View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4777-Insertion-2 (Length: 905)

Name: NF4777-Insertion-2
Description: NF4777
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4777-Insertion-2
NF4777-Insertion-2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-904)||(40368496-40369383)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 776; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 776; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 904
Target Start/End: Complemental strand, 40369383 - 40368496
Alignment:
Q  8 gaatggcttccaagggtgatgcccctcccataatgagaccagtcatggcccctggaagggatattagacccactgtttttgtgttatccaccactggaga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40369383 gaatggcttccaagggtgatgcccctcccataatgagaccagtcatggcccctggaagggatattagacccactgtttttgtgttatccaccactggaga 40369284  T
Q  108 aagtgctatgatcaatgcccttttcacttgttgatgtgttgcttgtcttggggttgcaccaagagccaatgccgtctcaacctggcataaattcatatga 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40369283 aagtgctatgatcaatgcccttttcacttgttgatgtgttgcttgtcttggggttgcaccaagagccaatgccgtctcaacctggcataaattcatatga 40369184  T
Q  208 tgtagaaattaattaaatctactatagttctatttattagtacaattttcaaacaaatactatcgtcgaaatcataatgagttgggacgctgaaggaggt 307  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  40369183 tatagaaattaattaaatctactatatttctatttattagtacaattttcaaacaaatactatcgtcgaaatcataatgatttgggacgctgaaggaggt 40369084  T
Q  308 tcgtgttagatgacataccaagttcatttgtgctttgatgtcgtctcggagtcttttcatggtaactccggtaacggtcatcgagtttccaaccatcatg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40369083 tcgtgttagatgacataccaagttcatttgtgctttgatgtcgtctctgagtcttttcatggtaactccggtaacggtcattgagtttccaaccatcatg 40368984  T
Q  408 cctgcaacagggatgatatatctgggagtgaaagggaagacgctgagtgccactagaacaaacatagttatggcagttcctgttagaatggaagccccgg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40368983 cctgcaacagggatgatatatctgggagtgaaagggaagacgctgagtgccactagaacaaacatagttatggcagttcctgttagaatggaagccccgg 40368884  T
Q  508 ctaccaattttccacgaggcacttgtttcgcacgttgacccgcagtataaccagcaatagaaacctacaataaaacaacatatagattagtctagatttt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40368883 ctaccaattttccacgaggcacttgtttcgcacgttgacccgcagtataaccagcaatagaaacctacaataaaacaacatatagattagtctagatttt 40368784  T
Q  608 gattaactgaaattcttattaaattcaacaaagttgcaaacagagcaacttaatcaacaagttacatgagcttcatattaacttaatcattaatcgtcaa 707  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40368783 gattaactgaatttcttattaaattcaacaaagttgcaaacagagcaacttaatcaacaagttacatgagcttcatattaacttaatcattaatcgtcaa 40368684  T
Q  708 actatttactactgtccnnnnnnnacatgatttatcaacaatatgaagatatttttagaaagagaccataaaaattttgggattgtatctcatttttccg 807  Q
    |||||||||||||||||       ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||| ||    
T  40368683 actatttactactgtcc-ttttttacatgatttatcaac-atatgaagatatttttagaaagagaccataaaa--ttttggattgtatctcattttt-cg 40368589  T
Q  808 cgcaccattgctggagactaaattcttcaaagttttaaatgatcgactccttcaaaaccgggtgaattttgatatacataattcaagataaaaaacc 904  Q
     |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40368588 tgcacaattgct-gagactaaattcttcaaagttttaaatgatcgact-cttcaaaacc-ggtgaattttgatatacataattc-agataaaaaacc 40368496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University