View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4776-Insertion-6 (Length: 646)

Name: NF4776-Insertion-6
Description: NF4776
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4776-Insertion-6
NF4776-Insertion-6
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (8-646)||(6813132-6813763)
chr2 (87-630)||(6834180-6834722)
chr2 (109-646)||(6819688-6820224)
chr2 (515-592)||(34778826-34778905)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 498; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 6813763 - 6813132
Alignment:
Q  8 atatatataggtaggtactcataaacaaggaatataactaattaagctcttcaatcactctctnnnnnnnnnnnnnnnntgttctaaccattgcaaagct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||||    
T  6813763 atatatataggtaggtactcataaacaaggaatataactaattaagctcttcaatcactctc------acacacacacatgttctaaccattgcaaagct 6813670  T
Q  108 tggttagctagctcttaaaatggctgagattgaacttgaaagtttgtttaatcatgccattagagggcaatggagagaagttatagagtcatatgnnnnn 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  6813669 tggttagctagctcttaaaatggctgagattgaacttgaaagtttgtttaatcatgccattagagggcaatggagagaagttatagagtcatatgaaaaa 6813570  T
Q  208 nnccctaaagtattggaggccaagatcacaaaagtagaagacacattgttacacattgctgtgtatctgaagcaaacactctttgtgacaaccttgttag 307  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6813569 aaccctaaagtattggaggccaagatcacaaaagtagaagacacattgttacacattgctgtgtatctgaagcaaacactctttgtgacaaccttgttag 6813470  T
Q  308 ataaaatcagcaaagacatgtgttgggacatcctacgaatgcaaaactcaaagggaaatactcctcttcatgttgcagcagagcttgggaatgtagaaat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6813469 ataaaatcagcaaagacatgtgttgggacatcctacgaatgcaaaactcaaagggaaatactcctcttcatgttgcagcagagcttgggaatgtagaaat 6813370  T
Q  408 ttgcaacaacatagctaaaagagatcctatcctcatttcctatcggaatttcgaaggcgaaactcctcttttcttggcagctgtatatggcaaaagagag 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6813369 ttgcaacaacatagctaaaagagatcctatcctcatttcctgtcgaaatttcgaaggcgaaactcctcttttcttggcagctgtatatggcaaaagagag 6813270  T
Q  508 gcattcttttgtcttcatggtcgccagcagaacaaagatgatgactcactttcaatcaaaaacaatggagacactattctccattctaccatatccagtg 607  Q
    |||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||| | ||| ||||||  ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6813269 gcattcttttgtcttcatagtcgtcatcaggacaaagatgattattcagtttcaagaaaaaataatggggacactattcttcattctaccatatccagtg 6813170  T
Q  608 aaatactttggttagtgtcattgactaaacttatatatg 646  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6813169 -aatactttggttagtgtcattgactaaacttatatatg 6813132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 87 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 6834722 - 6834180
Alignment:
Q  87 tgttctaaccattgcaaagcttggttagctagctcttaaaatggctgagattgaacttgaaagtttgtttaatcatgccattagagggcaatggagagaa 186  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6834722 tgttctaaccattctaaagcttggttagctagctcttaaaatggctgaagttgagtttgaaagtttgtttaatcatgccatgagagggcaatggagagaa 6834623  T
Q  187 gttatagagtcatatgnnnnnnnccctaaagtattggaggccaagatcacaaaagtagaagacacattgttacacattgctgtgtatctgaagcaaacac 286  Q
    ||| ||||||||||||       |||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||  | ||  |||  ||||||     
T  6834622 gttttagagtcatatgagcaaaaccctgaagtattggaggcaaagatcacaaaagcagaagacacggtgttacacattgccatatacgtgagccaaacaa 6834523  T
Q  287 tctttgtgacaaccttgttagataaaatcagcaaagacatgtgttgggacatcctacgaatgcaaaactcaaagggaaatactcctcttcatgttgcagc 386  Q
    | ||||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||  || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6834522 tttttgtgacaaccttgttagataacataagccaagatatgtgccggaacatcctaagaatgcaaaactcaaagggaaatactcctcttcatgttgcagc 6834423  T
Q  387 agagcttgggaatgtagaaatttgcaacaacatagctaaaagagatcctatcctcatttcctatcggaatttcgaaggcgaaactcctcttttcttggca 486  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  6834422 agagcttgggaatgtagaaatttgcaacaatatagccagaagagatcccatcctcatttcatatcgaaattttgaaggcgagactcctcttttcttggca 6834323  T
Q  487 gctgtatatggcaaaagagaggcattcttttgtcttcatggtcgccagcagaacaaagatgatgactcactttcaatcaaaaacaatggagacactattc 586  Q
    |||||  |||| |||||||| || ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6834322 gctgttcatggaaaaagagatgctttcttttgtcttcatggtcacgaacagaacaaagatgatgactcactttcaatcaaaaacaatggagacactattc 6834223  T
Q  587 tccattctaccatatccagtgaaatactttggttagtgtcattg 630  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6834222 ttcattctaccatatccagtg-aatactttggttagtgtcattg 6834180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 6820224 - 6819688
Alignment:
Q  109 ggttagctagctcttaaaatggctgagattgaacttgaaagtttgtttaatcatgccattagagggcaatggagagaagttatagagtcatatgnnnnnn 208  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||          
T  6820224 ggttggctagctcttaaaatggctgaaattgagtttgaaagtttgtttaatcatgcaatgagagggcaatggagagaagttttagagtcatatgagaaaa 6820125  T
Q  209 nccctaaagtattggaggccaagatcacaaaagtagaagacacattgttacacattgctgtgtatctgaagcaaacactctttgtgacaaccttgttaga 308  Q
     |||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  6820124 cccctgaagtattggaggcaaagatcacagaagcagaagacacagtgttacacattgctgtgtatgtgagccaaacatgctttgtgacagccttgttaga 6820025  T
Q  309 taaaatcagcaaagacatgtgttgggacatcctacgaatgcaaaactcaaagggaaatactcctcttcatgttgcagcagagcttgggaatgtagaaatt 408  Q
    ||| ||  || ||||| ||||   | |||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  6820024 taacatatgccaagacgtgtgcatgaacatcctaagaacgcaaaactcgaagggaaataccccccttcatgttgctgcagagcttgggaatgtagacatt 6819925  T
Q  409 tgcaacaacatagctaaaagagatcctatcctcatttcctatcggaatttcgaaggcgaaactcctcttttcttggcagctgtatatggcaaaagagagg 508  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| |    
T  6819924 tgcaacaacatagctaaaagatgtcctatcctcatttcgtatcgaaatttcgaaggcgaaactcctcttttcttggcagctgttcatggaaaaagagatg 6819825  T
Q  509 cattcttttgtcttcatggtcgccagcagaacaaagatgatgactcactttcaatcaaaaacaatggagacactattctccattctaccatatccagtga 608  Q
    | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  6819824 ctttcttttgtcttcatggtcaccaacagaacaaagatgatgactcactttcaatcaaaaacaatggagacactattcttcattctaccatatccagtg- 6819726  T
Q  609 aatactttggttagtgtcattgactaaacttatatatg 646  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6819725 aatactttggttagtgtcattgactaaacttctatatg 6819688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 515 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 34778905 - 34778826
Alignment:
Q  515 tttgtcttcatggtcgccagcagaacaaagatgatgactcactttcaat--caaaaacaatggagacactattctccatt 592  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  34778905 tttgtcttcatggtcaccaacagaataaagatgatgattcactttcaataaaaaaaacaatggagacaccattcttcatt 34778826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University