacacttcatcgtggcgtgaattgtgaaacagttcaagttttaataccccatg 50397521  T
Q  608 agtaaatttaatgatgaaatagannnnnnnnnncttattctaattaatggtattaacagaatgccaaagttatgtaacttatctattccttttttggaga 707  Q
    |||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50397522 agtaaatttaatgatgaaataga-tttttttttcttattctaattaatggtattaacagaatgccaaagttatgtaacttatctattccttttttggaga 50397620  T
Q  708 caataaccaatctattcttctattcttatatatacaaatggaatacaagattttgctgtaatannnnnnnaacaaattttatcttatcaatggttacaaa 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50397621 caataaccaatctattcttctattcttatatatacaaatggaatacaagattttgctgtaatatttttttaacaaattttatcttatcaatggttacaaa 50397720  T
Q  808 ttataaataaaaaacaaatgaatgcaatagttagaaatttgcgcacaattca 859  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50397721 ttataaataaaaaacaaatgaatgcaatagttagaaatttgcgcacaattca 50397772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University